FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1106, 1132 aa 1>>>pF1KA1106 1132 - 1132 aa - 1132 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8725+/-0.00111; mu= 7.4809+/- 0.067 mean_var=215.8316+/-42.459, 0's: 0 Z-trim(110.7): 18 B-trim: 32 in 1/51 Lambda= 0.087300 statistics sampled from 11776 (11784) to 11776 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.362), width: 16 Scan time: 5.510 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184) 6985 893.5 0 CCDS77378.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1186) 6971 891.8 0 CCDS13558.1 MYT1 gene_id:4661|Hs108|chr20 (1121) 2910 380.3 1.4e-104 CCDS6149.1 ST18 gene_id:9705|Hs108|chr8 (1047) 2249 297.0 1.5e-79 >>CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184 aa) initn: 6955 init1: 6955 opt: 6985 Z-score: 4764.6 bits: 893.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7431; 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CCDS13 ETLVEEDLGQAAKPGPGIVHLLQEAAEGAASEEGEKGLFIQPEDAEEVVE-VTTER---- 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KA1 GHGVVLSENMNDRNYADSMSQQDSRNMNYVMLGKPMNNGLMEKMVEESDEEVCLSSLECL :... .. :. :...:.. . . . .. :. :: ::: CCDS13 ------SQDLCPQSLEDAASEESSKQKGILSHEEEDEEEEEEEEEEEEDEE--------- 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KA1 RNQCFDLARKLSETNPQERNPQQNMNIRQHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLS ... . .. : . .:.. ... . .... :. : : . . .: : :. : CCDS13 EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAAPDVIFQEDTSHTSAQKAPEL-RGPESPS 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KA1 PRSR--VFASCAKEDGCHERDDDTTSVNS---DRSEEVFDMTKGNLTLLEKAIALETERA :. . :.. ..: ..:.:: : .: :.:: ::.::: :::.::::..:.. CCDS13 PKPEYSVIVEVRSDD---DKDEDTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLGLLEQAIALKAEQV 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KA1 KAMREKMAMEAGRRDNMRSYEDQSPRQL--PGEDRKPKSSDSHVKKPYY--DPSRTEKKE ... : : .:: : ::. :: .. :.: :: ::::.::.: CCDS13 RTVCEPGCPPA----------EQSQLGLGEPGKAAKPLDT---VRKSYYSKDPSRAEKRE 400 410 420 430 450 460 470 480 490 500 pF1KA1 SKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRVPPEILAMHESVLKCPTPGCTGRGHVNS :::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::.::::: CCDS13 IKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNS 440 450 460 470 480 490 510 520 530 540 550 560 pF1KA1 NRNSHRSLSGCPIAAAEKLAKAQEKHQ--SCDVSKSSQASDRVLRPMCFVKQLEIPQYG- :::.:::::::::::::::::..::.: . : ::::. :::.:::::::::::.: :: CCDS13 NRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQPQTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGS 500 510 520 530 540 550 570 580 590 600 610 620 pF1KA1 YRNNVPTTTPRSNLAKELEKYSKTSFEYNSYDNHTYGKRAIAPKVQTRDISPKGYDDAKR :: :: .:::.::::::::.::..:.: :.: ...::: .:::.:: . :::... CCDS13 YRPNVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETSPKAFQ---- 560 570 580 590 600 610 630 640 650 660 670 680 pF1KA1 YCKDPSPSSSSTSSYAPSSSSNLSCGGGSSASSTCSKSSFDYTHDMEAAHMAATAILNLS : :::..: :::::::::::::: CCDS13 -C-------------------------------------FDYSQDAEAAHMAATAILNLS 620 630 690 700 710 720 730 pF1KA1 TRCREMPQNLSTKPQDLCATRNPDMEVDENGTLDLSMNKQRPRDSCCP----------IL ::: :::.::::::::: ... :.::::::::::::.:.: :.. : . 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