Result of FASTA (ccds) for pF1KA1122
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1122, 1028 aa
  1>>>pF1KA1122 1028 - 1028 aa - 1028 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0751+/-0.00114; mu= 14.3920+/- 0.069
 mean_var=125.3004+/-24.963, 0's: 0 Z-trim(106.2): 68  B-trim: 16 in 1/50
 Lambda= 0.114577
 statistics sampled from 8772 (8837) to 8772 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.271), width:  16
 Scan time:  3.430

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS47101.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4      (1028) 6713 1121.9       0
CCDS3639.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4       (1026) 6689 1117.9       0
CCDS58914.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4      ( 596) 3907 657.9 1.8e-188
CCDS7419.1 BTAF1 gene_id:9044|Hs108|chr10          (1849)  874 156.9 3.7e-37
CCDS35329.1 ERCC6L gene_id:54821|Hs108|chrX        (1250)  730 133.0   4e-30
CCDS73164.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 700)  675 123.7 1.3e-27
CCDS73165.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 714)  674 123.5 1.5e-27
CCDS7434.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10          ( 838)  674 123.6 1.8e-27
CCDS35072.1 ERCC6L2 gene_id:375748|Hs108|chr9      ( 712)  600 111.3 7.4e-24
CCDS73162.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 884)  567 105.9 3.9e-22
CCDS10071.1 INO80 gene_id:54617|Hs108|chr15        (1556)  521 98.5 1.2e-19
CCDS10689.2 SRCAP gene_id:10847|Hs108|chr16        (3230)  526 99.5 1.2e-19
CCDS73163.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 740)  505 95.6 4.1e-19
CCDS3761.1 SMARCA5 gene_id:8467|Hs108|chr4         (1052)  461 88.4 8.4e-17
CCDS76018.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX        (1058)  453 87.1 2.1e-16
CCDS45081.1 CHD8 gene_id:57680|Hs108|chr14         (2302)  453 87.3 3.9e-16
CCDS53885.1 CHD8 gene_id:57680|Hs108|chr14         (2581)  453 87.4 4.3e-16
CCDS76510.1 CHD4 gene_id:1108|Hs108|chr12          (1905)  445 86.0 8.5e-16
CCDS8552.1 CHD4 gene_id:1108|Hs108|chr12           (1912)  445 86.0 8.5e-16
CCDS34204.1 CHD1 gene_id:1105|Hs108|chr5           (1710)  440 85.1 1.4e-15
CCDS10374.2 CHD2 gene_id:1106|Hs108|chr15          (1828)  439 85.0 1.6e-15
CCDS7229.1 ERCC6 gene_id:2074|Hs108|chr10          (1493)  436 84.4 1.9e-15
CCDS57.1 CHD5 gene_id:26038|Hs108|chr1             (1954)  435 84.3 2.7e-15
CCDS54218.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1613)  431 83.6 3.7e-15
CCDS54217.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1614)  431 83.6 3.7e-15
CCDS45973.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1616)  431 83.6 3.7e-15
CCDS45972.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1617)  431 83.6 3.7e-15
CCDS12253.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1647)  431 83.6 3.7e-15
CCDS47865.1 CHD7 gene_id:55636|Hs108|chr8          (2997)  435 84.4 3.8e-15
CCDS32555.1 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (1966)  431 83.7 4.3e-15
CCDS32554.1 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (2000)  431 83.7 4.4e-15
CCDS32553.2 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (2059)  431 83.7 4.5e-15
CCDS13317.1 CHD6 gene_id:84181|Hs108|chr20         (2715)  428 83.2 7.9e-15
CCDS45485.1 CHD9 gene_id:80205|Hs108|chr16         (2881)  427 83.1 9.3e-15
CCDS76865.1 CHD9 gene_id:80205|Hs108|chr16         (2897)  427 83.1 9.3e-15
CCDS83338.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1514)  420 81.8 1.2e-14
CCDS34978.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1572)  420 81.8 1.3e-14
CCDS34977.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1590)  420 81.8 1.3e-14
CCDS58022.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 616)  408 79.5 2.3e-14
CCDS58021.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 693)  408 79.6 2.6e-14
CCDS72882.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 797)  408 79.6 2.9e-14
CCDS927.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1            ( 897)  408 79.6 3.2e-14
CCDS31929.2 EP400 gene_id:57634|Hs108|chr12        (3123)  382 75.7 1.7e-12
CCDS75768.1 RAD54B gene_id:25788|Hs108|chr8        ( 726)  368 73.0 2.6e-12
CCDS6262.1 RAD54B gene_id:25788|Hs108|chr8         ( 910)  368 73.0 3.2e-12
CCDS532.1 RAD54L gene_id:8438|Hs108|chr1           ( 747)  364 72.3 4.2e-12


>>CCDS47101.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4           (1028 aa)
 initn: 6713 init1: 6713 opt: 6713  Z-score: 6000.6  bits: 1121.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6713; 100.0% identity (100.0% similar) in 1028 aa overlap (1-1028:1-1028)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MNLFNLDRFRFEKRNKIEEAPEATPQPSQPGPSSPISLSAEEENAEGEVSRANTPDSDIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MNLFNLDRFRFEKRNKIEEAPEATPQPSQPGPSSPISLSAEEENAEGEVSRANTPDSDIT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EKTEDSSVPETPDNERKASISYFKNQRGIQYIDLSSDSEDVVSPNCSNTVQEKTFNKDTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EKTEDSSVPETPDNERKASISYFKNQRGIQYIDLSSDSEDVVSPNCSNTVQEKTFNKDTV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 IIVSEPSEDEESQGLPTMARRNDDISELEDLSELEDLKDAKLQTLKELFPQRSDNDLLKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IIVSEPSEDEESQGLPTMARRNDDISELEDLSELEDLKDAKLQTLKELFPQRSDNDLLKL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 IESTSTMDGAIAAALLMFGDAGGGPRKRKLSSSSEPYEEDEFNDDQSIKKTRLDHGEESN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IESTSTMDGAIAAALLMFGDAGGGPRKRKLSSSSEPYEEDEFNDDQSIKKTRLDHGEESN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 ESAESSSNWEKQESIVLKLQKEFPNFDKQELREVLKEHEWMYTEALESLKVFAEDQDMQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ESAESSSNWEKQESIVLKLQKEFPNFDKQELREVLKEHEWMYTEALESLKVFAEDQDMQY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 VSQSEVPNGKEVSSRSQNYPKNATKTKLKQKFSMKAQNGFNKKRKKNVFNPKRVVEDSEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VSQSEVPNGKEVSSRSQNYPKNATKTKLKQKFSMKAQNGFNKKRKKNVFNPKRVVEDSEY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 DSGSDVGSSLDEDYSSGEEVMEDGYKGKILHFLQDASIGELTLIPQCSQKKAQKITELRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSGSDVGSSLDEDYSSGEEVMEDGYKGKILHFLQDASIGELTLIPQCSQKKAQKITELRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 FNSWEALFTKMSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FNSWEALFTKMSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 GGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 QEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 VTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 QNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERIAHAKQIIKPFIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERIAHAKQIIKPFIL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 RRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 RKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA1 HINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA1 RLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA1 AEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIAT
              970       980       990      1000      1010      1020

               
pF1KA1 LLKTSMGL
       ::::::::
CCDS47 LLKTSMGL
               

>>CCDS3639.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4            (1026 aa)
 initn: 6689 init1: 4987 opt: 6689  Z-score: 5979.1  bits: 1117.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6689; 99.8% identity (99.8% similar) in 1028 aa overlap (1-1028:1-1026)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MNLFNLDRFRFEKRNKIEEAPEATPQPSQPGPSSPISLSAEEENAEGEVSRANTPDSDIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MNLFNLDRFRFEKRNKIEEAPEATPQPSQPGPSSPISLSAEEENAEGEVSRANTPDSDIT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EKTEDSSVPETPDNERKASISYFKNQRGIQYIDLSSDSEDVVSPNCSNTVQEKTFNKDTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 EKTEDSSVPETPDNERKASISYFKNQRGIQYIDLSSDSEDVVSPNCSNTVQEKTFNKDTV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 IIVSEPSEDEESQGLPTMARRNDDISELEDLSELEDLKDAKLQTLKELFPQRSDNDLLKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 IIVSEPSEDEESQGLPTMARRNDDISELEDLSELEDLKDAKLQTLKELFPQRSDNDLLKL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 IESTSTMDGAIAAALLMFGDAGGGPRKRKLSSSSEPYEEDEFNDDQSIKKTRLDHGEESN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 IESTSTMDGAIAAALLMFGDAGGGPRKRKLSSSSEPYEEDEFNDDQSIKKTRLDHGEESN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 ESAESSSNWEKQESIVLKLQKEFPNFDKQELREVLKEHEWMYTEALESLKVFAEDQDMQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 ESAESSSNWEKQESIVLKLQKEFPNFDKQELREVLKEHEWMYTEALESLKVFAEDQDMQY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 VSQSEVPNGKEVSSRSQNYPKNATKTKLKQKFSMKAQNGFNKKRKKNVFNPKRVVEDSEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VSQSEVPNGKEVSSRSQNYPKNATKTKLKQKFSMKAQNGFNKKRKKNVFNPKRVVEDSEY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 DSGSDVGSSLDEDYSSGEEVMEDGYKGKILHFLQDASIGELTLIPQCSQKKAQKITELRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DSGSDVGSSLDEDYSSGEEVMEDGYKGKILHFLQDASIGELTLIPQCSQKKAQKITELRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 FNSWEALFTKMSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FNSWEALFTKMSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 GGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 QEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 VTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 QNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERIAHAKQIIKPFIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 QNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERIAHAKQIIKPFIL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 RRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::  :::::::::::::
CCDS36 RRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNL--EKNTEMCNVMMQL
              730       740       750       760         770        

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 RKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYR
      780       790       800       810       820       830        

              850       860       870       880       890       900
pF1KA1 HINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 HINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYL
      840       850       860       870       880       890        

              910       920       930       940       950       960
pF1KA1 RLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQ
      900       910       920       930       940       950        

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA1 AEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIAT
      960       970       980       990      1000      1010        

               
pF1KA1 LLKTSMGL
       ::::::::
CCDS36 LLKTSMGL
     1020      

>>CCDS58914.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4           (596 aa)
 initn: 3907 init1: 2205 opt: 3907  Z-score: 3497.3  bits: 657.9 E(32554): 1.8e-188
Smith-Waterman score: 3907; 99.7% identity (99.7% similar) in 598 aa overlap (431-1028:1-596)

              410       420       430       440       450       460
pF1KA1 LTLIPQCSQKKAQKITELRPFNSWEALFTKMSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMN
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58                               MSKTNGLSEDLIWHCKTLIQERDVVIRLMN
                                             10        20        30

              470       480       490       500       510       520
pF1KA1 KCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGIL
               40        50        60        70        80        90

              530       540       550       560       570       580
pF1KA1 ADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQ
              100       110       120       130       140       150

              590       600       610       620       630       640
pF1KA1 EERKQIRFNIHSRYEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EERKQIRFNIHSRYEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIR
              160       170       180       190       200       210

              650       660       670       680       690       700
pF1KA1 YQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQ
              220       230       240       250       260       270

              710       720       730       740       750       760
pF1KA1 SIYEKERIAHAKQIIKPFILRRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SIYEKERIAHAKQIIKPFILRRVKEEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKK
              280       290       300       310       320       330

              770       780       790       800       810       820
pF1KA1 SINNLVTEKNTEMCNVMMQLRKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLI
       :::::  :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SINNL--EKNTEMCNVMMQLRKMANHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLI
                340       350       360       370       380        

              830       840       850       860       870       880
pF1KA1 FEDMEVMTDFELHVLCKQYRHINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FEDMEVMTDFELHVLCKQYRHINNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQ
      390       400       410       420       430       440        

              890       900       910       920       930       940
pF1KA1 FTMMLDILEVLLKHHQHRYLRLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FTMMLDILEVLLKHHQHRYLRLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINL
      450       460       470       480       490       500        

              950       960       970       980       990      1000
pF1KA1 TSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLE
      510       520       530       540       550       560        

             1010      1020        
pF1KA1 QDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKTSMGL
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 QDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKTSMGL
      570       580       590      

>>CCDS7419.1 BTAF1 gene_id:9044|Hs108|chr10               (1849 aa)
 initn: 839 init1: 305 opt: 874  Z-score: 780.6  bits: 156.9 E(32554): 3.7e-37
Smith-Waterman score: 874; 33.9% identity (61.8% similar) in 558 aa overlap (484-1017:1255-1792)

           460       470       480       490       500       510   
pF1KA1 VVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHK
                                     : . :  .:  :  . ::. :.::::...:
CCDS74 DPPNMSAELIQLKAKERHFLEQLLDGKKLENYKIPVPINAEL--RKYQQDGVNWLAFLNK
         1230      1240      1250      1260        1270      1280  

           520       530           540               550       560 
pF1KA1 HGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLA----YLYQEGNNG--------PHLIVVPASTIDNWL
       . :.::: :.::::::.:.: .::    .  ::   .        : :.: : .   .:.
CCDS74 YKLHGILCDDMGLGKTLQSICILAGDHCHRAQEYARSKLAECMPLPSLVVCPPTLTGHWV
           1290      1300      1310      1320      1330      1340  

             570         580       590       600       610         
pF1KA1 REVNLWCPT--LKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRR
        ::. .:    :. : : :   :: ... ..    . .:.::..:. .    .: ..:: 
CCDS74 DEVGKFCSREYLNPLHYTGPPTERIRLQHQV----KRHNLIVASYDVV---RNDIDFFRN
           1350      1360      1370          1380         1390     

     620       630       640       650       660       670         
pF1KA1 LKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMF
       .:.:: :.::::..::  .   . .  ..:: :..:.:::.:::.::: ::..:.:: ..
CCDS74 IKFNYCILDEGHVIKNGKTKLSKAVKQLTANYRIILSGTPIQNNVLELWSLFDFLMPGFL
        1400      1410      1420      1430      1440      1450     

     680       690       700             710       720       730   
pF1KA1 SSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERI------AHAKQIIKPFILRRVKEEVLKQLPP
       ..  .   :. .    : : .:  ....       :  .:.. ::.:::.::.::..:::
CCDS74 GTERQFAARYGKPILASRDARSSSREQEAGVLAMDALHRQVL-PFLLRRMKEDVLQDLPP
        1460      1470      1480      1490       1500      1510    

           740       750        760       770       780       790  
pF1KA1 KKDRIELCAMSEKQEQLYLGLF-NRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQLRKMANHPLLHRQ
       :  .   :..:  : :::  .  .: : .... :.  .    .   .: : ..: .   :
CCDS74 KIIQDYYCTLSPLQVQLYEDFAKSRAKCDVDETVSSATLSEETEKPKL-KATGHVFQALQ
         1520      1530      1540      1550      1560       1570   

            800       810       820       830       840       850  
pF1KA1 YYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYRHINNFQLDMDLI
       :   .:: .   :.:  : : : .     : . :...  :: . .  .     :: .:  
CCDS74 YL--RKLCNHPALVLT-PQHPEFKTTA--EKLAVQNS-SLHDIQHAPKLSALKQLLLDCG
            1580       1590        1600       1610      1620       

            860       870       880       890          900         
pF1KA1 LDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEV-LLKHHQHR--YLRLDGKTQIS
       : .:.    :   .:      :...: :.  ::::.:  ::: :     ::::::.   .
CCDS74 LGNGSTSESG---TESVVAQHRILIFCQLKSMLDIVEHDLLKPHLPSVTYLRLDGSIPPG
      1630         1640      1650      1660      1670      1680    

     910       920       930       940       950       960         
pF1KA1 ERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDRCHRVG
       .:  ....::.: .: :.::.:..::::.:::.:..:.. . : ::. : :: :: ::.:
CCDS74 QRHSIVSRFNNDPSIDVLLLTTHVGGLGLNLTGADTVVFVEHDWNPMRDLQAMDRAHRIG
         1690      1700      1710      1720      1730      1740    

     970       980       990      1000      1010      1020         
pF1KA1 QTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKTSMGL 
       : . : : .::..::.::... ... :... . . . ....  :: .:            
CCDS74 QKRVVNVYRLITRGTLEEKIMGLQKFKMNIANTVISQENSSLQSMGTDQLLDLFTLDKDG
         1750      1760      1770      1780      1790      1800    

CCDS74 KAEKADTSTSGKASMKSILENLSDLWDQEQYDSEYSLENFMHSLK
         1810      1820      1830      1840         

>>CCDS35329.1 ERCC6L gene_id:54821|Hs108|chrX             (1250 aa)
 initn: 697 init1: 307 opt: 730  Z-score: 654.4  bits: 133.0 E(32554): 4e-30
Smith-Waterman score: 749; 32.4% identity (61.7% similar) in 527 aa overlap (500-991:99-596)

     470       480       490       500       510        520        
pF1KA1 TKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLNG-ILADEMGLGK
                                     .:: :. .:  ... : .: ::::.:::::
CCDS35 ELAEQGDDEFTDVCNSGLLLYRELHNQLFEHQKEGIAFLYSLYRDGRKGGILADDMGLGK
       70        80        90       100       110       120        

      530       540       550       560       570        580       
pF1KA1 TIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYG-SQEERKQIR
       :.: ::::. ... .  .  :...:.. :..:..:   : : ..:  ..: :..:: .  
CCDS35 TVQIIAFLSGMFDASLVNHVLLIMPTNLINTWVKEFIKWTPGMRVKTFHGPSKDERTR--
      130       140       150       160       170       180        

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pF1KA1 FNIHSRYEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKL--NYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLM
        :..   .  .::.:::.  :.. .. : ::  ..  .:.:.::.: .:. ..       
CCDS35 -NLNRIQQRNGVIITTYQMLINNWQQLSSFRGQEFVWDYVILDEAHKIKTSSTKSAICAR
         190       200       210       220       230       240     

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pF1KA1 TINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEK
       .: :.:::::::::.:::: :: ::..:.    . .. . ..  . .    : :..    
CCDS35 AIPASNRLLLTGTPIQNNLQELWSLFDFACQGSLLGTLKTFKMEYENPITRAREKDATPG
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pF1KA1 ERIAHAK------QIIKPFILRRVKEEVLKQL---P--------PKKDRI-ELCAMSEK-
       :.    :       ::::..:::.::.: :.    :        :  : : :. ..:.: 
CCDS35 EKALGFKISENLMAIIKPYFLRRTKEDVQKKKSSNPEARLNEKNPDVDAICEMPSLSRKN
         310       320       330       340       350       360     

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pF1KA1 -----------QEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQLRKMANHPLLHRQYYT
                  ::..:   :  : . :..:. :  . . .. . :.:. .:: :      
CCDS35 DLIIWIRLVPLQEEIYRK-FVSLDH-IKELLMETRSPLAELGV-LKKLCDHPRLLSA--R
         370       380         390       400        410         420

         800       810       820       830       840       850     
pF1KA1 AEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYRHINNFQLDMDLILDS
       :  : ... .  .. .. : .::.         :           ::..   :  :. .:
CCDS35 ACCLLNLGTFSAQDGNEGEDSPDV---------D-----------HIDQVTDDT-LMEES
              430       440                           450          

         860       870       880       890       900        910    
pF1KA1 GKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYLRLDGK-TQISERIHL
       ::.  :  .:..:...: ....:::  ..:.:.: :::... . ::.::  :.. :: . 
CCDS35 GKMIFLMDLLKRLRDEGHQTLVFSQSRQILNIIERLLKNRHFKTLRIDGTVTHLLEREKR
     460       470       480       490       500       510         

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pF1KA1 IDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDRCHRVGQTKEV
       :. :. . :  ::::.:..::.:..::.:. :.. : . :: .: :: :: .:.:: ..:
CCDS35 INLFQQNKDYSVFLLTTQVGGVGLTLTAATRVVIFDPSWNPATDAQAVDRVYRIGQKENV
     520       530       540       550       560       570         

          980       990      1000      1010      1020              
pF1KA1 LVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKTSMGL      
       .: .::. ::.::.. .                                           
CCDS35 VVYRLITCGTVEEKIYRRQVFKDSLIRQTTGEKKNPFRYFSKQELRELFTIEDLQNSVTQ
     580       590       600       610       620       630         

>>CCDS73164.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10              (700 aa)
 initn: 1136 init1: 508 opt: 675  Z-score: 608.9  bits: 123.7 E(32554): 1.3e-27
Smith-Waterman score: 1139; 36.2% identity (64.9% similar) in 619 aa overlap (410-1001:4-606)

     380       390       400       410       420       430         
pF1KA1 VMEDGYKGKILHFLQDASIGELTLIPQCSQKKAQKITELRPFNSWEALFTKMSKTNGLSE
                                     :..:.:  .   :. :    . :.::   :
CCDS73                            MQVKRSQEILSVAKKNKKENEDENSSSTNLCVE
                                          10        20        30   

     440         450        460       470       480       490      
pF1KA1 DLIWH--CKTLIQER-DVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLS
       ::  .   ...:..: . ..:  .:   . . . :       ::    ..::. .. .. 
CCDS73 DLQKNKDSNSIIKDRLSETVRQNTKF--FFDPVRKC------NGQPVPFQQPKHFTGGV-
            40        50          60              70        80     

        500       510       520       530       540       550      
pF1KA1 LKPYQKVGLNWLALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPAST
       .. ::  :..:: .. ..:.:::::::::::::.: :: .: . :.:  :: :.  : ::
CCDS73 MRWYQVEGMEWLRMLWENGINGILADEMGLGKTVQCIATIALMIQRGVPGPFLVCGPLST
           90       100       110       120       130       140    

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pF1KA1 IDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSR---YEDYNVIVTTYNCAISSSDD
       . ::. : . . : . .. :.:.::::...  ::..:    . . :..:... :.    :
CCDS73 LPNWMAEFKRFTPDIPTMLYHGTQEERQKLVRNIYKRKGTLQIHPVVITSFEIAMR---D
          150       160       170       180       190       200    

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pF1KA1 RSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNF
       :. ...   .: : :::: .:::     ..:  .::.:.:::::::.:::: :: :::::
CCDS73 RNALQHCYWKYLIVDEGHRIKNMKCRLIRELKRFNADNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNF
             210       220       230       240       250       260 

           680       690       700          710        720         
pF1KA1 VMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKER---IAHA-KQIIKPFILRRVKEEVLK
       ..: .:..  : ..  :.  . :   ..:  :::   . :  .::. ::.:::.: .:  
CCDS73 LLPDVFDDLKS-FESWFDITSLSETAEDIIAKEREQNVLHMLHQILTPFLLRRLKSDVAL
             270        280       290       300       310       320

     730       740       750       760         770           780   
pF1KA1 QLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLV--TEKNT-EMCNV---MMQLRKM
       ..:::.. .    .:.::: .: .. ::   .: :.   .::.: :.  .     . :: 
CCDS73 EVPPKREVVVYAPLSKKQEIFYTAIVNR---TIANMFGSSEKETIELSPTGRPKRRTRKS
              330       340          350       360       370       

           790        800       810       820        830       840 
pF1KA1 ANHPLLHRQYYTAEKL-KEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFE-DMEVMTDFELHVLCKQYRH
        :.  .       ::: ....  . .: .  :.:  .  : ...... . :   : .. .
CCDS73 INYSKIDDFPNELEKLISQIQPEVDRERAVVEVNIPVESEVNLKLQNIMMLLRKCCNHPY
       380       390       400       410       420       430       

                      850       860       870       880       890  
pF1KA1 I---------NNFQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLL
       .         ..:..: .:. .:::: .:  .: :::..: .:.::::.: :::::    
CCDS73 LIEYPIDPVTQEFKIDEELVTNSGKFLILDRMLPELKKRGHKVLLFSQMTSMLDILMDYC
       440       450       460       470       480       490       

            900       910       920       930       940       950  
pF1KA1 KHHQHRYLRLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDID
       . ..  . ::::. . ::: . .  :::: ..:.::.::.:::::::::.:..::..: :
CCDS73 HLRDFNFSRLDGSMSYSEREKNMHSFNTDPEVFIFLVSTRAGGLGINLTAADTVIIYDSD
       500       510       520       530       540       550       

            960       970       980       990      1000      1010  
pF1KA1 CNPYNDKQAEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEG
        :: .: ::.:::::.:::: :.: .:.. .::......    : :::.           
CCDS73 WNPQSDLQAQDRCHRIGQTKPVVVYRLVTANTIDQKIVERAAAKRKLEKLIIHKNHFKGG
       560       570       580       590       600       610       

           1020                                                    
pF1KA1 SMPADIATLLKTSMGL                                            
                                                                   
CCDS73 QSGLNLSKNFLDPKELMELLKSRDYEREIKGSREKVISDKDLELLLDRSDLIDQMNASGP
       620       630       640       650       660       670       

>>CCDS73165.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10              (714 aa)
 initn: 1136 init1: 508 opt: 674  Z-score: 607.9  bits: 123.5 E(32554): 1.5e-27
Smith-Waterman score: 1137; 38.0% identity (66.9% similar) in 547 aa overlap (479-1001:82-620)

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pF1KA1 IQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWL
                                     ::    ..::. .. .. .. ::  :..::
CCDS73 NKDSNSIIKDRLSETVRQNTKFFFDPVRKCNGQPVPFQQPKHFTGGV-MRWYQVEGMEWL
              60        70        80        90        100       110

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pF1KA1 ALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWC
        .. ..:.:::::::::::::.: :: .: . :.:  :: :.  : ::. ::. : . . 
CCDS73 RMLWENGINGILADEMGLGKTVQCIATIALMIQRGVPGPFLVCGPLSTLPNWMAEFKRFT
              120       130       140       150       160       170

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pF1KA1 PTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSR---YEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYA
       : . .. :.:.::::...  ::..:    . . :..:... :.    ::. ...   .: 
CCDS73 PDIPTMLYHGTQEERQKLVRNIYKRKGTLQIHPVVITSFEIAMR---DRNALQHCYWKYL
              180       190       200       210          220       

         630       640       650       660       670       680     
pF1KA1 IFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSE
       : :::: .:::     ..:  .::.:.:::::::.:::: :: :::::..: .:..  : 
CCDS73 IVDEGHRIKNMKCRLIRELKRFNADNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFLLPDVFDDLKS-
       230       240       250       260       270       280       

         690       700          710        720       730       740 
pF1KA1 IRRMFSSKTKSADEQSIYEKER---IAHA-KQIIKPFILRRVKEEVLKQLPPKKDRIELC
       ..  :.  . :   ..:  :::   . :  .::. ::.:::.: .:  ..:::.. .   
CCDS73 FESWFDITSLSETAEDIIAKEREQNVLHMLHQILTPFLLRRLKSDVALEVPPKREVVVYA
        290       300       310       320       330       340      

             750       760         770           780       790     
pF1KA1 AMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLV--TEKNT-EMCNV---MMQLRKMANHPLLHRQYYT
        .:.::: .: .. ::   .: :.   .::.: :.  .     . ::  :.  .      
CCDS73 PLSKKQEIFYTAIVNR---TIANMFGSSEKETIELSPTGRPKRRTRKSINYSKIDDFPNE
        350       360          370       380       390       400   

          800       810       820        830       840             
pF1KA1 AEKL-KEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFE-DMEVMTDFELHVLCKQYRHI---------NN
        ::: ....  . .: .  :.:  .  : ...... . :   : .. ..         ..
CCDS73 LEKLISQIQPEVDRERAVVEVNIPVESEVNLKLQNIMMLLRKCCNHPYLIEYPIDPVTQE
           410       420       430       440       450       460   

          850       860       870       880       890       900    
pF1KA1 FQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYLRLDG
       :..: .:. .:::: .:  .: :::..: .:.::::.: :::::    . ..  . ::::
CCDS73 FKIDEELVTNSGKFLILDRMLPELKKRGHKVLLFSQMTSMLDILMDYCHLRDFNFSRLDG
           470       480       490       500       510       520   

          910       920       930       940       950       960    
pF1KA1 KTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDR
       . . ::: . .  :::: ..:.::.::.:::::::::.:..::..: : :: .: ::.::
CCDS73 SMSYSEREKNMHSFNTDPEVFIFLVSTRAGGLGINLTAADTVIIYDSDWNPQSDLQAQDR
           530       540       550       560       570       580   

          970       980       990      1000      1010      1020    
pF1KA1 CHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKT
       :::.:::: :.: .:.. .::......    : :::.                       
CCDS73 CHRIGQTKPVVVYRLVTANTIDQKIVERAAAKRKLEKLIIHKNHFKGGQSGLNLSKNFLD
           590       600       610       620       630       640   

                                                                   
pF1KA1 SMGL                                                        
                                                                   
CCDS73 PKELMELLKSRDYEREIKGSREKVISDKDLELLLDRSDLIDQMNASGPIKEKMGIFKILE
           650       660       670       680       690       700   

>>CCDS7434.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10               (838 aa)
 initn: 1136 init1: 508 opt: 674  Z-score: 606.9  bits: 123.6 E(32554): 1.8e-27
Smith-Waterman score: 1137; 38.0% identity (66.9% similar) in 547 aa overlap (479-1001:206-744)

      450       460       470       480       490       500        
pF1KA1 IQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWL
                                     ::    ..::. .. .. .. ::  :..::
CCDS74 NKDSNSIIKDRLSETVRQNTKFFFDPVRKCNGQPVPFQQPKHFTGGV-MRWYQVEGMEWL
         180       190       200       210       220        230    

      510       520       530       540       550       560        
pF1KA1 ALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWC
        .. ..:.:::::::::::::.: :: .: . :.:  :: :.  : ::. ::. : . . 
CCDS74 RMLWENGINGILADEMGLGKTVQCIATIALMIQRGVPGPFLVCGPLSTLPNWMAEFKRFT
          240       250       260       270       280       290    

      570       580       590          600       610       620     
pF1KA1 PTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSR---YEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYA
       : . .. :.:.::::...  ::..:    . . :..:... :.    ::. ...   .: 
CCDS74 PDIPTMLYHGTQEERQKLVRNIYKRKGTLQIHPVVITSFEIAMR---DRNALQHCYWKYL
          300       310       320       330          340       350 

         630       640       650       660       670       680     
pF1KA1 IFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSSTSE
       : :::: .:::     ..:  .::.:.:::::::.:::: :: :::::..: .:..  : 
CCDS74 IVDEGHRIKNMKCRLIRELKRFNADNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFLLPDVFDDLKS-
             360       370       380       390       400       410 

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pF1KA1 IRRMFSSKTKSADEQSIYEKER---IAHA-KQIIKPFILRRVKEEVLKQLPPKKDRIELC
       ..  :.  . :   ..:  :::   . :  .::. ::.:::.: .:  ..:::.. .   
CCDS74 FESWFDITSLSETAEDIIAKEREQNVLHMLHQILTPFLLRRLKSDVALEVPPKREVVVYA
              420       430       440       450       460       470

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pF1KA1 AMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLV--TEKNT-EMCNV---MMQLRKMANHPLLHRQYYT
        .:.::: .: .. ::   .: :.   .::.: :.  .     . ::  :.  .      
CCDS74 PLSKKQEIFYTAIVNR---TIANMFGSSEKETIELSPTGRPKRRTRKSINYSKIDDFPNE
              480          490       500       510       520       

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pF1KA1 AEKL-KEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFE-DMEVMTDFELHVLCKQYRHI---------NN
        ::: ....  . .: .  :.:  .  : ...... . :   : .. ..         ..
CCDS74 LEKLISQIQPEVDRERAVVEVNIPVESEVNLKLQNIMMLLRKCCNHPYLIEYPIDPVTQE
       530       540       550       560       570       580       

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pF1KA1 FQLDMDLILDSGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHHQHRYLRLDG
       :..: .:. .:::: .:  .: :::..: .:.::::.: :::::    . ..  . ::::
CCDS74 FKIDEELVTNSGKFLILDRMLPELKKRGHKVLLFSQMTSMLDILMDYCHLRDFNFSRLDG
       590       600       610       620       630       640       

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pF1KA1 KTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNPYNDKQAEDR
       . . ::: . .  :::: ..:.::.::.:::::::::.:..::..: : :: .: ::.::
CCDS74 SMSYSEREKNMHSFNTDPEVFIFLVSTRAGGLGINLTAADTVIIYDSDWNPQSDLQAQDR
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          970       980       990      1000      1010      1020    
pF1KA1 CHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESMLKINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGSMPADIATLLKT
       :::.:::: :.: .:.. .::......    : :::.                       
CCDS74 CHRIGQTKPVVVYRLVTANTIDQKIVERAAAKRKLEKLIIHKNHFKGGQSGLNLSKNFLD
       710       720       730       740       750       760       

                                                                   
pF1KA1 SMGL                                                        
                                                                   
CCDS74 PKELMELLKSRDYEREIKGSREKVISDKDLELLLDRSDLIDQMNASGPIKEKMGIFKILE
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>>CCDS35072.1 ERCC6L2 gene_id:375748|Hs108|chr9           (712 aa)
 initn: 719 init1: 389 opt: 600  Z-score: 541.8  bits: 111.3 E(32554): 7.4e-24
Smith-Waterman score: 703; 29.6% identity (59.7% similar) in 554 aa overlap (488-997:127-662)

       460       470       480       490       500       510       
pF1KA1 LMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWLALVHKHGLN
                                     :  .:.   :. ::. :  .:   . :: .
CCDS35 DEDLEKPYFPNRKFPSSSVAFKLSDNGDSIPYTINRY--LRDYQREGTRFLYGHYIHGGG
        100       110       120       130         140       150    

       520       530        540                                550 
pF1KA1 GILADEMGLGKTIQAIAFLA-YLYQEG------NNGPH-------------------LIV
        ::.:.::::::.:.:.:::  :...:      :: :.                   :::
CCDS35 CILGDDMGLGKTVQVISFLAAVLHKKGTREDIENNMPEFLLRSMKKEPLSSTAKKMFLIV
          160       170       180       190       200       210    

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pF1KA1 VPASTIDNWLREVNLWCPTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSRYEDYNVIVTTYNCAISSS
       .: :.. ::  :.. :   ..:   .:.... . ::  ...:  .  . .:::.      
CCDS35 APLSVLYNWKDELDTW-GYFRVTVLHGNRKDNELIR--VKQRKCE--IALTTYETLRLCL
          220       230        240         250         260         

             620       630       640        650       660       670
pF1KA1 DDRSLFRRLKLNYAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLM-TINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSL
       :.   .  :. . .: ::.: .::  . :  ..: ... : :. :::: .:::. ::  .
CCDS35 DE---LNSLEWSAVIVDEAHRIKN-PKARVTEVMKALKCNVRIGLTGTILQNNMKELWCV
     270          280       290        300       310       320     

              680       690       700       710             720    
pF1KA1 LNFVMPHMFSSSTSEIRRMFSSKTKSADEQSIYEKERIAHAKQI------IKPFILRRVK
       .....: ...:.:  ....::. .. .....  ..:  .  : .      .. ..:::.:
CCDS35 MDWAVPGLLGSGTY-FKKQFSDPVEHGQRHTATKRELATGRKAMQRLAKKMSGWFLRRTK
         330        340       350       360       370       380    

          730       740       750       760       770       780    
pF1KA1 EEVLKQLPPKKDRIELCAMSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQLRKMA
         .  ::: :.::.  :.... :. .:  ...   .... ..  ..   :   .. :.  
CCDS35 TLIKDQLPKKEDRMVYCSLTDFQKAVYQTVLET--EDVTLILQSSEPCTCRSGQKRRNCC
          390       400       410         420       430       440  

          790       800       810       820       830        840   
pF1KA1 NHPLLHRQYYTAEKLKEMSQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQ-YRHIN
        .   : .   .  :. .. .. :  .:      :   .   . .  .. .: : . .. 
CCDS35 YKTNSHGETVKTLYLSYLT-VLQKVANHVAL---LQAASTSKQQETLIKRICDQVFSRFP
            450       460        470          480       490        

            850              860       870       880       890     
pF1KA1 NF-QLDMDLILD-------SGKFRVLGCILSELKQKGDRVVLFSQFTMMLDILEVLLKHH
       .: : . :  ..       :::..::  .:.. ... :.:.:::  : .::.:.      
CCDS35 DFVQKSKDAAFETLSDPKYSGKMKVLQQLLNHCRKNRDKVLLFSFSTKLLDVLQQYCMAS
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         900       910       920       930       940       950     
pF1KA1 QHRYLRLDGKTQISERIHLIDEFNTDMDIFVFLLSTKAGGLGINLTSANVVILHDIDCNP
          : ::::.:.  ::.... :::. .:. . :.:: :::::.:...::::.: :   ::
CCDS35 GLDYRRLDGSTKSEERLKIVKEFNSTQDVNICLVSTMAGGLGLNFVGANVVVLFDPTWNP
      560       570       580       590       600       610        

         960       970       980       990        1000      1010   
pF1KA1 YNDKQAEDRCHRVGQTKEVLVIKLISQGTIEESML--KINQQKLKLEQDMTTVDEGDEGS
        :: :: :: .:.:: ..: :..::: ::.:: :   .: .:.:                
CCDS35 ANDLQAIDRAYRIGQCRDVKVLRLISLGTVEEIMYLRQIYKQQLHCVVVGSENAKRYFEA
      620       630       640       650       660       670        

          1020                           
pF1KA1 MPADIATLLKTSMGL                   
                                         
CCDS35 VQGSKEHQGELFGIHNLFKFRSQGSCLTKDILEV
      680       690       700       710  

>>CCDS73162.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10              (884 aa)
 initn: 1131 init1: 508 opt: 567  Z-score: 511.0  bits: 105.9 E(32554): 3.9e-22
Smith-Waterman score: 1030; 34.9% identity (62.4% similar) in 582 aa overlap (479-991:206-780)

      450       460       470       480       490       500        
pF1KA1 IQERDVVIRLMNKCEDISNKLTKQVTMLTGNGGGWNIEQPSILNQSLSLKPYQKVGLNWL
                                     ::    ..::. .. .. .. ::  :..::
CCDS73 NKDSNSIIKDRLSETVRQNTKFFFDPVRKCNGQPVPFQQPKHFTGGV-MRWYQVEGMEWL
         180       190       200       210       220        230    

      510       520       530       540       550       560        
pF1KA1 ALVHKHGLNGILADEMGLGKTIQAIAFLAYLYQEGNNGPHLIVVPASTIDNWLREVNLWC
        .. ..:.:::::::::::::.: :: .: . :.:  :: :.  : ::. ::. : . . 
CCDS73 RMLWENGINGILADEMGLGKTVQCIATIALMIQRGVPGPFLVCGPLSTLPNWMAEFKRFT
          240       250       260       270       280       290    

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pF1KA1 PTLKVLCYYGSQEERKQIRFNIHSR---YEDYNVIVTTYNCAISSSDDRSLFRRLKLNYA
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             .: ::  . . .: .  .   . ..:::                          
CCDS73 ESWFDITSLSETAEDIIAKEREQNVLHMLHQERIPRMYVSEFTDEGFFEGKLPSRKDLYD
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CCDS73 IRPYENTYLLKLHTNFEILTPFLLRRLKSDVALEVPPKREVVVYAPLSKKQEIFYTAIVN
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       :   .: :.   .::.: :.  .     . ::  :.  .       ::: ....  . .:
CCDS73 R---TIANMFGSSEKETIELSPTGRPKRRTRKSINYSKIDDFPNELEKLISQIQPEVDRE
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        .  :.:  .  : ...... . :   : .. ..         ..:..: .:. .:::: 
CCDS73 RAVVEVNIPVESEVNLKLQNIMMLLRKCCNHPYLIEYPIDPVTQEFKIDEELVTNSGKFL
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       .:  .: :::..: .:.::::.: :::::    . ..  . ::::. . ::: . .  ::
CCDS73 ILDRMLPELKKRGHKVLLFSQMTSMLDILMDYCHLRDFNFSRLDGSMSYSEREKNMHSFN
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       .. .::......                                                
CCDS73 VTANTIDQKIVERAAAKRKLEKLIIHKNHFKGGQSGLNLSKNFLDPKELMELLKSRDYER
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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