FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1139, 1202 aa 1>>>pF1KA1139 1202 - 1202 aa - 1202 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.1339+/-0.00134; mu= -17.9239+/- 0.081 mean_var=780.2012+/-164.930, 0's: 0 Z-trim(117.0): 121 B-trim: 659 in 2/53 Lambda= 0.045917 statistics sampled from 17624 (17740) to 17624 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.789), E-opt: 0.2 (0.545), width: 16 Scan time: 6.110 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11723.1 CASKIN2 gene_id:57513|Hs108|chr17 (1202) 8162 556.9 1e-157 CCDS45775.1 CASKIN2 gene_id:57513|Hs108|chr17 (1120) 7661 523.7 9.7e-148 CCDS42103.1 CASKIN1 gene_id:57524|Hs108|chr16 (1431) 1780 134.2 2.2e-30 >>CCDS11723.1 CASKIN2 gene_id:57513|Hs108|chr17 (1202 aa) initn: 8162 init1: 8162 opt: 8162 Z-score: 2944.8 bits: 556.9 E(32554): 1e-157 Smith-Waterman score: 8162; 99.9% identity 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CCDS11 LD >>CCDS45775.1 CASKIN2 gene_id:57513|Hs108|chr17 (1120 aa) initn: 7661 init1: 7661 opt: 7661 Z-score: 2765.8 bits: 523.7 E(32554): 9.7e-148 Smith-Waterman score: 7661; 99.9% identity (99.9% similar) in 1120 aa overlap (83-1202:1-1120) 60 70 80 90 100 110 pF1KA1 LHHAALGGSLELIALLLEAQATVDIKDSNGMRPLHYAAWQGRLEPVRLLLRASAAVNAAS :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 MRPLHYAAWQGRLEPVRLLLRASAAVNAAS 10 20 30 120 130 140 150 160 170 pF1KA1 LDGQIPLHLAAQYGHYEVSEMLLQHQSNPCLVNKAKKTPLDLACEFGRLKVAQLLLNSHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 LDGQIPLHLAAQYGHYEVSEMLLQHQSNPCLVNKAKKTPLDLACEFGRLKVAQLLLNSHL 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KA1 CVALLEGEAKDPCDPNYTTPLHLAAKNGHREVIRQLLRAGIEINRQTKTGTALHEAALYG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 CVALLEGEAKDPCDPNYTTPLHLAAKNGHREVIRQLLRAGIEINRQTKTGTALHEAALYG 100 110 120 130 140 150 240 250 260 270 280 290 pF1KA1 KTEVVRLLLEGGVDVNIRNTYNQTALDIVNQFTTSQASREIKQLLREASGILKVRALKDF 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 AEEGNLTIKQRPKPAGPPPRETPVPPGLDFNLTESDTVKRRPKCREREPLQTALLAFGVA 880 890 900 910 920 930 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KA1 SATPGPAAPLPSPTPGESPPASSLPQPEPSSLPAQGVPTPLAPSPAMQPPVPPCPGPGLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 SATPGPAAPLPSPTPGESPPASSLPQPEPSSLPAQGVPTPLAPSPAMQPPVPPCPGPGLE 940 950 960 970 980 990 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KA1 SSAASRWNGETEPPAAPAALLKVPGAGTAPKPVSVACTQLAFSGPKLAPRLGPRPVPPPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 SSAASRWNGETEPPAAPAALLKVPGAGTAPKPVSVACTQLAFSGPKLAPRLGPRPVPPPR 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1140 1150 1160 1170 1180 1190 pF1KA1 PESTGTVGPGQAQQRLEQTSSSLAAALRAAEKSIGTKEQEGTPSASTKHILDDISTMFDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 PESTGTVGPGQAQQRLEQTSSSLAAALRAAEKSIGTKEQEGTPSASTKHILDDISTMFDA 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1200 pF1KA1 LADQLDAMLD :::::::::: CCDS45 LADQLDAMLD 1120 >>CCDS42103.1 CASKIN1 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CCDS42 LAAQHGHYDVSEMLLQHQSNPCMVDNSGKTPLDLACEFGRVGVVQLLLSSNMCAALLEPR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA1 AKDPCDPNYTTPLHLAAKNGHREVIRQLLRAGIEINRQTKTGTALHEAALYGKTEVVRLL : ::: :.:::::::::: ..:: ::.:::.::::::.::::::::: ::::::::: CCDS42 PGDATDPNGTSPLHLAAKNGHIDIIRLLLQAGIDINRQTKSGTALHEAALCGKTEVVRLL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KA1 LEGGVDVNIRNTYNQTALDIVNQFTTSQASREIKQLLREASGILKVRALKDFWNLHDPTA :..:.....::::.:::::::.:::::::::::::::::::. :.::: ::. : .: :. CCDS42 LDSGINAHVRNTYSQTALDIVHQFTTSQASREIKQLLREASAALQVRATKDYCNNYDLTS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KA1 LNVRAGDVITVLEQHPDGRWKGHIHESQRGTDRIGYFPPGIVEVVSKRVGIPAARLPSAP :::.:::.:::::::::::::: ::... :.::.:::: .. :.. ::.: :. :: : CCDS42 LNVKAGDIITVLEQHPDGRWKGCIHDNRTGNDRVGYFPSSLGEAIVKRAGSRAGTEPSLP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KA1 TPLRPGFSRTPQPPAEEPPHPLTYSQLPRVGL----SPDSPAGDRNSVGSEGSVGS--IR : : . : : ::. . . : .: : .. :: :.: : .:: .. CCDS42 Q----G-SSSSGPSA--PPEEIWVLRKPFAGGDRSGSISGMAGGRGSGGHALHAGSEGVK 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KA1 SAGSGQSSEGTNGHGPGLLIENAQPLPSAGEDQVLPGLHPPSLADNLSHRPLANCRSGEQ .. :..... ::: .. : : : . .:: ..: :. ::: CCDS42 LLATVLSQKSVSESGPG----DSPAKPPEGSAGVARS-QPP-----VAH---AGQVYGEQ 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KA1 IFTQDVRPEQLLEGKDAQAIHNWLSEFQLEGYTAHFLQAGYDVPTISRMTPEDLTAIGVT . ..: . :::...:. .::. :::. :. .:..::::.::::::::::::::::: CCDS42 P-PKKLEPAS--EGKSSEAVSQWLTAFQLQLYAPNFISAGYDLPTISRMTPEDLTAIGVT 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 590 pF1KA1 KPGHRKKIASEIAQLSIAEWLPSYIPTDLLEWLCALGLPQYHKQLVSSGYDSMGLVADLT :::::::::.::. ::: .::: . :..: :: .:: ::.: ::..::... ...:.: CCDS42 KPGHRKKIAAEISGLSIPDWLPEHKPANLAVWLSMIGLAQYYKVLVDNGYENIDFITDIT 520 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 650 pF1KA1 WEELQEIGVNKLGHQKKLMLGVKRLAELRRGLLQGEALSEGGRRLAKGP---ELMAIEGL ::.:::::..::::::::::.:..::::... : ::: :.: :.::::. 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