Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1140
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1140, 739 aa
1>>>pF1KA1140 739 - 739 aa - 739 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1989+/-0.00104; mu= 15.7072+/- 0.062
mean_var=87.8496+/-18.168, 0's: 0 Z-trim(105.5): 56 B-trim: 262 in 1/51
Lambda= 0.136837
statistics sampled from 8429 (8464) to 8429 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.26), width: 16
Scan time: 3.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS74510.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 ( 824) 4435 886.2 0
CCDS33193.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 ( 858) 4435 886.2 0
CCDS74511.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 ( 882) 3019 606.7 5e-173
CCDS32140.1 TTC7B gene_id:145567|Hs108|chr14 ( 843) 2425 489.4 9.6e-138
>>CCDS74510.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 (824 aa)
initn: 4435 init1: 4435 opt: 4435 Z-score: 4731.1 bits: 886.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4435; 99.9% identity (100.0% similar) in 686 aa overlap (54-739:139-824)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 CGCCRRLLSSKHASGFLGEHSPGGQRSCRGGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MYARAGIDDMSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
290 300 310 320 330 340
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
350 360 370 380 390 400
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
410 420 430 440 450 460
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
470 480 490 500 510 520
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLIFTKVKLEQVLKGPEEALVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS74 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLMFTKVKLEQVLKGPEEALVT
530 540 550 560 570 580
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 CRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 CRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAA
590 600 610 620 630 640
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 SRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
650 660 670 680 690 700
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
710 720 730 740 750 760
690 700 710 720 730
pF1KA1 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
770 780 790 800 810 820
>>CCDS33193.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 (858 aa)
initn: 4435 init1: 4435 opt: 4435 Z-score: 4730.8 bits: 886.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4435; 99.9% identity (100.0% similar) in 686 aa overlap (54-739:173-858)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 CGCCRRLLSSKHASGFLGEHSPGGQRSCRGGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MYARAGIDDMSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
450 460 470 480 490 500
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
510 520 530 540 550 560
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLIFTKVKLEQVLKGPEEALVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS33 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLMFTKVKLEQVLKGPEEALVT
570 580 590 600 610 620
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 CRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 CRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAA
630 640 650 660 670 680
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 SRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFP
690 700 710 720 730 740
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVL
750 760 770 780 790 800
690 700 710 720 730
pF1KA1 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSIIPREL
810 820 830 840 850
>>CCDS74511.1 TTC7A gene_id:57217|Hs108|chr2 (882 aa)
initn: 3019 init1: 3019 opt: 3019 Z-score: 3219.9 bits: 606.7 E(32554): 5e-173
Smith-Waterman score: 4377; 96.5% identity (96.6% similar) in 710 aa overlap (54-739:173-882)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 CGCCRRLLSSKHASGFLGEHSPGGQRSCRGGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MYARAGIDDMSMENKPLYQMRLLSEAFVIKGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ASWIAQVFLQELEKTTNNSTSRHLKGCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKGMR
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPLSHPLPEFMGKEESSFATQ
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVSLQNAAAI
330 340 350 360 370 380
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 YDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVSLLRECVK
390 400 410 420 430 440
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGLTYSLQAT
450 460 470 480 490 500
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 DATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQLQEALKVR
510 520 530 540 550 560
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLIFTKVKLEQVLKGPEEALVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS74 KDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLMFTKVKLEQVLKGPEEALVT
570 580 590 600 610 620
510 520 530
pF1KA1 CRQVLRLWQTLYSFSQLG------------------------GLEKDGSFGEGLTMKKQS
:::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS74 CRQVLRLWQTLYSFSQLGDFRSPEGFQTPQRNICNSEIYRGGGLEKDGSFGEGLTMKKQS
630 640 650 660 670 680
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 GMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAASRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GMHLTLPDAHDADSGSRRASSIAASRLEEAMSELTMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAA
690 700 710 720 730 740
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 ELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFPTSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ELFMEQQHLKEAGFCIQEAAGLFPTSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDG
750 760 770 780 790 800
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 VRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVLRDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 VRIMHSLGLMLSRLGHKSLAQKVLRDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLT
810 820 830 840 850 860
720 730
pF1KA1 ALELEASSPVLPFSIIPREL
::::::::::::::::::::
CCDS74 ALELEASSPVLPFSIIPREL
870 880
>>CCDS32140.1 TTC7B gene_id:145567|Hs108|chr14 (843 aa)
initn: 2259 init1: 1446 opt: 2425 Z-score: 2586.5 bits: 489.4 E(32554): 9.6e-138
Smith-Waterman score: 2425; 52.7% identity (82.6% similar) in 695 aa overlap (54-739:149-843)
30 40 50 60 70 80
pF1KA1 CGCCRRLLSSKHASGFLGEHSPGGQRSCRGGLSLERLPNSIASRFRLTEREEEVITCFER
:: ::.:: : .. ..::..::::.:.
CCDS32 IYARVGLDDLPLTAVPPYRLRVIAEAYATKGLCLEKLPISSSTSNLHVDREQDVITCYEK
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASWIAQVFLQELEKTT-NNSTSRHLK-GCHPLDYELTYFLEAALQSAYVKNLKKGNIVKG
:. :: ..:::.:.. .: .: : : : : :: .:::..:: :.: .:.::...:
CCDS32 AGDIALLYLQEIERVILSNIQNRSPKPGPAPHDQELGFFLETGLQRAHVLYFKNGNLTRG
180 190 200 210 220 230
150 160 170 180 190
pF1KA1 MRELREVLRTVETKATQNFKVMAAKHLAGVLLHSLSEECYWSPL-----SHPLPEFMGKE
. ..::.::.:::..:::... :..:: .::... :. ::.:: . :: . . :
CCDS32 VGRFRELLRAVETRTTQNLRMTIARQLAEILLRGMCEQSYWNPLEDPPCQSPLDDPLRKG
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 ESSFATQALRKPHLYEGDNLYCPKDNIEEALLLLLISESMATRDVVLSRVPEQEEDRTVS
.. . :. ..: :.:..::..: ::::::::::::::.::.::::.::.. :: .:
CCDS32 ANTKTYTLTRRARVYSGENIFCPQENTEEALLLLLISESMANRDAVLSRIPEHKSDRLIS
300 310 320 330 340 350
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 LQNAAAIYDLLSITLGRRGQYVMLSECLERAMKFAFGEFHLWYQVALSMVACGKSAYAVS
::.:...::::.:.::::::: :::::::::::::: ::::::: :::..: :::: ::.
CCDS32 LQSASVVYDLLTIALGRRGQYEMLSECLERAMKFAFEEFHLWYQFALSLMAAGKSARAVK
360 370 380 390 400 410
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 LLRECVKLRPSDPTVPLMAAKVCIGSLRWLEEAEHFAMMVISLGEEAGEFLPKGYLALGL
.:.::..:.:.: :.::.:::.:.:::.::::::.:: :...::...:: ::::::::
CCDS32 VLKECIRLKPDDATIPLLAAKLCMGSLHWLEEAEKFAKTVVDVGEKTSEFKAKGYLALGL
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 TYSLQATDATLKSKQDELHRKALQTLERAQQLAPSDPQVILYVSLQLALVRQISSAMEQL
:::::::::.:.. :. :.:::: ...::..:.:.: :. .:..::::. ::: :. .
CCDS32 TYSLQATDASLRGMQEVLQRKALLAFQRAHSLSPTDHQAAFYLALQLAISRQIPEALGYV
480 490 500 510 520 530
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 QEALKVRKDDAHALHLLALLFSAQKHHQHALDVVNMAITEHPENFNLIFTKVKLEQVLKG
..::... :::..:::::::.:::::.. ::....::..:.:::: :.:.::::... .:
CCDS32 RQALQLQGDDANSLHLLALLLSAQKHYHDALNIIDMALSEYPENFILLFSKVKLQSLCRG
540 550 560 570 580 590
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 PEEALVTCRQVLRLWQTLYSFSQLGGLEKDGSFGEGLTMKKQSGMHLTLPDAHDADSGSR
:.:::.::...:..:.. :.... . . .:. . ... .:::: : ..::
CCDS32 PDEALLTCKHMLQIWKSCYNLTNPSDSGRGSSLLDRTIADRRQLNTITLPDFSDPETGSV
600 610 620 630 640 650
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 RASSIAASRLEEAMSEL--TMPSSVLKQGPMQLWTTLEQIWLQAAELFMEQQHLKEAGFC
.:.:.::::.:.:.::. .. ::. ::::.. : :: ::::.:::... . :: :
CCDS32 HATSVAASRVEQALSEVASSLQSSAPKQGPLHPWMTLAQIWLHAAEVYIGIGKPAEATAC
660 670 680 690 700 710
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 IQEAAGLFPTSHSVLYMRGRLAEVKGNLEEAKQLYKEALTVNPDGVRIMHSLGLMLSRLG
::::.::: ::.::::::..::..:...::.. :.:::...: :. :. :.:.: .::
CCDS32 TQEAANLFPMSHNVLYMRGQIAELRGSMDEARRWYEEALAISPTHVKSMQRLALILHQLG
720 730 740 750 760 770
680 690 700 710 720 730
pF1KA1 HKSLAQKVLRDAVERQSTCHEAWQGLGEVLQAQGQNEAAVDCFLTALELEASSPVLPFSI
. :::.:.:::::. .:: ::.:.::::::::::.. ::..:::::::::::::..::.:
CCDS32 RYSLAEKILRDAVQVNSTAHEVWNGLGEVLQAQGNDAAATECFLTALELEASSPAVPFTI
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 IPREL
::: :
CCDS32 IPRVL
840
739 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 20:34:50 2016 done: Wed Nov 2 20:34:51 2016
Total Scan time: 3.690 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]