Result of FASTA (omim) for
pF1KA1204
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1204, 1444 aa
1>>>pF1KA1204 1444 - 1444 aa - 1444 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4793+/-0.000427; mu= -9.4524+/- 0.027
mean_var=428.2541+/-87.998, 0's: 0 Z-trim(122.0): 358 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.061976
statistics sampled from 39044 (39430) to 39044 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.755), E-opt: 0.2 (0.462), width: 16
Scan time: 16.920
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065805 (OMIM: 100300,610911) rho GTPase-activat (1444) 9692 882.3 0
XP_016862444 (OMIM: 100300,610911) PREDICTED: rho (1280) 8594 784.0 0
XP_006713777 (OMIM: 100300,610911) PREDICTED: rho (1424) 7222 661.4 1.4e-188
NP_055530 (OMIM: 608541) rho GTPase-activating pro (1738) 1158 119.3 2.7e-25
XP_011541377 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (1762) 1158 119.3 2.7e-25
XP_016874085 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (2008) 1158 119.3 3e-25
XP_011541374 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (2061) 1158 119.3 3.1e-25
XP_016874084 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (2061) 1158 119.3 3.1e-25
XP_011541375 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (2074) 1158 119.3 3.1e-25
NP_001136157 (OMIM: 608541) rho GTPase-activating (2087) 1158 119.3 3.1e-25
XP_005271793 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- (2101) 1158 119.3 3.1e-25
XP_011524718 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1161) 1123 116.0 1.7e-24
XP_011524722 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1162) 1123 116.0 1.7e-24
XP_006723062 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1298) 1123 116.0 1.9e-24
XP_011524719 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1152) 1070 111.3 4.6e-23
XP_005258545 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1287) 1070 111.3 5e-23
XP_016874086 (OMIM: 608541) PREDICTED: rho GTPase- ( 660) 1054 109.6 8e-23
NP_443180 (OMIM: 614902) rho GTPase-activating pro (1126) 1059 110.3 8.9e-23
XP_011524720 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1134) 1059 110.3 8.9e-23
XP_011524721 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- (1123) 1054 109.8 1.2e-22
NP_001166101 (OMIM: 614902) rho GTPase-activating (1123) 1054 109.8 1.2e-22
XP_016881727 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- ( 711) 1045 108.9 1.5e-22
NP_859071 (OMIM: 614264) rho GTPase-activating pro ( 890) 1000 104.9 2.9e-21
XP_016856449 (OMIM: 614264) PREDICTED: rho GTPase- ( 967) 1000 104.9 3e-21
XP_005245127 (OMIM: 614264) PREDICTED: rho GTPase- (1044) 1000 105.0 3.2e-21
NP_001020769 (OMIM: 614264) rho GTPase-activating (1101) 1000 105.0 3.4e-21
XP_011524723 (OMIM: 614902) PREDICTED: rho GTPase- ( 703) 952 100.6 4.7e-20
NP_001193531 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 334) 415 52.3 7.5e-06
NP_001020372 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin iso ( 433) 415 52.4 9.1e-06
NP_001813 (OMIM: 118423,604356) N-chimaerin isofor ( 459) 415 52.4 9.5e-06
XP_011509785 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 397) 396 50.7 2.8e-05
XP_016859989 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 432) 396 50.7 3e-05
XP_011509781 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 396 50.7 3.2e-05
NP_060930 (OMIM: 610578) rho GTPase-activating pro ( 475) 396 50.7 3.2e-05
XP_016859988 (OMIM: 610578) PREDICTED: rho GTPase- ( 475) 396 50.7 3.2e-05
NP_001280010 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 261) 388 49.8 3.3e-05
NP_001280002 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 287) 388 49.8 3.5e-05
NP_001035025 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 332) 388 49.9 4e-05
NP_001280000 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 433) 388 50.0 4.9e-05
NP_001280001 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 453) 388 50.0 5e-05
NP_004058 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform 2 ( 468) 388 50.0 5.2e-05
NP_001279999 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 481) 388 50.0 5.3e-05
XP_011513409 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 494) 388 50.0 5.4e-05
XP_016867211 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 500) 388 50.0 5.4e-05
NP_001279998 (OMIM: 602857) beta-chimaerin isoform ( 543) 388 50.0 5.8e-05
XP_011513408 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 556) 388 50.0 5.9e-05
XP_011513407 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 569) 388 50.1 6e-05
XP_016867210 (OMIM: 602857) PREDICTED: beta-chimae ( 575) 388 50.1 6e-05
XP_016872443 (OMIM: 610577) PREDICTED: rho GTPase- ( 742) 384 49.8 9.4e-05
NP_001257627 (OMIM: 610577) rho GTPase-activating ( 769) 384 49.8 9.7e-05
>>NP_065805 (OMIM: 100300,610911) rho GTPase-activating (1444 aa)
initn: 9692 init1: 9692 opt: 9692 Z-score: 4700.1 bits: 882.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9692; 99.9% identity (100.0% similar) in 1444 aa overlap (1-1444:1-1444)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKNKGAKQKLKRKGAASAFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVDGIYRLSGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MKNKGAKQKLKRKGAASAFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVDGIYRLSGV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYELYEKFTEAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYELYEKFTEAVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 HCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNLLR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SKEIEATGCNGDAAFLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SKEIEATGCNGDAAFLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LSLPMKLVSLEEAQARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LSLPMKLVSLEEAQARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SKKWKSIFNLGRSGSDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVEGKET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SKKWKSIFNLGRSGSDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVEGKET
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KGNFNRTVTTGGFFIPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KGNFNRTVTTGGFFIPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 QGAQARPPPEQLKVFRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QGAQARPPPEQLKVFRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 RKALNISEPFAVSVPLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RKALNISEPFAVSVPLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PLGAETSAASVPKKAGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PLGAETSAASVPKKAGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 ELEKRPNPEKVVEEGREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ELEKRPNPEKVVEEGREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQEL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 KIIESEEELSSLPPPALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KIIESEEELSSLPPPALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 DPANQSTQGASTAASREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DPANQSTQGASTAASREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 LPPAPPPPTPLEESTPVLLSKGSPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEAT
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LPPAPPPPTPLEESTPVLLSKGGPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEAT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 PRHSDKQNSKNAASEGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PRHSDKQNSKNAASEGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 GLEMVEPWEEPQWVTSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GLEMVEPWEEPQWVTSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 VKSQWTLEVPSSSSCANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VKSQWTLEVPSSSSCANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 NQKGPSGVQPNPAETSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 NQKGPSGVQPNPAETSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 PGEHPAKLQLKSTECGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PGEHPAKLQLKSTECGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDP
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 KVTWMTSSYCKADPWRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KVTWMTSSYCKADPWRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 PVIPPKIQYTQIPQPLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PVIPPKIQYTQIPQPLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKE
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 EKPKQDPGAIKSSPVDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 EKPKQDPGAIKSSPVDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 LLSSKLERPSGGSKPFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LLSSKLERPSGGSKPFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPT
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 QTVSPGLLCGELAENTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QTVSPGLLCGELAENTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 RQIE
::::
NP_065 RQIE
>>XP_016862444 (OMIM: 100300,610911) PREDICTED: rho GTPa (1280 aa)
initn: 8594 init1: 8594 opt: 8594 Z-score: 4170.3 bits: 784.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8594; 99.9% identity (100.0% similar) in 1280 aa overlap (165-1444:1-1280)
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 IQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNLLRSKEIEATGCNGDAA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MHARNLALVWAPNLLRSKEIEATGCNGDAA
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 FLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPALSLPMKLVSLEEAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPALSLPMKLVSLEEAQ
40 50 60 70 80 90
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 ARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSKSKKWKSIFNLGRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSKSKKWKSIFNLGRSG
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 SDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVEGKETKGNFNRTVTTGGFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVEGKETKGNFNRTVTTGGFF
160 170 180 190 200 210
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 IPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHLQGAQARPPPEQLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHLQGAQARPPPEQLKV
220 230 240 250 260 270
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 FRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQRKALNISEPFAVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQRKALNISEPFAVSV
280 290 300 310 320 330
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 PLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEKPLGAETSAASVPKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEKPLGAETSAASVPKK
340 350 360 370 380 390
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 AGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLNELEKRPNPEKVVEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLNELEKRPNPEKVVEE
400 410 420 430 440 450
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 GREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQELKIIESEEELSSLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQELKIIESEEELSSLPP
460 470 480 490 500 510
680 690 700 710 720 730
pF1KA1 PALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTRDPANQSTQGASTAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTRDPANQSTQGASTAA
520 530 540 550 560 570
740 750 760 770 780 790
pF1KA1 SREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPPLPPAPPPPTPLEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPPLPPAPPPPTPLEES
580 590 600 610 620 630
800 810 820 830 840 850
pF1KA1 TPVLLSKGSPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEATPRHSDKQNSKNAAS
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPVLLSKGGPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEATPRHSDKQNSKNAAS
640 650 660 670 680 690
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pF1KA1 EGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQHGLEMVEPWEEPQWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQHGLEMVEPWEEPQWV
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pF1KA1 TSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPTVKSQWTLEVPSSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPTVKSQWTLEVPSSSS
760 770 780 790 800 810
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pF1KA1 CANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPPNQKGPSGVQPNPAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPPNQKGPSGVQPNPAE
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pF1KA1 TSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTSPGEHPAKLQLKSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTSPGEHPAKLQLKSTE
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pF1KA1 CGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDPKVTWMTSSYCKADP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDPKVTWMTSSYCKADP
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pF1KA1 WRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAVPVIPPKIQYTQIPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAVPVIPPKIQYTQIPQ
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pF1KA1 PLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKEEKPKQDPGAIKSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKEEKPKQDPGAIKSSP
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pF1KA1 VDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDNLLSSKLERPSGGSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDNLLSSKLERPSGGSK
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pF1KA1 PFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPTQTVSPGLLCGELAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPTQTVSPGLLCGELAE
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pF1KA1 NTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSGRQIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSGRQIE
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>>XP_006713777 (OMIM: 100300,610911) PREDICTED: rho GTPa (1424 aa)
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Smith-Waterman score: 9507; 98.5% identity (98.6% similar) in 1444 aa overlap (1-1444:1-1424)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MKNKGAKQKLKRKGAASAFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVDGIYRLSGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MKNKGAKQKLKRKGAASAFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVDGIYRLSGV
10 20 30 40 50 60
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pF1KA1 TSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYELYEKFTEAVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYELYEKFTEAVS
70 80 90 100 110 120
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pF1KA1 HCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 HCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNLLR
130 140 150 160 170 180
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pF1KA1 SKEIEATGCNGDAAFLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SKEIEATGCNGDAAFLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDENRPIMKSLTLPA
190 200 210 220 230 240
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pF1KA1 LSLPMKLVSLEEAQARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LSLPMKLVSLEEAQARSLATNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNKRKLSSK
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pF1KA1 SKKWKSIFNLGRSGSDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVEGKET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SKKWKSIFNLGRSGSDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVEKATIRPAKSMDSLCSVPVE----
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pF1KA1 KGNFNRTVTTGGFFIPATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ----------------ATKMHSTGTGSSCDLTKQEGEWGQEGMPPGAEGGFDVSSDRSHL
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pF1KA1 QGAQARPPPEQLKVFRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 QGAQARPPPEQLKVFRPVEDPESEQTAPKMLGMFYTSNDSPSKSVFTSSLFQMEPSPRNQ
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pF1KA1 RKALNISEPFAVSVPLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 RKALNISEPFAVSVPLRVSAVISTNSTPCRTPPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEK
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pF1KA1 PLGAETSAASVPKKAGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PLGAETSAASVPKKAGLEDAKAVPEAPGTVECSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLN
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pF1KA1 ELEKRPNPEKVVEEGREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ELEKRPNPEKVVEEGREAGEMESSTLQESPRARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQEL
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pF1KA1 KIIESEEELSSLPPPALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KIIESEEELSSLPPPALKTSPIQPILESSLGPFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTR
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pF1KA1 DPANQSTQGASTAASREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DPANQSTQGASTAASREKPEPEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASPQATVEVGGPGNLSPP
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pF1KA1 LPPAPPPPTPLEESTPVLLSKGSPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEAT
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LPPAPPPPTPLEESTPVLLSKGGPEREDSSRKLRTDLYIDQLKSQDSPEISSLCQGEEAT
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pF1KA1 PRHSDKQNSKNAASEGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PRHSDKQNSKNAASEGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDEDDTVTDIAQH
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pF1KA1 GLEMVEPWEEPQWVTSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GLEMVEPWEEPQWVTSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSHRPSLRQSHSLDSKPT
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pF1KA1 VKSQWTLEVPSSSSCANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VKSQWTLEVPSSSSCANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALRSFREFSGLKGAEAPP
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pF1KA1 NQKGPSGVQPNPAETSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NQKGPSGVQPNPAETSPISLAEGKELGTHLGHSSPQIRQGGVPGPESSKESSPSVQDSTS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
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pF1KA1 PGEHPAKLQLKSTECGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PGEHPAKLQLKSTECGPPKGKNRPSSLNLDPAIPIADLFWFENVASFSSPGMQVSEPGDP
1070 1080 1090 1100 1110 1120
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pF1KA1 KVTWMTSSYCKADPWRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KVTWMTSSYCKADPWRVYSQDPQDLDIVAHALTGRRNSAPVSVSAVRTSFMVKMCQARAV
1130 1140 1150 1160 1170 1180
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pF1KA1 PVIPPKIQYTQIPQPLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PVIPPKIQYTQIPQPLPSQSSGENGVQPLERSQEGPSSTSGTTQKPAKDDSPSSLESSKE
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 EKPKQDPGAIKSSPVDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 EKPKQDPGAIKSSPVDATAPCMCEGPTLSPEPGSSNLLSTQDAVVQCRKRMSETEPSGDN
1250 1260 1270 1280 1290 1300
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pF1KA1 LLSSKLERPSGGSKPFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LLSSKLERPSGGSKPFHRSRPGRPQSLILFSPPFPIMDHLPPSSTVTDSKVLLSPIRSPT
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 QTVSPGLLCGELAENTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 QTVSPGLLCGELAENTWVTPEGVTLRNKMTIPKNGQRLETSTSCFYQPQRRSVILDGRSG
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KA1 RQIE
::::
XP_006 RQIE
>>NP_055530 (OMIM: 608541) rho GTPase-activating protein (1738 aa)
initn: 1168 init1: 964 opt: 1158 Z-score: 575.2 bits: 119.3 E(85289): 2.7e-25
Smith-Waterman score: 1341; 28.8% identity (52.8% similar) in 1478 aa overlap (1-1366:1-1386)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MKNKGAKQKLKRKGAAS--AFGCDLTEYLESSGQDVPYVLKSCAEFIETHGIVDGIYRLS
::.. .:::::..: . .::::: :.: .:: .:: ::.::. ::: .::::::::::
NP_055 MKSRPTKQKLKQRGILKERVFGCDLGEHLLNSGFEVPQVLQSCTAFIERYGIVDGIYRLS
10 20 30 40 50 60
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pF1KA1 GVTSNIQRLRQEFGSDQCPDLTREVYLQDIHCVGSLCKLYFRELPNPLLTYELYEKFTEA
::.:::::::.:: :.. ::::.: :.:::: :::::::::::::::::::.:::::..:
NP_055 GVASNIQRLRHEFDSEHVPDLTKEPYVQDIHSVGSLCKLYFRELPNPLLTYQLYEKFSDA
70 80 90 100 110 120
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pF1KA1 VSHCPEEGQLARIQNVIQELPPSHYRTLEYLIRHLAHIASFSSKTNMHARNLALVWAPNL
:: .: .: .:..:::.::: ::::::.:.:::. .:.. : :::::.:::.::::::
NP_055 VSAATDEERLIKIHDVIQQLPPPHYRTLEFLMRHLSLLADYCSITNMHAKNLAIVWAPNL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 LRSKEIEATGCNGDAAFLAVRVQQVVIEFILNHVDQIFNNGAPGSLENDE---NRPIMKS
::::.::.. .: :::. ::.:.::.:::::::: .:.. .... .:: ::
NP_055 LRSKQIESACFSGTAAFMEVRIQSVVVEFILNHVDVLFSGRISMAMQEGAASLSRP--KS
190 200 210 220 230
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pF1KA1 LTLPALSLPMKLVSLEEAQARSLA-TNHPARKERRENSLPEIVPPMGTLFHTVLELPDNK
: . . : ::..:::::::. : .: : : . . : . :::..:.: ..
NP_055 LLVSSPS--TKLLTLEEAQARTQAQVNSPIVTENKYIEVGEGPAALQGKFHTIIEFPLER
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KA1 RKLSSKSKK-----WKSIFNLGRSGSDSKSKLSRNGSVFVRGQRLSVE----KATIRPAK
.. ..: :: :.:.::::.:.: :: ::.:: : . . .... ..:.: ::
NP_055 KRPQNKMKKSPVGSWRSFFNLGKSSSVSKRKLQRNESEPSEMKAMALKGGRAEGTLRSAK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KA1 SMDSLCSVPVEGKETKGNFNRTVTTGGFFIPATKMHSTGTGSSC---DLTKQEGEWGQEG
: .:: :. . ..: : ... . :. ... :. : : ...: .::
NP_055 SEESLTSLHAVDGDSKLFRPRRPRSSSDALSAS-FNGEMLGNRCNSYDNLPHDNESEEEG
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KA1 ----MPP--GAEGGFDVSSDRSHLQGAQARPPPEQLKVFRPVEDPESEQTAPKMLGMFYT
.: . ... ::. . . :. : ... : . : ... ..:
NP_055 GLLHIPALMSPHSAEDVDLSPPDIGVASLDFDPMSFQCSPPKAESECLESGASFLDSPGY
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 SNDSPS---KSVFTSSLFQMEPSPRNQRKALNISEPFAVSVPL--RVSAVISTNSTPCRT
:.:.:: :.. :.: . :. . ::: . :: ..: .. . .: :
NP_055 SKDKPSANKKDAETGSSQCQTPGSTAS------SEPVS---PLQEKLSPFFTLDLSP--T
480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 PPKELQSLSSLEEFSFHGSESGGWPEEEKPLGAETSAASVPKKAGLEDAKAVPEAPGTVE
: . : :. . : . : ..: . :. . .. : :. :::
NP_055 EDKSSKPSSFTEKVVYAFSPKIGRKLSKSP------SMSISEPISVTLPPRVSEVIGTV-
530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 CSKGLSQEPGAHLEEKKTPESSLSSQHLNELEKRPNPEKVVEEGREAGEMESSTLQESPR
:. .:. .. .: . : . ... ... : . : :..:. : : .: .
NP_055 -SNTTAQNASSSTWDKCVEERDATNRSPTQIVKMKTNETVAQEAYE------SEVQPLDQ
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KA1 ARAEAVLLHEMDEDDLANALIWPEIQQELKIIESEEELSSLPPPALKTSPIQPILESSLG
. :: : : ........ . : . : . .. :. .: : . :
NP_055 VAAEEVELPGKEDQSVSSS--------QSKAVASGQTQTG----AVTHDPPQDSVPVSSV
640 650 660 670
700 710 720 730 740
pF1KA1 PFIPSEPPGSLPCGSFPAPVSTPLEVWTRDPANQ-STQ-----GASTAASREKPE-----
.:: :: : :. : . . :.: ::: :.: :. . .
NP_055 SLIPPPPP--------PKNVARMLALALAESAQQASTQSLKRPGTSQAGYTNYGDIAVAT
680 690 700 710 720 730
750 760 770 780 790
pF1KA1 PEQGLHPDLASLAPLEIVPFEKASP--QATVEVGGPGNLSPPLPPAPPPPTPLEESTP--
:..: . ...: :. . :. : : .. ..::: . ::: . : . .:
NP_055 TEDNLSSSYSAVA-LDKAYFQTDRPAEQFHLQNNAPGNCDHPLPETTATGDPTHSNTTES
740 750 760 770 780
800 810 820 830
pF1KA1 ------VLLSKGSPERE----DSSRKLRTDLYIDQLKSQDS-------------PEISSL
: :. ..:.. : . :.. .:. ::.: : .: :
NP_055 GEQHHQVDLTGNQPHQAYLSGDPEKARITSVPLDSEKSDDHVSFPEDQSGKNSMPTVSFL
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 CQGEEATPRH--SDKQNSKNAASEGKGCGFPSPTREVEIVSQEEEDVTHSVQEPSDCDED
: ... :: .:. : .:: : . : . .. . . .. :: :.
NP_055 DQ-DQSPPRFYSGDQPPSYLGASVDK---LHHPLEFADKSPTPPNLPSDKIYPPSGSPEE
850 860 870 880 890 900
900 910 920 930 940
pF1KA1 DTVTDIAQHGLEMVEPW------EEPQWVTSPLHSPTLKDAHKAQVQGLQGHQLEKRLSH
.: : : . : .: .: .. ..:: : : .: . :. .. :
NP_055 NTST--ATMTYMTTTPATAQMSTKEASWDVA--EQPTTADFAAATLQ--RTHRTNRPLPP
910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 RPSLRQSHSLDSKPTVKSQWTLEVPSSSSCANLETERNSDPLQPQAPRREITGWDEKALR
:: :... .: : .: ... .. . : . .. :. . : : . :. :
NP_055 PPSQRSAE----QPPVVGQ--VQAATNIGLNNSHKVQGVVPVPERPP--EPRAMDDPA-S
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 SFREFSGLKGAEAPPNQKGPSGVQPNPAETSPISLAEGKELGT-HLGHSSPQIRQGGVPG
.: :: .:. : ..:::. : .. .: .. :: : . : :.
NP_055 AFISDSGAAAAQCPM----ATAVQPG----LPEKVRDGARVPLLHLRAESVPAHPCGFPA
1020 1030 1040 1050 1060
1070 1080 1090 1100 1110
pF1KA1 P-------ESSKESS--PSVQDSTSPGEHPAKLQLKSTECGPPKGKNRPSSLNLDPAIPI
: ::. .. : :.:: ... . . .:: ..: : .:
NP_055 PLPPTRMMESKMIAAIHSSSADATSSSNYHSFVTASSTSVD--------DALPLPLPVPQ
1070 1080 1090 1100 1110
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..: .::. : . ..:: : . . . :. : : :. . : .
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: :. :.:.. ..... : : ... : . ... : :. .: .
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. :: :. :. : . :. : :. . . :: :. : .. :
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10 20
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::: . :: ..: .. . .: : : . : :. . : . : ..:
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. : . .. :. .: : . : .:: :: : :. : . .
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