Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1270, 985 aa
1>>>pF1KA1270 985 - 985 aa - 985 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6278+/-0.000894; mu= 19.8235+/- 0.054
mean_var=72.0235+/-14.358, 0's: 0 Z-trim(106.2): 21 B-trim: 5 in 1/50
Lambda= 0.151125
statistics sampled from 8865 (8876) to 8865 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 4.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34464.1 AARS2 gene_id:57505|Hs108|chr6 ( 985) 6561 1440.3 0
CCDS32474.1 AARS gene_id:16|Hs108|chr16 ( 968) 2777 615.3 1.9e-175
>>CCDS34464.1 AARS2 gene_id:57505|Hs108|chr6 (985 aa)
initn: 6561 init1: 6561 opt: 6561 Z-score: 7722.0 bits: 1440.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6561; 99.9% identity (100.0% similar) in 985 aa overlap (1-985:1-985)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAASVAAAARRLRRAIRRSPAWRGLSHRPLSSEPPAAKASAVRAAFLNFFRDRHGHRLVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAASVAAAARRLRRAIRRSPAWRGLSHRPLSSEPPAAKASAVRAAFLNFFRDRHGHRLVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 SASVRPRGDPSLLFVNAGMNQFKPIFLGTVDPRSEMAGFRRVANSQKCVRAGGHHNDLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SASVRPRGDPSLLFVNAGMNQFKPIFLGTVDPRSEMAGFRRVANSQKCVRAGGHHNDLED
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 VGRDLSHHTFFEMLGNWAFGGEYFKEEACNMAWELLTQVYGIPEERLWISYFDGDPKAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VGRDLSHHTFFEMLGNWAFGGEYFKEEACNMAWELLTQVYGIPEERLWISYFDGDPKAGL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 DPDLETRDIWLSLGVPASRVLSFGPQENFWEMGDTGPCGPCTEIHYDLAGGVGAPQLVEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DPDLETRDIWLSLGVPASRVLSFGPQENFWEMGDTGPCGPCTEIHYDLAGGVGAPQLVEL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 WNLVFMQHNREADGSLQPLPQRHVDTGMGLERLVAVLQGKHSTYDTDLFSPLLNAIQQGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WNLVFMQHNREADGSLQPLPQRHVDTGMGLERLVAVLQGKHSTYDTDLFSPLLNAIQQGC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 RAPPYLGRVGVADEGRTDTAYRVVADHIRTLSVCISDGVFPGMSGPPLVLRRILRRAVRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS34 RAPPYLGRVGVADEGRTDTAYRVVADHIRTLSVCISDGIFPGMSGPPLVLRRILRRAVRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SMEILKAPPGFLGSLVPVVVETLGDAYPELQRNSAQIANLVSEDEAAFLASLERGRRIID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SMEILKAPPGFLGSLVPVVVETLGDAYPELQRNSAQIANLVSEDEAAFLASLERGRRIID
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RTLRTLGPSDMFPAEVAWSLSLCGDLGLPLDMVELMLEEKGVQLDSAGLERLAQEEAQHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RTLRTLGPSDMFPAEVAWSLSLCGDLGLPLDMVELMLEEKGVQLDSAGLERLAQEEAQHR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 ARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQLYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQLYT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 EDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVRAGQEDVLFPVARAQVCGGFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVRAGQEDVLFPVARAQVCGGFI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 LHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQGSHLNPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQGSHLNPE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSLDEVYPDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSLDEVYPDP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 VRVVSVGVPVAHALDPASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLSKGTTRLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VRVVSVGVPVAHALDPASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLSKGTTRLLA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 VTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVETAVMPQWQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVETAVMPQWQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMGQAAKKTQELLERHSKGPLIVDTVSAESLSVLVKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMGQAAKKTQELLERHSKGPLIVDTVSAESLSVLVKVV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 RQLCEQAPSTSVLLLSPQPMGKVLCACQVAQGAMPTFTAEAWALAVCSHMGGKAWGSRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RQLCEQAPSTSVLLLSPQPMGKVLCACQVAQGAMPTFTAEAWALAVCSHMGGKAWGSRVV
910 920 930 940 950 960
970 980
pF1KA1 AQGTGSTTDLEAALSIAQTYALSQL
:::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AQGTGSTTDLEAALSIAQTYALSQL
970 980
>>CCDS32474.1 AARS gene_id:16|Hs108|chr16 (968 aa)
initn: 1952 init1: 783 opt: 2777 Z-score: 3263.4 bits: 615.3 E(32554): 1.9e-175
Smith-Waterman score: 2777; 46.0% identity (72.4% similar) in 970 aa overlap (39-985:7-963)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARRLRRAIRRSPAWRGLSHRPLSSEPPAAKASAVRAAFLNFFRDRHGHRLVPSASVRPRG
:: .: :..::. :. : : :... :
CCDS32 MDSTLTASEIRQRFIDFFK-RNEHTYVHSSATIPLD
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 DPSLLFVNAGMNQFKPIFLGTVDPRSEMAGFRRVANSQKCVRAGGHHNDLEDVGRDLSHH
::.:::.::::::::::::.:.:: :: . :.::.:::.::::.::::.:::.:. ::
CCDS32 DPTLLFANAGMNQFKPIFLNTIDPSHPMAKLSRAANTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDVYHH
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 TFFEMLGNWAFGGEYFKEEACNMAWELLTQVYGIPEERLWISYFDGDPKAGLDPDLETRD
:::::::.:.:: .:::: ::.:: ::::: .::: :::...:: :: :::. ::: ..
CCDS32 TFFEMLGSWSFG-DYFKELACKMALELLTQEFGIPIERLYVTYFGGDEAAGLEADLECKQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 IWLSLGVPASRVLSFGPQENFWEMGDTGPCGPCTEIHYDLAGGVGA--------PQLVEL
:: .::. ...: . ..::::::::::::::.::::: :: : :...:.
CCDS32 IWQNLGLDDTKILPGNMKDNFWEMGDTGPCGPCSEIHYDRIGGRDAAHLVNQDDPNVLEI
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 WNLVFMQHNREADGSLQPLPQRHVDTGMGLERLVAVLQGKHSTYDTDLFSPLLNAIQQGC
:::::.:.:::::: :.:::.. .::::::::::.:::.: :.:::::: : ..:::.:
CCDS32 WNLVFIQYNREADGILKPLPKKSIDTGMGLERLVSVLQNKMSNYDTDLFVPYFEAIQKGT
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 RAPPYLGRVGVADEGRTDTAYRVVADHIRTLSVCISDGVFPGMSGPPLVLRRILRRAVRF
: :: :.::. : : ::::.::: ::..: ..:: : .: :::::::::::.
CCDS32 GARPYTGKVGAEDADGIDMAYRVLADHARTITVALADGGRPDNTGRGYVLRRILRRAVRY
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SMEILKAPPGFLGSLVPVVVETLGDAYPELQRNSAQIANLVSEDEAAFLASLERGRRIID
. : :.: ::...:: :::..::::.:::... .. ....:.:. :: .: :::::.:
CCDS32 AHEKLNASRGFFATLVDVVVQSLGDAFPELKKDPDMVKDIINEEEVQFLKTLSRGRRILD
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470
pF1KA1 RTLRTLGPSDMFPAEVAWSLSLCGDLGLPLDMVELMLEEKGVQLDSAGLE---RLAQEEA
: ...:: : .:...:: : :.:.:.. :. ::::. .: :.: .::: ..
CCDS32 RKIQSLGDSKTIPGDTAWLLY--DTYGFPVDLTGLIAEEKGLVVDMDGFEEERKLAQLKS
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 QHRARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQ
: .. .: . . ::..:. ::. .:. ::::::::: : :::: : . : :.
CCDS32 QGKGAGGEDL----IMLDIYAIEELRARGLEVTDDSPKYNYHLDSSGSYVFENTVATVMA
460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 LYTEDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVRA--GQED-VLFPVARAQ
: : : :. ::.::..::.: :::::::: :.::::.. ..:: . : : ::
CCDS32 LRREK-MFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGGQIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQ
510 520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 VCGGFILHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQG
: ::..:: .. :..:::: : .:: : :..:::::.::.:::..:: . .:.:
CCDS32 VRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRPIMSNHTATHILNFALRSVLGEA-DQKG
570 580 590 600 610 620
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 SHLNPEQLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSL-
: . :..::.: :.. .. .:.. .:. ..: . .::: .. ::: . . :::..
CCDS32 SLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMIEAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVF
630 640 650 660 670 680
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 DEVYPDPVRVVSVGVPVAHALD-PASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLS
::.:::::::::.::::.. :: :.. :. ::::.: :::: .. .: .::. .. ..
CCDS32 DETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSVEFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIA
690 700 710 720 730 740
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 KGTTRLLAVTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVE
:: :..:::: .::.: . ..:: . ... ... . .. : :.: ::.
CCDS32 KGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAKVKAQTAPNKDVQREIADLG---EALA
750 760 770 780 790 800
840 850 860 870 880
pF1KA1 TAVMPQWQRRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMG---QAAKKTQELLERHSKGPLIV-DTV
:::.::::. :: :.: :.. . : . .. .::..... . . ::.. .
CCDS32 TAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKRVLEKTKQFIDSNPNQPLVILEME
810 820 830 840 850 860
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 SAESLSVLVKVVRQLCEQAPSTSVLLLS-PQPMGKVLCACQVAQGAMPT-FTAEAWALAV
:. : ..: .... . ..:.::..:.. . ::. : ::: :.: . : :. :
CCDS32 SGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKITCLCQVPQNAANRGLKASEWVQQV
870 880 890 900 910 920
950 960 970 980
pF1KA1 CSHMGGKAWGSRVVAQGTGSTTD-LEAALSIAQTYALSQL
. : ::. :. : ::.::... :. ::..: ..: .:
CCDS32 SGLMDGKGGGKDVSAQATGKNVGCLQEALQLATSFAQLRLGDVKN
930 940 950 960
985 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 01:26:44 2016 done: Fri Nov 4 01:26:45 2016
Total Scan time: 4.920 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]