Result of FASTA (omim) for
pF1KA1313
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1313, 1101 aa
1>>>pF1KA1313 1101 - 1101 aa - 1101 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2710+/-0.000466; mu= 16.7104+/- 0.029
mean_var=87.8124+/-18.081, 0's: 0 Z-trim(111.4): 408 B-trim: 369 in 1/50
Lambda= 0.136866
statistics sampled from 19544 (19958) to 19544 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16
Scan time: 14.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 7206 1434.0 0
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 7189 1430.7 0
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 4617 922.8 0
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 4617 922.8 0
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1997 405.5 9.2e-112
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 1996 405.3 1.1e-111
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1844 375.2 9.5e-103
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1843 375.0 1.1e-102
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1838 374.0 2.1e-102
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1838 374.1 2.3e-102
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1685 343.8 2.4e-93
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1685 343.8 2.7e-93
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1684 343.6 2.9e-93
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1684 343.6 3.1e-93
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 1682 343.2 3.8e-93
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 1682 343.3 4.2e-93
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 1647 336.3 4.5e-91
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1647 336.3 4.9e-91
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1646 336.1 5e-91
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1646 336.1 5.6e-91
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1645 335.9 5.8e-91
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1645 335.9 6.5e-91
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1636 334.1 1.9e-90
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1636 334.2 2.3e-90
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1628 332.6 5.9e-90
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1628 332.6 6.8e-90
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1624 331.8 1.1e-89
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1624 331.8 1.2e-89
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1623 331.6 1.2e-89
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1623 331.6 1.3e-89
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1622 331.4 1.4e-89
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 1622 331.4 1.4e-89
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1622 331.4 1.5e-89
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 1622 331.4 1.5e-89
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1617 330.4 2.7e-89
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1617 330.4 3e-89
NP_061739 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 932) 1616 330.2 3.4e-89
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1615 330.0 3.5e-89
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1615 330.0 3.9e-89
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1613 329.6 4.6e-89
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1613 329.6 5.3e-89
NP_114400 (OMIM: 606290) protocadherin gamma-A3 is ( 829) 1610 329.0 7.1e-89
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 1610 329.0 7.8e-89
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1608 328.6 9.8e-89
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1608 328.6 1e-88
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1606 328.2 1.2e-88
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1606 328.2 1.4e-88
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1605 328.0 1.4e-88
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1605 328.0 1.5e-88
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1604 327.8 1.6e-88
>>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1101 aa)
initn: 7206 init1: 7206 opt: 7206 Z-score: 7686.4 bits: 1434.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7206; 100.0% identity (100.0% similar) in 1101 aa overlap (1-1101:1-1101)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMSSSMEICVIKVEIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMSSSMEICVIKVEIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 DLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 RGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSNDNNPVFSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSNDNNPVFSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 STYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQIDPHSGLVTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQIDPHSGLVTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 TGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVINLLSVNSELVEVSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVINLLSVNSELVEVSE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQEYESFSTILVDGRLDREQHDQYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQEYESFSTILVDGRLDREQHDQYN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTPGAYLLSVSARDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTPGAYLLSVSARDP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 DLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKAFEFKVLAKDGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKAFEFKVLAKDGGL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGEN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GRVTYDMTEGDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRVTYDMTEGDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 YLSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 SYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 SESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSFNSQGPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSFNSQGPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 HLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 DHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYDD
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 CGPTKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CGPTKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTS
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 PLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100
pF1KA1 ILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
:::::::::::::::::::::
NP_001 ILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
1090 1100
>>NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 isofo (1100 aa)
initn: 5937 init1: 5485 opt: 7189 Z-score: 7668.3 bits: 1430.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7189; 99.9% identity (99.9% similar) in 1101 aa overlap (1-1101:1-1100)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMSSSMEICVIKVEIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMSSSMEICVIKVEIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 DLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 RGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSNDNNPVFSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSNDNNPVFSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 STYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQIDPHSGLVTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 STYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQIDPHSGLVTV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 TGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVINLLSVNSELVEVSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVINLLSVNSELVEVSE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQEYESFSTILVDGRLDREQHDQYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQEYESFSTILVDGRLDREQHDQYN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTPGAYLLSVSARDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTPGAYLLSVSARDP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 DLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKAFEFKVLAKDGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKAFEFKVLAKDGGL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 PSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGEN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GRVTYDMTEGDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GRVTYDMTEGDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 YLSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YLSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 SYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 SESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSFNSQGPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSFNSQGPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 HLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMP
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HLIKSS-TFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMP
850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 DHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYDD
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 CGPTKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_065 ILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
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pF1KA1 KRLKDIVL
XP_011 KRLKDIVL
1140
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRVTYDMTEGDRGFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLI
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pF1KA1 YLSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNC-----
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RNTSANHIYHHSFNSQGPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLE
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pF1KA1 GNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREE
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920 930 940 950 960 970
pF1KA1 CRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGK
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pF1KA1 DVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
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NP_001 DVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
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pF1KA1 VSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGV
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NP_001 VSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGV
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pF1KA1 KRLKDIVL
NP_001 KRLKDIVL
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pF1KA1 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
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pF1KA1 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
NP_001 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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pF1KA1 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
NP_001 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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pF1KA1 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
NP_001 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
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pF1KA1 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
NP_001 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
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pF1KA1 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVIN--LLS
. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :: :.:
NP_001 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
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pF1KA1 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
NP_001 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KA1 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
NP_001 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
NP_001 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
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pF1KA1 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
NP_001 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_001 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690
pF1KA1 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
.:. .: ...:. .:. : :. .. :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_001 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAM-TSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
670 680 690 700 710
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pF1KA1 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
: .:.:..:. :.::::.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :
NP_001 FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
720 730 740 750 760 770
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pF1KA1 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHI--------YHHSFNSQG
: .:: .. : .: :.:... .... : :.::. : . .
NP_001 SPSSS-PTLERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEV
780 790 800 810 820 830
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pF1KA1 PQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDS
: ... .: :. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::
NP_001 SQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDS
840 850 860 870 880
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]