Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1319
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1319, 1203 aa
1>>>pF1KA1319 1203 - 1203 aa - 1203 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7977+/-0.00135; mu= -4.0816+/- 0.080
mean_var=585.9316+/-126.648, 0's: 0 Z-trim(110.6): 216 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.052985
statistics sampled from 11540 (11717) to 11540 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.663), E-opt: 0.2 (0.36), width: 16
Scan time: 6.600
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS999.1 CGN gene_id:57530|Hs108|chr1 (1203) 7606 598.1 4.2e-170
CCDS10161.1 CGNL1 gene_id:84952|Hs108|chr15 (1302) 1588 138.1 1.3e-31
CCDS11144.1 MYH10 gene_id:4628|Hs108|chr17 (1976) 851 82.0 1.6e-14
CCDS73984.1 MYH10 gene_id:4628|Hs108|chr17 (1985) 851 82.0 1.6e-14
CCDS58515.1 MYH10 gene_id:4628|Hs108|chr17 (2007) 851 82.0 1.6e-14
CCDS13927.1 MYH9 gene_id:4627|Hs108|chr22 (1960) 824 79.9 6.6e-14
CCDS10565.1 MYH11 gene_id:4629|Hs108|chr16 (1972) 804 78.4 1.9e-13
CCDS45423.1 MYH11 gene_id:4629|Hs108|chr16 (1979) 804 78.4 1.9e-13
CCDS10566.1 MYH11 gene_id:4629|Hs108|chr16 (1938) 798 77.9 2.6e-13
CCDS45424.1 MYH11 gene_id:4629|Hs108|chr16 (1945) 798 77.9 2.6e-13
CCDS59411.1 MYH14 gene_id:79784|Hs108|chr19 (1995) 753 74.5 2.9e-12
CCDS46151.1 MYH14 gene_id:79784|Hs108|chr19 (2003) 753 74.5 2.9e-12
CCDS54295.1 MYH14 gene_id:79784|Hs108|chr19 (2036) 753 74.5 2.9e-12
>>CCDS999.1 CGN gene_id:57530|Hs108|chr1 (1203 aa)
initn: 7606 init1: 7606 opt: 7606 Z-score: 3167.3 bits: 598.1 E(32554): 4.2e-170
Smith-Waterman score: 7606; 100.0% identity (100.0% similar) in 1203 aa overlap (1-1203:1-1203)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MEQAPNMAEPRGPVDHGVQIRFITEPVSGAEMGTLRRGGRRPAKDARASTYGVAVRVQGI
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CCDS99 MEQAPNMAEPRGPVDHGVQIRFITEPVSGAEMGTLRRGGRRPAKDARASTYGVAVRVQGI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 AGQPFVVLNSGEKGGDSFGVQIKGANDQGASGALSSDLELPENPYSQVKGFPAPSQSSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AGQPFVVLNSGEKGGDSFGVQIKGANDQGASGALSSDLELPENPYSQVKGFPAPSQSSTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 DEEPGAYWNGKLLRSHSQASLAGPGPVDPSNRSNSMLELAPKVASPGSTIDTAPLSSVDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 DEEPGAYWNGKLLRSHSQASLAGPGPVDPSNRSNSMLELAPKVASPGSTIDTAPLSSVDS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LINKFDSQLGGQARGRTGRRTRMLPPEQRKRSKSLDSRLPRDTFEERERQSTNHWTSSTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 LINKFDSQLGGQARGRTGRRTRMLPPEQRKRSKSLDSRLPRDTFEERERQSTNHWTSSTK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 YDNHVGTSKQPAQSQNLSPLSGFSRSRQTQDWVLQSFEEPRRSAQDPTMLQFKSTPDLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 YDNHVGTSKQPAQSQNLSPLSGFSRSRQTQDWVLQSFEEPRRSAQDPTMLQFKSTPDLLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 DQQEAAPPGSVDHMKATIYGILREGSSESETSVRRKVSLVLEKMQPLVMVSSGSTKAVAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 DQQEAAPPGSVDHMKATIYGILREGSSESETSVRRKVSLVLEKMQPLVMVSSGSTKAVAG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 QGELTRKVEELQRKLDEEVKKRQKLEPSQVGLERQLEEKTEECSRLQELLERRKGEAQQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 QGELTRKVEELQRKLDEEVKKRQKLEPSQVGLERQLEEKTEECSRLQELLERRKGEAQQS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 NKELQNMKRLLDQGEDLRHGLETQVMELQNKLKHVQGPEPAKEVLLKDLLETRELLEEVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 NKELQNMKRLLDQGEDLRHGLETQVMELQNKLKHVQGPEPAKEVLLKDLLETRELLEEVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 EGKQRVEEQLRLRERELTALKGALKEEVASRDQEVEHVRQQYQRDTEQLRRSMQDATQDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EGKQRVEEQLRLRERELTALKGALKEEVASRDQEVEHVRQQYQRDTEQLRRSMQDATQDH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 AVLEAERQKMSALVRGLQRELEETSEETGHWQSMFQKNKEDLRATKQELLQLRMEKEEME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AVLEAERQKMSALVRGLQRELEETSEETGHWQSMFQKNKEDLRATKQELLQLRMEKEEME
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 EELGEKIEVLQRELEQARASAGDTRQVEVLKKELLRTQEELKELQAERQSQEVAGRHRDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EELGEKIEVLQRELEQARASAGDTRQVEVLKKELLRTQEELKELQAERQSQEVAGRHRDR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 ELEKQLAVLRVEADRGRELEEQNLQLQKTLQQLRQDCEEASKAKMVAEAEATVLGQRRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 ELEKQLAVLRVEADRGRELEEQNLQLQKTLQQLRQDCEEASKAKMVAEAEATVLGQRRAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 VETTLRETQEENDEFRRRILGLEQQLKETRGLVDGGEAVEARLRDKLQRLEAEKQQLEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VETTLRETQEENDEFRRRILGLEQQLKETRGLVDGGEAVEARLRDKLQRLEAEKQQLEEA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 LNASQEEEGSLAAAKRALEARLEEAQRGLARLGQEQQTLNRALEEEGKQREVLRRGKAEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 LNASQEEEGSLAAAKRALEARLEEAQRGLARLGQEQQTLNRALEEEGKQREVLRRGKAEL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EEQKRLLDRTVDRLNKELEKIGEDSKQALQQLQAQLEDYKEKARREVADAQRQAKDWASE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EEQKRLLDRTVDRLNKELEKIGEDSKQALQQLQAQLEDYKEKARREVADAQRQAKDWASE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 AEKTSGGLSRLQDEIQRLRQALQASQAERDTARLDKELLAQRLQGLEQEAENKKRSQDDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AEKTSGGLSRLQDEIQRLRQALQASQAERDTARLDKELLAQRLQGLEQEAENKKRSQDDR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 ARQLKGLEEKVSRLETELDEEKNTVELLTDRVNRGRDQVDQLRTELMQERSARQDLECDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 ARQLKGLEEKVSRLETELDEEKNTVELLTDRVNRGRDQVDQLRTELMQERSARQDLECDK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 ISLERQNKDLKTRLASSEGFQKPSASLSQLESQNQLLQERLQAEEREKTVLQSTNRKLER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 ISLERQNKDLKTRLASSEGFQKPSASLSQLESQNQLLQERLQAEEREKTVLQSTNRKLER
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 KVKELSIQIEDERQHVNDQKDQLSLRVKALKRQVDEAEEEIERLDGLRKKAQREVEEQHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KVKELSIQIEDERQHVNDQKDQLSLRVKALKRQVDEAEEEIERLDGLRKKAQREVEEQHE
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 VNEQLQARIKSLEKDSWRKASRSAAESALKNEGLSSDEEFDSVYDPSSIASLLTESNLQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VNEQLQARIKSLEKDSWRKASRSAAESALKNEGLSSDEEFDSVYDPSSIASLLTESNLQT
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 SSC
:::
CCDS99 SSC
>>CCDS10161.1 CGNL1 gene_id:84952|Hs108|chr15 (1302 aa)
initn: 2160 init1: 938 opt: 1588 Z-score: 680.7 bits: 138.1 E(32554): 1.3e-31
Smith-Waterman score: 1665; 33.2% identity (64.1% similar) in 1044 aa overlap (148-1177:324-1279)
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 STSDEEPGAYWNGKLLRSHSQASLAGPGPVDPSNRSNSMLELAPKVASPGSTIDTAPLSS
: :: .. . : . . : :::. . .
CCDS10 RRSSSSSTTPTSANSLYRFLLDDQECAIHADNVNRHENR-RYIPFLPGTGRDIDTGSIPG
300 310 320 330 340 350
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 VDSLINKFDSQLGGQARGRTGRRTRMLPPEQRKRSKSLDSRLPRDTFEERERQSTNHWTS
::.::.:::.. : : :::.:.:.:. ..::::.:.:: .: :.....
CCDS10 VDQLIEKFDQKPGLQRRGRSGKRNRI-NTDDRKRSRSVDSAFPFGL------QGNSEYL-
360 370 380 390 400
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 STKYDNHVGTSKQ----PAQSQNLSPLSGFSRSRQTQDWVLQSFEEPRRSAQDPTMLQFK
... ..: :.. :.: ::: :..:. : ..: . . .:. . .
CCDS10 -IEFSRNLGKSSEHLLRPSQVCPQRPLSQERRGKQS---VGRTFAKLQGAAHGASCAH--
410 420 430 440 450
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 STPDLLRDQQEAAPPGSVDHMKATIYGILREGSSESETSVRRKVSLVLEKMQPLVMVSSG
: : : ..: : . : . .:..: : ::
CCDS10 SRP----------PQPNID-------GKVLETEGSQESTVIRAPSL--------------
460 470 480
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 STKAVAGQGELTRKVEELQRKLDEEVKKRQKLEPSQVGLERQLEEKTEECSRLQELLERR
: ..: ::.. . . . : . ... :: .
CCDS10 --------GAQSKKEEEVKTATATLMLQNRATATSPDSGAKKISVKTFPSA---------
490 500 510 520 530
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 KGEAQQSNKELQNMKRLLDQGEDLRHGLETQVMELQNKLKHVQGPEPAKEVLLKDLLETR
...: . :.....: .: .. :: . : : :: .: .. :.
CCDS10 -SNTQATPDLLKGQQELTQQTNE-----ETAKQILYNYLK--EGSTDNDDA-------TK
540 550 560 570
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 ELLEEVLEGKQRVEEQLRLRERELTALKGALKEEVASRDQEVEHVRQQYQR---DTEQLR
. .. :.: : :. : . .: .... . .::. . .: .. .. .:.
CCDS10 RKVNLVFEKIQT------LKSRAAGSAQG--NNQACNSTSEVKDLLEQKSKLTIEVAELQ
580 590 600 610 620
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 RSMQDATQDHAVLEAERQKMSALVRGLQRELEETSEETGHWQSMFQKNKEDLRATKQELL
:..: .... .. ::..: : .. :. . .: ::.. :. ..... .:: . .::.
CCDS10 RQLQLEVKNQQNIKEERERMRANLEELRSQHNEKVEENSTLQQRLEESEGELRKNLEELF
630 640 650 660 670 680
600 610 620 630 640
pF1KA1 QLRMEKEEMEEE---LGEKIEVLQRELEQARASAGDTRQVEVLKKELLRTQEELKELQAE
:..::.:. . : : ... .. ::..:. : . :. .: .:::.....:..:
CCDS10 QVKMEREQHQTEIRDLQDQLSEMHDELDSAKRS--EDREKGALIEELLQAKQDLQDLLIA
690 700 710 720 730 740
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 RQSQEVAGRHRDRELEKQLAVLRVE-ADRGRELEEQNLQLQKTLQQLRQDCEEASKAKMV
.. :: :.:.::: ..:. : ... .:... . : . :: ::.. :::.: :
CCDS10 KEEQEDLLRKRERELTALKGALKEEVSSHDQEMDKLKEQYDAELQALRESVEEATKNVEV
750 760 770 780 790 800
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 AEAEATVLGQRRAAVETTLRETQEENDEFRRRILGLEQQLKETRGLVDGGEAVEARLRDK
..... : .:..: .. ::::.... : ::... . . .. .. ::. ..
CCDS10 LASRSNTSEQDQAGTEMRVKLLQEENEKLQGRSEELERRVAQLQRQIEDLKGDEAKAKET
810 820 830 840 850 860
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 LQRLEAEKQQLEEALNASQEEEGSLAAAKRALEARLEEAQRGLARLGQEQQTLNRALEEE
:.. :.: .:::::: ...:: ..:.:::: .:: :: .:.. :::. :.. :.::
CCDS10 LKKYEGEIRQLEEALVHARKEEKEAVSARRALENELEAAQGNLSQTTQEQKQLSEKLKEE
870 880 890 900 910 920
830 840 850 860 870 880
pF1KA1 GKQREVLRRGKAELEEQKRLLDRTVDRLNKELEKIGEDSKQALQQLQAQLEDYKEKARRE
..:.: ::: : :.:... : .:...:.::. : : :. . .:: ::..:::: :::
CCDS10 SEQKEQLRRLKNEMENERWHLGKTIEKLQKEMADIVEASRTSTLELQNQLDEYKEKNRRE
930 940 950 960 970 980
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 VADAQRQAKDWASEAEKTSGGLSRLQDEIQRLRQALQASQAERDTARLDKELLAQRLQGL
.:. ::: :. . ::::. ..:::.. ... :. : .: : ..:: : :. :
CCDS10 LAEMQRQLKEKTLEAEKSRLTAMKMQDEMRLMEEELRDYQRAQDEALTKRQLLEQTLKDL
990 1000 1010 1020 1030 1040
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 EQEAENKKRSQDDRARQLKGLEEKVSRLETELDEEKNTVELLTDRVNRGRDQVDQLRTEL
: : : :.. .:::.: .: .:.:::.:: ::.::.:. .::..:..:.:.:..:::.::
CCDS10 EYELEAKSHLKDDRSRLVKQMEDKVSQLEMELEEERNNSDLLSERISRSREQMEQLRNEL
1050 1060 1070 1080 1090 1100
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 MQERSARQDLECDKISLERQNKDLKTRLASSEGFQKPSAS--LSQLESQNQLLQERLQAE
.:::.::::::::::::::::::::.:. :: . : . :.:.. :..::..:
CCDS10 LQERAARQDLECDKISLERQNKDLKSRIIHLEGSYRSSKEGLVVQMEARIAELEDRLESE
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 EREKTVLQSTNRKLERKVKELSIQIEDERQHVNDQKDQLSLRVKALKRQVDEAEEEIERL
::... :: .::.:::::::: .:..::. ..:::::::::.::.::::.::::::.::
CCDS10 ERDRANLQLSNRRLERKVKELVMQVDDEHLSLTDQKDQLSLRLKAMKRQVEEAEEEIDRL
1170 1180 1190 1200 1210 1220
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA1 DGLRKKAQREVEEQHEVNEQLQARIKSLEKD-SWRKASRSAAESALKNEGLSSDEEFDSV
.. .:: :::.::: ..::.::....:..:: .: .. .. .. ::.:
CCDS10 ESSKKKLQRELEEQMDMNEHLQGQLNSMKKDLRLKKLPSKVLDDMDDDDDLSTDGGSLYE
1230 1240 1250 1260 1270 1280
1190 1200
pF1KA1 YDPSSIASLLTESNLQTSSC
CCDS10 APVSYTFSKDSTVASQI
1290 1300
>>CCDS11144.1 MYH10 gene_id:4628|Hs108|chr17 (1976 aa)
initn: 477 init1: 205 opt: 851 Z-score: 374.2 bits: 82.0 E(32554): 1.6e-14
Smith-Waterman score: 925; 29.1% identity (60.1% similar) in 913 aa overlap (311-1182:1113-1962)
290 300 310 320 330
pF1KA1 RRSAQDPTMLQFKSTPDLLRDQQEAAPPGSVDHMKATIYGILREGSSE--SETSVRRKVS
: ...: : . .. :: :.......
CCDS11 LQLAKKEEELQGALARGDDETLHKNNALKVVRELQAQIAELQEDFESEKASRNKAEKQKR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 LVLEKMQPLVMVSSGSTKAVAGQGELTRK----VEELQRKLDEEVKKR----QKLEPSQV
. :... : . ..:.: :: : : ::.. :.::.:.. : .. ..
CCDS11 DLSEELEALKTELEDTLDTTAAQQELRTKREQEVAELKKALEEETKNHEAQIQDMRQRHA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
400 410 420 430 440
pF1KA1 GLERQLEEKTEECSRLQELLERRKGEAQQSNKELQNMKRLLDQ----GEDLRHGLETQVM
..: :. :. .:.. ::. : . .:::: ..:.: .: :. :..::.
CCDS11 TALEELSEQLEQAKRFKANLEKNKQGLETDNKELACEVKVLQQVKAESEHKRKKLDAQVQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 ELQNKLKH-----VQGPEPAKEVLLKDLLETRELLEEVLEGKQRVEEQLRLRERELTALK
::. :... :. : :.. : ..: .. ::::. . . .. : .: .
CCDS11 ELHAKVSEGDRLRVELAEKASK-LQNELDNVSTLLEEAEKKGIKFAKDAASLESQLQDTQ
1270 1280 1290 1300 1310 1320
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GALKEEVASRDQEVEHVRQQYQRDTEQLRRSMQDATQDHAVLEAERQKMSALVRGLQREL
:.::. .. . ..:: :. . :.:. ... : :... : .:: .:
CCDS11 ELLQEETRQKLNLSSRIRQ-----LEEEKNSLQEQQEEE---EEARKNLEKQVLALQSQL
1330 1340 1350 1360 1370
570 580 590 600 610
pF1KA1 EETS----EETGHWQSMFQKNKEDLRATKQELLQLRMEKEEMEEELGEKIEV-LQRELEQ
.:. .. : .:. . .:. :. . : :. :.:.. . . :: . ::.::..
CCDS11 ADTKKKVDDDLGTIESLEEAKKKLLKDA--EALSQRLEEKALAYDKLEKTKNRLQQELDD
1380 1390 1400 1410 1420 1430
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 ARASAGDTRQVEVLKKELLRTQEELKELQAERQSQEVAGRHRDRELEKQLAVLRVEADRG
.. ::: ..: . :... .: ::..: ...:. . :.. :.::. .
CCDS11 LTVDLDHQRQV---ASNLEKKQKKFDQLLAEEKS--ISARYAE---ERD----RAEAE-A
1440 1450 1460 1470
680 690 700 710 720 730
pF1KA1 RELEEQNLQLQKTLQQLRQDCEEASKAKMVAEAEATVLGQRRAAVETTLRETQE--EN-D
:: : . :.: ..: ::: .:: : . : :: .: . .. .:
CCDS11 REKETKALSLARAL-------EEALEAKEEFERQNK---QLRADMEDLMSSKDDVGKNVH
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CCDS13 GEELEALKTELEDTLDSTAAQQELRSKREQEVNILKKTLEEEAKTHEAQIQEMRQKHSQA
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