FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1398, 1560 aa 1>>>pF1KA1398 1560 - 1560 aa - 1560 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.9902+/-0.00151; mu= -9.1050+/- 0.090 mean_var=545.1886+/-111.876, 0's: 0 Z-trim(109.7): 179 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.054929 statistics sampled from 10964 (11102) to 10964 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.341), width: 16 Scan time: 5.310 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13128.1 RRBP1 gene_id:6238|Hs108|chr20 ( 977) 4956 409.3 3e-113 CCDS41957.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1357) 851 84.1 3.2e-15 CCDS41959.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1306) 792 79.4 8.1e-14 >>CCDS13128.1 RRBP1 gene_id:6238|Hs108|chr20 (977 aa) initn: 5860 init1: 4769 opt: 4956 Z-score: 2146.5 bits: 409.3 E(32554): 3e-113 Smith-Waterman score: 4963; 87.9% identity (91.4% similar) in 944 aa overlap (643-1560:40-977) 620 630 640 650 660 670 pF1KA1 EGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGQKGEGAQNQGKKT :. :: : : :... :: : ... 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CCDS41 ETKQES--GSGKKKASSKKQKTENVFVDEPLIHATTYIPLMDNADSSPVVDKREVIDLLK 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KA1 AKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKGEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQ .::: :..: : . : .: : . . : .... : . . CCDS41 PDQVEGIQKSGTK------KLKTETDKENAEVKFKDFLLSLKTMMFSEDE---ALCVVDL 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 pF1KA1 GKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKK-AEGAQN :. :. ... : . . . :.. : . ..... : ..... :. .. .. CCDS41 LKEKSGVIQDALKKSSKGELTTLIHQLQEKDKLLAAVKED---AAATKDRCKQLTQEMMT 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 470 pF1KA1 QGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQDKKAEGAQNQGR-KAEGAQNQGRKAEGAQ . .... . .. : :. .. ... . . . : : : . . : ... :. : CCDS41 EKERSNVVITRMKDRIGTLEKEHNVFQNKIHVSYQETQQMQMKFQQVREQMEAEIAHLKQ 370 380 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 pF1KA1 NQGKKAEGAPNQGKKAEGAPNQGKKAEGTPNQGKKAEGTPNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQ ..: ... : .. : . .... . . .. .. .. : . : :.:: : CCDS41 ENGILRDAVSNTTNQLE-SKQSAELNKLRQDYARLVNELTEKTGKLQQEEVQKKNAEQAA 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 590 pF1KA1 NQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQ .: : : ..:: .. : .:. .: . .. ... .. .:. : .: CCDS41 TQLKV------QLQEAE------RRWEEVQSYIRKRTAEHEAAQQDLQSKFVAKENE-VQ 490 500 510 520 530 600 610 620 630 640 650 pF1KA1 NQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQ . .: . . .. : : . .:. :.. .: :. : : . ::.. ::. : CCDS41 SLHSKLTDTLVSKQQLE--QRLMQLMESEQKRVNKEESLQMQVQDIL-EQNEALKAQIQQ 540 550 560 570 580 660 670 680 690 700 710 pF1KA1 NQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAPIQGKKADSVANQGTKVEGITNQ ..: . ::.... : .. .: :. : . ... : .... ... : :. CCDS41 FHSQIA--AQTSASVLAEELHKVIAEKDKQIKQTEDS--LASERDRLTSKEEELKDIQNM 590 600 610 620 630 640 720 730 740 750 760 770 pF1KA1 GKKAEGSPSEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTESASVQGRNTDVAQSPEAPKQEAPAK . . .: .: .. :. :::.. .: .. :: .. . : ..: CCDS41 NFLLK---AEVQKLQALANEQA---AAAHELEKMQQ-SVYVKDDKIRLLEEQLQHEI--- 650 660 670 680 690 780 790 800 810 820 830 pF1KA1 KKSGSKKKGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNEGEAQRLIEILSEKAG--IIQDT :.: : .: : . .. ..:.:.: ..::. . .... CCDS41 ----SNKMEE-------------FKILNDQNKAL---KSEVQKLQTLVSEQPNKDVVEQM 700 710 720 730 840 850 860 870 880 pF1KA1 WHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKLRELNKEMAAEKAKA------A . .: . . ... :: .::..:. . ... :.::. ::: : CCDS41 EKCIQEKDEKLKTVEELLETGLIQVATKEEELNAIRTENSSLTKEVQDLKAKQNDQVSFA 740 750 760 770 780 790 890 900 910 920 930 940 pF1KA1 AGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQA---SYREHVKEVQQLQGKIRTLQEQLENGPNTQL . ..:: . .. .: .:. ..: . .. : ::.:. .:..:.:.. : :.:: CCDS41 SLVEELKKVIHEKDGKIKSVEELLEAELLKVANKEKTVQDLKQEIKALKEEI--G-NVQL 800 810 820 830 840 850 950 960 970 980 990 1000 pF1KA1 ARLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSEAVRQDEQQRKAL . :: :: ::.:. :: : : ..: .. : ..:..: : : CCDS41 EKAQQL-SI--------TSKVQELQN--LLKGKEEQMNTMKAVLEEKE---------KDL 860 870 880 890 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KA1 EAKAAAFEKQVLQLQASHRESEEALQKRLDEVSRELCHTQSSHASLRADAEKAQEQQQQM : : . .:: : .:.:. ...::... . :: : . .: . . CCDS41 ----ANTGKWLQDLQ----EENESLKAHVQEVAQHNLKEASS-------ASQFEELEIVL 900 910 920 930 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KA1 AELHSKLQSSEAEVRSKCEELSGLHGQLQEARAENSQLTERIRSIEALLEAGQARDAQDV : ...:. :: .. . .::. ::... ::. . .:. : .. . CCDS41 KEKENELKRLEAMLKERESDLSSKTQLLQDVQDENKLFKSQIE---------QLKQQNYQ 940 950 960 970 980 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KA1 QASQAEADQQQTR-LKELESQVSGLEKEAIELREAVEQQKVKNNDLREKNWKAMEALATA :::. .. . ..: :...::: .: :..:::.:. ::::::::::.::::::.. CCDS41 QASSFPPHEELLKVISEREKEISGLWNELDSLKDAVEHQRKKNNDLREKNWEAMEALAST 990 1000 1010 1020 1030 1040 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KA1 EQACKEKLHSLTQAKEESEKQLCLIEAQTMEALLALLPELSVLAQQNYTEWLQDLKEKGP :. ..:.. ....: ..:. .: .. :.: :.:..:: .. .: :::. ...:. CCDS41 EKMLQDKVN---KTSKERQQQVEAVELEAKEVLKKLFPKVSVPSNLSYGEWLHGFEKKAK 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KA1 TLLKHPPAPAEPSSDLASKLREAEETQSTLQAECDQYRSILAETEGMLRDLQKSVEEEEQ . . .: . : ::.::.: .. :: ::..:.:.::::::.:. ::.:::.::. CCDS41 ECMAGTSG-SEEVKVLEHKLKEADEMHTLLQLECEKYKSVLAETEGILQKLQRSVEQEEN 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KA1 VWRAKVGAAEEELQKSRVTVKHLEEIVEKLKGELESSDQVREHTLHLEAELEKHMAAASA :..:: ... ... . . :. .:.:..: .. ...:.. ::: :::: : CCDS41 KWKVKVDESHKTIKQMQSSFTSSEQELERLRSENKDIENLRREREHLEMELEK----AEM 1170 1180 1190 1200 1210 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KA1 ECQNYAKEVAGLRQLLLESQSQLDAAKSEAQKQSDELALVRQQLSEMKSHVEDGDIAGAP : ..:. :: :..:: : :..:: . ::: .:..:: :.. ::.: . CCDS41 ERSTYVTEVRELKDLLTELQKKLDDSYSEAVRQNEELNLLKAQLNETLT----------- 1220 1230 1240 1250 1260 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KA1 ASSPEAPPAEQDPVQLKTQLEWTEAILEDEQTQRQKLTAEFEEAQTSACRLQEELEKLRT .:.: ::..:::.......:: : .: .. ... CCDS41 --------------KLRT-----------EQNERQKVAGDLHKAQQSLELIQSKI--VKA 1270 1280 1290 1300 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KA1 AGPLESSETEEASQLKERLEKEKKLTSDLGRAATRLQELLKTTQEQLAREKDTVKKLQEQ :: :. ..: : ::: .. .:....:.::.::.....::..::. . :. CCDS41 AGDTTVIENSDVSPETESSEKET-MSVSLNQTVTQLQQLLQAVNQQLTKEKEHYQVLE 1310 1320 1330 1340 1350 1550 1560 pF1KA1 LEKAEDGSSSKEGTSV >>CCDS41959.1 KTN1 gene_id:3895|Hs108|chr14 (1306 aa) initn: 1065 init1: 273 opt: 792 Z-score: 361.6 bits: 79.4 E(32554): 8.1e-14 Smith-Waterman score: 860; 25.6% identity (60.3% similar) in 1056 aa overlap (566-1549:41-1046) 540 550 560 570 580 590 pF1KA1 QNQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGA :.. .: .... :::: .:. :. ... CCDS41 VLIPSIVITVIFLFFWLFMKETLYDEVLAKQKREQKLIPTKTDKKKAEKKKNKKKEIQNG 20 30 40 50 60 70 600 610 620 630 640 650 pF1KA1 QNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGA . . . .:.. . : ... . .: . . .. .. . :: : : : CCDS41 NLHESDSESVPRDFKLSDALAVEDDQVAPVPLNVVETSSSVRERKKKEKKQ----KPVLE 80 90 100 110 120 660 670 680 690 700 710 pF1KA1 QNQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAPIQGKKADSVANQGTKVEGITN .. ....... :::.: . : :... .. : : :. .. .: ::: . CCDS41 EQVIKESDASKIPGKKVEPVPVTKQPTPPSEAAASKKKPGQKKSKNGSDDQDKKVETLMV 130 140 150 160 170 180 720 730 740 750 760 pF1KA1 QGKKAEGSP--SEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTES---------ASVQGRNTDVAQ .:. :. : .: :. :: ::: :... .:::. :.. : :. CCDS41 PSKRQEALPLHQETKQESGS---GKK--KASSKKQKTENVFVDEPLIHATTYIPLMDNAD 190 200 210 220 230 240 770 780 790 800 810 pF1KA1 S-PEAPKQEA-----PAK----KKSGSKK-KGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFN : : . :.:. : . .:::.:: : : .:. . .: .. .. .:.:. CCDS41 SSPVVDKREVIDLLKPDQVEGIQKSGTKKLKTETDKENAE----VKFKDFLLSLKTMMFS 250 260 270 280 290 820 830 840 850 860 870 pF1KA1 EGEAQRLIEILSEKAGIIQDTWHKATQKGDPVAILKRQLEEKEKLLATEQEDAAVAKSKL : :: ....:.::.:.:::. .:.. ::. .. : .::.::.::::. .::::..:.. CCDS41 EDEALCVVDLLKEKSGVIQDALKKSS-KGE-LTTLIHQLQEKDKLLAAVKEDAAATKDRC 300 310 320 330 340 350 880 890 900 910 920 930 pF1KA1 RELNKEMAAEKAKAAAGEAKVKKQLVAREQEITAVQARMQASYREHVKEVQQLQGKIRTL ..:..:: .:: .. . ...: .. . :.: .. : ....:: .:.::.: :.. . CCDS41 KQLTQEMMTEKERSNVVITRMKDRIGTLEKEHNVFQNKIHVSY----QETQQMQMKFQQV 360 370 380 390 400 410 940 950 960 970 980 990 pF1KA1 QEQLENGPNTQLARLQQENSILRDALNQATSQVESKQNAELAKLRQELSKVSKELVEKSE .::.: ...:.:.:::.:::::....:.:.::::.::: ::::. ... .::.::. CCDS41 REQME----AEIAHLKQENGILRDAVSNTTNQLESKQSAELNKLRQDYARLVNELTEKTG 420 430 440 450 460 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KA1 AVRQDEQQRKALEAKAAAFEKQVLQLQASHRESEEA---LQKRLDEVSRELCHTQSSHAS ..:.: :.: .:. :: . .: ::: ..:. ::. ..:: : ::. .. 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