Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1428
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1428, 709 aa
1>>>pF1KA1428 709 - 709 aa - 709 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7440+/-0.00104; mu= 8.8440+/- 0.063
mean_var=121.7349+/-23.761, 0's: 0 Z-trim(107.5): 29 B-trim: 89 in 1/51
Lambda= 0.116243
statistics sampled from 9578 (9599) to 9578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 3.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2882.1 APPL1 gene_id:26060|Hs108|chr3 ( 709) 4599 782.8 0
CCDS9101.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 664) 2177 376.6 6.5e-104
CCDS58276.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 670) 2161 373.9 4.2e-103
CCDS58275.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 ( 621) 1984 344.2 3.4e-94
CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 ( 834) 421 82.2 3.6e-15
CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 ( 786) 356 71.2 6.5e-12
CCDS33924.1 ACAP2 gene_id:23527|Hs108|chr3 ( 778) 351 70.4 1.1e-11
>>CCDS2882.1 APPL1 gene_id:26060|Hs108|chr3 (709 aa)
initn: 4599 init1: 4599 opt: 4599 Z-score: 4173.7 bits: 782.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4599; 100.0% identity (100.0% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
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CCDS28 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 TSKLLKEYEKQRFPLGGDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 YFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREM
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 DSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
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CCDS28 FYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 PTARTSSSGSLGSESTNLAALSLDSLVAPDTPIQFDIISPVCEDQPGQAKAFGQGGRRTN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
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CCDS28 PFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRM
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pF1KA1 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 TESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
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CCDS28 SVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KA1 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
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CCDS28 KDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
670 680 690 700
>>CCDS9101.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (664 aa)
initn: 2176 init1: 1606 opt: 2177 Z-score: 1979.0 bits: 376.6 E(32554): 6.5e-104
Smith-Waterman score: 2262; 55.0% identity (80.8% similar) in 629 aa overlap (1-625:1-615)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
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CCDS91 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK
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CCDS91 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 ERDLKEILTLKEVFQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMM
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CCDS91 EKDLTEVSTLKDLFGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 HYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRRE
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CCDS91 QYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 MDSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDR
.... : :. . ..: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::..::.:
CCDS91 LEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWER
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 QFYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAES
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CCDS91 LYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 KKDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSR
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CCDS91 RKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS--QNL
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 PPTARTSSSGSLGSESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAKAFGQGG
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CCDS91 KNSEMENENDKIVPKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-------NRGS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 RRTNPFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHN
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CCDS91 RRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHN
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 IFRMTESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSE
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CCDS91 IFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGE
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 SNLSSVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQ
.::. ::::::.:::::: ...:.:.:
CCDS91 ESLST--YIFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQ
590 600 610 620 630 640
>>CCDS58276.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (670 aa)
initn: 1654 init1: 1084 opt: 2161 Z-score: 1964.4 bits: 373.9 E(32554): 4.2e-103
Smith-Waterman score: 2246; 54.6% identity (80.0% similar) in 635 aa overlap (1-625:1-621)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
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CCDS58 MPAVDKLLLEEALQDSPQTRSLLSVFEEDAGTLTDYTNQLLQAMQRVYGAQNEMCLATQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KA1 TSKLLKEYEKQRFPLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFK
:: : :::: : :: ::.::.: ::. ::::.:::. :. :. ::::.:..:: ::.
CCDS58 LSKQLLAYEKQNFALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFR
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 ERDLKEILTLKEVFQIASND------HDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKK
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CCDS58 EKDLTEVSTLKDLFGLASNDVCLFLEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 QHQTMMHYFCALNTLQYKKKIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSV
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CCDS58 QHLSSLQYYCALNALQYRKQMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 QNVRREMDSDIETMQQTIEDLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLV
:... :.... : :. . ..: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::
CCDS58 QSIQVELEAEAEKMRVSQQELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 SSTWDRQFYFTQGGNLMSQARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSS
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CCDS58 TTTWERLYFFTQGGNLMCQPRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 ILQAESKKDHEEWICTINNISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRP
::::::.:..:::::.:::::.::::..::: .: ..::.::.:::: :: ...:: :
CCDS58 ILQAESRKENEEWICAINNISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCP
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 AAGQSRPPTARTSSSGSLGSESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAK
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CCDS58 S--QNLKNSEMENENDKIVPKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-----
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 AFGQGGRRTNPFGESGGSTKSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILA
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CCDS58 --NRGSRRTNPFGETEDESFPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLA
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ARAIHNIFRMTESHLLVTCDCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRT
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CCDS58 ARAIHNIFRMTESHLMVTSQSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRV
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 SSGRSESNLSSVCYIFESNNEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQ
. .: .::. ::::::.:::::: ...:.:.:
CCDS58 PESTGEESLST--YIFESNSEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKY
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700
pF1KA1 KELNKQKQIEKDLEEQSRLIAASSRPNQASSEGQFVVLSSSQSEESDLGEGGKKRESEA
CCDS58 VLLNDQPDDDDGNPNEHRGAESEA
650 660 670
>>CCDS58275.1 APPL2 gene_id:55198|Hs108|chr12 (621 aa)
initn: 1983 init1: 1413 opt: 1984 Z-score: 1804.6 bits: 344.2 E(32554): 3.4e-94
Smith-Waterman score: 2069; 54.1% identity (80.0% similar) in 586 aa overlap (44-625:1-572)
20 30 40 50 60 70
pF1KA1 EDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHLTSKLLKEYEKQRF
:.:.: ::::. ::. :: : :::: :
CCDS58 MQRVYGAQNEMCLATQQLSKQLLAYEKQNF
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KA1 PLG-GDDEVMSSTLQQFSKVIDELSSCHAVLSTQLADAMMFPITQFKERDLKEILTLKEV
:: ::.::.: ::. ::::.:::. :. :. ::::.:..:: ::.:.:: :. :::..
CCDS58 ALGKGDEEVIS-TLHYFSKVVDELNLLHTELAKQLADTMVLPIIQFREKDLTEVSTLKDL
40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 FQIASNDHDAAINRYSRLSKKRENDKVKYEVTEDVYTSRKKQHQTMMHYFCALNTLQYKK
: .:::.:: .. .:::: ::.::.::: :: ..: ..:.::: . ..:.::::.:::.:
CCDS58 FGLASNEHDLSMAKYSRLPKKKENEKVKTEVGKEVAAARRKQHLSSLQYYCALNALQYRK
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 KIALLEPLLGYMQAQISFFKMGSENLNEQLEEFLANIGTSVQNVRREMDSDIETMQQTIE
..:..::..:. ..::.::: :.: ...... ::.... ::... :.... : :. . .
CCDS58 QMAMMEPMIGFAHGQINFFKKGAEMFSKRMDSFLSSVADMVQSIQVELEAEAEKMRVSQQ
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 DLEVASDPLYVPDPDPTKFPVNRNLTRKAGYLNARNKTGLVSSTWDRQFYFTQGGNLMSQ
.: ... .:.:: : . .:::: .:::::: :::::::..::.: ..:::::::: :
CCDS58 ELLSVDESVYTPDSDVAAPQINRNLIQKAGYLNLRNKTGLVTTTWERLYFFTQGGNLMCQ
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 ARGDVAGGLAMDIDNCSVMAVDCEDRRYCFQITSFDGKKSSILQAESKKDHEEWICTINN
:: ::::: .:.::::::::::::::::::::. .::.. ::::::.:..:::::.:::
CCDS58 PRGAVAGGLIQDLDNCSVMAVDCEDRRYCFQITTPNGKSGIILQAESRKENEEWICAINN
270 280 290 300 310 320
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pF1KA1 ISKQIYLSENPEETAARVNQSALEAVTPSPSFQQRHESLRPAAGQSRPPTARTSSSGSLG
::.::::..::: .: ..::.::.:::: :: ...:: :. :. . . . ..
CCDS58 ISRQIYLTDNPEAVAIKLNQTALQAVTPITSFGKKQESSCPS--QNLKNSEMENENDKIV
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480
pF1KA1 SESTNLAALS-LDSLVAPDTPIQFDIISPVCE--DQPGQAKAFGQGGRRTNPFGESGGST
..: :.: . :.:: :::::::. :. : :: ..:.::::::::. .
CCDS58 PKAT--ASLPEAEELIAPGTPIQFDIVLPATEFLDQ-------NRGSRRTNPFGETEDES
390 400 410 420 430
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pF1KA1 KSETEDSILHQLFIVRFLGSMEVKSDDHPDVVYETMRQILAARAIHNIFRMTESHLLVTC
:.:::.:.:.::::::::: ::.:. .:.::.:::.:::::::::::::::::.::
CCDS58 FPEAEDSLLQQMFIVRFLGSMAVKTDSTTEVIYEAMRQVLAARAIHNIFRMTESHLMVTS
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DCLKLIDPQTQVTRLTFPLPCVVLYATHQENKRLFGFVLRTSSGRSESNLSSVCYIFESN
. :.::::::::.: .: : :. .:.::::::: :::.:. . .: .::. ::::::
CCDS58 QSLRLIDPQTQVSRANFELTSVTQFAAHQENKRLVGFVIRVPESTGEESLST--YIFESN
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 NEGEKICDSVGLAKQIALHAELDRRASEKQKEIERVKEKQQKELNKQKQIEKDLEEQSRL
.:::::: ...:.:.:
CCDS58 SEGEKICYAINLGKEIIEVQKDPEALAQLMLSIPLTNDGKYVLLNDQPDDDDGNPNEHRG
560 570 580 590 600 610
>>CCDS19.2 ACAP3 gene_id:116983|Hs108|chr1 (834 aa)
initn: 240 init1: 118 opt: 421 Z-score: 385.9 bits: 82.2 E(32554): 3.6e-15
Smith-Waterman score: 421; 24.2% identity (58.4% similar) in 450 aa overlap (10-447:6-437)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MPGIDKLPIEETLEDSPQTRSLLGVFEEDATAISNYMNQLYQAMHRIYDAQNELSAATHL
:: ..:::. :. . : :.. : ...: . . .: . ....:
CCDS19 MTVEFEECVKDSPRFRATIDEVETDVVEIEAKLDKLVKLCSGMVEAGKAYVSTSRL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
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