Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1478
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1478, 632 aa
1>>>pF1KA1478 632 - 632 aa - 632 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1438+/-0.00103; mu= 11.0605+/- 0.062
mean_var=121.0480+/-24.009, 0's: 0 Z-trim(108.1): 123 B-trim: 29 in 1/52
Lambda= 0.116572
statistics sampled from 9862 (9993) to 9862 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.307), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8795.1 RACGAP1 gene_id:29127|Hs108|chr12 ( 632) 4147 709.0 4.9e-204
CCDS56147.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 ( 334) 444 86.1 8.6e-17
CCDS46455.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 ( 459) 444 86.1 1.1e-16
CCDS46454.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 ( 433) 437 84.9 2.4e-16
CCDS47566.1 CHN2 gene_id:1124|Hs108|chr7 ( 332) 421 82.2 1.2e-15
CCDS5420.1 CHN2 gene_id:1124|Hs108|chr7 ( 468) 421 82.3 1.7e-15
CCDS46010.1 MYO9B gene_id:4650|Hs108|chr19 (2022) 423 83.0 4.4e-15
CCDS58497.1 ABR gene_id:29|Hs108|chr17 ( 310) 357 71.4 2e-12
CCDS73936.1 ABR gene_id:29|Hs108|chr17 ( 641) 357 71.6 3.7e-12
CCDS54060.1 ABR gene_id:29|Hs108|chr17 ( 813) 357 71.6 4.6e-12
CCDS11000.1 ABR gene_id:29|Hs108|chr17 ( 822) 357 71.6 4.6e-12
CCDS10999.1 ABR gene_id:29|Hs108|chr17 ( 859) 357 71.6 4.8e-12
CCDS47297.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 ( 759) 354 71.1 6.1e-12
CCDS58079.1 ARHGAP22 gene_id:58504|Hs108|chr10 ( 608) 352 70.7 6.4e-12
CCDS4277.1 ARHGAP26 gene_id:23092|Hs108|chr5 ( 814) 354 71.1 6.5e-12
CCDS58080.1 ARHGAP22 gene_id:58504|Hs108|chr10 ( 714) 353 70.9 6.5e-12
CCDS7227.1 ARHGAP22 gene_id:58504|Hs108|chr10 ( 698) 352 70.8 7.2e-12
CCDS58081.1 ARHGAP22 gene_id:58504|Hs108|chr10 ( 704) 352 70.8 7.2e-12
CCDS10239.1 MYO9A gene_id:4649|Hs108|chr15 (2548) 358 72.1 1e-11
CCDS34075.1 ARHGAP10 gene_id:79658|Hs108|chr4 ( 786) 342 69.1 2.5e-11
CCDS7144.2 ARHGAP21 gene_id:57584|Hs108|chr10 (1958) 339 68.8 7.7e-11
CCDS13807.1 BCR gene_id:613|Hs108|chr22 (1227) 334 67.9 9.4e-11
CCDS13806.1 BCR gene_id:613|Hs108|chr22 (1271) 334 67.9 9.7e-11
>>CCDS8795.1 RACGAP1 gene_id:29127|Hs108|chr12 (632 aa)
initn: 4147 init1: 4147 opt: 4147 Z-score: 3776.5 bits: 709.0 E(32554): 4.9e-204
Smith-Waterman score: 4147; 100.0% identity (100.0% similar) in 632 aa overlap (1-632:1-632)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MDTMMLNVRNLFEQLVRRVEILSEGNEVQFIQLAKDFEDFRKKWQRTDHELGKYKDLLMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MDTMMLNVRNLFEQLVRRVEILSEGNEVQFIQLAKDFEDFRKKWQRTDHELGKYKDLLMK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 AETERSALDVKLKHARNQVDVEIKRRQRAEADCEKLERQIQLIREMLMCDTSGSIQLSEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 AETERSALDVKLKHARNQVDVEIKRRQRAEADCEKLERQIQLIREMLMCDTSGSIQLSEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 QKSALAFLNRGQPSSSNAGNKRLSTIDESGSILSDISFDKTDESLDWDSSLVKTFKLKKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QKSALAFLNRGQPSSSNAGNKRLSTIDESGSILSDISFDKTDESLDWDSSLVKTFKLKKR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 EKRRSTSRQFVDGPPGPVKKTRSIGSAVDQGNESIVAKTTVTVPNDGGPIEAVSTIETVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 EKRRSTSRQFVDGPPGPVKKTRSIGSAVDQGNESIVAKTTVTVPNDGGPIEAVSTIETVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 YWTRSRRKTGTLQPWNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 YWTRSRRKTGTLQPWNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 VPCGKRIKFGKLSLKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VPCGKRIKFGKLSLKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 MIPSIVVHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSKVDDIHAICS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MIPSIVVHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSKVDDIHAICS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LLKDFLRNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 LLKDFLRNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 QRVAQSPHTKMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QRVAQSPHTKMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 QFMMVEQENIDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 QFMMVEQENIDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRS
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KA1 TLTKNTPRFGSKSKSATNLGRQGNFFASPMLK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TLTKNTPRFGSKSKSATNLGRQGNFFASPMLK
610 620 630
>>CCDS56147.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 (334 aa)
initn: 316 init1: 175 opt: 444 Z-score: 415.0 bits: 86.1 E(32554): 8.6e-17
Smith-Waterman score: 444; 33.6% identity (61.7% similar) in 253 aa overlap (285-532:79-327)
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 WNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESCVPCGKRIKFGKLS-
..:.: .: :. : :.. . .: ..
CCDS56 QPLKLFAYSQLTSLVRRATLKENEQIPKYEKIHNFKVHTFRGPHWCEYCANFM-WGLIAQ
50 60 70 80 90 100
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 -LKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNE
.:: :: . : .: : : : : . :. :. .:. . : .: :. :
CCDS56 GVKCADCGLNVHKQCSKMVPNDCKPDLKHVK-KVYSCDLTTLVKAHTTKRPMVVDMCIRE
110 120 130 140 150 160
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 IEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLR--VKTVPLLSKVDDIHAICSLLKDFLRNLK
::.:::. ::::.:: . ....: : : :. .. .::. : . :: ..:.:
CCDS56 IESRGLNSEGLYRVSGFSDLIEDVKMAFDRDGEKADISVNMYEDINIITGALKLYFRDLP
170 180 190 200 210 220
440 450 460 470 480
pF1KA1 EPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVA-QSPHT
::.:. :.:.:.: : :... ....:. :: :. .:: .:: ::.::. . ..
CCDS56 IPLITYDAYPKFIESAKIMDPDEQLETLHEALKLLPPAHCETLRYLMAHLKRVTLHEKEN
230 240 250 260 270 280
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 KMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQEN
:.. ::. :::::.. :. : .. :.::. : ::: :.
CCDS56 LMNAENLGIVFGPTLMRS--PELDAMAALNDIRYQRLVVELLIKNEDILF
290 300 310 320 330
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 IDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRF
>>CCDS46455.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 (459 aa)
initn: 346 init1: 175 opt: 444 Z-score: 412.9 bits: 86.1 E(32554): 1.1e-16
Smith-Waterman score: 444; 33.6% identity (61.7% similar) in 253 aa overlap (285-532:204-452)
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 WNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESCVPCGKRIKFGKLS-
..:.: .: :. : :.. . .: ..
CCDS46 TGQDGVSEKRLTSLVRRATLKENEQIPKYEKIHNFKVHTFRGPHWCEYCANFM-WGLIAQ
180 190 200 210 220 230
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 -LKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNE
.:: :: . : .: : : : : . :. :. .:. . : .: :. :
CCDS46 GVKCADCGLNVHKQCSKMVPNDCKPDLKHVK-KVYSCDLTTLVKAHTTKRPMVVDMCIRE
240 250 260 270 280 290
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 IEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLR--VKTVPLLSKVDDIHAICSLLKDFLRNLK
::.:::. ::::.:: . ....: : : :. .. .::. : . :: ..:.:
CCDS46 IESRGLNSEGLYRVSGFSDLIEDVKMAFDRDGEKADISVNMYEDINIITGALKLYFRDLP
300 310 320 330 340 350
440 450 460 470 480
pF1KA1 EPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVA-QSPHT
::.:. :.:.:.: : :... ....:. :: :. .:: .:: ::.::. . ..
CCDS46 IPLITYDAYPKFIESAKIMDPDEQLETLHEALKLLPPAHCETLRYLMAHLKRVTLHEKEN
360 370 380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 KMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQEN
:.. ::. :::::.. :. : .. :.::. : ::: :.
CCDS46 LMNAENLGIVFGPTLMRS--PELDAMAALNDIRYQRLVVELLIKNEDILF
420 430 440 450
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 IDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRF
>>CCDS46454.1 CHN1 gene_id:1123|Hs108|chr2 (433 aa)
initn: 316 init1: 175 opt: 437 Z-score: 406.9 bits: 84.9 E(32554): 2.4e-16
Smith-Waterman score: 437; 33.2% identity (60.5% similar) in 271 aa overlap (267-532:166-426)
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 ETVPYWTRSRRKTGTLQPWNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIK
: . : ::.: .. . :.: : .
CCDS46 KMTINPIYEHVGYTTLNREPAYKKHMPVLKETHDERDSTGQ-DGVSEKRVHTFRG-----
140 150 160 170 180
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 PESCVPCGKRIKFGKLS--LKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADF
:. : :.. . .: .. .:: :: . : .: : : : : . :. :. .
CCDS46 PHWCEYCANFM-WGLIAQGVKCADCGLNVHKQCSKMVPNDCKPDLKHVK-KVYSCDLTTL
190 200 210 220 230 240
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 VSQTSPMIPSIVVHCVNEIEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLR--VKTVPLLSKV
:. . : .: :. :::.:::. ::::.:: . ....: : : :. ..
CCDS46 VKAHTTKRPMVVDMCIREIESRGLNSEGLYRVSGFSDLIEDVKMAFDRDGEKADISVNMY
250 260 270 280 290 300
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 DDIHAICSLLKDFLRNLKEPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDT
.::. : . :: ..:.: ::.:. :.:.:.: : :... ....:. :: :. .:
CCDS46 EDINIITGALKLYFRDLPIPLITYDAYPKFIESAKIMDPDEQLETLHEALKLLPPAHCET
310 320 330 340 350 360
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 LAFLMIHLQRVA-QSPHTKMDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERL
: .:: ::.::. . .. :.. ::. :::::.. :. : .. :.::. : ::: :
CCDS46 LRYLMAHLKRVTLHEKENLMNAENLGIVFGPTLMRS--PELDAMAALNDIRYQRLVVELL
370 380 390 400 410 420
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 LSLPLEYWSQFMMVEQENIDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSS
.
CCDS46 IKNEDILF
430
>>CCDS47566.1 CHN2 gene_id:1124|Hs108|chr7 (332 aa)
initn: 285 init1: 171 opt: 421 Z-score: 394.1 bits: 82.2 E(32554): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 421; 31.2% identity (60.5% similar) in 253 aa overlap (285-532:77-325)
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 WNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESCVPCGKRIKFGKLS-
. :.: .: :. : :.. . .: ..
CCDS47 PPLKLFACSQISSLVRRAALTHNDNHFNYEKTHNFKVHTFRGPHWCEYCANFM-WGLIAQ
50 60 70 80 90 100
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 -LKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNE
..: :: . : .: . : : : : :. :. .:. . . : .: :. :
CCDS47 GVRCSDCGLNVHKQCSKHVPNDCQPDLKRIK-KVYCCDLTTLVKAHNTQRPMVVDICIRE
110 120 130 140 150 160
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 IEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSK--VDDIHAICSLLKDFLRNLK
:: ::: ::::.:: . ....: : : .: ::. : . :: ..:.:
CCDS47 IEARGLKSEGLYRVSGFTEHIEDVKMAFDRDGEKADISANVYPDINIITGALKLYFRDLP
170 180 190 200 210 220
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 EPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVAQSPHTK
:..:. :..::.:.. :. . :..... :: :. .:: .:::::..:... . .
CCDS47 IPVITYDTYSKFIDAAKISNADERLEAVHEVLMLLPPAHYETLRYLMIHLKKVTMNEKDN
230 240 250 260 270 280
500 510 520 530 540
pF1KA1 -MDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQEN
:.. ::. :::::.. :. . .: :.:.. : .:. :.
CCDS47 FMNAENLGIVFGPTLMRP--PEDSTLTTLHDMRYQKLIVQILIENEDVLF
290 300 310 320 330
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 IDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRF
>>CCDS5420.1 CHN2 gene_id:1124|Hs108|chr7 (468 aa)
initn: 285 init1: 171 opt: 421 Z-score: 391.9 bits: 82.3 E(32554): 1.7e-15
Smith-Waterman score: 421; 31.2% identity (60.5% similar) in 253 aa overlap (285-532:213-461)
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 WNSDSTLNSRQLEPRTETDSVGTPQSNGGMRLHDFVSKTVIKPESCVPCGKRIKFGKLS-
. :.: .: :. : :.. . .: ..
CCDS54 THEEHTAVEKISSLVRRAALTHNDNHFNYEKTHNFKVHTFRGPHWCEYCANFM-WGLIAQ
190 200 210 220 230 240
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 -LKCRDCRVVSHPECRDRCPLPCIPTLIGTPVKIGEGMLADFVSQTSPMIPSIVVHCVNE
..: :: . : .: . : : : : :. :. .:. . . : .: :. :
CCDS54 GVRCSDCGLNVHKQCSKHVPNDCQPDLKRIK-KVYCCDLTTLVKAHNTQRPMVVDICIRE
250 260 270 280 290 300
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 IEQRGLTETGLYRISGCDRTVKELKEKFLRVKTVPLLSK--VDDIHAICSLLKDFLRNLK
:: ::: ::::.:: . ....: : : .: ::. : . :: ..:.:
CCDS54 IEARGLKSEGLYRVSGFTEHIEDVKMAFDRDGEKADISANVYPDINIITGALKLYFRDLP
310 320 330 340 350 360
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 EPLLTFRLNRAFMEAAEITDEDNSIAAMYQAVGELPQANRDTLAFLMIHLQRVAQSPHTK
:..:. :..::.:.. :. . :..... :: :. .:: .:::::..:... . .
CCDS54 IPVITYDTYSKFIDAAKISNADERLEAVHEVLMLLPPAHYETLRYLMIHLKKVTMNEKDN
370 380 390 400 410 420
500 510 520 530 540
pF1KA1 -MDVANLAKVFGPTIVAHAVPNPDPVTMLQDIKRQPKVVERLLSLPLEYWSQFMMVEQEN
:.. ::. :::::.. :. . .: :.:.. : .:. :.
CCDS54 FMNAENLGIVFGPTLMRP--PEDSTLTTLHDMRYQKLIVQILIENEDVLF
430 440 450 460
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 IDPLHVIENSNAFSTPQTPDIKVSLLGPVTTPEHQLLKTPSSSSLSQRVRSTLTKNTPRF
>>CCDS46010.1 MYO9B gene_id:4650|Hs108|chr19 (2022 aa)
initn: 301 init1: 214 opt: 423 Z-score: 384.2 bits: 83.0 E(32554): 4.4e-15
Smith-Waterman score: 433; 24.8% identity (60.1% similar) in 476 aa overlap (153-614:1514-1961)
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SALAFLNRGQPSSSNAGNKRLSTIDESGSILSDISFDKTDESLDWDSSLVKTFKLKKREK
:... ..: .. : ... .... .. ::
CCDS46 RNVKIGKITVSEKWRESVFRQITNANELKYLDEFLLNKIND-LRSQKTPIESLFIEATEK
1490 1500 1510 1520 1530 1540
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 RRSTSRQFVDGPPGPVKKTRSIGSAVDQGNESIVAKTTVTVPNDGGPIEAVSTIETV-PY
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: . : . .: : :... : .: . : : : : :. :. :. .: ...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]