Result of FASTA (ccds) for pF1KA1480
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1480, 808 aa
  1>>>pF1KA1480 808 - 808 aa - 808 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2921+/-0.000946; mu= 11.5963+/- 0.057
 mean_var=124.9495+/-24.682, 0's: 0 Z-trim(109.3): 30  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.114738
 statistics sampled from 10779 (10809) to 10779 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.332), width:  16
 Scan time:  3.400

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS55442.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 808) 5549 930.3       0
CCDS14407.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 828) 4485 754.2 2.1e-217
CCDS55441.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX         ( 848) 4480 753.3 3.7e-217
CCDS14126.1 NLGN4X gene_id:57502|Hs108|chrX        ( 816) 4138 696.7  4e-200
CCDS14788.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 816) 4086 688.1 1.6e-197
CCDS56619.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 648) 3487 588.9  9e-168
CCDS11103.1 NLGN2 gene_id:57555|Hs108|chr17        ( 835) 2783 472.4 1.3e-132
CCDS3222.1 NLGN1 gene_id:22871|Hs108|chr3          ( 823) 2081 356.2 1.3e-97
CCDS3198.1 BCHE gene_id:590|Hs108|chr3             ( 602)  906 161.6 3.5e-39
CCDS43896.1 CEL gene_id:1056|Hs108|chr9            ( 756)  896 160.0 1.3e-38
CCDS5709.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7              ( 614)  848 152.0 2.7e-36
CCDS5710.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7              ( 617)  844 151.4 4.4e-36
CCDS10826.1 CES3 gene_id:23491|Hs108|chr16         ( 571)  842 151.0 5.1e-36
CCDS54022.1 CES3 gene_id:23491|Hs108|chr16         ( 568)  835 149.9 1.1e-35
CCDS45488.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 567)  820 147.4 6.4e-35
CCDS32450.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 568)  820 147.4 6.4e-35
CCDS45489.1 CES1 gene_id:1066|Hs108|chr16          ( 566)  808 145.4 2.5e-34
CCDS10825.1 CES2 gene_id:8824|Hs108|chr16          ( 623)  750 135.8 2.1e-31
CCDS54012.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 604)  717 130.4 9.1e-30
CCDS45490.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 575)  714 129.8 1.2e-29
CCDS45507.1 CES2 gene_id:8824|Hs108|chr16          ( 607)  700 127.5 6.4e-29
CCDS64736.1 ACHE gene_id:43|Hs108|chr7             ( 526)  690 125.9 1.8e-28
CCDS10755.1 CES5A gene_id:221223|Hs108|chr16       ( 525)  622 114.6 4.4e-25
CCDS34944.1 TG gene_id:7038|Hs108|chr8             (2768)  627 115.8 9.9e-25
CCDS55553.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY        ( 256)  574 106.5 5.9e-23
CCDS54024.1 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 463)  557 103.8 6.9e-22
CCDS42174.3 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 468)  536 100.3 7.7e-21
CCDS54025.1 CES4A gene_id:283848|Hs108|chr16       ( 374)  509 95.8 1.4e-19


>>CCDS55442.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (808 aa)
 initn: 5549 init1: 5549 opt: 5549  Z-score: 4968.7  bits: 930.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5549; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMID
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 GSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 RITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGC
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 NVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 IMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 WADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 WADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSD
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 AAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 IHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 TSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVEN
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 PRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 EELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVG
              730       740       750       760       770       780

              790       800        
pF1KA1 LQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
              790       800        

>>CCDS14407.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (828 aa)
 initn: 4480 init1: 4480 opt: 4485  Z-score: 4016.7  bits: 754.2 E(32554): 2.1e-217
Smith-Waterman score: 5499; 97.6% identity (97.6% similar) in 828 aa overlap (1-808:1-828)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150                           160
pF1KA1 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTED--------------------DIRDSGAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::                    ::::::::
CCDS14 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGAK
              130       140       150       160       170       180

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 PVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLD
              190       200       210       220       230       240

              230       240       250       260       270       280
pF1KA1 QIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSS
              250       260       270       280       290       300

              290       300       310       320       330       340
pF1KA1 WAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 WAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDG
              310       320       330       340       350       360

              350       360       370       380       390       400
pF1KA1 DVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNL
              370       380       390       400       410       420

              410       420       430       440       450       460
pF1KA1 YGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSP
              430       440       450       460       470       480

              470       480       490       500       510       520
pF1KA1 TYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTY
              490       500       510       520       530       540

              530       540       550       560       570       580
pF1KA1 WTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 WTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATK
              550       560       570       580       590       600

              590       600       610       620       630       640
pF1KA1 VAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSN
              610       620       630       640       650       660

              650       660       670       680       690       700
pF1KA1 ENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEP
              670       680       690       700       710       720

              710       720       730       740       750       760
pF1KA1 LRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSP
              730       740       750       760       770       780

              770       780       790       800        
pF1KA1 DDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
              790       800       810       820        

>>CCDS55441.1 NLGN3 gene_id:54413|Hs108|chrX              (848 aa)
 initn: 4480 init1: 4480 opt: 4480  Z-score: 4012.1  bits: 753.3 E(32554): 3.7e-217
Smith-Waterman score: 5392; 95.2% identity (95.2% similar) in 840 aa overlap (9-808:9-848)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
               ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150                              
pF1KA1 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTED----------------------------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::                            
CCDS55 VWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDVKRISKECARKPNKKICRKGGSGAKKQG
              130       140       150       160       170       180

                        160       170       180       190       200
pF1KA1 ------------DIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVG
                   ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EDLADNDGDEDEDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVG
              190       200       210       220       230       240

              210       220       230       240       250       260
pF1KA1 VLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLS
              250       260       270       280       290       300

              270       280       290       300       310       320
pF1KA1 HHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKEL
              310       320       330       340       350       360

              330       340       350       360       370       380
pF1KA1 VEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDP
              370       380       390       400       410       420

              390       400       410       420       430       440
pF1KA1 EDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTD
              430       440       450       460       470       480

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pF1KA1 HQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTD
              490       500       510       520       530       540

              510       520       530       540       550       560
pF1KA1 LFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRD
              550       560       570       580       590       600

              570       580       590       600       610       620
pF1KA1 QLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITR
              610       620       630       640       650       660

              630       640       650       660       670       680
pF1KA1 RPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLF
              670       680       690       700       710       720

              690       700       710       720       730       740
pF1KA1 LNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHHECEAGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHHECEAGPP
              730       740       750       760       770       780

              750       760       770       780       790       800
pF1KA1 HDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 HDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLP
              790       800       810       820       830       840

               
pF1KA1 HSHSTTRV
       ::::::::
CCDS55 HSHSTTRV
               

>>CCDS14126.1 NLGN4X gene_id:57502|Hs108|chrX             (816 aa)
 initn: 3811 init1: 2821 opt: 4138  Z-score: 3706.4  bits: 696.7 E(32554): 4e-200
Smith-Waterman score: 4138; 75.1% identity (90.1% similar) in 791 aa overlap (26-808:27-816)

                10        20        30           40        50      
pF1KA1  MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRAS---TQAPAPTVNTHFGKLRGARV
                                 ::. .::.. .   .::  :.:::..::.:: :.
CCDS14 MSRPQGLLWLPLLFTPVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRT
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KA1 PLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNI-HTAVP
       :::.::::::.::::::::.:: ::.:: ::::: ::.::::.:.:  ::::.. . .. 
CCDS14 PLPNEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLL
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160        170    
pF1KA1 EVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAK-PVMVYIHGGSYMEG
       . :::.::::::: . ::.:. ::::::::.::::::::.:...: ::::::::::::::
CCDS14 HDMLPIWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEG
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KA1 TGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAF
       ::::::::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. 
CCDS14 TGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGA
              190       200       210       220       230       240

          240       250       260       270       280       290    
pF1KA1 FGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLL
       :::::.:.:.:::: ::::::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .:
CCDS14 FGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRIL
              250       260       270       280       290       300

          300       310       320       330       340       350    
pF1KA1 ADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQG
       :::::::.:::.:::.:::.:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::
CCDS14 ADKVGCNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQG
              310       320       330       340       350       360

          360       370       380       390       400       410    
pF1KA1 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
       ::::::::::::::::::::.:.:: ::::. .:::.:::::::::::::::::::::::
CCDS14 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
              370       380       390       400       410       420

          420       430       440       450       460       470    
pF1KA1 KFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLM
       :::::::::..::::::::::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :
CCDS14 KFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEM
              430       440       450       460       470       480

          480       490       500       510       520       530    
pF1KA1 KPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPV
       ::.:.:.:::::::::::.::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS14 KPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
              490       500       510       520       530       540

          540       550       560       570       580       590    
pF1KA1 PQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNL
       :::::::::: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::
CCDS14 PQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNL
              550       560       570       580       590       600

          600       610       620        630       640       650   
pF1KA1 HDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDA
       ...:.:.:::::::::: :   . :::  .: : .::::::.:: . ....   .   . 
CCDS14 NEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPED
              610       620       630       640       650       660

           660       670       680       690       700       710   
pF1KA1 GPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAP
         .:.:. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.:  :.:::::.. . 
CCDS14 TTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNT-TN
              670       680       690       700       710          

           720       730         740       750       760       770 
pF1KA1 ELGAAPEEELAALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTI
       ...   .::. .::.   .:  :::.   :::::::  ::::::::::::::::::::::
CCDS14 DIAHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTI
     720       730       740       750       760       770         

             780       790       800        
pF1KA1 TMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
       :::::.:.:.: :: .:::..: :::.:::.::::::
CCDS14 TMIPNTLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
     780       790       800       810      

>>CCDS14788.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY             (816 aa)
 initn: 3766 init1: 2817 opt: 4086  Z-score: 3659.9  bits: 688.1 E(32554): 1.6e-197
Smith-Waterman score: 4088; 73.1% identity (88.5% similar) in 807 aa overlap (16-808:11-816)

               10        20              30           40        50 
pF1KA1 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTL------WFLSLALRAS---TQAPAPTVNTHFGKL
                      : .  :.:. :      :. .::.. .   .::  :.:::..::.
CCDS14      MLRPQGLLWLPLLFTSVCVMLNSNVLLWITALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKI
                    10        20        30        40        50     

              60        70        80        90       100       110 
pF1KA1 RGARVPLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIH
       .: :.::::::::::.::::::::.:: ::.:: ::: : ::.::::::.:  ::::.. 
CCDS14 QGLRTPLPSEILGPVEQYLGVPYASPPTGERRFQPPESPSSWTGIRNATQFSAVCPQHLD
          60        70        80        90       100       110     

              120       130       140       150       160          
pF1KA1 TA-VPEVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAK-PVMVYIHGG
          . . :::.:::..:: . ::.:. ::::::::.::: ::::.....: :::::::::
CCDS14 ERFLLHDMLPIWFTTSLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPMEDDIHEQNSKKPVMVYIHGG
         120       130       140       150       160       170     

     170       180       190       200       210       220         
pF1KA1 SYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVS
       :::::::::::::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. 
CCDS14 SYMEGTGNMIDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIE
         180       190       200       210       220       230     

     230       240       250       260       270       280         
pF1KA1 ENIAFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVK
       ::.. :::::.:.:.:::: ::::::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.:
CCDS14 ENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAK
         240       250       260       270       280       290     

     290       300       310       320       330       340         
pF1KA1 YTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEI
       :: .::::::::.:::.:::.::..:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.:
CCDS14 YTRILADKVGCNMLDTTDMVECLKNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQI
         300       310       320       330       340       350     

     350       360       370       380       390       400         
pF1KA1 LMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDT
       :::::::::::::::::::::::::.:.:: ::::. .:::.::::::::::::::::::
CCDS14 LMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDT
         360       370       380       390       400       410     

     410       420       430       440       450       460         
pF1KA1 LRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHH
       ::::::::::::::..::::::::::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::
CCDS14 LRETIKFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHH
         420       430       440       450       460       470     

     470       480       490       500       510       520         
pF1KA1 CQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGD
       ::: :::.:.:.:::::::::::.::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGD
         480       490       500       510       520       530     

     530       540       550       560       570       580         
pF1KA1 PNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVP
       ::.:::::::::::: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::
CCDS14 PNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVP
         540       550       560       570       580       590     

     590       600       610       620        630       640        
pF1KA1 HLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWN
       ::.::...:.:.:::::::::: :   . :::  .: : .::::::.:: . ....   .
CCDS14 HLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHK
         600       610       620       630       640       650     

      650       660       670       680       690       700        
pF1KA1 GDQDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQR
          .   .:.:. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.:  :.:::::
CCDS14 TGPEDTTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQR
         660       670       680       690       700       710     

      710       720       730         740       750       760      
pF1KA1 GAGAPELGAAPEEELAALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLM
       .. . ..    .::. .::.   .:  :::.   :::::::  :::::::::::::::.:
CCDS14 NT-TNDITHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFM
          720       730       740       750       760       770    

        770       780       790       800        
pF1KA1 TPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV
       ::::::::::.:.:.: :: ..::..: :::.:::.::::::
CCDS14 TPNTITMIPNTLMGMQPLHTFKTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV
          780       790       800       810      

>>CCDS56619.1 NLGN4Y gene_id:22829|Hs108|chrY             (648 aa)
 initn: 3172 init1: 2796 opt: 3487  Z-score: 3125.5  bits: 588.9 E(32554): 9e-168
Smith-Waterman score: 3487; 77.5% identity (91.1% similar) in 649 aa overlap (163-808:1-648)

            140       150       160       170       180       190  
pF1KA1 YIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIV
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56                               MVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGNVIV
                                             10        20        30

            200       210       220       230       240       250  
pF1KA1 ITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGIGAS
       ::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. :::::.:.:.:::: :::
CCDS56 ITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGAGAS
               40        50        60        70        80        90

            260       270       280       290       300       310  
pF1KA1 CVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDTVDMVDCL
       :::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .::::::::.:::.:::.::
CCDS56 CVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDTTDMVECL
              100       110       120       130       140       150

            320       330       340       350       360       370  
pF1KA1 RQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLK
       ..:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLK
              160       170       180       190       200       210

            380       390       400       410       420       430  
pF1KA1 FVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRK
       ::.:.:: ::::. .:::.::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::
CCDS56 FVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKENPETRRK
              220       230       240       250       260       270

            440       450       460       470       480       490  
pF1KA1 TLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFG
       :::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :::.:.:.:::::::::::
CCDS56 TLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFG
              280       290       300       310       320       330

            500       510       520       530       540       550  
pF1KA1 VPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVA
       .::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::
CCDS56 IPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVA
              340       350       360       370       380       390

            560       570       580       590       600       610  
pF1KA1 WSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDT
       ::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::...:.:.:::::::::: 
CCDS56 WSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDM
              400       410       420       430       440       450

            620        630       640       650       660       670 
pF1KA1 THSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDYSTELSVT
       :   . :::  .: : .::::::.:: . ....   .   .   .:.:. ::::::::::
CCDS56 TSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDYSTELSVT
              460       470       480       490       500       510

             680       690       700       710       720       730 
pF1KA1 IAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELAALQLGPT
       :::::::::::.::::::::.:::::.:  :.:::::.. . ..    .::. .::.   
CCDS56 IAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQRNT-TNDITHIQNEEIMSLQMKQL
              520       530       540        550       560         

               740       750       760       770       780         
pF1KA1 HH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQTLHPYNT
       .:  :::.   :::::::  :::::::::::::::.:::::::::::.:.:.: :: ..:
CCDS56 EHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFMTPNTITMIPNTLMGMQPLHTFKT
     570       580       590       600       610       620         

     790       800        
pF1KA1 FAAGFNSTGLPHSHSTTRV
       :..: :::.:::.::::::
CCDS56 FSGGQNSTNLPHGHSTTRV
     630       640        

>>CCDS11103.1 NLGN2 gene_id:57555|Hs108|chr17             (835 aa)
 initn: 2815 init1: 2556 opt: 2783  Z-score: 2494.0  bits: 472.4 E(32554): 1.3e-132
Smith-Waterman score: 3503; 64.9% identity (81.2% similar) in 810 aa overlap (42-808:42-835)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KA1 LSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPSEILGPVDQYLG
                                     :.::: .:..::.:  : .:::::: :.::
CCDS11 AGAQRGGGGPGGGAPGGPGLGLGSLGEERFPVVNTAYGRVRGVRRELNNEILGPVVQFLG
              20        30        40        50        60        70 

              80        90       100       110       120       130 
pF1KA1 VPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVPEVMLPVWFTANLDIVA
       ::::.::.: .:: ::: : :: :.:::: .::.::::.: :.: .::::::: ::. .:
CCDS11 VPYATPPLGARRFQPPEAPASWPGVRNATTLPPACPQNLHGALPAIMLPVWFTDNLEAAA
              80        90       100       110       120       130 

             140       150                        160       170    
pF1KA1 TYIQEPNEDCLYLNVYVPTED-----------------DIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEG
       ::.:. .:::::::.::::::                 :::: : ::::...::::::::
CCDS11 TYVQNQSEDCLYLNLYVPTEDGPLTKKRDEATLNPPDTDIRDPGKKPVMLFLHGGSYMEG
             140       150       160       170       180       190 

          180       190       200       210       220       230    
pF1KA1 TGNMIDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAF
       ::::.:::.::.:::::: :::::.::::::::::::::::::::::::::::.::::: 
CCDS11 TGNMFDGSVLAAYGNVIVATLNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWLSENIAH
             200       210       220       230       240       250 

          240       250       260       270       280       290    
pF1KA1 FGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLL
       :::::.:::.:::: :::::.:: ::::::::::.:: :::.:.:::.:::::.::: ::
CCDS11 FGGDPERITIFGSGAGASCVNLLILSHHSEGLFQKAIAQSGTAISSWSVNYQPLKYTRLL
             260       270       280       290       300       310 

          300       310       320       330       340       350    
pF1KA1 ADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQG
       : ::::.  :... :.:::.: ..:::.::.::::::.:::::.::::.::::::::.::
CCDS11 AAKVGCDREDSAEAVECLRRKPSRELVDQDVQPARYHIAFGPVVDGDVVPDDPEILMQQG
             320       330       340       350       360       370 

          360       370       380       390       400       410    
pF1KA1 EFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETI
       ::::::...::::::::::::  .. :::::.. ::..::::::::::::::::.:::::
CCDS11 EFLNYDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDFTVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETI
             380       390       400       410       420       430 

          420       430       440       450       460       470    
pF1KA1 KFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLM
       :::::::::::: : :::::.::::::::: :.:.:: ::: : ::.:::.::::::.  
CCDS11 KFMYTDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATAKLHADYQSPVYFYTFYHHCQAEG
             440       450       460       470       480       490 

          480       490       500       510       520       530    
pF1KA1 KPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPV
       .: :.:::::::.:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::.::
CCDS11 RPEWADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPV
             500       510       520       530       540       550 

          540       550       560       570       580       590    
pF1KA1 PQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNL
       :::::::::: ::::::.:::.: ... ::::::::::::.:::.::::: .:::::.::
CCDS11 PQDTKFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPRVRDNYRANKVAFWLELVPHLHNL
             560       570       580       590       600       610 

           600       610       620       630          640       650
pF1KA1 H-DMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAY---SNENAQGSWNGD
       : ..:   .:::..::    ....   :: . . .:.::   ::      :   :    :
CCDS11 HTELF---TTTTRLPP----YATRWPPRPPAGAPGTRRPP-PPATLPPEPEPEPGPRAYD
                620           630       640        650       660   

              660       670       680       690       700       710
pF1KA1 QDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGA
       .  :     . ::::::::::.::::::::::.::::::::..:.:..   :. ::  :.
CCDS11 RFPG-----DSRDYSTELSVTVAVGASLLFLNILAFAALYYKRDRRQELRCRRLSPPGGS
                670       680       690       700       710        

                         720       730       740       750         
pF1KA1 GA------PELGAA-----PEEELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRS
       :.      : : ::     :::::..:::   .    .. : ..:: .  :::::.:::.
CCDS11 GSGVPGGGPLLPAAGRELPPEEELVSLQL--KRGGGVGADPAEALRPACPPDYTLALRRA
      720       730       740         750       760       770      

     760       770            780       790             800        
pF1KA1 PDDIPLMTPNTITMIPNSL-----VGLQTLHPYNTF------AAGFNSTGLPHSHSTTRV
       :::.::..:...:..:..:         .:::.. :      :.. :.: ::: ::::::
CCDS11 PDDVPLLAPGALTLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPFPPPPPTATSHNNT-LPHPHSTTRV
        780       790       800       810       820        830     

>>CCDS3222.1 NLGN1 gene_id:22871|Hs108|chr3               (823 aa)
 initn: 3565 init1: 2030 opt: 2081  Z-score: 1866.1  bits: 356.2 E(32554): 1.3e-97
Smith-Waterman score: 3789; 71.6% identity (86.4% similar) in 786 aa overlap (42-808:53-823)

              20        30        40        50        60        70 
pF1KA1 LSPKPTVGRSLCLTLWFLSLALRASTQAPAPTVNTHFGKLRGARVPLPSEILGPVDQYLG
                                     : : :.:::.:: .  : .:::::: :.::
CCDS32 RGLGAPLTLCMLGCLLQAGHVLSQKLDDVDPLVATNFGKIRGIKKELNNEILGPVIQFLG
             30        40        50        60        70        80  

              80        90       100       110        120       130
pF1KA1 VPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTA-VPEVMLPVWFTANLDIV
       ::::::: ::.:: :::::  :: :::::.: :::::::  . .:::::::::: :::.:
CCDS32 VPYAAPPTGERRFQPPEPPSPWSDIRNATQFAPVCPQNIIDGRLPEVMLPVWFTNNLDVV
             90       100       110       120       130       140  

              140       150        160       170       180         
pF1KA1 ATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGA-KPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGN
       ..:.:. .:::::::.::::::::::::. ::::::::::::::::::. :::.::::::
CCDS32 SSYVQDQSEDCLYLNIYVPTEDDIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNLYDGSVLASYGN
            150       160       170       180       190       200  

     190       200       210       220       230       240         
pF1KA1 VIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVFGSGI
       :::::.:::.::::::::::::::::::::: ::::::.::::.:::::: :::::::: 
CCDS32 VIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGDPLRITVFGSGA
            210       220       230       240       250       260  

     250       260                270       280       290       300
pF1KA1 GASCVSLLTLSHHSEG---------LFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGC
       :.:::.::::::.:::         :::::: :::.:::::::..::.::. .:: ::::
CCDS32 GGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARMLATKVGC
            270       280       290       300       310       320  

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 NVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYD
       :: :::..:.::..:  ::::.:::::::::.:::::::::::::::.::::::::::::
CCDS32 NVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYD
            330       340       350       360       370       380  

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 IMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTD
       :::::::::::::::..:: .::.:..:::..::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS32 IMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMYTD
            390       400       410       420       430       440  

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 WADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSD
       :::: :::::::::.::::::::: :.:.:::::. .::::::::::::::. . :::.:
CCDS32 WADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAWAD
            450       460       470       480       490       500  

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 AAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKF
       ::::::::::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS32 AAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKF
            510       520       530       540       550       560  

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 IHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHY
       :::: ::::::::..:. .:::::::::::::..::::.:: .: .:::::.::.:. .:
CCDS32 IHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPHLHNLNDISQY
            570       580       590       600       610       620  

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 TSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVEN
       ::::::::      :. :: ::. :. :.   .  :. .... .      :. .:. :..
CCDS32 TSTTTKVP------STDITFRPTRKN-SVPVTSAFPTAKQDDPK------QQPSPFSVDQ
            630             640        650             660         

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 PRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPE
        :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::..  :. :::: . . .:  : :
CCDS32 -RDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQR-TTTNDLTHAQE
      670       680       690       700       710        720       

              730         740        750       760       770       
pF1KA1 EELAALQLGPTH--HECEAGPPHDT-LRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNS
       ::. .::.  :   ::::.  ::.. :: .  :::::..::::::.:::::::::::::.
CCDS32 EEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMTPNTITMIPNT
       730       740       750       760       770       780       

       780       790            800        
pF1KA1 LVGLQTLHPYNTFAAGFNST-----GLPHSHSTTRV
       . :.: :: .:::..: :.:       :::::::::
CCDS32 IPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV
       790       800       810       820   

>>CCDS3198.1 BCHE gene_id:590|Hs108|chr3                  (602 aa)
 initn: 975 init1: 268 opt: 906  Z-score: 817.0  bits: 161.6 E(32554): 3.5e-39
Smith-Waterman score: 1117; 34.6% identity (61.7% similar) in 593 aa overlap (22-594:8-560)

               10        20          30           40        50     
pF1KA1 MWLRLGPPSLSLSPKPTVGRSLCLTL--WFLSLAL---RASTQAPAPTVNTHFGKLRGAR
                            .:. .  ::: : .   .. :.     . :. ::.::  
CCDS31               MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDI-IIATKNGKVRGMN
                             10        20        30         40     

          60        70        80        90       100       110     
pF1KA1 VPLPSEILGPVDQYLGVPYAAPPIGEKRFLPPEPPPSWSGIRNATHFPPVCPQNIHTAVP
       . . .   : :  .::.::: ::.:. ::  :.   .:: : :::..   : :::  . :
CCDS31 LTVFG---GTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCCQNIDQSFP
          50           60        70        80        90       100  

         120       130       140       150       160       170     
pF1KA1 EVMLPVWFTANLDIVATYIQEPNEDCLYLNVYVPTEDDIRDSGAKPVMVYIHGGSYMEGT
              .. : :.        .::::::::..:.    . ..:  :...:.::... ::
CCDS31 GFHGSEMWNPNTDL--------SEDCLYLNVWIPAP---KPKNAT-VLIWIYGGGFQTGT
            110               120       130           140       150

           180       190       200        210       220       230  
pF1KA1 GNM--IDGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLST-GDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENI
       ...   ::..::    :::...:::::.::::.  :.  : ::.::.::  ::.::..::
CCDS31 SSLHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALGFLALPGNPEAPGNMGLFDQQLALQWVQKNI
              160       170       180       190       200       210

            240       250       260       270       280         290
pF1KA1 AFFGGDPRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVN--YQPVKY
       : :::.:. .:.:: . ::. :::  ::  :..:: :::.::::  . :::.  :.  . 
CCDS31 AAFGGNPKSVTLFGESAGAASVSLHLLSPGSHSLFTRAILQSGSFNAPWAVTSLYEARNR
              220       230       240       250       260       270

              300       310       320           330       340      
pF1KA1 TSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELV--EQDIQP--ARYHVAFGPVIDGDVIPDD
       :  ::  .::.  . .... :::.:. .:..  :  . :  .   : :::..::: . : 
CCDS31 TLNLAKLTGCSRENETEIIKCLRNKDPQEILLNEAFVVPYGTPLSVNFGPTVDGDFLTDM
              280       290       300       310       320       330

        350       360       370            380       390       400 
pF1KA1 PEILMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKF-VEGVV----DPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLY
       :.::.: :.: . .:..:::. ::  : : :.     : .. ..  .:. ... :     
CCDS31 PDILLELGQFKKTQILVGVNKDEGTAFLVYGAPGFSKDNNSIITRKEFQEGLKIF-----
              340       350       360       370       380          

             410       420       430       440       450       460 
pF1KA1 GYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPT
        .:  ..  .:.: : ::::.: . ::. :..:  .  :.... :..  .   ...:. .
CCDS31 -FPGVSEFGKESILFHYTDWVDDQRPENYREALGDVVGDYNFICPALEFTKKFSEWGNNA
          390       400       410       420       430       440    

             470       480       490       500       510       520 
pF1KA1 YFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYW
       .:: : :. ..:  : :  . :: :. .:::.:.    :    :..: . .::  ..  :
CCDS31 FFYYFEHRSSKLPWPEWMGVMHGYEIEFVFGLPLER-RD----NYTKAEEILSRSIVKRW
          450       460       470       480            490         

             530       540       550       560       570        580
pF1KA1 TNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKP-RVRDHYRATK
       .:::: :.::.          :. :    ..:  ..  .: :: .. .  :.  . :: .
CCDS31 ANFAKYGNPNE----------TQNN---STSWPVFKSTEQKYLTLNTESTRIMTKLRAQQ
     500       510                    520       530       540      

              590       600       610       620       630       640
pF1KA1 VAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSN
         ::  . :.. ..                                              
CCDS31 CRFWTSFFPKVLEMTGNIDEAEWEWKAGFHRWNNYMMDWKNQFNDYTSKKESCVGL    
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>>CCDS43896.1 CEL gene_id:1056|Hs108|chr9                 (756 aa)
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