Result of FASTA (omim) for
pF1KA1496
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1496, 1028 aa
1>>>pF1KA1496 1028 - 1028 aa - 1028 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6740+/-0.000628; mu= 4.7636+/- 0.038
mean_var=347.2848+/-76.083, 0's: 0 Z-trim(113.9): 734 B-trim: 33 in 1/53
Lambda= 0.068823
statistics sampled from 22555 (23510) to 22555 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.61), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 7.080
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065923 (OMIM: 601325) contactin-3 precursor [Ho (1028) 6839 695.3 4.4e-199
XP_016861996 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 6839 695.3 4.4e-199
XP_005264814 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 6839 695.3 4.4e-199
XP_011532070 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 (1028) 6707 682.2 3.9e-195
XP_016861997 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 ( 970) 6415 653.2 2e-186
XP_006713067 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 4750 487.9 1.2e-136
XP_016861274 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 4750 487.9 1.2e-136
XP_016861276 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 4750 487.9 1.2e-136
XP_016861275 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1025) 4750 487.9 1.2e-136
XP_011531730 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531728 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531731 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_016861272 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
NP_001193884 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform a (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531732 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531729 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_016861273 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_016861271 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531727 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1026) 4738 486.7 2.8e-136
NP_783200 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform a pre (1026) 4738 486.7 2.8e-136
XP_011531733 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 (1015) 4667 479.6 3.7e-134
NP_001276009 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 1 (1028) 4348 448.0 1.3e-124
XP_005265115 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 4348 448.0 1.3e-124
XP_016861660 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 4348 448.0 1.3e-124
XP_016861661 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 4348 448.0 1.3e-124
NP_055276 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 1 pre (1028) 4348 448.0 1.3e-124
XP_011531892 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 (1028) 4348 448.0 1.3e-124
NP_001276010 (OMIM: 607220) contactin-6 isoform 2 ( 956) 4104 423.7 2.4e-117
XP_011531893 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 956) 4104 423.7 2.4e-117
XP_016861663 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 956) 4104 423.7 2.4e-117
NP_780775 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 2 pre (1026) 3848 398.3 1.1e-109
XP_011541173 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1026) 3848 398.3 1.1e-109
NP_001230199 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 (1100) 3811 394.7 1.5e-108
NP_055176 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 1 pre (1100) 3811 394.7 1.5e-108
XP_016873415 (OMIM: 607219) PREDICTED: contactin-5 (1100) 3811 394.7 1.5e-108
XP_016861998 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 ( 586) 3772 390.5 1.5e-107
XP_016861277 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 ( 699) 3378 351.4 9.9e-96
NP_001230200 (OMIM: 607219) contactin-5 isoform 3 ( 911) 3303 344.1 2e-93
XP_016861662 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 992) 3199 333.9 2.7e-90
NP_001193885 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform d ( 697) 3085 322.3 5.6e-87
XP_016857688 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1182) 3088 322.9 6.3e-87
NP_001333012 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 pre (1040) 3085 322.6 7.2e-87
NP_005067 (OMIM: 190197,615400) contactin-2 precur (1040) 3085 322.6 7.2e-87
XP_016857687 (OMIM: 190197,615400) PREDICTED: cont (1187) 3084 322.6 8.3e-87
NP_783302 (OMIM: 607280) contactin-4 isoform c [Ho ( 698) 3073 321.2 1.3e-86
XP_016861665 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 654) 2700 284.1 1.7e-75
XP_016861664 (OMIM: 607220) PREDICTED: contactin-6 ( 654) 2700 284.1 1.7e-75
XP_016874310 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 2583 272.7 7.1e-72
XP_016874312 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 2583 272.7 7.1e-72
XP_016874311 (OMIM: 600016,612540) PREDICTED: cont (1015) 2583 272.7 7.1e-72
>>NP_065923 (OMIM: 601325) contactin-3 precursor [Homo s (1028 aa)
initn: 6839 init1: 6839 opt: 6839 Z-score: 3695.1 bits: 695.3 E(85289): 4.4e-199
Smith-Waterman score: 6839; 100.0% identity (100.0% similar) in 1028 aa overlap (1-1028:1-1028)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 RWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPNRNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPNRNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGSPTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGSPTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 NSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 EERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 VQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSVQEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSVQEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 AENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMDVSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMDVSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 LADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLKHSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLKHSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVISYSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVISYSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 TVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVIT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 FLIVYVLW
::::::::
NP_065 FLIVYVLW
>>XP_016861996 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 iso (1028 aa)
initn: 6839 init1: 6839 opt: 6839 Z-score: 3695.1 bits: 695.3 E(85289): 4.4e-199
Smith-Waterman score: 6839; 100.0% identity (100.0% similar) in 1028 aa overlap (1-1028:1-1028)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 RWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPNRNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPNRNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGSPTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGSPTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 VQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSVQEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSVQEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 AENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMDVSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMDVSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 LADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLKHSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLKHSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVISYSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVISYSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 TVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVIT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
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XP_016 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 FLIVYVLW
::::::::
XP_016 FLIVYVLW
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pF1KA1 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
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pF1KA1 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
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pF1KA1 FLIVYVLW
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XP_005 FLIVYVLW
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGSPTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAA
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pF1KA1 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVL
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XP_011 EERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSVQEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVIT
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pF1KA1 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEV
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pF1KA1 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKK
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pF1KA1 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSA
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pF1KA1 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIRIPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVL
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 FLIVYVLW
::::::::
XP_011 FLIVYVLW
>>XP_016861997 (OMIM: 601325) PREDICTED: contactin-3 iso (970 aa)
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pF1KA1 EPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHYRWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPN
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRRWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPN
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pF1KA1 RNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAYLENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAYLENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHS
40 50 60 70 80 90
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGHLYISKVEPSDVGNYTCVVTSMVTNARVLGS
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pF1KA1 PTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAAKGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTPLVLRSDGVMGEYEPKIEVQFPETLPAAKGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFS
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pF1KA1 SKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAENSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SKIKLRKFSGVLEIPNFQQEDAGSYECIAENSRGKNVARGRLTYYAKPHWVQLIKDVEIA
220 230 240 250 260 270
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pF1KA1 VEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVLEERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEDSLYWECRASGKPKPSYRWLKNGAALVLEERTQIENGALTISNLSVTDSGMFQCIAEN
280 290 300 310 320 330
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pF1KA1 KHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQVQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KHGLVYSSAELKVVASAPDFSKNPMKKLVQVQVGSLVSLDCKPRASPRALSSWKKGDVSV
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pF1KA1 QEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCMAENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QEHERISLLNDGGLKIANVTKADAGTYTCMAENQFGKANGTTHLVVTEPTRITLAPSNMD
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pF1KA1 VSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGALADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VSVGESVILPCQVQHDPLLDIIFTWYFNGALADFKKDGSHFEKVGGSSSGDLMIRNIQLK
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pF1KA1 HSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGPPENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGPPENVKVDEITDTTAQLSWKEGKDNHSPVIS
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pF1KA1 YSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTATVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTATVVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPS
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pF1KA1 EKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVITWDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKVRTEEAVPEVPPSEVNGGGGSRSELVITWDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQ
640 650 660 670 680 690
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pF1KA1 TVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGVYNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPYEVKVGVYNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVS
700 710 720 730 740 750
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pF1KA1 ANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEVRYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGHLLGYEVRYWNGGGKEESSSKMKVAGNETSARLRGLK
760 770 780 790 800 810
880 890 900 910 920 930
pF1KA1 SNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKKTPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSATVNVTTKKTPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAME
820 830 840 850 860 870
940 950 960 970 980 990
pF1KA1 NESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSAELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVLNTNKTSAELVLPIKEDYIIEVKATTDGGDGTSSEQIR
880 890 900 910 920 930
1000 1010 1020
pF1KA1 IPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVLFLIVYVLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPRITSMDARGSTSAISNVHPMSSYMPIVLFLIVYVLW
940 950 960 970
>>XP_006713067 (OMIM: 607280) PREDICTED: contactin-4 iso (1025 aa)
initn: 4889 init1: 3186 opt: 4750 Z-score: 2574.1 bits: 487.9 E(85289): 1.2e-136
Smith-Waterman score: 4750; 65.0% identity (87.5% similar) in 1022 aa overlap (1-1022:1-1019)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MMFPWKQLILLSFIGCLGGELLLQGPVFIKEPSNSIFPVGSEDKKITLHCEARGNPSPHY
: .::. :.: ::: ::. . :.::.::.::: .::. ::.::. :.::..:::.::
XP_006 MRLPWELLVLQSFILCLADDSTLHGPIFIQEPSPVMFPLDSEEKKVKLNCEVKGNPKPHI
10 20 30 40 50 60
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pF1KA1 RWQLNGSDIDMSMEHRYKLNGGNLVVINPNRNWDTGTYQCFATNSLGTIVSREAKLQFAY
::.:::.:.: .:. ::.. :.:.. :::.. :.::::: ::::.::::::::::::::
XP_006 RWKLNGTDVDTGMDFRYSVVEGSLLINNPNKTQDAGTYQCTATNSFGTIVSREAKLQFAY
70 80 90 100 110 120
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pF1KA1 LENFKTKMRSTVSVREGQGVVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSFVEEDSRRFVSQETGH
:.::::. :::::::.:::.::::::::::::::::::::::::. .:.:::::::::.
XP_006 LDNFKTRTRSTVSVRRGQGMVLLCGPPPHSGELSYAWIFNEYPSY--QDNRRFVSQETGN
130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]