Result of FASTA (omim) for
pF1KA1497
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1497, 716 aa
1>>>pF1KA1497 716 - 716 aa - 716 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2627+/-0.000705; mu= -12.0872+/- 0.043
mean_var=345.1144+/-79.370, 0's: 0 Z-trim(108.2): 402 B-trim: 648 in 2/58
Lambda= 0.069039
statistics sampled from 15852 (16299) to 15852 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.522), E-opt: 0.2 (0.191), width: 16
Scan time: 11.380
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011507368 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 2174 232.6 4.3e-60
XP_016855539 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 2174 232.6 4.3e-60
XP_005244884 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-ric ( 713) 2174 232.6 4.3e-60
NP_963924 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713) 2174 232.6 4.3e-60
NP_006329 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuro ( 713) 2174 232.6 4.3e-60
NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 432 59.0 6.5e-08
NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 432 59.0 6.6e-08
XP_011531880 (OMIM: 608868) PREDICTED: leucine-ric (1045) 410 57.0 4.5e-07
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606) 384 54.2 1.8e-06
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606) 384 54.2 1.8e-06
XP_005267547 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876621 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_037363 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat trans ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876620 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876623 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876622 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_001333075 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_001333074 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_011534913 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_001333073 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_001333072 (OMIM: 604807) leucine-rich repeat tr ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876624 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876618 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
XP_016876619 (OMIM: 604807) PREDICTED: leucine-ric ( 660) 355 51.4 1.4e-05
NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 355 51.5 1.8e-05
XP_016864014 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 352) 344 50.1 1.8e-05
XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412) 343 50.0 2.2e-05
NP_001240657 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 724) 349 50.8 2.3e-05
XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 348 50.7 2.4e-05
XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703) 348 50.7 2.4e-05
>>XP_011507368 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-rich re (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1199.8 bits: 232.6 E(85289): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
XP_011 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
XP_011 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
XP_011 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
XP_011 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
::::::::::.:..::. ::..::.::::::::::.... ::: :::.:::::.::: :
XP_011 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
:::.:..:: ::::::::. ::::.::.:: ::. .: .:.::::::::.:..:.::::
XP_011 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
XP_011 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
XP_011 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
XP_011 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
XP_011 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
XP_011 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>XP_016855539 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-rich re (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1199.8 bits: 232.6 E(85289): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
XP_016 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
XP_016 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
XP_016 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
XP_016 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
::::::::::.:..::. ::..::.::::::::::.... ::: :::.:::::.::: :
XP_016 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
:::.:..:: ::::::::. ::::.::.:: ::. .: .:.::::::::.:..:.::::
XP_016 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
XP_016 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
XP_016 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
XP_016 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
XP_016 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
XP_016 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>XP_005244884 (OMIM: 605492) PREDICTED: leucine-rich re (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1199.8 bits: 232.6 E(85289): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
XP_005 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
XP_005 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
XP_005 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
XP_005 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
::::::::::.:..::. ::..::.::::::::::.... ::: :::.:::::.::: :
XP_005 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
:::.:..:: ::::::::. ::::.::.:: ::. .: .:.::::::::.:..:.::::
XP_005 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
XP_005 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
XP_005 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
XP_005 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
XP_005 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
XP_005 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>NP_963924 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuronal (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1199.8 bits: 232.6 E(85289): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
NP_963 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
NP_963 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
NP_963 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
NP_963 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
::::::::::.:..::. ::..::.::::::::::.... ::: :::.:::::.::: :
NP_963 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
:::.:..:: ::::::::. ::::.::.:: ::. .: .:.::::::::.:..:.::::
NP_963 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
NP_963 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
NP_963 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
NP_963 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
NP_963 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
NP_963 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>NP_006329 (OMIM: 605492) leucine-rich repeat neuronal (713 aa)
initn: 1923 init1: 1724 opt: 2174 Z-score: 1199.8 bits: 232.6 E(85289): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 2174; 55.7% identity (79.1% similar) in 592 aa overlap (32-617:29-618)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 ARMSFVIAACQLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREATTVDCNDL
:: :.:.::::.::.:.::::::::::::
NP_006 MRLLVAPLLLAWVAGATAAVPVVPWHVPCPPQCACQIRPWYTPRSSYREATTVDCNDL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 RLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTVD--ELQQLFNLTELDFSQNNFTNIKEVGLANLT
:: .: : . ::.::::::.:.. :: :: : ::::::.:::.:.. .. . :
NP_006 FLTAVPPALPAGTQTLLLQSNSIVR-VDQSELGYLANLTELDLSQNSFSDARDCDFHALP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 QLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQELYINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKL
:: .:::::::.:.. :. . :..:::::.::::. :. .::.::.:::::::::: :
NP_006 QLLSLHLEENQLTRLEDHSFAGLASLQELYLNHNQLYRIAPRAFSGLSNLLRLHLNSNLL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILDMNFKPLANLRSLVLAGMYLTDIPGNALVGLD
..::::::. ::::::::: : : .::::::.::::::::::::: : .: :: ::.
NP_006 RAIDSRWFEMLPNLEILMIGGNKVDAILDMNFRPLANLRSLVLAGMNLREISDYALEGLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKFLDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGE
::::::::::.:..::. ::..::.::::::::::.... ::: :::.:::::.::: :
NP_006 SLESLSFYDNQLARVPRRALEQVPGLKFLDLNKNPLQRVGPGDFANMLHLKELGLNNMEE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 LVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSYIHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVES
:::.:..:: ::::::::. ::::.::.:: ::. .: .:.::::::::.:..:.::::
NP_006 LVSIDKFALVNLPELTKLDITNNPRLSFIHPRAFHHLPQMETLMLNNNALSALHQQTVES
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 LPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKTNIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEVLIQDSS
::::.:...:.::.::::::.: :.. : .::.:: : .:: ::. . :.:: ... .
NP_006 LPNLQEVGLHGNPIRCDCVIRWANATGTRVRFIEPQSTLCAEPPDLQRLPVREVPFREMT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 EQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFLDCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLS
..:::.:: ::: :.: : .. : :::.:::::::::::: : ..: . .:..
NP_006 DHCLPLISPRSFPPSLQVASGESMVLHCRALAEPEPEIYWVTPAGLRLTPAHAGRRYRVY
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQGADTRVATIKVNGTLL----DGTQVLKIYVKQTE
:::::. . :..: :::::::. ::::..... :. .:: : : :.. :..:.
NP_006 PEGTLELRRVTAEEAGLYTCVAQNLVGADTKTVSVVVGRALLQPGRDEGQGLELRVQETH
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDNPHITYTARVPVDVHEYNLTHLQPSTDYEVC
. ::.:: . :....:: ::::. .. . : ::.: .: ::.:.: .:.: .:
NP_006 PYHILLSWVTPPNTVSTNLTWSSAS-SLRGQGATALARLPRGTHSYNITRLLQATEYWAC
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 LTVSNIHQQTQKSCVNVTTKNAAFAVDISDQETSTALAAVMGSMFAVISLASIAVYFAKR
: :. .:: .:: . ::.:
NP_006 LQVAFADAHTQLACVWARTKEATSCHRALGDRPGLIAILALAVLLLAAGLAAHLGTGQPR
600 610 620 630 640 650
>>NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 263.0 bits: 59.0 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
NP_001 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
NP_001 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
NP_001 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
NP_001 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
NP_001 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
NP_001 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
NP_001 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
NP_001 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
NP_001 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
NP_001 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
>>NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 263.0 bits: 59.0 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
NP_001 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
NP_001 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
NP_001 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
NP_001 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
NP_001 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
NP_001 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
NP_001 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
NP_001 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
NP_001 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
NP_001 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
>>XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-rich re (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 263.0 bits: 59.0 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
XP_016 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
XP_016 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
XP_016 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
XP_016 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
XP_016 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
XP_016 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
XP_016 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
XP_016 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
XP_016 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
XP_016 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
>>NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 263.0 bits: 59.0 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
NP_001 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
NP_001 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
NP_001 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
NP_001 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
NP_001 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
NP_001 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
NP_001 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
NP_001 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
NP_001 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
NP_001 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
>>NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and im (614 aa)
initn: 500 init1: 302 opt: 432 Z-score: 263.0 bits: 59.0 E(85289): 6.5e-08
Smith-Waterman score: 645; 29.1% identity (57.0% similar) in 537 aa overlap (10-516:15-508)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MARMSFVIAAC-QLVLGLLMTSLTESSIQNSECPQLCVCEIRPWFTPQSTYREAT
:: : .: :.. :. .: . :: : : .
NP_001 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGS--ATGCPPRCECSAQD-----------R
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KA1 TVDCNDLRLTRIPSNLSSDTQVLLLQSNNIAKTV--DELQQLFNLTELDFSQN-------
.: :. :.. .: .. ..:..: : .: : ::. ::. .. .: ::....:
NP_001 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRI-KTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEP
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140
pF1KA1 ----NFTNIKEVGL-------------ANLTQLTTLHLEENQITEMTDYCLQDLSNLQEL
:. :.. .:: ..:..:: : . ::.:. . :: .::: ::. :
NP_001 GAFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 YINHNQISTISAHAFAGLKNLLRLHLNSNKLKVIDSRWFDSTPNLEILMIGENPVIGILD
.. :.. :: .::.::..: .: :.. .: : .. .. .: .: . . . .: :
NP_001 EVGDNDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 MNFKPLANLRSLVLAGM-YLTDIPGNALVGLDSLESLSFYDNKLVKVPQLALQKVPNLKF
..:: : :. : .. :: . : : ::. : :::. .:. :: ::.... :.:
NP_001 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLN-LTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRF
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 LDLNKNPIHKIQEGDFKNMLRLKELGINNMGELVSVDRYALDNLPELTKLEATNNPKLSY
:.:. ::: :. . ....:::.:. . . :.:. :. ::. .: : :....: .:.
NP_001 LNLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVG-GQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGN-QLTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHRLAFRSVPALESLMLNNNALNAIYQKTVESLPNLREISIHSNPLRCDCVIHWINSNKT
... .:.:: ::.:.:. :::: ::: . :. .
NP_001 LEESVFHSVGNLETLILD------------------------SNPLACDCRLLWVFRRRW
350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 NIRFMEPLSMFCAMPPEYKGHQVKEV--LIQDSSEQCLPMISHDSFPNRLNVDIGTTVFL
. : . :: : .:.. :. .. . : .: ... :: : :: .
NP_001 RLNFNRQQPT-CATPEFVQGKEFKDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQF
380 390 400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 DCRAMAEPEPEIYWVTPIGNKITVETLSDKYKLSSEGTLEISNIQIEDSGRYTCVAQNVQ
::: ..: : : :..: . ..... . . . .::::. :..:.: : :.: :.
NP_001 VCRADGDPPPAILWLSPRKHLVSAKS-NGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAG
440 450 460 470 480 490
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 GADTRVATIKVNGTLLDGTQVLKIYVKQTESHSILVSWKVNSNVMTSNLKWSSATMKIDN
: :. : ..:
NP_001 GNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPNKTFAFISNQPGEGEANSTRATVPFPFDIKTLIIATTM
500 510 520 530 540 550
716 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 01:35:50 2016 done: Fri Nov 4 01:35:52 2016
Total Scan time: 11.380 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]