Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1508
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1508, 1126 aa
1>>>pF1KA1508 1126 - 1126 aa - 1126 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5532+/-0.00101; mu= -1.6186+/- 0.061
mean_var=292.3699+/-58.762, 0's: 0 Z-trim(113.5): 134 B-trim: 65 in 1/53
Lambda= 0.075008
statistics sampled from 13986 (14120) to 13986 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.434), width: 16
Scan time: 3.200
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS56027.1 ARHGAP23 gene_id:57636|Hs108|chr17 (1491) 7623 839.5 0
CCDS7144.2 ARHGAP21 gene_id:57584|Hs108|chr10 (1958) 1339 159.5 6.8e-38
CCDS2184.1 ARHGAP15 gene_id:55843|Hs108|chr2 ( 475) 539 72.5 2.6e-12
>>CCDS56027.1 ARHGAP23 gene_id:57636|Hs108|chr17 (1491 aa)
initn: 7623 init1: 7623 opt: 7623 Z-score: 4470.6 bits: 839.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7623; 100.0% identity (100.0% similar) in 1118 aa overlap (3-1120:21-1138)
10 20 30 40
pF1KA1 MEQLPLGPRDGCSPRRPFPWQGPRTLLLYKSPQDGFGFTLRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MNGVAFCLVGIPPRPEPRPPQLPLGPRDGCSPRRPFPWQGPRTLLLYKSPQDGFGFTLRH
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 FIVYPPESAVHCSLKEEENGGRGGGPSPRYRLEPMDTIFVKNVKEDGPAHRAGLRTGDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FIVYPPESAVHCSLKEEENGGRGGGPSPRYRLEPMDTIFVKNVKEDGPAHRAGLRTGDRL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA1 VKVNGESVIGKTYSQVIALIQNSDDTLELSIMPKDEDILQLAYSQDAYLKGNEPYSGEAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VKVNGESVIGKTYSQVIALIQNSDDTLELSIMPKDEDILQLAYSQDAYLKGNEPYSGEAR
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA1 SIPEPPPICYPRKTYAPPARASTRATMVPEPTSALPSDPRSPAAWSDPGLRVPPAARAHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SIPEPPPICYPRKTYAPPARASTRATMVPEPTSALPSDPRSPAAWSDPGLRVPPAARAHL
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KA1 DNSSLGMSQPRPSPGAFPHLSSEPRTPRAFPEPGSRVPPSRLECQQALSHWLSNQVPRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DNSSLGMSQPRPSPGAFPHLSSEPRTPRAFPEPGSRVPPSRLECQQALSHWLSNQVPRRA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 GERRCPAMAPRARSASQDRLEEVAAPRPWPCSTSQDALSQLGQEGWHRARSDDYLSRATR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GERRCPAMAPRARSASQDRLEEVAAPRPWPCSTSQDALSQLGQEGWHRARSDDYLSRATR
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KA1 SAEALGPGALVSPRFERCGWASQRSSARTPACPTRDLPGPQAPPPSGLQGLDDLGYIGYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SAEALGPGALVSPRFERCGWASQRSSARTPACPTRDLPGPQAPPPSGLQGLDDLGYIGYR
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KA1 SYSPSFQRRTGLLHALSFRDSPFGGLPTFNLAQSPASFPPEASEPPRVVRPEPSTRALEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SYSPSFQRRTGLLHALSFRDSPFGGLPTFNLAQSPASFPPEASEPPRVVRPEPSTRALEP
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 PAEDRGDEVVLRQKPPTGRKVQLTPARQMNLGFGDESPEPEASGRGERLGRKVAPLATTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PAEDRGDEVVLRQKPPTGRKVQLTPARQMNLGFGDESPEPEASGRGERLGRKVAPLATTE
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 DSLASIPFIDEPTSPSIDLQAKHVPASAVVSSAMNSAPVLGTSPSSPTFTFTLGRHYSQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DSLASIPFIDEPTSPSIDLQAKHVPASAVVSSAMNSAPVLGTSPSSPTFTFTLGRHYSQD
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 CSSIKAGRRSSYLLAITTERSKSCDDGLNTFRDEGRVLRRLPNRIPSLRMLRSFFTDGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CSSIKAGRRSSYLLAITTERSKSCDDGLNTFRDEGRVLRRLPNRIPSLRMLRSFFTDGSL
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 DSWGTSEDADAPSKRHSTSDLSDATFSDIRREGWLYYKQILTKKGKKAGSGLRQWKRVYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DSWGTSEDADAPSKRHSTSDLSDATFSDIRREGWLYYKQILTKKGKKAGSGLRQWKRVYA
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 ALRARSLSLSKERREPGPAAAGAAAAGAGEDEAAPVCIGSCLVDISYSETKRRHVFRLTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ALRARSLSLSKERREPGPAAAGAAAAGAGEDEAAPVCIGSCLVDISYSETKRRHVFRLTT
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 ADFCEYLFQAEDRDDMLGWIRAIRENSRAEGEDPGCANQALISKKLNDYRKVSHSSGPKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ADFCEYLFQAEDRDDMLGWIRAIRENSRAEGEDPGCANQALISKKLNDYRKVSHSSGPKA
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KA1 DSSPKGSRGLGGLKSEFLKQSAARGLRTQDLPAGSKDDSAAAPKTPWGINIIKKNKKAAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DSSPKGSRGLGGLKSEFLKQSAARGLRTQDLPAGSKDDSAAAPKTPWGINIIKKNKKAAP
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 RAFGVRLEECQPATENQRVPLIVAACCRIVEARGLESTGIYRVPGNNAVVSSLQEQLNRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RAFGVRLEECQPATENQRVPLIVAACCRIVEARGLESTGIYRVPGNNAVVSSLQEQLNRG
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 PGDINLQDERWQDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARERMRTLRKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PGDINLQDERWQDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARERMRTLRKL
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 IRDLPGHYYETLKFLVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IRDLPGHYYETLKFLVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 DRYKIVETLIQHSDWFFSDEEDKGERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVPPGDPGSAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DRYKIVETLIQHSDWFFSDEEDKGERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVPPGDPGSDS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 LLEI
CCDS56 TTCSSAKSKGSWAPKKEPYAREMLAISFISAVNRKRKKRREARGLGSSTDDDSEQEAHKP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
>>CCDS7144.2 ARHGAP21 gene_id:57584|Hs108|chr10 (1958 aa)
initn: 2253 init1: 1050 opt: 1339 Z-score: 793.8 bits: 159.5 E(32554): 6.8e-38
Smith-Waterman score: 1918; 48.6% identity (71.5% similar) in 681 aa overlap (466-1117:730-1381)
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 SPASFPPEASEPPRVVRPEPSTRALEPPAEDRGDEVVLRQKPPTGRKVQLTPARQMN--L
: . :.::.:::.::.. : :... :
CCDS71 AGTSDLELPVSQRNQDLSLQEAETEQSDTLDNKEAVILREKPPSGRQTP-QPLRHQSYIL
700 710 720 730 740 750
500 510 520 530 540
pF1KA1 GFGDESPEPEAS------GRGE----RLG-RKVAPLATTEDSLASIPFIDEPTSPSIDLQ
. .:. ... .: : :. ::.. . :::::::::::::::::: .
CCDS71 AVNDQETGSDTTCWLPNDARREVHIKRMEERKASSTSPPGDSLASIPFIDEPTSPSIDHD
760 770 780 790 800 810
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 AKHVPASAVVSSAMNSAPVLGTSPSSPTFTFTL-GRHYSQDCSSIKAGRRSSYLLAITTE
:.:::::.:.. ...: ..: : : . : :. :.: :. .. . ::
CCDS71 IAHIPASAVISASTSQVPSIATVPPCLTTSAPLIRRQLSHDHESVGPPSLDAQPNS-KTE
820 830 840 850 860 870
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 RSKSCDDGLNTFRDEGRVLRRLPNRIPSLRMLRSFFTDGSLDSWGTSEDADAPSKRHSTS
:::: :.::. .:..... . .. ::. .. :: .:::. :.. :.:
CCDS71 RSKSYDEGLDDYREDAKLSFK---HVSSLKGIKI------ADSQKSSEDSG--SRKDSSS
880 890 900 910 920
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 DLSDATFSDIRREGWLYYKQILTKKGKKAGSGLRQWKRVYAALRARSLSLSKERREPGPA
.. ::: .::::... ..: :::..:...: ::..:..::..:: : :..::
CCDS71 EV----FSDAAKEGWLHFRPLVTDKGKRVGGSIRPWKQMYVVLRGHSLYLYKDKREQTTP
930 940 950 960 970 980
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 AAGAAAAGAGEDEAAPVCIGSCLVDISYSETKRRHVFRLTTADFCEYLFQAEDRDDMLGW
. .: :. ...::.:::::::::..::::::.: :: :::::::::::.:
CCDS71 S----------EEEQPISVNACLIDISYSETKRKNVFRLTTSD-CECLFQAEDRDDMLAW
990 1000 1010 1020 1030
790 800 810 820 830
pF1KA1 IRAIRENSRAEGEDPGCANQALISKKLNDYRKVSHSSGPKADSSPKGS----RGLGGLKS
:..:.:.: . :: : .:. :::.....: .. :.. . ..:. : . : : ::
CCDS71 IKTIQESSNLNEEDTGVTNRDLISRRIKEYNNL-MSKAEQLPKTPRQSLSIRQTLLGAKS
1040 1050 1060 1070 1080 1090
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 EFLKQSAARGLRTQDLPAGSKDD-SAAAPKTPW--GI-NIIKKNKKAAPRA---FGVRLE
: :: . .. :::: : : : :: .:..:. . : : :::::.
CCDS71 EPKTQSPHSPKEESERKLLSKDDTSPPKDKGTWRKGIPSIMRKTFEKKPTATGTFGVRLD
1100 1110 1120 1130 1140 1150
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 ECQPATENQRVPLIVAACCRIVEARGLESTGIYRVPGNNAVVSSLQEQLNRGPGDINLQD
.: :: :. .:::: ::..:: :::: :::::::::::..::.::.::.: .::..::
CCDS71 DCPPAHTNRYIPLIVDICCKLVEERGLEYTGIYRVPGNNAAISSMQEELNKGMADIDIQD
1160 1170 1180 1190 1200 1210
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 ERWQDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARERMRTLRKLIRDLPGHY
..:.::::::::::::::::::::::.::: ::::::: :: .:..::..::.::: :.
CCDS71 DKWRDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTNDKYADFIEANRKEDPLDRLKTLKRLIHDLPEHH
1220 1230 1240 1250 1260 1270
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 YETLKFLVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMPDRYKIVET
::::::: .::::.:..::::::::::::.::::::::::::::: :::::::.::::::
CCDS71 YETLKFLSAHLKTVAENSEKNKMEPRNLAIVFGPTLVRTSEDNMTHMVTHMPDQYKIVET
1280 1290 1300 1310 1320 1330
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 LIQHSDWFFSDEEDKGERTPVGDK---EPQAVPNIEYLLPNIGRT-VPPGDPGSADLLEI
:::: ::::..: . : : .. . : ::::..:: ::::: : :::
CCDS71 LIQHHDWFFTEEGAEEPLTTVQEESTVDSQPVPNIDHLLTNIGRTGVSPGDVSDSATSDS
1340 1350 1360 1370 1380 1390
CCDS71 TKSKGSWGSGKDQYSRELLVSSIFAAASRKRKKPKEKAQPSSSEDELDNVFFKKENVEQC
1400 1410 1420 1430 1440 1450
>--
initn: 516 init1: 398 opt: 830 Z-score: 496.1 bits: 104.4 E(32554): 2.6e-21
Smith-Waterman score: 830; 62.0% identity (75.1% similar) in 221 aa overlap (13-217:38-253)
10 20 30 40
pF1KA1 MEQLPLGPRDGCSPRRPFPWQGPRTLLLYKSPQDGFGFTLRH
: . : : ::.:. : .. : ::::::::
CCDS71 GLSEGDGDKLKACEVSKNKDGKEQSETVSLSEDETFSWPGPKTVTLKRTSQ-GFGFTLRH
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA1 FIVYPPESAVHCSLKEEENGGRGGGPSPRYRLEPMDTIFVKNVKEDGPAHRAGLRTGDRL
:::::::::.. : :.::::.::: . : :::::::::::.::: ::: .::: ::::.
CCDS71 FIVYPPESAIQFSYKDEENGNRGG--KQRNRLEPMDTIFVKQVKEGGPAFEAGLCTGDRI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150
pF1KA1 VKVNGESVIGKTYSQVIALIQNSDDTLELSIMPKDEDILQ----------LAYSQDAYLK
.::::::::::::::::::::::: :::::.::::::::: ::::::::::
CCDS71 IKVNGESVIGKTYSQVIALIQNSDTTLELSVMPKDEDILQVLQFTKDVTALAYSQDAYLK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 GNEPYSGEARSIPEPPPICYPRKTYAPPARASTRATMVPEPTSALPSDPRSPAAWSDPG-
::: :::.::.:::::::::: :: : : . . . : :.: .. : . ..::
CCDS71 GNEAYSGNARNIPEPPPICYPWLPSAPSAMA--QPVEISPPDSSLSKQQTSTPVLTQPGR
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KA1 -----LRVPPAARAHLDNSSLGMSQPRPSPGAFPHLSSEPRTPRAFPEPGSRVPPSRLEC
..:::.
CCDS71 AYRMEIQVPPSPTDVAKSNTAVCVCNESVRTVIVPSEKVVDLLSNRNNHTGPSHRTEEVR
250 260 270 280 290 300
>>CCDS2184.1 ARHGAP15 gene_id:55843|Hs108|chr2 (475 aa)
initn: 452 init1: 304 opt: 539 Z-score: 334.6 bits: 72.5 E(32554): 2.6e-12
Smith-Waterman score: 573; 29.5% identity (63.3% similar) in 420 aa overlap (671-1084:80-475)
650 660 670 680 690
pF1KA1 SLDSWGTSEDADAPSKRHSTSDLSDATFSDIRREGWLYYKQILTKKGKKAGSGLRQ-WKR
...::.: .: . ::: ::. :.
CCDS21 GKVTEPISRHRRNHSQHILKDVIPPLEQLMVEKEGYLQKAKI-ADGGKK----LRKNWST
50 60 70 80 90 100
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 VYAALRARSLSLSKERREPGPAAAGAAAAGAGEDEAAPVCIGSCLVDISYSETKRRHVFR
. .: .: . . :: .. : . .: . :.. .: :. .. . ...:..::.
CCDS21 SWIVLSSRRIEFYKESKQQ---ALSNMKTGH-KPESVDLC-GAH-IEWAKEKSSRKNVFQ
110 120 130 140 150
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 LTTADFCEYLFQAEDRDDMLGWIRAIRENSRAEGEDPGCANQALISKKL---NDYRKVSH
.::.. :.:.:.. .: :..::.. .: .: .. : :. .. . .::
CCDS21 ITTVSGNEFLLQSDIDFIILDWFHAIKNAIDRLPKDSSCPSRNLELFKIQRSSSTELLSH
160 170 180 190 200 210
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 SSGPKADSSPKGSRGLGGLKSEF-LKQSAARGLRTQDLPAGSKDDSAAAPKTPWGINIIK
.. ...:. ..: : :..::. :.: .. . . : ... ..
CCDS21 YDSDIKEQKPEHRKSL-----MFRLHHSASD---TSDKNRVKSRLKKFITRRP-SLKTLQ
220 230 240 250 260
880 890 900 910 920 930
pF1KA1 KNKKAAPRAFGVRLEE-CQPATENQRVPLIVAACCRIVEARGLESTGIYRVPGNNAVVSS
.. . :: .:.. :. ::. :: .: : . :: :::. ::::: :: :....
CCDS21 EKGLIKDQIFGSHLHKVCE--RENSTVPWFVKQCIEAVEKRGLDVDGIYRVSGNLATIQK
270 280 290 300 310 320
940 950 960 970 980 990
pF1KA1 LQEQLNRGPGDINLQDERWQDLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARE
:. .:. .::.: .:.:..:... :: :::.:::::: . ...:.:: . .:
CCDS21 LRFIVNQ-EEKLNLDDSQWEDIHVVTGALKMFFRELPEPLFPYSFFEQFVEAIKKQDNNT
330 340 350 360 370 380
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA1 RMRTLRKLIRDLPGHYYETLKFLVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNM
:......:.. :: .:.: : ::: :. .. :: : ..:..::::::.: .:..
CCDS21 RIEAVKSLVQKLPPPNRDTMKVLFGHLTKIVAKASKNLMSTQSLGIVFGPTLLR-AENET
390 400 410 420 430 440
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KA1 TDMVTHMPDRYKIVETLIQHSDWFFSDEEDKGERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVP
.:. :: . .:.: .... . .:..:::
CCDS21 GNMAIHMVYQNQIAELMLSEYSKIFGSEED
450 460 470
1126 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 02:21:52 2016 done: Sat Nov 5 02:21:53 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]