Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1560
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1560, 828 aa
1>>>pF1KA1560 828 - 828 aa - 828 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6348+/-0.000958; mu= 18.7260+/- 0.057
mean_var=68.0478+/-12.985, 0's: 0 Z-trim(103.7): 29 B-trim: 5 in 2/52
Lambda= 0.155477
statistics sampled from 7513 (7519) to 7513 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.430
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7570.1 GPAM gene_id:57678|Hs108|chr10 ( 828) 5440 1229.9 0
CCDS42714.1 GPAT2 gene_id:150763|Hs108|chr2 ( 795) 1048 244.7 4.6e-64
CCDS1592.1 GNPAT gene_id:8443|Hs108|chr1 ( 680) 452 111.0 7.1e-24
CCDS82482.1 GPAT2 gene_id:150763|Hs108|chr2 ( 724) 324 82.3 3.3e-15
>>CCDS7570.1 GPAM gene_id:57678|Hs108|chr10 (828 aa)
initn: 5440 init1: 5440 opt: 5440 Z-score: 6587.5 bits: 1229.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5440; 99.8% identity (100.0% similar) in 828 aa overlap (1-828:1-828)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MDESALTLGTIDVSYLPHSSEYSVGRCKHTSEEWGECGFRPTIFRSATLKWKESLMSRKR
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CCDS75 MDESALTLGTIDVSYLPHSSEYSVGRCKHTSEEWGECGFRPTIFRSATLKWKESLMSRKR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 PFVGRCCYSCTPQSWDKFFNPSIPSLGLRNVIYINETHTRHRGWLARRLSYVLFIQERDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PFVGRCCYSCTPQSWDKFFNPSIPSLGLRNVIYINETHTRHRGWLARRLSYVLFIQERDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 HKGMFATNVTENVLNSSRVQEAIAEVAAELNPDGSAQQQSKAVNKVKKKAKRILQEMVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HKGMFATNVTENVLNSSRVQEAIAEVAAELNPDGSAQQQSKAVNKVKKKAKRILQEMVAT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 VSPAMIRLTGWVLLKLFNSFFWNFQIHKGQLEMVKAATETNLPLLFLPVHRSHIDYLLLT
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VSPAMIRLTGWVLLKLFNSFFWNIQIHKGQLEMVKAATETNLPLLFLPVHRSHIDYLLLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 FILFCHNIKAPYIASGNNLNIPIFSTLIHKLGGFFIRRRLDETPDGRKDVLYRALLHGHI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FILFCHNIKAPYIASGNNLNIPIFSTLIHKLGGFFIRRRLDETPDGRKDVLYRALLHGHI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 VELLRQQQFLEIFLEGTRSRSGKTSCARAGLLSVVVDTLSTNVIPDILIIPVGISYDRII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VELLRQQQFLEIFLEGTRSRSGKTSCARAGLLSVVVDTLSTNVIPDILIIPVGISYDRII
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 EGHYNGEQLGKPKKNESLWSVARGVIRMLRKNYGCVRVDFAQPFSLKEYLESQSQKPVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EGHYNGEQLGKPKKNESLWSVARGVIRMLRKNYGCVRVDFAQPFSLKEYLESQSQKPVSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LLSLEQALLPAILPSRPSDAADEGRDTSINESRNATDESLRRRLIANLAEHILFTASKSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LLSLEQALLPAILPSRPSDAADEGRDTSINESRNATDESLRRRLIANLAEHILFTASKSC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 AIMSTHIVACLLLYRHRQGIDLSTLVEDFFVMKEEVLARDFDLGFSGNSEDVVMHAIQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AIMSTHIVACLLLYRHRQGIDLSTLVEDFFVMKEEVLARDFDLGFSGNSEDVVMHAIQLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 GNCVTITHTSRNDEFFITPSTTVPSVFELNFYSNGVLHVFIMEAIIACSLYAVLNKRGLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GNCVTITHTSRNDEFFITPSTTVPSVFELNFYSNGVLHVFIMEAIIACSLYAVLNKRGLG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GPTSTPPNLISQEQLVRKAASLCYLLSNEGTISLPCQTFYQVCHETVGKFIRYGILTVAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS75 GPTSTPPNLISQEQLVRKAASLCYLLSNEGTISLPCQTFYQVCHETVGKFIQYGILTVAE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 HDDQEDISPSLAEQQWDKKLPEPLSWRSDEEDEDSDFGEEQRDCYLKVSQSKEHQQFITF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HDDQEDISPSLAEQQWDKKLPEPLSWRSDEEDEDSDFGEEQRDCYLKVSQSKEHQQFITF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 LQRLLGPLLEAYSSAAIFVHNFSGPVPEPEYLQKLHKYLITRTERNVAVYAESATYCLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LQRLLGPLLEAYSSAAIFVHNFSGPVPEPEYLQKLHKYLITRTERNVAVYAESATYCLVK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA1 NAVKMFKDIGVFKETKQKRVSVLELSSTFLPQCNRQKLLEYILSFVVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAVKMFKDIGVFKETKQKRVSVLELSSTFLPQCNRQKLLEYILSFVVL
790 800 810 820
>>CCDS42714.1 GPAT2 gene_id:150763|Hs108|chr2 (795 aa)
initn: 1042 init1: 336 opt: 1048 Z-score: 1263.5 bits: 244.7 E(32554): 4.6e-64
Smith-Waterman score: 1300; 32.7% identity (64.4% similar) in 820 aa overlap (25-826:7-793)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MDESALTLGTIDVSYLPHSSEYSVGRCKHTSEEWGECGFRPTIFRSA---TLKWKESLMS
:::. :. . . : . ... :. :. ...
CCDS42 MATMLEGRCQ-TQPRSSPSGREASLWSSGFGMKLEAVTPFLG
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 RKRPFVGRCCYSCTPQSWDKFFNPSIPSLGLRNVIYINETHTRHRGWLARRLSYVLFIQE
. :::::::: .:::.::...:. :: .::. ::: ..: .:: ::::.::: : :. :
CCDS42 KYRPFVGRCCQTCTPKSWESLFHRSITDLGFCNVILVKEENTRFRGWLVRRLCYFLWSLE
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 RDVHKGMFATNVTENVLNSSRVQEAIAEVAAELNPDGSAQQQSKAVNKVKKKAKRILQEM
. . .: .....:. ::. .. . : :... : . . :::...::: ..
CCDS42 QHIPP---CQDVPQKIMESTGVQNLLSGRV----PGGTGEGQ--VPDLVKKEVQRILGHI
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 VATVSPAMIRLTGWVLLKLFNSFFWNFQIHKGQLEMVKAATETNLPLLFLPVHRSHIDYL
: : ..:: .:.::...: .: : :.::::..::. :....:::..: .:.. .: .
CCDS42 QAPPRPFLVRLFSWALLRFLNCLFLNVQLHKGQMKMVQKAAQAGLPLVLLSTHKTLLDGI
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LLTFILFCHNIKAPYIASGNNLNIPIFSTLIHKLGGFFIRRRLDETPDGRKDVLYRALLH
:: :.:. ... . .: . : . .:..::::.:. . . . :. . .: ::...
CCDS42 LLPFMLLSQGLGVLRVAWDSRACSPALRALLRKLGGLFLPPEASLSLDSSEGLLARAVVQ
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 GHIVELLRQQQFLEIFLEGTRSRSG-KTSCARAGLLSVVVDTLSTNVIPDILIIPVGISY
. : .:: . : : :::: . : . : . .. ::........:: :..::...:
CCDS42 AVIEQLLVSGQPLLIFLEEPPGALGPRLSALGQAWVGFVVQAVQVGIVPDALLVPVAVTY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 DRIIEGHYNGEQLGKPKKNESLWSVARGVIRMLRKNYGCV-----RVDFAQPFSLKEYLE
: . .. . .. . : .::. : .:.: : . .:: :: .::::::.::.
CCDS42 DLVPDAPCDIDHASAPL---GLWTGALAVLRSLWSRWGCSHRICSRVHLAQPFSLQEYIV
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460
pF1KA1 SQSQKPVSALLSLEQALLPAILPSRPS--DAADEGRDTSINESRNATDESLRRRLIANLA
: ... .. .::: : : .: . . :. : . : :. : : . :. :.
CCDS42 S-ARSCWGGRQTLEQLLQPIVLGQCTAVPDTEKEQEWTPITGPLLALKEE-DQLLVRRLS
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 EHILFTASKSCAIMSTHIVACLLLYRHRQGIDLSTLVEDFFVMKEEVLARDFDLGFSGNS
:.: .. : :.::: :.: :::..:.. :. .: . ::.: : ::.::::.
CCDS42 CHVLSASVGSSAVMSTAIMATLLLFKHQK------LLGEFSWLTEEILLRGFDVGFSGQL
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 EDVVMHAIQLLGNCVTITHTSRNDEFFITPSTTVPSVFELNFYSNGVLHVFIMEAIIACS
.....:...:: :.. . :. .....:. :.. .: : .: ::. ::. ::.
CCDS42 RSLLQHSLSLLRAHVALLRI-RQGDLLVVPQPG-PGLTHLAQLSAELLPVFLSEAVGACA
510 520 530 540 550
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 LYAVLNKR-GLGGPTSTPPNLI-SQEQLVRKAASLCYLLSNEGTISLPCQTFYQVCHETV
. ..: : :: :. ::..: :. : .:: .. . :::. : :.:..
CCDS42 VRGLLAGRVPPQGPWELQGILLLSQNELYRQILLLMHLLPQDLLLLKPCQSSYCYCQEVL
560 570 580 590 600 610
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 GKFIRYGILTVAEHDDQEDISPSLAEQQWDKKLPEPLSWR--SDEEDEDSD-FGEEQRDC
..:. :.: :::. . . ..:. ..:: :. .: : ::: ::: .
CCDS42 DRLIQCGLL-VAEETPGSRPACDTGRQRLSRKL----LWKPSGDFTDSDSDDFGEADGR-
620 630 640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 YLKVSQSKEHQQFITFLQRLLGPLLEAYSSAAIFVHNFSGPVPEPE--YLQKLHKYLITR
:...::... .:. :: :::.:::.:...:: :... : .:. : : ..: ..:
CCDS42 YFRLSQQSHCPDFFLFLCRLLSPLLKAFAQAAAFLRQ--GQLPDTELGYTEQLFQFL-QA
680 690 700 710 720 730
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 TERNVAVYAESATYCLVKNAVKMFKDIGVFKETKQKRVSVLELSSTFLPQCNRQKLLEYI
: .. ... : : :. .:: :.:.::...: . :.:: :: :..:: ..:
CCDS42 TAQEEGIF-ECADPKLAISAVWTFRDLGVLQQTPSPAGPRLHLSPTFASLDNQEKLEQFI
740 750 760 770 780
pF1KA1 LSFVVL
.:.
CCDS42 RQFICS
790
>>CCDS1592.1 GNPAT gene_id:8443|Hs108|chr1 (680 aa)
initn: 313 init1: 185 opt: 452 Z-score: 542.1 bits: 111.0 E(32554): 7.1e-24
Smith-Waterman score: 473; 26.7% identity (59.5% similar) in 486 aa overlap (120-590:59-499)
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 NVIYINETHTRHRGWLARRLSYVLFIQERDVHKGMFAT---NVTENVLNSSRVQEAIAEV
:.::. .. .:::: ... .: ..
CCDS15 LKKWDEFEDILEERRHVSDLKFAMKCYTPLVYKGITPCKPIDIKCSVLNSEEIHYVIKQL
30 40 50 60 70 80
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 AAELNPDGSAQQQSKAVNKVKKKAKRILQEMVATVSPAMIRLTGWVLLKLFNSFFWNFQI
. : : : .:. .......::.:: . . ::. ...: :.:...: . .
CCDS15 SKE-----SLQ----SVDVLREEVSEILDEMSHKLRLGAIRFCAFTLSKVFKQIFSKVCV
90 100 110 120 130
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 HKGQLEMVKAATETNLPLLFLPVHRSHIDYLLLTFILFCHNIKAPYIASGNN-LNIPIFS
.. .. .. : . . :...:: :::.::.:.:.:.:. ... .: ::.: . :.. . .
CCDS15 NEEGIQKLQRAIQEH-PVVLLPSHRSYIDFLMLSFLLYNYDLPVPVIAAGMDFLGMKMVG
140 150 160 170 180 190
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 TLIHKLGGFFIRRRLDETPDGRKDVLYRALLHGHIVELLRQQQF-LEIFLEGTRSRSGKT
:.. :.::.:: : : : :: :.. .. .::. .:.:::::::::.::
CCDS15 ELLRMSGAFFMRR----TFGGNK--LYWAVFSEYVKTMLRNGYAPVEFFLEGTRSRSAKT
200 210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 SCARAGLLSVVVDTLSTNVIPDILIIPVGISYDRIIEGH-YNGEQLGKPKKNESLWSVAR
. :::..:.. . . : ..:..::::.:.: : : :: :: .:: .. .
CCDS15 LTPKFGLLNIVMEPFFKREVFDTYLVPISISYDKILEETLYVYELLGVPKPKESTTGLLK
260 270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 GVIRMLRKNYGCVRVDFAQPFSLKEYLESQSQKPVSALLSLEQALLPAILPSRPSDAADE
. ..: .:.: ..: :..: ::. .. .. :.: .:.. :.
CCDS15 AR-KILSENFGSIHVYFGDPVSLRSLAAGRMSRS-------SYNLVPRYIPQKQSE----
320 330 340 350 360
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 GRDTSINESRNATDESLRRRLIANLAEHILFTASKSCAIMSTHIVACLLLYRHRQGIDLS
. .:. . . .:. :..... : ::: :: ..: ..:..
CCDS15 ------DMHAFVTEVAYKMELLQ--IENMVLSPW-------TLIVAVLL--QNRPSMDFD
370 380 390 400
510 520 530 540 550
pF1KA1 TLVEDFFVMKEEVLARDFDLGFSGN--SEDVVMHAIQLLGNCVTITHTS---RND--EFF
.::: . .: . : : . : .:.:: .: : .: ..... . . : .
CCDS15 ALVEKTLWLKGLTQAFGGFLIWPDNKPAEEVVPASILLHSNIASLVKDQVILKVDSGDSE
410 420 430 440 450 460
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 ITPSTTVPSVFEL--NFYSNGVLHVFIMEAIIACSLYAVLNKRGLGGPTSTPPNLISQEQ
.. . . . : . : : .:..:. ...: .:
CCDS15 VVDGLMLQHITLLMCSAYRNQLLNIFVRPSLVAVALQMTPGFRKEDVYSCFRFLRDVFAD
470 480 490 500 510 520
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 LVRKAASLCYLLSNEGTISLPCQTFYQVCHETVGKFIRYGILTVAEHDDQEDISPSLAEQ
CCDS15 EFIFLPGNTLKDFEEGCYLLCKSEAIQVTTKDILVTEKGNTVLEFLVGLFKPFVESYQII
530 540 550 560 570 580
>>CCDS82482.1 GPAT2 gene_id:150763|Hs108|chr2 (724 aa)
initn: 979 init1: 302 opt: 324 Z-score: 386.5 bits: 82.3 E(32554): 3.3e-15
Smith-Waterman score: 1069; 30.8% identity (59.1% similar) in 819 aa overlap (25-826:7-722)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MDESALTLGTIDVSYLPHSSEYSVGRCKHTSEEWGECGFRPTIFRSA---TLKWKESLMS
:::. :. . . : . ... :. :. ...
CCDS82 MATMLEGRCQ-TQPRSSPSGREASLWSSGFGMKLEAVTPFLG
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 RKRPFVGRCCYSCTPQSWDKFFNPSIPSLGLRNVIYINETHTRHRGWLARRLSYVLFIQE
. :::::::: .:::.::...:. :: .::. ::: ..: .:: ::::.::: : :. :
CCDS82 KYRPFVGRCCQTCTPKSWESLFHRSITDLGFCNVILVKEENTRFRGWLVRRLCYFLWSLE
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 RDVHKGMFATNVTENVLNSSRVQEAIAEVAAELNPDGSAQQQSKAVNKVKKKAKRILQEM
. . .: .....:. ::. .. . : :... : . . :::...::: ..
CCDS82 QHIPP---CQDVPQKIMESTGVQNLLSGRV----PGGTGEGQ--VPDLVKKEVQRILGHI
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 VATVSPAMIRLTGWVLLKLFNSFFWNFQIHKGQLEMVKAATETNLPLLFLPVHRSHIDYL
: : ..:: .:.::...: .: : :.::::..::. :....:::..: .:.. .: .
CCDS82 QAPPRPFLVRLFSWALLRFLNCLFLNVQLHKGQMKMVQKAAQAGLPLVLLSTHKTLLDGI
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LLTFILFCHNIKAPYIASGNNLNIPIFSTLIHKLGGFFIRRRLDETPDGRKDVLYRALLH
:: :.:. ... . .: . : . .:..::::.:. . . . :. . .: ::
CCDS82 LLPFMLLSQGLGVLRVAWDSRACSPALRALLRKLGGLFLPPEASLSLDSSEGLLARA---
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 GHIVELLRQQQFLEIFLEGTRSRSGKTSCARAGLLSVVVDTLSTNVIPDILIIPVGISYD
::.. :. :.:
CCDS82 -------------------------------------VVQAASA---------PLG----
270
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 RIIEGHYNGEQLGKPKKNESLWSVARGVIRMLRKNYGCV-----RVDFAQPFSLKEYLES
::. : .:.: : . .:: :: .::::::.::. :
CCDS82 --------------------LWTGALAVLRSLWSRWGCSHRICSRVHLAQPFSLQEYIVS
280 290 300 310
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 QSQKPVSALLSLEQALLPAILPSRPS--DAADEGRDTSINESRNATDESLRRRLIANLAE
... .. .::: : : .: . . :. : . : :. : : . :. :.
CCDS82 -ARSCWGGRQTLEQLLQPIVLGQCTAVPDTEKEQEWTPITGPLLALKEE-DQLLVRRLSC
320 330 340 350 360 370
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 HILFTASKSCAIMSTHIVACLLLYRHRQGIDLSTLVEDFFVMKEEVLARDFDLGFSGNSE
:.: .. : :.::: :.: :::..:.. :. .: . ::.: : ::.::::. .
CCDS82 HVLSASVGSSAVMSTAIMATLLLFKHQK------LLGEFSWLTEEILLRGFDVGFSGQLR
380 390 400 410 420 430
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DVVMHAIQLLGNCVTITHTSRNDEFFITPSTTVPSVFELNFYSNGVLHVFIMEAIIACSL
....:...:: :.. . :. .....:. :.. .: : .: ::. ::. ::..
CCDS82 SLLQHSLSLLRAHVALLRI-RQGDLLVVPQPG-PGLTHLAQLSAELLPVFLSEAVGACAV
440 450 460 470 480
600 610 620 630 640
pF1KA1 YAVLNKR-GLGGPTSTPPNLI-SQEQLVRKAASLCYLLSNEGTISLPCQTFYQVCHETVG
..: : :: :. ::..: :. : .:: .. . :::. : :.:..
CCDS82 RGLLAGRVPPQGPWELQGILLLSQNELYRQILLLMHLLPQDLLLLKPCQSSYCYCQEVLD
490 500 510 520 530 540
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 KFIRYGILTVAEHDDQEDISPSLAEQQWDKKLPEPLSWR--SDEEDEDSD-FGEEQRDCY
..:. :.: :::. . . ..:. ..:: :. .: : ::: ::: . :
CCDS82 RLIQCGLL-VAEETPGSRPACDTGRQRLSRKL----LWKPSGDFTDSDSDDFGEADGR-Y
550 560 570 580 590 600
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