FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1582, 1690 aa
1>>>pF1KA1582 1690 - 1690 aa - 1690 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4007+/-0.00106; mu= -3.1140+/- 0.063
mean_var=340.9493+/-70.665, 0's: 0 Z-trim(113.8): 68 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.069459
statistics sampled from 14302 (14359) to 14302 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.441), width: 16
Scan time: 7.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45798.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1690) 11690 1186.7 0
CCDS45799.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1726) 9965 1013.9 0
CCDS10624.2 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1962) 2525 268.4 1.8e-70
CCDS81959.1 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1913) 1352 150.8 4.2e-35
CCDS54533.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1833) 1210 136.6 7.9e-31
CCDS46713.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1723) 1046 120.1 6.6e-26
CCDS46712.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1029) 872 102.5 7.8e-21
>>CCDS45798.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1690 aa)
initn: 11690 init1: 11690 opt: 11690 Z-score: 6343.1 bits: 1186.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11690; 100.0% identity (100.0% similar) in 1690 aa overlap (1-1690:1-1690)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 GLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGINLNLNPNANPAAWPVLGHEGTVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGINLNLNPNANPAAWPVLGHEGTVAT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 GNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 TDGPNNTNPMNSSPNPINAMQTNGLPNWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TDGPNNTNPMNSSPNPINAMQTNGLPNWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 AEGISNSVWGLSPGNPATGNSNSGFSQGNGDTVNSALSAKQNGSSSAVQKEGSGGNAWDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AEGISNSVWGLSPGNPATGNSNSGFSQGNGDTVNSALSAKQNGSSSAVQKEGSGGNAWDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 GPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKPPNQHSNSDINGKGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKPPNQHSNSDINGKGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 TGWESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGWESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RRDKGIIDQGHIQLPRNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RRDKGIIDQGHIQLPRNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 CAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 CAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 ISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 DSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 PGPQQNWASKPQDNNVSNWGGAASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PGPQQNWASKPQDNNVSNWGGAASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 HQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 GSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWGSGGDEMNLSTSQWEDEEGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWGSGGDEMNLSTSQWEDEEGDV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 LKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 DGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 NSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVPQFLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVPQFLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLT
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 SPINPQHMTMLNQLYQLQLAYQRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPINPQHMTMLNQLYQLQLAYQRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQ
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 QHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPN
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 TFAPYPLAGLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TFAPYPLAGLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNP
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 SKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNG
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 SSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGGKLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGGKLSD
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA1 IKSTWSSGPTSHTQASLSHELWKVPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGASPLGWTSSYSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IKSTWSSGPTSHTQASLSHELWKVPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGASPLGWTSSYSS
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA1 GSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKE
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA1 EAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAG
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA1 SSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSELLWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSELLWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLL
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690
pF1KA1 PGDLLSGESL
::::::::::
CCDS45 PGDLLSGESL
1690
>>CCDS45799.1 TNRC6C gene_id:57690|Hs108|chr17 (1726 aa)
initn: 7346 init1: 5552 opt: 9965 Z-score: 5408.8 bits: 1013.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11541; 97.6% identity (97.6% similar) in 1725 aa overlap (1-1686:1-1722)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 GLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGINLNLNPNANPAAWPVLGHEGTVAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGINLNLNPNANPAAWPVLGHEGTVAT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 GNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 TDGPNNTNPMNSSPNPINAMQTNGLPNWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TDGPNNTNPMNSSPNPINAMQTNGLPNWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 AEGISNSVWGLSPGNPATGNSNSGFSQGNGDTVNSALSAKQNGSSSAVQKEGSGGNAWDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AEGISNSVWGLSPGNPATGNSNSGFSQGNGDTVNSALSAKQNGSSSAVQKEGSGGNAWDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 GPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKPPNQHSNSDINGKGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GPPAGPGILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKPPNQHSNSDINGKGS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 TGWESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGWESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 RRDKGIIDQGHIQLPRNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RRDKGIIDQGHIQLPRNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 CAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 CAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 ISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 DSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 PGPQQNWASKPQDNNVSNWGGAASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PGPQQNWASKPQDNNVSNWGGAASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 HQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSS
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HQAGTQLNRSPLLGP---VSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSS
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 GSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWGSGGDEMNLSTSQWEDEEGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWGSGGDEMNLSTSQWEDEEGDV
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEA
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 LKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDK
960 970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 DGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFG
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 NSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVPQFLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVPQFLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLT
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 SPINPQHMTMLNQLYQLQLAYQRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPINPQHMTMLNQLYQLQLAYQRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQ
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 QHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPN
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 TFAPYPLAGLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TFAPYPLAGLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNP
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 SKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNG
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1390 1400 1410 1420 1430
pF1KA1 SSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGG----
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGGSSPP
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1440 1450 1460
pF1KA1 -----------------------------------KLSDIKSTWSSGPTSHTQASLSHEL
:::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SSQNATLPSSSAWPLSASGYSSSFSSIASAPSVAGKLSDIKSTWSSGPTSHTQASLSHEL
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1470 1480 1490 1500 1510 1520
pF1KA1 WKVPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGASPLGWTSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WKVPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGASPLGWTSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNL
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1530 1540 1550 1560 1570 1580
pF1KA1 TPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILA
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1590 1600 1610 1620 1630 1640
pF1KA1 EFAGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EFAGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGK
1620 1630 1640 1650 1660 1670
1650 1660 1670 1680 1690
pF1KA1 GSSELLWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GSSELLWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
1680 1690 1700 1710 1720
>>CCDS10624.2 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1962 aa)
initn: 2313 init1: 631 opt: 2525 Z-score: 1378.7 bits: 268.4 E(32554): 1.8e-70
Smith-Waterman score: 4184; 43.7% identity (67.6% similar) in 1820 aa overlap (1-1687:271-1957)
10 20 30
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQS
::.:.. :. : ....: .. : .: :
CCDS10 SAPGSDPELASECMDADSASSSESERNITIMASGNTGGEKDG-LRNSTGLGSQNKFVVGS
250 260 270 280 290
40 50 60 70 80
pF1KA1 PSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSSGLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWG--
::. .: ..:.: :: . :. . . ::.. ..: .. ...: .: ::
CCDS10 SSNN----VGHGSSTGP----WGFSHGAIISTCQVSVDAPESKSES--SNNR-MNAWGTV
300 310 320 330 340
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASNSNAGINLN-LNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPV----SAIGQNMGNQ--N
.:.::.:.: . :: .: .::::: ..: . : .: : . :.::: .:: :
CCDS10 SSSSNGGLNPSTLNSASNHGAWPVLENNGLALKGPVGSGSSGINIQCSTIGQMPNNQSIN
350 360 370 380 390 400
150 160 170 180 190
pF1KA1 GNPTG--TLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTD--GPNNT-NPMNSS-PN
.. .: : :.::.: ::. : ..: .:.::::.::::..:. ::::: : :.:: ::
CCDS10 SKVSGGSTHGTWGSL--QETCESEVSGTQKVSFSGQPQNITTEMTGPNNTTNFMTSSLPN
410 420 430 440 450 460
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 PINAMQTNGLP--NWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAE--GISNSVWGL
...:.: :: : : : .... :..:. : ::.:.:..:.: .. : ...::
CCDS10 S-GSVQNNELPSSNTG-AWRVSTMNHPQMQAPSGMNGTSLSHLSNGESKSGGSYGTTWG-
470 480 490 500 510 520
260 270 280 290 300
pF1KA1 SPGNPATGNSNSGFS-QGNGDTVNSALSAKQ-NGS-SSAVQ-KEGSGGNAWDSGPPAGPG
. :. .:.. :: . :.::::::..: :: .. : . ..::..:.:: :.
CCDS10 AYGSNYSGDKCSGPNGQANGDTVNATLMQPGVNGPMGTNFQVNTNKGGGVWESGA-ANSQ
530 540 550 560 570 580
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNG-EWGK-PPNQHSNSDINGKGST---G
.:: :.: :. :. . : :: :...:.... . ::.: : :::::.. ::.:.: :
CCDS10 STSWGSGNGANS-GGSRRG-WGTPAQNTGTNLPSVEWNKLPSNQHSNDSANGNGKTFTNG
590 600 610 620 630 640
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 WESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRR
:.: .:. ... .:. . ::: ..::. :.::....: .: .::::.. :
CCDS10 WKSTEEEDQGSATSQTNEQSSVWAK--TGGTVESDGSTESTGRLEE-----KGTGESQSR
650 660 670 680 690
430 440 450 460 470
pF1KA1 DKGIIDQGHIQLP----RNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEA
:. ::: : : :.:::::::::.::::::.::::::. : :::.:::.::::::
CCDS10 DRRKIDQ-HTLLQSIVNRTDLDPRVLSNSGWGQTPIKQNTAWDTETSPRGERKTDNGTEA
700 710 720 730 740 750
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 WGCAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWG
:: .:::. :::. : . :...::::::: . :: :::: :. . : :
CCDS10 WGSSATQTFNSGACIDKTSPNGNDTSSVSGWGDPKPA-----LRWGDS--KGSNCQGGWE
760 770 780 790 800
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DSISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGD
:. ..:.. .::.. : .: .... .:.. : : : :::::.:. .::....:
CCDS10 DDSAATGM-----VKSNQ-W---GNCKEEKAAWNDSQKNK-QGWGDGQKSSQGWSVSASD
810 820 830 840 850
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 -WADSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGE
:...: .: :...:..:. .::.:: ::::. .... :::. : : ...: :
CCDS10 NWGETSRN-NHWGEANKKSSSGGSDSDRSVSGWNELGKTSSFTWGNNIN--PNNSSGWDE
860 870 880 890 900 910
660 670 680 690
pF1KA1 TLKPGPQQNWASKPQDNNVSNWGGA-----------------------ASVKQTGTGWIG
. :: :.:.:.. :..:. .:: . :. : ::::.:
CCDS10 SSKPTPSQGWGDPPKSNQSLGWGDSSKPVSSPDWNKQQDIVGSWGIPPATGKPPGTGWLG
920 930 940 950 960 970
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 GPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQS
::.:. :. : :::::::: :::::::::::::::::::.:: :.::::..: :
CCDS10 GPIPAPAKEE-EPTGWEEPSPESIRRKMEIDDGTSAWGDPSKYNYKNVNMWNKNVP----
980 990 1000 1010 1020
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 STTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPPHQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTE
. .. . . .:.. :: :.. :. : ::::: :
CCDS10 ------NGNSRSDQQAQVHQLLTP----ASAISNKEASSG------SGWGE-P-------
1030 1040 1050 1060
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 NSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKS
:::::.:.: :::::.::::: .:: .::. : . ... :. .:: : . ::
CCDS10 --WGEPSTPATTVDNGTSAWGKPIDSGPSWGEPIAAASSTSTWGSSSVGPQALSKSGPKS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
880 890 900 910 920
pF1KA1 MQEGWGSGGDEMNLSTSQ---WEDEEGDV----WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKG
::.:: ::.: : .. ::.:: :: ::. .::: .:: . : :: .::
CCDS10 MQDGWC--GDDMPLPGNRPTGWEEEE-DVEIGMWNSNSSQELNSSLN-WPPYTKKMSSKG
1130 1140 1150 1160 1170
930 940 950 960 970
pF1KA1 ------------MKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEALKSNNMNLDQAMSAL
:: ..::.:::: . ..::.....: :. :: ..::.:.:. .: :
CCDS10 LSGKKRRRERGMMKGGNKQEEAWI-NPFVKQFSNISFSRDSPEENVQSNKMDLSGGM--L
1180 1190 1200 1210 1220 1230
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KA1 LEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLP
.:....::..:.. :.: ..: : :: ::::::..: ..:::: ...: :.
CCDS10 QDKRMEIDKHSLNIGDYNRTVGKGPGSRPQISKESSMERNPYFDKDGIVADESQNMQFMS
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KA1 SPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFG-NSGAAQARTMQQPP
: :.::: :.::::.::::.:: ::::::::: :: .:: .::: .. ::: : ::::
CCDS10 SQSMKLPPSNSALPNQALGSIA-GLGMQNLNSVRQ--NGNPSMFGVGNTAAQPRGMQQP-
1300 1310 1320 1330 1340 1350
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KA1 QPPVQPLNSSQPSLRAQVPQ-FLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLTSPINPQHMTMLNQ
:.:::.::::.:::::: .::::: ..::..: .: :::: . .::...::::
CCDS10 --PAQPLSSSQPNLRAQVPPPLLSPQVPVSLLKYAPNNGGLNPLF-----GPQQVAMLNQ
1360 1370 1380 1390 1400
1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 LYQL-QLAY----QRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQ
: :: ::. ::: ::: :.::.: .. : :..: .: .. .:::..:..:::
CCDS10 LSQLNQLSQISQLQRLLAQQQRAQSQRSVPSGNRPQQDQQGRPLS-VQQQMMQQSRQLDP
1410 1420 1430 1440 1450 1460
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 ALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSP-NTFAPYPL
::::: :: . :: : :: .:. :.: :.:: . :: :.:. .:.
CCDS10 NLLVKQQTPPS--QQQPLHQPAMKSFLDNV--MPHTT--PELQ---KGPSPINAFSNFPI
1470 1480 1490 1500 1510
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 AGLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIP
::: :.::: :::. :.:.: :::: .:: ..:.. :. . :.:: ::::::
CCDS10 -GLNSNLNVN-MDMN---SIKEP---QSRLRKWT---TVDSI-SVNTSLDQNSSKHGAIS
1520 1530 1540 1550 1560
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 GGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNGSSINWPP
.:. . .. . ::....: :::::: .. .: :::: . ..::.::::
CCDS10 SGFRLE-------ESPFVPYDFMNSSTSPASPPGSIGDGWPRAKSPN----GSSSVNWPP
1570 1580 1590 1600 1610
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 EFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGGKLSDIKST---
::.:: :::: :::::.:: :::::: .. .::: ...:.. ...:. :....:
CCDS10 EFRPGEPWKGYPNIDPETDPYVTPGSVINNLSINT-VREVDHLRDRNSGSSSSLNTTLPS
1620 1630 1640 1650 1660
1450 1460 1470
pF1KA1 ---WSS----------------------------GPTSHTQASLSHELWKVP---RNSTA
::: .: : :..::.::::::: .: ::
CCDS10 TSAWSSIRASNYNVPLSSTAQSTSARNSDSKLTWSPGSVTNTSLAHELWKVPLPPKNITA
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1480 1490 1500 1510 1520
pF1KA1 PTRPPPGLTNPKPS-STWGASPL----GWTSS---YSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLT
:.:::::::. :: ::: ::: :: .: :. ::.:. ..::: ..::::.:::
CCDS10 PSRPPPGLTGQKPPLSTWDNSPLRIGGGWGNSDARYTPGSSWGESSSGRITNWLVLKNLT
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1530 1540 1550 1560 1570 1580
pF1KA1 PQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAE
::::::::::::.:::::::::::: .:::.::::::::..:::::::::::::::::::
CCDS10 PQIDGSTLRTLCMQHGPLITFHLNLPHGNALVRYSSKEEVVKAQKSLHMCVLGNTTILAE
1790 1800 1810 1820 1830 1840
1590 1600 1610 1620 1630 1640
pF1KA1 FAGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAGSSHGLV-RSDAGHWNAPCLGGK
::.:::..::.::.:.: :. .::: . ::: ::.. ::.. :.: .:::. :.:
CCDS10 FASEEEISRFFAQSQSLTPSPGWQSLG-SSQSRLGSLDCSHSFSSRTDLNHWNGAGLSGT
1850 1860 1870 1880 1890 1900
1650 1660 1670 1680 1690
pF1KA1 GSSEL----LWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
. ..: ::: .:.::.:::::::..: : :.::.:....: : :.:
CCDS10 NCGDLHGTSLWG-TPHYSTSLWGPPSSSDPRGISSPSPINAFLSVDHLGGGGESM
1910 1920 1930 1940 1950 1960
>>CCDS81959.1 TNRC6A gene_id:27327|Hs108|chr16 (1913 aa)
initn: 2269 init1: 631 opt: 1352 Z-score: 743.6 bits: 150.8 E(32554): 4.2e-35
Smith-Waterman score: 3914; 42.1% identity (65.6% similar) in 1819 aa overlap (1-1687:271-1908)
10 20 30
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQS
::.:.. :. : ....: .. : .: :
CCDS81 SAPGSDPELASECMDADSASSSESERNITIMASGNTGGEKDG-LRNSTGLGSQNKFVVGS
250 260 270 280 290
40 50 60 70 80
pF1KA1 PSNQSALGAGGANSNGSAARVWGVATGSSSGLAHCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWG--
::. .: ..:.: :: . :. . . ::.. ..: .. ...: .: ::
CCDS81 SSNN----VGHGSSTGP----WGFSHGAIISTCQVSVDAPESKSES--SNNR-MNAWGTV
300 310 320 330 340
90 100 110 120 130 140
pF1KA1 ASNSNAGINLN-LNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPV----SAIGQNMGNQ--N
.:.::.:.: . :: .: .::::: ..: . : .: : . :.::: .:: :
CCDS81 SSSSNGGLNPSTLNSASNHGAWPVLENNGLALKGPVGSGSSGINIQCSTIGQMPNNQSIN
350 360 370 380 390 400
150 160 170 180 190
pF1KA1 GNPTG--TLGAWGNLLPQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTD--GPNNT-NPMNSS-PN
.. .: : :.::.: ::. : ..: .:.::::.::::..:. ::::: : :.:: ::
CCDS81 SKVSGGSTHGTWGSL--QETCESEVSGTQKVSFSGQPQNITTEMTGPNNTTNFMTSSLPN
410 420 430 440 450 460
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 PINAMQTNGLP--NWGMAVGMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAE--GISNSVWGL
...:.: :: : : : .... :..:. : ::.:.:..:.: .. : ...::
CCDS81 S-GSVQNNELPSSNTG-AWRVSTMNHPQMQAPSGMNGTSLSHLSNGESKSGGSYGTTWG-
470 480 490 500 510 520
260 270 280 290 300
pF1KA1 SPGNPATGNSNSGFS-QGNGDTVNSALSAKQ-NGS-SSAVQ-KEGSGGNAWDSGPPAGPG
. :. .:.. :: . :.::::::..: :: .. : . ..::..:.:: :.
CCDS81 AYGSNYSGDKCSGPNGQANGDTVNATLMQPGVNGPMGTNFQVNTNKGGGVWESGA-ANSQ
530 540 550 560 570 580
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ILAWGRGSGNNGVGNIHSGAWGHPSRSTSNGVNG-EWGK-PPNQHSNSDINGKGST---G
.:: :.: :. :. . : :: :...:.... . ::.: : :::::.. ::.:.: :
CCDS81 STSWGSGNGANS-GGSRRG-WGTPAQNTGTNLPSVEWNKLPSNQHSNDSANGNGKTFTNG
590 600 610 620 630 640
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 WESPSVTSQNPTVQPGGEHMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRR
:.: .:. ... .:. . ::: ..::. :.::....: .: .::::.. :
CCDS81 WKSTEEEDQGSATSQTNEQSSVWAK--TGGTVESDGSTESTGRLEE-----KGTGESQSR
650 660 670 680 690
430 440 450 460 470
pF1KA1 DKGIIDQGHIQLP----RNDLDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEA
:. ::: : : :.:::::::::.::::::.::::::. : :::.:::.::::::
CCDS81 DRRKIDQ-HTLLQSIVNRTDLDPRVLSNSGWGQTPIKQNTAWDTETSPRGERKTDNGTEA
700 710 720 730 740 750
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 WGCAATQASNSGGKNDGSIMNSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWG
:: .:::. :::. : . :...::::::: . :: :::: :. . : :
CCDS81 WGSSATQTFNSGACIDKTSPNGNDTSSVSGWGDPKPA-----LRWGDS--KGSNCQGGWE
760 770 780 790 800
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DSISSTAVSTAAAAKSGHAWSGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGD
:. ..:.. .::.. : .: .... .:.. : : : :::::.:. .::....:
CCDS81 DDSAATGM-----VKSNQ-W---GNCKEEKAAWNDSQKNK-QGWGDGQKSSQGWSVSASD
810 820 830 840 850
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 -WADSSSVLGHLGDGKKNGSGWDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGE
:...: .: :...:..:. .::.:: ::::. .... :::. : : ...: :
CCDS81 NWGETSRN-NHWGEANKKSSSGGSDSDRSVSGWNELGKTSSFTWGNNIN--PNNSSGWDE
860 870 880 890 900 910
660 670 680 690
pF1KA1 TLKPGPQQNWASKPQDNNVSNWGGA-----------------------ASVKQTGTGWIG
. :: :.:.:.. :..:. .:: . :. : ::::.:
CCDS81 SSKPTPSQGWGDPPKSNQSLGWGDSSKPVSSPDWNKQQDIVGSWGIPPATGKPPGTGWLG
920 930 940 950 960 970
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 GPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQS
::.:. :. : :::::::: :::::::::::::::::::.:: :.::::..: :
CCDS81 GPIPAPAKEE-EPTGWEEPSPESIRRKMEIDDGTSAWGDPSKYNYKNVNMWNKNVP----
980 990 1000 1010 1020
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 STTTNTTTTTTTTTSNTTHRVETPPPHQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTE
. .. . . .:.. :: :.. :. : ::::: :
CCDS81 ------NGNSRSDQQAQVHQLLTP----ASAISNKEASSG------SGWGE-P-------
1030 1040 1050 1060
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 NSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKS
:::::.:.: :::::.::::: .:: .::. : . ... :. .:: : . ::
CCDS81 --WGEPSTPATTVDNGTSAWGKPIDSGPSWGEPIAAASSTSTWGSSSVGPQALSKSGPKS
1070 1080 1090 1100 1110 1120
880 890 900 910 920
pF1KA1 MQEGWGSGGDEMNLSTSQ---WEDEEGDV----WNNAASQESTSSCSSWGNAPKKGLQKG
::.:: ::.: : .. ::.:: :: ::. .::: .:: . : :: .::
CCDS81 MQDGWC--GDDMPLPGNRPTGWEEEE-DVEIGMWNSNSSQELNSSLN-WPPYTKKMSSKG
1130 1140 1150 1160 1170
930 940 950 960 970
pF1KA1 ------------MKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPREPAEEALKSNNMNLDQAMSAL
:: ..::.:::: . ..::.....: :. :: ..::.:.:. .: :
CCDS81 LSGKKRRRERGMMKGGNKQEEAWI-NPFVKQFSNISFSRDSPEENVQSNKMDLSGGM--L
1180 1190 1200 1210 1220 1230
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KA1 LEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPLGCRPPISKESSVDRPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLP
.:....::..:.. :.: ..: : :: ::::::..: ..::.:. :: :
CCDS81 QDKRMEIDKHSLNIGDYNRTVGKGPGSRPQISKESSMERNPYFDKNGN------PSMF--
1240 1250 1260 1270 1280
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KA1 SPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPSGNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQ
:. ::. ::: : ::::
CCDS81 -------------------GV-----------------------GNT-AAQPRGMQQP--
1290 1300
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KA1 PPVQPLNSSQPSLRAQVPQ-FLSPQVQAQLLQFAAKNIGLNPALLTSPINPQHMTMLNQL
:.:::.::::.:::::: .::::: ..::..: .: :::: . .::...:::::
CCDS81 -PAQPLSSSQPNLRAQVPPPLLSPQVPVSLLKYAPNNGGLNPLF-----GPQQVAMLNQL
1310 1320 1330 1340 1350
1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 YQL-QLAY----QRLQIQQQMLQAQRNVSGSMRQQEQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQA
:: ::. ::: ::: :.::.: .. : :..: .: .. .:::..:..:::
CCDS81 SQLNQLSQISQLQRLLAQQQRAQSQRSVPSGNRPQQDQQGRPLS-VQQQMMQQSRQLDPN
1360 1370 1380 1390 1400 1410
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 LLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSP-NTFAPYPLA
::::: :: . :: : :: .:. :.: :.:: . :: :.:. .:.
CCDS81 LLVKQQTPPS--QQQPLHQPAMKSFLDNV--MPHTT--PELQ---KGPSPINAFSNFPI-
1420 1430 1440 1450 1460
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 GLNPNMNVNSMDMTGGLSVKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPG
::: :.::: :::. :.:.: :::: .:: ..:.. :. . :.:: :::::: .
CCDS81 GLNSNLNVN-MDMN---SIKEP---QSRLRKWT---TVDSI-SVNTSLDQNSSKHGAISS
1470 1480 1490 1500 1510
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 GLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQNSESPASPPVAVPHSWSRAKSDSDKISNGSSINWPPE
:. . .. . ::....: :::::: .. .: :::: . ..::.:::::
CCDS81 GFRLE-------ESPFVPYDFMNSSTSPASPPGSIGDGWPRAKSPN----GSSSVNWPPE
1520 1530 1540 1550 1560
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 FHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLKSGGKLSDIKST----
:.:: :::: :::::.:: :::::: .. .::: ...:.. ...:. :....:
CCDS81 FRPGEPWKGYPNIDPETDPYVTPGSVINNLSINT-VREVDHLRDRNSGSSSSLNTTLPST
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1450 1460 1470
pF1KA1 --WSS----------------------------GPTSHTQASLSHELWKVP---RNSTAP
::: .: : :..::.::::::: .: :::
CCDS81 SAWSSIRASNYNVPLSSTAQSTSARNSDSKLTWSPGSVTNTSLAHELWKVPLPPKNITAP
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1480 1490 1500 1510 1520
pF1KA1 TRPPPGLTNPKPS-STWGASPL----GWTSS---YSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTP
.:::::::. :: ::: ::: :: .: :. ::.:. ..::: ..::::.::::
CCDS81 SRPPPGLTGQKPPLSTWDNSPLRIGGGWGNSDARYTPGSSWGESSSGRITNWLVLKNLTP
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1530 1540 1550 1560 1570 1580
pF1KA1 QIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEF
:::::::::::.:::::::::::: .:::.::::::::..::::::::::::::::::::
CCDS81 QIDGSTLRTLCMQHGPLITFHLNLPHGNALVRYSSKEEVVKAQKSLHMCVLGNTTILAEF
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1590 1600 1610 1620 1630 1640
pF1KA1 AGEEEVNRFLAQGQALPPTSSWQSSSASSQPRLSAAGSSHGLV-RSDAGHWNAPCLGGKG
:.:::..::.::.:.: :. .::: . ::: ::.. ::.. :.: .:::. :.: .
CCDS81 ASEEEISRFFAQSQSLTPSPGWQSLG-SSQSRLGSLDCSHSFSSRTDLNHWNGAGLSGTN
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1650 1660 1670 1680 1690
pF1KA1 SSEL----LWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
..: ::: .:.::.:::::::..: : :.::.:....: : :.:
CCDS81 CGDLHGTSLWG-TPHYSTSLWGPPSSSDPRGISSPSPINAFLSVDHLGGGGESM
1870 1880 1890 1900 1910
>>CCDS54533.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1833 aa)
initn: 1758 init1: 542 opt: 1210 Z-score: 667.0 bits: 136.6 E(32554): 7.9e-31
Smith-Waterman score: 3213; 37.6% identity (60.8% similar) in 1817 aa overlap (16-1689:209-1830)
10 20 30 40
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSN
.....: :.. ...:..... :...::
CCDS54 TSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSN
180 190 200 210 220 230
50 60 70 80 90
pF1KA1 -GSAARVWGVATGSSSGLA-------HCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGIN
:.... ....:. .:. ::..... .. : : .: : . . : .
CCDS54 KGKGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSG
240 250 260 270 280 290
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 L-NLNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLL-
. :.:::.::.:::.: .::: : . ..:.: .. ... :.
CCDS54 FSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGA--------------LETDNSNSSAQVSTVGQTSR
300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 PQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTDGPNN--TNPMN-SSPNPINAMQTNGLPNWGMAV
:.: ..... :: : : :::::.: :: .: :::::.. : ::
CCDS54 EQQSKMENAGVNFVVSGREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPME--------NKGMPF
350 360 370 380 390
220 230 240 250 260
pF1KA1 GMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAEGISNSVWGLSPG----NPATGNSNSGFSQG
::: : . . .. :: .: : : . :: . : . ..:.:::: . .
CCDS54 GMGL-------GNTSRSTDAPSQSTGDRKTG-SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGN
400 410 420 430 440
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 NG----DTVNSALSAKQNGSSSAVQKEG--SGGNAWDSGPPAGPGILAWGRGSGNNGVGN
:: :. ..: :..::.. .. : :..:. :: . ::. ::. ...
CCDS54 NGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDN-KWGE--GNKMTSG
450 460 470 480 490 500
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKP--PNQHSNSDINGKGSTGWESPSVTSQNPTVQPGGE
. .: : .:. : . :::. : ::. ... : :: : .: :.
CCDS54 VSQGEWKQPTGSDELKI-GEWSGPNQPNSSTGAWDNQKGH-----PLPENQ------GNA
510 520 530 540 550
390 400 410 420 430
pF1KA1 HMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRRDKGIIDQGHIQ--LPRND
. :....:: . :.: :: ::. ::. ...:. : :. .: : :.:
CCDS54 QAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGS-NHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTD
560 570 580 590 600 610
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 LDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWGCAATQASNSGGKNDGSIM
:::::::::::::: .::.:.:..:: :: : :.:.:::.: ::::..:::: .:.
CCDS54 LDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGDAP--
620 630 640 650 660 670
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 NSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDSISSTAVSTAAAAKSGHAW
: ... ::: . . :.: : : :.. : :.: .... . :
CCDS54 -SQSNQMKSGW-----GELSASTEWKD-----PKNTGGWNDYKNNNSSN----------W
680 690 700
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 SGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWADSSSVLGHLGDGKKNGSG
.:. .: .:.: :. :.: :: :.. : .::.: . : :. : :: :.
CCDS54 GGGRPDEKTPSSWNENPS-KDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGW-------GEEVDQTKN-SN
710 720 730 740 750 760
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 WDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLKPGPQQN--------WASK
:...... :::.. .. . :::. :.. .: : : .: : : ..
CCDS54 WESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGW-EDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQ
770 780 790 800 810
680 690 700 710
pF1KA1 ------------PQDNNVSNWGGA-----ASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEP
:: . ..::: ..:. ....: .:: :. :: : .:::::
CCDS54 HQQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDE-EPSGWEEP
820 830 840 850 860 870
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 SPPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTH
:: :: :::.:::::::::::..:: :.::.::.:. :..
CCDS54 SPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDKNS---QGG------------------
880 890 900 910
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 RVETPPPHQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAA
: : : : : : : . ::. . :.. . :. ::::.:
CCDS54 ----PAP--------REPNL-P----------TP-MTSKSASVWSKSTPPAP--DNGTSA
920 930 940 950
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 WGKPPSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWG-SGGDEMNLSTSQ
::.: :. :::. . : ...:. : :: :::::.::: : : . .
CCDS54 WGEPNESSPGWGEMDDTGASTTGWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPS
960 970 980 990 1000 1010
900 910 920 930 940
pF1KA1 WEDEE-GDVWNNAASQESTSS--CSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTD
::.:: : :::...:: :.:: .:::.. :: .. ..: : ....: :. : ::...
CCDS54 WEEEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLK--GGNNDSW-MNPLAKQFSN
1020 1030 1040 1050 1060
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 MGFPREPAEEALKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPL-GCRPPISK
::. . .. :..:.: ....: .:: :::::.... : : . : : ::: ::
CCDS54 MGLLSQTEDNP--SSKMDL--SVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSK
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA1 E-SSVDRPTFLDK--------DGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASG
. ...: ...: :: : .: ::: :::: :: : :.::. .::.:..:
CCDS54 DMGTTDSGPYFEKLTLPFSNQDGCLGDEAPCSPFSPSPSYKLSPSGSTLPNVSLGAIGTG
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KA1 LGMQNLNSSRQIPSGNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVP-QFLSP
:. ::. ..:: .:. :.:::: .::.: .. : ::::::: :::::::: ::.::
CCDS54 LNPQNF-AARQ--GGSHGLFGNS-TAQSRGLHTP----VQPLNSS-PSLRAQVPPQFISP
1190 1200 1210 1220 1230
1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA1 QVQAQLL-QFAAKNIGLNPALLT-SP-INPQHMTMLNQLYQL---QLAYQRL---QIQQQ
::.:..: :: : ::.:.:.. .: ..::...::.:: :. ::: : : : :::
CCDS54 QVSASMLKQF--PNSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQ
1240 1250 1260 1270 1280 1290
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KA1 MLQAQRNVSGSMRQQ-EQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHP
.:: ::..: ..::: :::.:: .. :::: ::.::: : : ::
CCDS54 LLQNQRKISQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQQRQ-------------PGMKHSPSHP
1300 1310 1320 1330 1340
1230 1240 1250 1260 1270 1280
pF1KA1 SAGKSAMDSFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPNTFAPYPLAGLNPNMNVNSMD--MTGGLS
. : .:.. . . :::::::: .: : : . ... ..:: :.::
CCDS54 VGPKPHLDNMVPNALNVGLPDLQTK---------GPIP--GYGSGFSSGGMDYGMVGG--
1350 1360 1370 1380
1290 1300 1310 1320 1330 1340
pF1KA1 VKDPSQSQSRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGR
:. . ..::. ::: . :..:::.:. : : :.::: . :::. . :..
CCDS54 -KE-AGTESRFKQWT--SMMEGLPSVATQ-EANMHKNGAIVA------PGKTRGGSPYNQ
1390 1400 1410 1420 1430
1350 1360 1370 1380 1390 1400
pF1KA1 YDLIQ-NSESPASPPVAVPHSWSRAKSD-SDKI-SNGSSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDP
.:.: .. . . :.. :: ::: ..:: :..:. .:::::.:::::::.:::::
CCDS54 FDIIPGDTLGGHTGPAG--DSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDP
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1410 1420 1430
pF1KA1 ENDPDVTPGSVPTGPTINTTIQDVNRYLLK------------------------------
:.:: :::::: : : .. : :... ::.
CCDS54 ESDPYVTPGSV-LGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFT
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA1 ----SGGKLSDIKSTWSSGPTSHTQASLSHELWK---VPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSST
...:. : ::::: : .:. . ::...:: ::.: :::::::::::::
CCDS54 NVHSTSAKFPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSP
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1490 1500 1510 1520 1530
pF1KA1 WGAS-PL---GW---TSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGP
:... : :: : .:.:.:: : : : ::::.:::::::::::::.:.::::
CCDS54 WSSTAPRSVRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGP
1620 1630 1640 1650 1660 1670
1540 1550 1560 1570 1580 1590
pF1KA1 LITFHLNLTQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQ--
:.:::::::::.:..:::.:.:::::: .:::::::::::::::: ..::.:::::.:
CCDS54 LLTFHLNLTQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPP
1680 1690 1700 1710 1720 1730
1600 1610 1620 1630 1640
pF1KA1 ---ALP--PTSSWQS-SSASSQ-----PRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSEL
: : :...::: ....: : :. :.: :: :.:.. ::.....:
CCDS54 TPAATPSAPAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGL-----GQWSSSA-GGSSGADL
1740 1750 1760 1770 1780
1650 1660 1670 1680 1690
pF1KA1 ----LWGGVPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
::: :.::::::: :...: . .:::.: :::::::.: :
CCDS54 AGASLWGP-PNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAP---LLPGDLLGGGSDSI
1790 1800 1810 1820 1830
>>CCDS46713.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1723 aa)
initn: 1705 init1: 542 opt: 1046 Z-score: 578.5 bits: 120.1 E(32554): 6.6e-26
Smith-Waterman score: 2769; 35.4% identity (57.3% similar) in 1809 aa overlap (16-1689:209-1720)
10 20 30 40
pF1KA1 MATGSAQGNFTGHTKKTNGNNGTNGALVQSPSNQSALGAGGANSN
.....: :.. ...:..... :...::
CCDS46 TSPNPIHIWDKVIVDGSDMEEWPCIASKDTESSSENTTDNNSASNPGSEKSTLPGSTTSN
180 190 200 210 220 230
50 60 70 80 90
pF1KA1 -GSAARVWGVATGSSSGLA-------HCSVSGGDGKMDTMIGDGRSQNCWGASNSNAGIN
:.... ....:. .:. ::..... .. : : .: : . . : .
CCDS46 KGKGSQCQSASSGNECNLGVWKSDPKAKSVQSSNSTTENNNGLGNWRNVSGQDRIGPGSG
240 250 260 270 280 290
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 L-NLNPNANPAAWPVLGHEGTVATGNPSSICSPVSAIGQNMGNQNGNPTGTLGAWGNLL-
. :.:::.::.:::.: .::: : . ..:.: .. ... :.
CCDS46 FSNFNPNSNPSAWPALVQEGTSRKGA--------------LETDNSNSSAQVSTVGQTSR
300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 PQESTEPQTSTSQNVSFSAQPQNLNTDGPNN--TNPMN-SSPNPINAMQTNGLPNWGMAV
:.: ..... :: : : :::::.: :: .: :::::.. : ::
CCDS46 EQQSKMENAGVNFVVSGREQAQIHNTDGPKNGNTNSLNLSSPNPME--------NKGMPF
350 360 370 380 390
220 230 240 250 260
pF1KA1 GMGAIIPPHLQGLPGANGSSVSQVSGGSAEGISNSVWGLSPG----NPATGNSNSGFSQG
::: : . . .. :: .: : : . :: . : . ..:.:::: . .
CCDS46 GMGL-------GNTSRSTDAPSQSTGDRKTG-SVGSWGAARGPSGTDTVSGQSNSGNNGN
400 410 420 430 440
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 NG----DTVNSALSAKQNGSSSAVQKEG--SGGNAWDSGPPAGPGILAWGRGSGNNGVGN
:: :. ..: :..::.. .. : :..:. :: . ::. ::. ...
CCDS46 NGKEREDSWKGASVQKSTGSKNDSWDNNNRSTGGSWNFGPQDSNDN-KWGE--GNKMTSG
450 460 470 480 490 500
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 IHSGAWGHPSRSTSNGVNGEWGKP--PNQHSNSDINGKGSTGWESPSVTSQNPTVQPGGE
. .: : .:. : . :::. : ::. ... : :: : .: :.
CCDS46 VSQGEWKQPTGSDELKI-GEWSGPNQPNSSTGAWDNQKGH-----PLPENQ------GNA
510 520 530 540 550
390 400 410 420 430
pF1KA1 HMNSWAKAASSGTTASEGSSDGSGNHNEGSTGREGTGEGRRRDKGIIDQGHIQ--LPRND
. :....:: . :.: :: ::. ::. ...:. : :. .: : :.:
CCDS46 QAPCWGRSSSSTGSEVGGQSTGS-NHKAGSSDSHNSGRRSYRPTHPDCQAVLQTLLSRTD
560 570 580 590 600 610
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 LDPRVLSNTGWGQTPVKQNTAWEFEESPRSERKNDNGTEAWGCAATQASNSGGKNDGSIM
:::::::::::::: .::.:.:..:: :: : :.:.:::.: ::::..:::: .:.
CCDS46 LDPRVLSNTGWGQTQIKQDTVWDIEEVPRPEGKSDKGTEGWESAATQTKNSGGWGDAP--
620 630 640 650 660 670
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 NSTNTSSVSGWVNAPPAAVPANTGWGDSNNKAPSGPGVWGDSISSTAVSTAAAAKSGHAW
: ... ::: . . :.: : : :.. : :.: .... . :
CCDS46 -SQSNQMKSGW-----GELSASTEWKD-----PKNTGGWNDYKNNNSSN----------W
680 690 700
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 SGAANQEDKSPTWGEPPKPKSQHWGDGQRSNPAWSAGGGDWADSSSVLGHLGDGKKNGSG
.:. .: .:.: :. :.: :: :.. : .::.: . : :. : :: :.
CCDS46 GGGRPDEKTPSSWNENPS-KDQGWGGGRQPNQGWSSGKNGW-------GEEVDQTKN-SN
710 720 730 740 750 760
620 630 640 650 660 670
pF1KA1 WDADSNRSGSGWNDTTRSGNSGWGNSTNTKANPGTNWGETLKPGPQQN--------WASK
:...... :::.. .. . :::. :.. .: : : .: : : ..
CCDS46 WESSASKPVSGWGEGGQNEIGTWGNGGNASLASKGGW-EDCKRSPAWNETGRQPNSWNKQ
770 780 790 800 810
680 690 700 710
pF1KA1 ------------PQDNNVSNWGGA-----ASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEP
:: . ..::: ..:. ....: .:: :. :: : .:::::
CCDS46 HQQQQPPQQPPPPQPEASGSWGGPPPPPPGNVRPSNSSWSSGPQPATPKDE-EPSGWEEP
820 830 840 850 860 870
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 SPPSIRRKMEIDDGTSAWGDPSNYNNKTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTH
:: :: :::.:::::::::::..:: :.::.::.:
CCDS46 SPQSISRKMDIDDGTSAWGDPNSYNYKNVNLWDKN-------------------------
880 890 900 910
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 RVETPPPHQAGTQLNRSPLLGPGRKVSSGWGEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAA
:.: : : ::. :.
CCDS46 --------------------------SQG-GPAPR----------EPNLPT---------
920
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 WGKPPSSGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWG-SGGDEMNLSTSQ
: .... .: :::::.::: : : . .
CCDS46 ----PMTSKSASD-------------------------SKSMQDGWGESDGPVTGARHPS
930 940 950
900 910 920 930 940
pF1KA1 WEDEE-GDVWNNAASQESTSS--CSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTD
::.:: : :::...:: :.:: .:::.. :: .. ..: : ....: :. : ::...
CCDS46 WEEEEDGGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLK--GGNNDSW-MNPLAKQFSN
960 970 980 990 1000 1010
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 MGFPREPAEEALKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPL-GCRPPISK
::. . .. :..:.: ....: .:: :::::.... : : . : : ::: ::
CCDS46 MGLLSQTEDNP--SSKMDL--SVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSK
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 E-SSVDRPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNS
. ...: ...: : ::
CCDS46 DMGTTDSGPYFEKGG---------------------SH----------------------
1080
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 SRQIPSGNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVP-QFLSPQVQAQLL-
:.:::: .::.: .. :::::::: :::::::: ::.::::.:..:
CCDS46 ---------GLFGNS-TAQSRGLH----TPVQPLNSS-PSLRAQVPPQFISPQVSASMLK
1090 1100 1110 1120 1130
1130 1140 1150 1160 1170
pF1KA1 QFAAKNIGLNPALLT-SP-INPQHMTMLNQLYQL---QLAYQRL---QIQQQMLQAQRNV
:: : ::.:.:.. .: ..::...::.:: :. ::: : : : :::.:: ::..
CCDS46 QFP--NSGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKI
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KA1 SGSMRQQ-EQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMD
: ..::: :::.:: .. :::: ::.::: : : :: . : .:
CCDS46 SQAVRQQQEQQLARMVSALQQQQQQQQRQ-------------PGMKHSPSHPVGPKPHLD
1200 1210 1220 1230
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KA1 SFPSHPQTPGLPDLQTKEQQSSPNTFAPYPLAGLNPNMNVNSMD--MTGGLSVKDPSQSQ
.. . . :::::::: .: : : . ... ..:: :.:: :. . ..
CCDS46 NMVPNALNVGLPDLQTK---------GPIP--GYGSGFSSGGMDYGMVGG---KE-AGTE
1240 1250 1260 1270 1280
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA1 SRLPQWTHPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQ-NS
::. ::: . :..:::.:. : : :.::: . :::. . :...:.: ..
CCDS46 SRFKQWT--SMMEGLPSVATQ-EANMHKNGAIVA------PGKTRGGSPYNQFDIIPGDT
1290 1300 1310 1320 1330
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA1 ESPASPPVAVPHSWSRAKSD-SDKI-SNGSSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTP
. . :.. :: ::: ..:: :..:. .:::::.:::::::.::::::.:: :::
CCDS46 LGGHTGPAG--DSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTP
1340 1350 1360 1370 1380 1390
1420 1430
pF1KA1 GSVPTGPTINTTIQDVNRYLLK----------------------------------SGGK
::: : : .. : :... ::. ...:
CCDS46 GSV-LGGTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAK
1400 1410 1420 1430 1440 1450
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KA1 LSDIKSTWSSGPTSHTQASLSHELWK---VPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGAS-PL-
. : ::::: : .:. . ::...:: ::.: ::::::::::::: :... :
CCDS46 FPDYKSTWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRS
1460 1470 1480 1490 1500 1510
1500 1510 1520 1530 1540
pF1KA1 --GW---TSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNL
:: : .:.:.:: : : : ::::.:::::::::::::.:.:::::.::::::
CCDS46 VRGWGTQDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNL
1520 1530 1540 1550 1560 1570
1550 1560 1570 1580 1590 1600
pF1KA1 TQGNAVVRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQ-----ALP--
:::.:..:::.:.:::::: .:::::::::::::::: ..::.:::::.: : :
CCDS46 TQGTALIRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSA
1580 1590 1600 1610 1620 1630
1610 1620 1630 1640 1650
pF1KA1 PTSSWQS-SSASSQ-----PRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSEL----LWGG
:...::: ....: : :. :.: :: :.:.. ::.....: :::
CCDS46 PAAGWQSLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGL-----GQWSSSA-GGSSGADLAGASLWGP
1640 1650 1660 1670 1680
1660 1670 1680 1690
pF1KA1 VPQYSSSLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
:.::::::: :...: . .:::.: :::::::.: :
CCDS46 -PNYSSSLWGVPTVEDPHRMGSPAP---LLPGDLLGGGSDSI
1690 1700 1710 1720
>>CCDS46712.1 TNRC6B gene_id:23112|Hs108|chr22 (1029 aa)
initn: 1417 init1: 542 opt: 872 Z-score: 487.5 bits: 102.5 E(32554): 7.8e-21
Smith-Waterman score: 1951; 39.1% identity (59.8% similar) in 1083 aa overlap (701-1689:66-1026)
680 690 700 710 720 730
pF1KA1 PQDNNVSNWGGAASVKQTGTGWIGGPVPVKQKDSSEATGWEEPSPPSIRRKMEIDDGTSA
:: . . : : . ::. . . :.
CCDS46 SKQEKEQEREEQLMEDKKRKKEDKKKKEATQKVTEQKTKVPEVTKPSLSQPTAASPIGSS
40 50 60 70 80 90
740 750 760 770 780
pF1KA1 WGDPSNYNN--KTVNMWDRNNPVIQSSTTTNTTTTTTTTTSNTTHRV-----ETPPPHQA
. : : .: : : . . . : :.. . . :.: . :::
CCDS46 PSPPVNGGNNAKRVAVPNGQPP---SAARYMPREVPPRFRCQQDHKVLLKRGQPPPPSCM
100 110 120 130 140 150
790 800 810 820 830
pF1KA1 --GTQLNRSPLLGPGRKVSSGW--GEMPNVHSKTENSWGEPSSPSTLVDNGTAAWGKPPS
: . : .:: . ... : . . .: : :.. . :. ::::.:::.:
CCDS46 LLGGGAGPPPCTAPGANPNNAQVTGALLQSESGTAPVWSKSTPPAP--DNGTSAWGEPNE
160 170 180 190 200 210
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 SGSGWGDHPAEPPVAFGRAGAPVAASALCKPASKSMQEGWG-SGGDEMNLSTSQWEDEE-
:. :::. . : ...:. : :: :::::.::: : : . .::.::
CCDS46 SSPGWGEMDDTGASTTGWGNTPANAPNAMKPNSKSMQDGWGESDGPVTGARHPSWEEEED
220 230 240 250 260 270
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 GDVWNNAASQESTSS--CSSWGNAPKKGLQKGMKTSGKQDEAWIMSRLIKQLTDMGFPRE
: :::...:: :.:: .:::.. :: .. ..: : ....: :. : ::...::. .
CCDS46 GGVWNTTGSQGSASSHNSASWGQGGKKQMKCSLK--GGNNDSW-MNPLAKQFSNMGLLSQ
280 290 300 310 320
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 PAEEALKSNNMNLDQAMSALLEKKVDVDKRGLGVTDHNGMAAKPL-GCRPPISKE-SSVD
.. :..:.: ....: .:: :::::.... : : . : : ::: ::. ...:
CCDS46 TEDNP--SSKMDL--SVGSLSDKKFDVDKRAMNLGDFNDIMRKDRSGFRPPNSKDMGTTD
330 340 350 360 370 380
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 RPTFLDKDGGLVEEPTPSPFLPSPSLKLPLSHSALPSQALGGIASGLGMQNLNSSRQIPS
...: : ::
CCDS46 SGPYFEKGG---------------------SH----------------------------
390
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KA1 GNLGMFGNSGAAQARTMQQPPQPPVQPLNSSQPSLRAQVP-QFLSPQVQAQLL-QFAAKN
:.:::: .::.: .. : ::::::: :::::::: ::.::::.:..: :: :
CCDS46 ---GLFGNS-TAQSRGLHTP----VQPLNSS-PSLRAQVPPQFISPQVSASMLKQFP--N
400 410 420 430 440
1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA1 IGLNPALLT-SP-INPQHMTMLNQLYQL---QLAYQRL---QIQQQMLQAQRNVSGSMRQ
::.:.:.. .: ..::...::.:: :. ::: : : : :::.:: ::..: ..::
CCDS46 SGLSPGLFNVGPQLSPQQIAMLSQLPQIPQFQLACQLLLQQQQQQQLLQNQRKISQAVRQ
450 460 470 480 490 500
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA1 Q-EQQVARTITNLQQQIQQHQRQLAQALLVKQPPPPPPPPHLSLHPSAGKSAMDSFPSHP
: :::.:: .. :::: ::.::: : : :: . : .:.. .
CCDS46 QQEQQLARMVSALQQQQQQQQRQ-------------PGMKHSPSHPVGPKPHLDNMVPNA
510 520 530 540 550
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA1 QTPGLPDLQTKEQQSSPNTFAPYPLAGLNPNMNVNSMD--MTGGLSVKDPSQSQSRLPQW
. :::::::: .: : : . ... ..:: :.:: . ..::. ::
CCDS46 LNVGLPDLQTK---------GPIP--GYGSGFSSGGMDYGMVGG----KEAGTESRFKQW
560 570 580 590
1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA1 THPNSMDNLPSAASPLEQNPSKHGAIPGGLSIGPPGKSSIDDSYGRYDLIQ-NSESPASP
: . :..:::.:. : : :.::: . :::. . :...:.: .. . .
CCDS46 T--SMMEGLPSVATQ-EANMHKNGAIVA------PGKTRGGSPYNQFDIIPGDTLGGHTG
600 610 620 630 640
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA1 PVAVPHSWSRAKSD-SDKI-SNGSSINWPPEFHPGVPWKGLQNIDPENDPDVTPGSVPTG
:.. :: ::: ..:: :..:. .:::::.:::::::.::::::.:: :::::: :
CCDS46 PAG--DSWLPAKSPPTNKIGSKSSNASWPPEFQPGVPWKGIQNIDPESDPYVTPGSV-LG
650 660 670 680 690 700
1420 1430 1440
pF1KA1 PTINTTIQDVNRYLLK----------------------------------SGGKLSDIKS
: .. : :... ::. ...:. : ::
CCDS46 GTATSPIVDTDHQLLRDNTTGSNSSLNTSLPSPGAWPYSASDNSFTNVHSTSAKFPDYKS
710 720 730 740 750 760
1450 1460 1470 1480 1490
pF1KA1 TWSSGPTSHTQASLSHELWK---VPRNSTAPTRPPPGLTNPKPSSTWGAS-PL---GW--
::: : .:. . ::...:: ::.: ::::::::::::: :... : ::
CCDS46 TWSPDPIGHNPTHLSNKMWKNHISSRNTTPLPRPPPGLTNPKPSSPWSSTAPRSVRGWGT
770 780 790 800 810 820
1500 1510 1520 1530 1540 1550
pF1KA1 -TSSYSSGSAWSTDTSGRTSSWLVLRNLTPQIDGSTLRTLCLQHGPLITFHLNLTQGNAV
: .:.:.:: : : : ::::.:::::::::::::.:.:::::.:::::::::.:.
CCDS46 QDSRLASASTWSDGGSVRPSYWLVLHNLTPQIDGSTLRTICMQHGPLLTFHLNLTQGTAL
830 840 850 860 870 880
1560 1570 1580 1590 1600
pF1KA1 VRYSSKEEAAKAQKSLHMCVLGNTTILAEFAGEEEVNRFLAQGQ-----ALP--PTSSWQ
.:::.:.:::::: .:::::::::::::::: ..::.:::::.: : : :...::
CCDS46 IRYSTKQEAAKAQTALHMCVLGNTTILAEFATDDEVSRFLAQAQPPTPAATPSAPAAGWQ
890 900 910 920 930 940
1610 1620 1630 1640 1650
pF1KA1 S-SSASSQ-----PRLSAAGSSHGLVRSDAGHWNAPCLGGKGSSEL----LWGGVPQYSS
: ....: : :. :.: :: :.:.. ::.....: ::: :.:::
CCDS46 SLETGQNQSDPVGPALNLFGGSTGL-----GQWSSSA-GGSSGADLAGASLWGP-PNYSS
950 960 970 980 990
1660 1670 1680 1690
pF1KA1 SLWGPPSADDSRVIGSPTPLTTLLPGDLLSGESL
:::: :...: . .:::.:: ::::::.: :
CCDS46 SLWGVPTVEDPHRMGSPAPL---LPGDLLGGGSDSI
1000 1010 1020
1690 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 21:27:50 2016 done: Wed Nov 2 21:27:51 2016
Total Scan time: 7.090 Total Display time: 0.880
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]