Result of FASTA (omim) for
pF1KA1594
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1594, 979 aa
1>>>pF1KA1594 979 - 979 aa - 979 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7336+/-0.00044; mu= 10.9527+/- 0.028
mean_var=171.8814+/-34.530, 0's: 0 Z-trim(116.1): 144 B-trim: 58 in 1/53
Lambda= 0.097827
statistics sampled from 26840 (26986) to 26840 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 12.920
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065954 (OMIM: 609546) ubiquitin carboxyl-termin ( 922) 1497 224.6 1.9e-57
NP_114113 (OMIM: 300309) ubiquitin carboxyl-termin ( 913) 1061 163.0 6.4e-39
XP_016885381 (OMIM: 300309) PREDICTED: ubiquitin c ( 913) 1061 163.0 6.4e-39
XP_016864046 (OMIM: 612849) PREDICTED: ubiquitin c ( 341) 316 57.5 1.4e-07
NP_001127695 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 359) 316 57.5 1.4e-07
NP_073743 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termin ( 366) 316 57.6 1.4e-07
NP_001273696 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-ter ( 354) 241 47.0 0.00022
XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871) 245 47.8 0.00029
XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268) 245 48.0 0.00038
XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270) 245 48.0 0.00038
XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281) 245 48.0 0.00039
XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 245 48.0 0.00039
XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 245 48.0 0.00039
XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285) 245 48.0 0.00039
XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303) 245 48.0 0.00039
XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305) 245 48.0 0.00039
XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307) 245 48.0 0.00039
NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318) 245 48.0 0.0004
XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318) 245 48.0 0.0004
XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320) 245 48.0 0.0004
XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322) 245 48.0 0.0004
XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332) 245 48.0 0.0004
XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367) 245 48.0 0.00041
XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368) 245 48.0 0.00041
XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 245 48.0 0.00041
XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 245 48.0 0.00041
XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 245 48.0 0.00041
XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 245 48.0 0.00041
NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372) 245 48.0 0.00041
XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373) 245 48.0 0.00041
XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381) 245 48.0 0.00041
XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382) 245 48.0 0.00041
XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383) 245 48.0 0.00041
NP_001186090 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1384) 245 48.0 0.00041
XP_016861107 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1384) 245 48.0 0.00041
XP_005264886 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1386) 245 48.0 0.00041
XP_006713016 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1404) 245 48.0 0.00041
XP_006713010 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1405) 245 48.0 0.00042
XP_016861106 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 245 48.0 0.00042
XP_005264884 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1408) 245 48.0 0.00042
XP_016861105 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1418) 245 48.0 0.00042
NP_001186089 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1419) 245 48.0 0.00042
XP_016861104 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1420) 245 48.0 0.00042
XP_005264882 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1421) 245 48.0 0.00042
XP_005264883 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1421) 245 48.0 0.00042
XP_006713009 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1422) 245 48.0 0.00042
XP_005264880 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1423) 245 48.0 0.00042
XP_005264881 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1423) 245 48.0 0.00042
NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 234 46.3 0.00091
XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 232 46.0 0.00094
>>NP_065954 (OMIM: 609546) ubiquitin carboxyl-terminal h (922 aa)
initn: 2102 init1: 591 opt: 1497 Z-score: 1152.2 bits: 224.6 E(85289): 1.9e-57
Smith-Waterman score: 2345; 44.9% identity (69.4% similar) in 979 aa overlap (1-972:1-906)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
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NP_065 MISLKVCGFIQIWSQKTGMTKLKEALIETVQRQKEIKLVVTFKSGKFIRIFQLSNNIRSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
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NP_065 VLRHCKKRQSHLRLTLKNNVFLFIDKLSYRDAKQLNMFLDIIHQNKSQQPMK--------
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 GAILGSRTSQKETSRQLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGIA
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NP_065 -----------------SDDDWSVFESRNMLKEIDKTSFYSICNKPSY------------
120 130 140
190 200 210 220 230
pF1KA1 RTIPSLTSTS-TPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
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NP_065 QKMPLFMSKSPTHVKKGILENQGGKGQNTLSSDVQTNEDILKEDNPVPNKKYKTD-SLKY
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
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NP_065 IQSNRKNPSSLEDLEKDRDLKLGP----SF-------NTNCNGNPNLDETVLATQTLNAK
210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
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NP_065 NGLTS-PLEPEHSQGDPRC-------NKAQVPLDSHSQQLQQGFPNLGNTCYMNAVLQSL
260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
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NP_065 FAIPSFADDLLTQGVPWEYIPFEALIMTLTQLLALKDFCSTKIKRELLGNVKKVISAVAE
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENS-PDI----SATRAYTCP
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NP_065 IFSGNMQNDAHEFLGQCLDQLKEDMEKLNATLNTGKECGDENSSPQMHVGSAATKVFVCP
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
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NP_065 VVANFEFELQLSLICKACGHAVLKVEPNNYLSINLHQETKPLP-LSIQNSLDLFFKEEEL
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
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NP_065 EYNCQMCKQKSCVARHTFSRLSRVLIIHLKRYSFNNAWLLV-KNNEQVYIPKSLSLSSYC
490 500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
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NP_065 NESTKPPLPLSSSAPVGKCEVLEVSQEMISEINSPLTPSMKLTSESSDSLVLPVEPDKNA
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
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NP_065 DLQRF----QRDCGDASQEQHQRDLENGSAL------ESELVHFR-DRAIGEKELPVADS
610 620 630 640 650
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
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NP_065 LMDQGDISLPVMYEDGGKLISSPDTRLVEVHLQEVPQHPELQKYEKTNTFVEFNFDSVTE
660 670 680 690 700 710
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
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NP_065 STNGFYDCKENRIPEGSQGMAEQLQQC-IEESIIDEFLQQAPPPGVRKLDAQEHTEET-L
720 730 740 750 760
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
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NP_065 NQSTELRLQKADLNHLGALGSD-NPGNKNILDAENTRGEAKELTRNVKMGDPLQAYRLIS
770 780 790 800 810 820
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 VVSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEI
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NP_065 VVSHIGSSPNSGHYISDVYDFQKQAWFTYNDLCVSEISETKMQEARLHSGYIFFYMHNGI
830 840 850 860 870 880
960 970
pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS
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NP_065 FEELLRKAENSRLPSTQAGVIPQGEYEGDSLYRPA
890 900 910 920
>>NP_114113 (OMIM: 300309) ubiquitin carboxyl-terminal h (913 aa)
initn: 1662 init1: 506 opt: 1061 Z-score: 819.7 bits: 163.0 E(85289): 6.4e-39
Smith-Waterman score: 2113; 42.4% identity (66.9% similar) in 984 aa overlap (1-977:1-912)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
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NP_114 MAALFLRGFVQIGNCKTGISKSKEAFIEAVERKKKDRLVLYFKSGKYST-FRLSDNIQNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
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NP_114 VLKSYRGNQNHLHLTLQNNNGLFIEGLSSTDAEQLKIFLDRVHQNEVQPPVRPGKGGSVF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KA1 GAILGSRTSQKETSR-QLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGI
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NP_114 -----SSTTQKEINKTSFHKVDEKSSSK--SFEI-------------AKGS-----GTGV
120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 ARTIPSLTSTSTPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
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NP_114 LQRMPLLTSKLTLTCGELSENQHKKRKRMLSSSSEMNEEFLKENNSVEYKKSKADCSRC-
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
.. .:::::.::. :::. : .:: .. ...:. :: .. :. . :
NP_114 VSYNREKQLKLKELEENKK---LECESSCIM--------NATGNPYLDDIGLL-QALTEK
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
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NP_114 MVLVFLLQQ--------GYSDGYTKWDKLKLFFELFPEKICHGLPNLGNTCYMNAVLQSL
270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
.:. :::.:::.:..:: ::::::: .:.:: :: : : :. :: ..:.::::.::
NP_114 LSIPSFADDLLNQSFPWGKIPLNALTMCLARLLFFKDTYNIEIKEMLLLNLKKAISAAAE
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 RFSGYMQNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSP-----DISATRAYTCP
: : ::::::::..::::::..::::: :: . ::.: : : : ...::
NP_114 IFHGNAQNDAHEFLAHCLDQLKDNMEKLNTIWKPKSEFGEDNFPKQVFADDPDTSGFSCP
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
::::.:.:. ::: :::::..: : : : :::.::.: : : :::...:::: ::::
NP_114 VITNFELELLHSIACKACGQVILKTELNNYLSINLPQRIKA-HPSSIQSTFDLFFGAEEL
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
::.: :: : .. :.:.::::.::.::::::.: .:. : :.::: .:: .::::
NP_114 EYKCAKCEHKTSVGVHSFSRLPRILIVHLKRYSLNEFCALK-KNDQEVIISKYLKVSSHC
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
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NP_114 NEGTRPPLPLSEDGEITDFQLLKVIRKMTSGNISVSWPATK---ESKDILAPHIGSDKES
560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
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NP_114 EQKKG----QTVFKGASRRQQQKYLGKNSK-----PNELESVYSG-DRAFIEKEPLAHLM
610 620 630 640 650
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
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NP_114 TYLE-DTSLCQFHKAGGKPASSPGTPLSKVDFQTVPENPKRKKYVKTSKFVAFD--RIIN
660 670 680 690 700 710
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
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NP_114 PTKDLYEDKNIRIPERFQKVSEQTQQCDGMRI-CEQAPQQALPQSFPKPGT--QGHTKNL
720 730 740 750 760 770
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
: :.:.::. : . . ::::... :.:..: ...:.: ::: . :. :.:::::
NP_114 LRPTKLNLQKSNRNSLLALGSNKNPRNKDILD--KIKSKAKETKRNDDKGD--HTYRLIS
780 790 800 810 820
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pF1KA1 VVSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEI
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NP_114 VVSHLGKTLKSGHYICDAYDFEKQIWFTYDDMRVLGIQEAQMQEDRRCTGYIFFYMHNEI
830 840 850 860 870 880
960 970
pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS
:.:.:. :.:.: : :: .: ..
NP_114 FEEMLKREENAQLNSKEVEETLQKE
890 900 910
>>XP_016885381 (OMIM: 300309) PREDICTED: ubiquitin carbo (913 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSPLKIHGPIRIRSMQTGITKWKEGSFEIVEKENKVSLVVHYNTGGIPRIFQLSHNIKNV
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XP_016 MAALFLRGFVQIGNCKTGISKSKEAFIEAVERKKKDRLVLYFKSGKYST-FRLSDNIQNV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 VLRPSGAKQSRLMLTLQDNSFLSIDKVPSKDAEEMRLFLDAVHQNRLPAAMKPSQGSGSF
::. ..:..: ::::.:. : :. . : :::....::: ::::.. ..:..:.. :
XP_016 VLKSYRGNQNHLHLTLQNNNGLFIEGLSSTDAEQLKIFLDRVHQNEVQPPVRPGKGGSVF
60 70 80 90 100 110
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pF1KA1 GAILGSRTSQKETSR-QLSYSDNQASAKRGSLETKDDIPFRKVLGNPGRGSIKTVAGSGI
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XP_016 -----SSTTQKEINKTSFHKVDEKSSSK--SFEI-------------AKGS-----GTGV
120 130 140 150
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pF1KA1 ARTIPSLTSTSTPLRSGLLENRTEKRKRMISTGSELNEDYPKENDSSSNNKAMTDPSRKY
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XP_016 LQRMPLLTSKLTLTCGELSENQHKKRKRMLSSSSEMNEEFLKENNSVEYKKSKADCSRC-
160 170 180 190 200 210
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pF1KA1 LTSSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHSSGGTNLDRTNVSSQTPSAK
.. .:::::.::. :::. : .:: .. ...:. :: .. :. . :
XP_016 VSYNREKQLKLKELEENKK---LECESSCIM--------NATGNPYLDDIGLL-QALTEK
220 230 240 250 260
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pF1KA1 RSLGFLPQPVPLSVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSL
: :: : .. :: :.: .. . .. .:. ::::::::::.::::
XP_016 MVLVFLLQQ--------GYSDGYTKWDKLKLFFELFPEKICHGLPNLGNTCYMNAVLQSL
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pF1KA1 FSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAE
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XP_016 LSIPSFADDLLNQSFPWGKIPLNALTMCLARLLFFKDTYNIEIKEMLLLNLKKAISAAAE
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XP_016 IFHGNAQNDAHEFLAHCLDQLKDNMEKLNTIWKPKSEFGEDNFPKQVFADDPDTSGFSCP
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pF1KA1 VITNLEFEVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEEL
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XP_016 VITNFELELLHSIACKACGQVILKTELNNYLSINLPQRIKA-HPSSIQSTFDLFFGAEEL
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pF1KA1 EYSCEKCGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
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XP_016 EYKCAKCEHKTSVGVHSFSRLPRILIVHLKRYSLNEFCALK-KNDQEVIISKYLKVSSHC
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pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSED
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XP_016 NEGTRPPLPLSEDGEITDFQLLKVIRKMTSGNISVSWPATK---ESKDILAPHIGSDKES
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pF1KA1 ELKRSVALSQRLCEMLGNEQQQEDLEKDSKLCPIEPDKSELENSGFDR-MSEEELLAAVL
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XP_016 EQKKG----QTVFKGASRRQQQKYLGKNSK-----PNELESVYSG-DRAFIEKEPLAHLM
610 620 630 640 650
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pF1KA1 EISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPASFTE
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XP_016 TYLE-DTSLCQFHKAGGKPASSPGTPLSKVDFQTVPENPKRKKYVKTSKFVAFD--RIIN
660 670 680 690 700 710
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pF1KA1 ITKDCDENKENKTPEGSQGEVDWLQQYDMEREREEQELQQALAQSLQEQEAWEQKEDDDL
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XP_016 PTKDLYEDKNIRIPERFQKVSEQTQQCDGMRI-CEQAPQQALPQSFPKPGT--QGHTKNL
720 730 740 750 760 770
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pF1KA1 KRATELSLQEFNNSFVDALGSDEDSGNEDVFDMEYTEAEAEELKRNAETGNLPHSYRLIS
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XP_016 LRPTKLNLQKSNRNSLLALGSNKNPRNKDILD--KIKSKAKETKRNDDKGD--HTYRLIS
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pF1KA1 VVSHIGSTSSSGHYISDVYDIKKQAWFTYNDLEVSKIQEAAVQSDRDRSGYIFFYMHKEI
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XP_016 VVSHLGKTLKSGHYICDAYDFEKQIWFTYDDMRVLGIQEAQMQEDRRCTGYIFFYMHNEI
830 840 850 860 870 880
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pF1KA1 FDELLETEKNSQSLSTEVGKTTRQAS
:.:.:. :.:.: : :: .: ..
XP_016 FEEMLKREENAQLNSKEVEETLQKE
890 900 910
>>XP_016864046 (OMIM: 612849) PREDICTED: ubiquitin carbo (341 aa)
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pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
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:: . :. .: :. ..: ... : .. :: . . . :..:::.::
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::::. : : :.:. .:: : :. .. .:.:.:... .. ..::
XP_016 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
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:.. : : . : :.: :::.:. ... . ..: . : .: :: :
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pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
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XP_016 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
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pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
XP_016 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEVGLQIILQ
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>>NP_001127695 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termina (359 aa)
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Smith-Waterman score: 316; 30.0% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (342-590:29-275)
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pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
:. :.::::: :..::.:. . : ...:
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pF1KA1 QGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDA
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NP_001 YKAQQKKK--ENLLTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDA
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pF1KA1 HEFLSQCL----DQLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEF
::::. : : :.:. .:: : :. .. .:.:.:... .. ..::
NP_001 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
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pF1KA1 EVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKC
:.. : : . : :.: :::.:. ... . ..: . : .: :: :
NP_001 ETR----CLNCETVSSKDEDFLDLSVDV--EQNTSITHCLRDFSNTETLCSEQKYYCETC
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pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
.: : : . ..:: .: :::::... : .:.. .:..: : :
NP_001 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
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pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
NP_001 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISK
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>>NP_073743 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-terminal h (366 aa)
initn: 286 init1: 102 opt: 316 Z-score: 256.8 bits: 57.6 E(85289): 1.4e-07
Smith-Waterman score: 316; 30.0% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (342-590:36-282)
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pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLK
:. :.::::: :..::.:. . : ...:
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pF1KA1 QGIPWKKIPLNALIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDA
:: . :. .: :. ..: ... : .. :: . . . :..:::.::
NP_073 YKAQQKKK--ENLLTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDA
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pF1KA1 HEFLSQCL----DQLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEF
::::. : : :.:. .:: : :. .. .:.:.:... .. ..::
NP_073 HEFLNYLLNTIADILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---
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pF1KA1 EVQHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKC
:.. : : . : :.: :::.:. ... . ..: . : .: :: :
NP_073 ETR----CLNCETVSSKDEDFLDLSVDV--EQNTSITHCLRDFSNTETLCSEQKYYCETC
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pF1KA1 GGKC-ALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKP
.: : : . ..:: .: :::::... : .:.. .:..: : :
NP_073 CSKQEAQKRMRVKKLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNL
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pF1KA1 PFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSV
NP_073 DRMYDLVAVVVHCGSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISK
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>>NP_001273696 (OMIM: 612849) ubiquitin carboxyl-termina (354 aa)
initn: 198 init1: 90 opt: 241 Z-score: 199.8 bits: 47.0 E(85289): 0.00022
Smith-Waterman score: 241; 27.5% identity (55.9% similar) in 247 aa overlap (355-590:37-270)
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pF1KA1 WNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFSLQSFANDLLKQGIPWKKIPLNAL
....:. . : ...: :: . :
NP_001 ASICNMGTNASALEKDIGPEQFPINEHYFGLVNALYFCRPFRENVLAYKAQQKKK--ENL
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pF1KA1 IRRFAHLLVKKDICNSETKKDLL--KKVKNAISATAERFSGYMQNDAHEFLSQCL----D
. .: :. ..: ... : .. :: . . . :..:::.::::::. : :
NP_001 LTCLADLF--HSIATQKKKVGVIPPKKFISRLRKENDLFDNYMQQDAHEFLNYLLNTIAD
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pF1KA1 QLKED--MEKLNKTWKTEPIS--GEENSPDISATRAYTCPVITNLEFEVQHSIICKACGE
:.:. .:: : :. .. .:.:.:... .. ..:: :.. : :
NP_001 ILQEEKKQEKQNGKLKNGNMNEPAENNKPELTWVHEIFQGTLTN---ETR----CLNCET
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pF1KA1 IIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSCEKCGGKC-ALVRHKFN
. : :.: :::.:. . . . ..: . : .: :: : .: : : . .
NP_001 VSSKDEDFLDLSVDVEQNTSIT--HCLRDFSNTETLCSEQKYYCETCCSKQEAQKRMRVK
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pF1KA1 RLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHCTENTKPPFTLGWSAHMAIS
.:: .: :::::... : .:.. .:..: : :
NP_001 KLPMILALHLKRFKYMEQLHRYTKLSYRVVFPLELRLFNTSSDAVNLDRMYDLVAVVVHC
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pF1KA1 RPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCLDSDSEDELKRSVALSQRLCEMLGNE
NP_001 GSGPNRGHYITIVKSHGFWLLFDDDIVEKIDAQAIEEFYGLTSDISKNSESGYILFYQSR
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>>XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin carbo (871 aa)
initn: 277 init1: 138 opt: 245 Z-score: 197.6 bits: 47.8 E(85289): 0.00029
Smith-Waterman score: 251; 25.6% identity (53.7% similar) in 367 aa overlap (342-686:51-386)
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pF1KA1 SVKKLRCNQDYTGWNKPRVPLSSHQQQQLQGFSNLGNTCYMNAILQSLFS---LQSFAND
:. ::::::.::...::: . :..: .:
XP_016 VPPMPHSPVSGDSVEEEEEEEKKVCLPGFTGLVNLGNTCFMNSVIQSLSNTRELRDFFHD
30 40 50 60 70 80
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pF1KA1 LLKQGIPWKKIPLNA---LIRRFAHLLVKKDICNSETKKDLLKKVKNAISATAERFSGYM
.. . ::.. : :: :: . . .. . .:.: ... : .:.::
XP_016 RSFEAEINYNNPLGTGGRLAIGFAVLL--RALWKGTHHAFQPSKLKAIVASKASQFTGYA
90 100 110 120 130
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pF1KA1 QNDAHEFLSQCLDQLKEDMEKLNKTWKTEPISGEENSPDISATRAYTCPVITNLEFEV--
:.::.::.. :: :.::...... :: .... .. : .:. . : : :
XP_016 QHDAQEFMAFLLDGLHEDLNRIQNKPYTETVDSDGRPDEVVAEEAWQRHKMRNDSFIVDL
140 150 160 170 180 190
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pF1KA1 -----QHSIICKACGEIIPKREQFNDLSIDLPRRKKPLPPRSIQDSLDLFFRAEELEYSC
. ...: .:... . : : . ::...: :: .:. :.: . .
XP_016 FQGQYKSKLVCPVCAKVSITFDPFLYLPVPLPQKQKVLP---------VFYFAREPHSKP
200 210 220 230 240
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 EK----CGGKCALVRHKFNRLPRVLILHLKRYSFNVALSLNNKIGQQVIIPRYLTLSSHC
: . . . . . .. : . . :.: .. .: ..:.. ..:..: ::
XP_016 IKFLVSVSKENSTASEVLDSLSQSV--HVKPENLRLAEVIKNRF-HRVFLP------SHS
250 260 270 280 290 300
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 TENTKPPFTLGWSAHMAISRPLKASQMVNSCITSPSTPSKKFTFKSKSSLALCL-DSDSE
....: :: .. :. : .: :..:: . :. : : ..::
XP_016 LDTVSPSDTL-LCFELLSSELAKERVVVLEVQQRPQVPSVPI-----SKCAACQRKQQSE
310 320 330 340 350
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pF1KA1 DE-LKRSVALSQRLCEMLG--NEQQQEDLEKDSK-LCPIEPDKSELENSGFDRMSEEELL
:: ::: . : .: :. :. : : ::
XP_016 DEKLKRCTR-----CYRVGYCNQLCQKTHWPDHKGLCRPENIGYPFLVSVPASRLTYARL
360 370 380 390 400
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 AAVLEISKRDASPSLSHEDDDKPTSSPDTGFAEDDIQEMPENPDTMETEKPKTITELDPA
XP_016 AQLLEGYARYSVSVFQPPFQPGRMALESQSPGCTTLLSTGSLEAGDSERDPIQPPELQLV
410 420 430 440 450 460
>>XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin carbo (1268 aa)
initn: 277 init1: 138 opt: 245 Z-score: 195.3 bits: 48.0 E(85289): 0.00038
Smith-Waterman score: 258; 25.2% identity (53.0% similar) in 449 aa overlap (272-686:409-820)
250 260 270 280 290
pF1KA1 SSREKQLSLKQSEENRTSGLLPLQSSSFYGSRAGSKEHS---SGGTNLDRTNVSSQTPSA
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