FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1646, 537 aa 1>>>pF1KA1646 537 - 537 aa - 537 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7125+/-0.00034; mu= 22.1242+/- 0.021 mean_var=69.4202+/-14.191, 0's: 0 Z-trim(115.5): 35 B-trim: 981 in 1/49 Lambda= 0.153933 statistics sampled from 25887 (25922) to 25887 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16 Scan time: 10.110 The best scores are: opt bits E(85289) NP_073603 (OMIM: 610307) ceramide kinase [Homo sap ( 537) 3722 835.8 0 XP_016884398 (OMIM: 610307) PREDICTED: ceramide ki ( 500) 3387 761.3 0 NP_963842 (OMIM: 608380,608381) ceramide kinase-li ( 532) 532 127.3 1.1e-28 NP_001025482 (OMIM: 608380,608381) ceramide kinase ( 558) 401 98.3 6.7e-20 NP_001191087 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 i ( 595) 347 86.3 2.9e-16 XP_006723355 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 618) 347 86.3 2.9e-16 XP_011525436 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 618) 347 86.3 2.9e-16 NP_001191089 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 i ( 618) 347 86.3 2.9e-16 XP_011525435 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 654) 347 86.3 3.1e-16 NP_001191088 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 i ( 654) 347 86.3 3.1e-16 NP_064511 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 isof ( 654) 347 86.3 3.1e-16 XP_016882497 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 716) 347 86.4 3.3e-16 NP_001136074 (OMIM: 603730) sphingosine kinase 1 i ( 384) 320 80.1 1.3e-14 NP_001136073 (OMIM: 603730) sphingosine kinase 1 i ( 384) 320 80.1 1.3e-14 XP_005257823 (OMIM: 603730) PREDICTED: sphingosine ( 384) 320 80.1 1.3e-14 NP_068807 (OMIM: 603730) sphingosine kinase 1 isof ( 398) 320 80.1 1.4e-14 NP_892010 (OMIM: 603730) sphingosine kinase 1 isof ( 470) 320 80.2 1.5e-14 XP_016882499 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 401) 247 63.9 1e-09 XP_016882498 (OMIM: 607092) PREDICTED: sphingosine ( 448) 246 63.8 1.3e-09 NP_001230805 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 i ( 448) 246 63.8 1.3e-09 NP_001025483 (OMIM: 608380,608381) ceramide kinase ( 419) 244 63.3 1.7e-09 NP_001025484 (OMIM: 608380,608381) ceramide kinase ( 463) 244 63.3 1.8e-09 NP_001153749 (OMIM: 608380,608381) ceramide kinase ( 514) 244 63.4 2e-09 XP_005250080 (OMIM: 212350,610345,614691) PREDICTE ( 350) 182 49.4 2.1e-05 NP_060708 (OMIM: 212350,610345,614691) acylglycero ( 422) 182 49.5 2.4e-05 XP_011514699 (OMIM: 212350,610345,614691) PREDICTE ( 422) 182 49.5 2.4e-05 >>NP_073603 (OMIM: 610307) ceramide kinase [Homo sapiens (537 aa) initn: 3722 init1: 3722 opt: 3722 Z-score: 4464.4 bits: 835.8 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 3722; 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NP_001 ERPAGDSKYDLLCK---EEFIELKDIFSVKLKRRCSVKQQRSGTLLGITLFICLKK-EQN 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 pF1KA1 RWKWAQVTFWCPEEQLCHLWLQTLREMLEKLTSRPKHLLVFINPFGGKGQGKRIYERKVA . : . . . :. : .:.. ....: . .::: : ...:: . : .. ..: .:: NP_001 KLKNSTLDLINLSEDHCDIWFRQFKKILAGFPNRPKSLKILLNPQSHKKEATQVYYEKVE 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 pF1KA1 PLFTLASITTDIIVTEHANQAKETLYEINIDKYDG------------------------- ::. ::.: ::. . :. ..: : : ... .:: NP_001 PLLKLAGIKTDVTIMEYEGHALSLLKECELQGFDGGHRKPLFAIHWSVQRLFTGMQTLEP 200 210 220 230 240 250 200 210 220 230 240 pF1KA1 -IVCVGGDGMFSEVLHGLIGRTQRSAGVDQNHPRAVLVP--SSLRIGIIPAGSTDCVCYS .::::::: ::: :.:. :.:..::.. .. .:.: ..: .:.::::::. . .: NP_001 SVVCVGGDGSASEVAHALLLRAQKNAGMETDR---ILTPVRAQLPLGLIPAGSTNVLAHS 260 270 280 290 300 250 260 270 280 290 300 pF1KA1 TVGTSDAETSALHIVVGDSLAMDVSSVHHNSTLLRYSVSLLGYGFYGDIIKDSEKKRWLG :. . :..:::..: .:: . . :::.. : . .:: : . .:: ::.. 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NP_001 SRPEFIKHLKRYASVKNQFNFPFVETYTVEEVKVHPRNNTGGYNPEEEEDE-------TA 470 480 490 500 510 490 500 510 520 530 pF1KA1 HPSCCCTVSNSSWNCDGEVLH-SPAIEVRVHCQLVRLFARGIEEN-PKPDSHS .: :: ::.... . ...:.: .:. :.. ..:: :: NP_001 SENCF------PWNVDGDLMEVASEVHIRLHPRLISLYGGSMEEMIPK 520 530 540 550 >>NP_001191087 (OMIM: 607092) sphingosine kinase 2 isofo (595 aa) initn: 344 init1: 241 opt: 347 Z-score: 413.1 bits: 86.3 E(85289): 2.9e-16 Smith-Waterman score: 353; 30.4% identity (57.7% similar) in 260 aa overlap (91-341:88-329) 70 80 90 100 110 120 pF1KA1 EETDVHGKHQGSGKWQKMEKPYAFTVHCVKRARRHRWKWAQVTFWCPEEQLCHLWLQTLR ::. .:: : . : : : : NP_001 IYTYPRGRRGARRRATRTFRADGAATYEENRAEAQRWATALT---C---LLRGLPLPGDG 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KA1 EMLEKLTSRPKHLLVFINPFGGKGQGKRIYERKVAPLFTLASITTDIIVTEHANQAKETL :. : :: .::...:::::.: . . . .: :... :... ..: ::. :.:.: . 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