FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1708, 1661 aa 1>>>pF1KA1708 1661 - 1661 aa - 1661 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4365+/-0.00162; mu= -17.5068+/- 0.098 mean_var=559.0360+/-118.204, 0's: 0 Z-trim(110.2): 115 B-trim: 84 in 1/51 Lambda= 0.054244 statistics sampled from 11327 (11415) to 11327 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16 Scan time: 5.400 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS31773.1 KIF21A gene_id:55605|Hs108|chr12 (1661) 10659 850.9 0 CCDS53775.1 KIF21A gene_id:55605|Hs108|chr12 (1637) 8079 649.0 3.9e-185 CCDS53776.1 KIF21A gene_id:55605|Hs108|chr12 (1674) 7162 577.2 1.6e-163 CCDS53774.1 KIF21A gene_id:55605|Hs108|chr12 (1621) 5064 413.0 4.1e-114 CCDS30965.1 KIF21B gene_id:23046|Hs108|chr1 (1624) 4513 369.9 3.9e-101 CCDS58054.1 KIF21B gene_id:23046|Hs108|chr1 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1560 1570 1580 1630 1640 1650 1660 pF1KA1 VNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQDGQISDTGDLGEDIASN ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS53 VNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQDGQISDTGDLGEDIASN 1590 1600 1610 1620 >>CCDS30965.1 KIF21B gene_id:23046|Hs108|chr1 (1624 aa) initn: 5367 init1: 2625 opt: 4513 Z-score: 1929.2 bits: 369.9 E(32554): 3.9e-101 Smith-Waterman score: 6328; 60.0% identity (82.6% similar) in 1654 aa overlap (1-1638:1-1599) 10 20 30 40 50 60 pF1KA1 MLGAPDESSVRVAVRIRPQLAKEKIEGCHICTSVTPGEPQVFLGKDKAFTFDYVFDIDSQ : : : :.:::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::.:.:::.:. 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CCDS30 SQRRLQTLKHQYEEKLILLQNKIRDTQLERDRVLQNLSTMECYTEEKANKIKADYEKRLR 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KA1 AMNKELQRLQAAQKEHARLLKNQSQYEKQLKKLQQDVMEMKKTKVRLMKQMKEEQEKARL ::..::.::::::::::::::::.::..::::: .: ::::.:: :::::.:::.. :: CCDS30 EMNRDLQKLQAAQKEHARLLKNQSRYERELKKLQAEVAEMKKAKVALMKQMREEQQRRRL 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KA1 TESRRNREIAQLKKDQRKRDHQLRLLEAQKRNQEVVLRRKTEEVTALRRQVRPMSDKVAG .:..::::::::::.::... :.: ::.:::.::.::::::.::.:::: ..:::..::: CCDS30 VETKRNREIAQLKKEQRRQEFQIRALESQKRQQEMVLRRKTQEVSALRRLAKPMSERVAG 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 pF1KA1 KVTRKLSSSDAPAQDTGSSAAAVETDASRTGA---QQKMRIPVARVQALPTPATNGNR-- .. : :. :. ..:.... ...:. . .: : . :.:..::.: CCDS30 RAGLKPPMLDSGAEVSASTTSSEAESGARSVSSIVRQWNRKINHFLGDHPAPTVNGTRPA 840 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 pF1KA1 -KKYQRKGLTGRVFISKTARMKWQLLERRVTDIIMQKMTISNMEADMNRLLKQREELTKR ::.:.:: ... : ::.::.::: ::::. ::.::.::: :.::::.::.:.:::: CCDS30 RKKFQKKG-ASQSF-SKAARLKWQSLERRIIDIVMQRMTIVNLEADMERLIKKREELFLL 900 910 920 930 940 950 950 960 970 980 990 1000 pF1KA1 REKLSKRREKIVKENGEGDKNVANINEEMESLTANIDYINDSISDCQANIMQMEEAKEEG .: : ..::.. :. : .:.. .. ::.: :.::::::::.:.::::.:.:.::.::: CCDS30 QEALRRKRERLQAESPEEEKGLQELAEEIEVLAANIDYINDGITDCQATIVQLEETKEEL 960 970 980 990 1000 1010 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KA1 ETLDVTAVINACTLTEARYLLDHFLSMGINKGLQAAQKEAQIKVLEGRLKQTEITSATQN .. :...::..:.:.::: :::.::. .:.::::.:::::::..:::::.::......:: CCDS30 DSTDTSVVISSCSLAEARLLLDNFLKASIDKGLQVAQKEAQIRLLEGRLRQTDMAGSSQN 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KA1 QLLFHMLKEKAELNPELDALLGHALQDLDSVPLENVEDSTDEDAPLNSPGSEGSTLSSDL .::. :.:::: .:::.::. .. : :: ::::. : :::: .: CCDS30 HLLLDALREKAEAHPELQALIYNVQQ-------ENGYASTDEEI---SEFSEGSFSQSFT 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KA1 MKLCGEVKP---KNKARRRTTTQMELLYADSSELASDTSTGDASLPGPLTPVAEGQEIGM :: : .. : :.. . ..::. . :. : :: . . :. ..: .: :. CCDS30 MK--GSTSHDDFKFKSEPKLSAQMKAVSAECLGPPLDISTKN--ITKSLASLVEIKEDGV 1130 1140 1150 1160 1170 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KA1 NTETSGTSAREKELSPPPGLPSKIGSISRQSSLSEKKIPEPSPVTRRKAYEKAEKSKAKE . . :.. .: .::.. ... ::: . : ::.::::.:.... .. CCDS30 GFSVRDPYYRDR-VSRTVSLPTRGSTFPRQS-----RATETSPLTRRKSYDRGQPIRS-- 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KA1 QKHSDSGTSEASLSPPSSPPSRPRNELNVFNRLTVSQGNTSVQQDKSDESDSSLSEVHRS .: : ..::::::.::::. :::.::: .:.. :. :: CCDS30 ---TDVG-----FTPPSSPPTRPRNDRNVFSRLTSNQSQGSAL-DK-------------- 1240 1250 1260 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KA1 SRRGIINPFPASKGIRAFPLQCIHIAEGHTKAVLCVDSTDDLLFTGSKDRTCKVWNLVTG :::.: ..:: :. ::::. .:::::: .::.:.::.:::::::::.::.:::::: CCDS30 ---GIISPVGGAKGARTAPLQCVSMAEGHTKPILCLDATDELLFTGSKDRSCKMWNLVTG 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KA1 QEIMSLGGHPNNVVSVKYCNYTSLVFTVSTSYIKVWDIRDSAKCIRTLTSSGQVTLGDAC ::: .: ::::::::.:::....:::.::::::::::::::::::::::::::: :::: CCDS30 QEIAALKGHPNNVVSIKYCSHSGLVFSVSTSYIKVWDIRDSAKCIRTLTSSGQVISGDAC 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KA1 SASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGNAVRMWDLKRFQSTGKLTGHLGPVMC .:...:... .::.:::::::.:.::.::::::::::.:.:.::: .::::::.::::: CCDS30 AATSTRAITSAQGEHQINQIALSPSGTMLYAASGNAVRIWELSRFQPVGKLTGHIGPVMC 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KA1 LTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPPHYDGIEALTIQGDNLF ::: : .: .::..:::::::.:::.. : . ::..:::::::::::::: :.:::: :: CCDS30 LTVTQTASQHDLVVTGSKDHYVKMFELGECVTGTIGPTHNFEPPHYDGIECLAIQGDILF 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KA1 SGSRDNGIKKWDLTQKDLLQQVPNAHKDWVCALGVVPDHPVLLSGCRGGILKVWNMDTFM ::::::::::::: :..:.::.:::::::::::. .: .:.:::.::.:..::::.:.: CCDS30 SGSRDNGIKKWDLDQQELIQQIPNAHKDWVCALAFIPGRPMLLSACRAGVIKVWNVDNFT 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KA1 PVGEMKGHDSPINAICVNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQDGQISDTGDLGEDIASN :.::.:::::::::::.:. :::::..: :..: CCDS30 PIGEIKGHDSPINAICTNAKHIFTASSDCRVKLWNYVPGLTPCLPRRVLAIKGRATTLP 1570 1580 1590 1600 1610 1620 >>CCDS58054.1 KIF21B gene_id:23046|Hs108|chr1 (1610 aa) initn: 5461 init1: 2625 opt: 4499 Z-score: 1923.3 bits: 368.8 E(32554): 8.3e-101 Smith-Waterman score: 6344; 60.0% identity (82.6% similar) in 1659 aa overlap (1-1643:1-1604) 10 20 30 40 50 60 pF1KA1 MLGAPDESSVRVAVRIRPQLAKEKIEGCHICTSVTPGEPQVFLGKDKAFTFDYVFDIDSQ : : : :.:::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::.:.:::.:. CCDS58 MAGQGD-CCVKVAVRIRPQLSKEKIEGCHICTSVTPGEPQVLLGKDKAFTYDFVFDLDTW 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KA1 QEQIYIQCIEKLIEGCFEGYNATVFAYGQTGAGKTYTMGTGFDVNIVEEELGIISRAVKH ::::: :. ::::::::::::::.::::::::::::::::::. ::: ::: ::. : CCDS58 QEQIYSTCVSKLIEGCFEGYNATVLAYGQTGAGKTYTMGTGFDMATSEEEQGIIPRAIAH 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KA1 LFKSIEEKKHIAIKNGLPAPDFKVNAQFLELYNEEVLDLFDTTRDIDAKSKKSNIRIHED :: .: :.:. : ..:. .:.:::.::::::::::.:::::.::: :.. ..:::.:::: CCDS58 LFGGIAERKRRAQEQGVAGPEFKVSAQFLELYNEEILDLFDSTRDPDTRHRRSNIKIHED 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KA1 STGGIYTVGVTTRTVNTESEMMQCLKLGALSRTTASTQMNVQSSRSHAIFTIHVCQTRVC ..:::::.:::.: .... :..:::: ::::::::::::::::::::::::::.:: :.: CCDS58 ANGGIYTTGVTSRLIHSQEELIQCLKQGALSRTTASTQMNVQSSRSHAIFTIHLCQMRMC 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KA1 PQIDADNATDNKIISESAQMNEFETLTAKFHFVDLAGSERLKRTGATGERAKEGISINCG : : : . . . . . .:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 TQPDLVNEAVTGLPDGTPPSSEYETLTAKFHFVDLAGSERLKRTGATGERAKEGISINCG 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KA1 LLALGNVISALGDKSKRATHVPYRDSKLTRLLQDSLGGNSQTIMIACVSPSDRDFMETLN :::::::::::::.::...::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 LLALGNVISALGDQSKKVVHVPYRDSKLTRLLQDSLGGNSQTIMIACVSPSDRDFMETLN 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KA1 TLKYANRARNIKNKVMVNQDRASQQINALRSEITRLQMELMEYKTGKRIIDEEGVESIND :::::::::::::::.::::..::::.:::.::.::::::::::.:::.: :.:.:. .: CCDS58 TLKYANRARNIKNKVVVNQDKTSQQISALRAEIARLQMELMEYKAGKRVIGEDGAEGYSD 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KA1 MFHENAMLQTENNNLRVRIKAMQETVDALRSRITQLVSDQANHVLARAGEGNEEISNMIH .:.:::::: ::. ::.:.:::::..::. .:.:::.:..:: .::.::.::: :. .:. CCDS58 LFRENAMLQKENGALRLRVKAMQEAIDAINNRVTQLMSQEANLLLAKAGDGNEAIGALIQ 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 pF1KA1 SYIKEIEDLRAKLLESEAVNENLRKNLTRATARAPYFSGSSTFSPTI----LSSDKETIE .::.:::.::.:::::::.::.::..:.::.::.:: :.: .:.. :: ... : CCDS58 NYIREIEELRTKLLESEAMNESLRRSLSRASARSPYSLGASPAAPAFGGSPASSMEDASE 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KA1 IIDLAKKDLEKLKRKEKRKKKSVAGKEDNTDTDQEKKEEKGVSERENNELEVEESQEVSD .: ::.:::.::.:: :.... :: . ..:. :: :..: :.:: .: : CCDS58 VIRRAKQDLERLKKKEVRQRRKSPEKEAFKKRAKLQQEN---SE-ETDENEAEEEEEERD 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KA1 HEDEEEEEEEEEDDIDGG--ESSDESDSESDEK-ANYQADLANITCEIAIKQKLIDELEN . :::: .:..: :.: :: .:::. .:: .:.:::::..:::: ::::::::::: CCDS58 ESGCEEEEGREDEDEDSGSEESLVDSDSDPEEKEVNFQADLADLTCEIEIKQKLIDELEN 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KA1 SQKRLQTLKKQYEEKLMMLQHKIRDTQLERDQVLQNLGSVESYSEEKAKKVRSEYEKKLQ ::.::::::.::::::..::.::::::::::.:::::...: :.::::.:....:::.:. 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CCDS58 MK--GSTSHDDFKFKSEPKLSAQMKAVSAECLGPPLDIST--KNITKSLASLVEIKEDGV 1130 1140 1150 1160 1170 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KA1 NTETSGTSAREKELSPPPGLPSKIGSISRQSSLSEKKIPEPSPVTRRKAYEKAEKSKAKE . . :.. .: .::.. ... ::: . : ::.::::.:.... .. CCDS58 GFSVRDPYYRDR-VSRTVSLPTRGSTFPRQS-----RATETSPLTRRKSYDRGQPIRS-- 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KA1 QKHSDSGTSEASLSPPSSPPSRPRNELNVFNRLTVSQGNTSVQQDKSDESDSSLSEVHRS .: : ..::::::.::::. :::.::: .:.. :. :: CCDS58 ---TDVG-----FTPPSSPPTRPRNDRNVFSRLTSNQSQGSAL-DK-------------- 1240 1250 1260 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KA1 SRRGIINPFPASKGIRAFPLQCIHIAEGHTKAVLCVDSTDDLLFTGSKDRTCKVWNLVTG :::.: ..:: :. ::::. .:::::: .::.:.::.:::::::::.::.:::::: CCDS58 ---GIISPVGGAKGARTAPLQCVSMAEGHTKPILCLDATDELLFTGSKDRSCKMWNLVTG 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KA1 QEIMSLGGHPNNVVSVKYCNYTSLVFTVSTSYIKVWDIRDSAKCIRTLTSSGQVTLGDAC ::: .: ::::::::.:::....:::.::::::::::::::::::::::::::: :::: CCDS58 QEIAALKGHPNNVVSIKYCSHSGLVFSVSTSYIKVWDIRDSAKCIRTLTSSGQVISGDAC 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KA1 SASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGNAVRMWDLKRFQSTGKLTGHLGPVMC .:...:... .::.:::::::.:.::.::::::::::.:.:.::: .::::::.::::: CCDS58 AATSTRAITSAQGEHQINQIALSPSGTMLYAASGNAVRIWELSRFQPVGKLTGHIGPVMC 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KA1 LTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPPHYDGIEALTIQGDNLF ::: : .: .::..:::::::.:::.. : . ::..:::::::::::::: :.:::: :: CCDS58 LTVTQTASQHDLVVTGSKDHYVKMFELGECVTGTIGPTHNFEPPHYDGIECLAIQGDILF 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KA1 SGSRDNGIKKWDLTQKDLLQQVPNAHKDWVCALGVVPDHPVLLSGCRGGILKVWNMDTFM ::::::::::::: :..:.::.:::::::::::. .: .:.:::.::.:..::::.:.: CCDS58 SGSRDNGIKKWDLDQQELIQQIPNAHKDWVCALAFIPGRPMLLSACRAGVIKVWNVDNFT 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KA1 PVGEMKGHDSPINAICVNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQDGQISDTGDLGEDIASN :.::.:::::::::::.:. :::::..: ::..:..: : CCDS58 PIGEIKGHDSPINAICTNAKHIFTASSDLTVKFWSVRRLPHSGPP 1570 1580 1590 1600 1610 >>CCDS58055.1 KIF21B gene_id:23046|Hs108|chr1 (1623 aa) initn: 5494 init1: 2625 opt: 4467 Z-score: 1909.7 bits: 366.3 E(32554): 4.7e-100 Smith-Waterman score: 6433; 60.6% identity (83.4% similar) in 1659 aa overlap (1-1643:1-1617) 10 20 30 40 50 60 pF1KA1 MLGAPDESSVRVAVRIRPQLAKEKIEGCHICTSVTPGEPQVFLGKDKAFTFDYVFDIDSQ : : : :.:::::::::.::::::::::::::::::::.::::::::.:.:::.:. 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