Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1714, 1127 aa
1>>>pF1KA1714 1127 - 1127 aa - 1127 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9002+/-0.00107; mu= 19.6598+/- 0.064
mean_var=98.8150+/-18.932, 0's: 0 Z-trim(106.4): 99 B-trim: 24 in 3/48
Lambda= 0.129022
statistics sampled from 8889 (8989) to 8889 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.623), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 5.150
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288) 7696 1444.2 0
CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288) 7570 1420.7 0
CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308) 5705 1073.6 0
CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306) 4442 838.5 0
CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331) 3896 736.8 7.5e-212
CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235) 3854 729.0 1.6e-209
CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260) 3854 729.0 1.6e-209
CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17 (1384) 2801 533.0 1.8e-150
CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1571) 498 104.4 2.2e-21
CCDS31597.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1642) 464 98.1 1.8e-19
CCDS8077.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1712) 424 90.7 3.2e-17
CCDS9870.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1061) 326 72.2 6.9e-12
CCDS30551.1 AGRN gene_id:375790|Hs108|chr1 (2045) 328 72.8 8.8e-12
CCDS56363.1 EGFLAM gene_id:133584|Hs108|chr5 (1017) 318 70.7 1.9e-11
>>CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288 aa)
initn: 7693 init1: 7693 opt: 7696 Z-score: 7739.8 bits: 1444.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7696; 99.3% identity (99.6% similar) in 1125 aa overlap (1-1125:1-1125)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFAYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFAYA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 AGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPDAQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::::::
CCDS66 AGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPDAQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAYTL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 GPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 GPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 RIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . .:
CCDS66 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSTKKQVILSSGTEFNAVKS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
CCDS66 LILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGRAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVAPM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
>>CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288 aa)
initn: 7567 init1: 7567 opt: 7570 Z-score: 7613.0 bits: 1420.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7570; 97.7% identity (98.8% similar) in 1125 aa overlap (1-1125:1-1125)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
:: :::::::::::: .::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS75 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELQRGSGSFV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
:::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LFLKDGKLKLSLFQAGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VLIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFAYA
:::::::::::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::::::: ::::::::
CCDS75 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADSAWTVVRHGGPDAVTLRGAPSGHPLSAVSFAYA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 AGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPDAQ
:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::::::
CCDS75 AGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPDAQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAYTL
::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.:.::::: :::
CCDS75 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDTGQPHSEADYTL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 GPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . .:
CCDS75 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSAKKQVILSSGTEFNAVKS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
CCDS75 LILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGCAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVAPM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
>>CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308 aa)
initn: 5489 init1: 4607 opt: 5705 Z-score: 5736.8 bits: 1073.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5705; 72.4% identity (89.8% similar) in 1121 aa overlap (1-1119:1-1119)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
:.::. ::::.:::: ::.:. : ::: ::: ::.::::..::::::::::::::::.:
CCDS73 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.: ::
CCDS73 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::.:.::::: ::.::::::.::::: ..::::::.:: :::.:::::::::.::::.
CCDS73 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::: .::.:.::::.:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
CCDS73 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
: ...:::.:::::: . :.:::::::::::::::::. : :::::::.: :::.:.:.
CCDS73 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
. ..:..::::::::.::.: .: ...::::::::::::::. .:::..::::. ::::
CCDS73 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
CCDS73 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
CCDS73 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
CCDS73 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
CCDS73 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
CCDS73 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPD
:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
CCDS73 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
CCDS73 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
CCDS73 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 FIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
CCDS73 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
::::::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::: ::: :.:::
CCDS73 TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
::::.::.::::::.:::. : :::.:::: ::::::::::::..:::. :.:::.:
CCDS73 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
CCDS73 LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
CCDS73 RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
1080 1090 1100 1110 1120 1130
CCDS73 KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
1140 1150 1160 1170 1180 1190
>>CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306 aa)
initn: 4261 init1: 1813 opt: 4442 Z-score: 4466.2 bits: 838.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4442; 56.0% identity (81.1% similar) in 1121 aa overlap (11-1126:10-1123)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
:: :: . : ... .:: :::: : .:::::.:...:.: ..
CCDS46 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP--AQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
:: : :.:::.: :: ::::.:::.:.:.::::::: :::::::::: ::::: ::::
CCDS46 LNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNW
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
:::..:.::: : :: :::::::..: .:::.::.:: ::: :.::::.:::::.::
CCDS46 KQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYGCSYK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:.:. :::.:.::::...: .. ..::::::::.::..:.:.: :::.:.:::::: ::.
CCDS46 SDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGDHITLELQKGR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KA1 LVFFLNSGN--AKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAK
:.. :: :. :.: :.. : . ::::::::::::::::: . ::::::::::.::..:
CCDS46 LALHLNLGDSKARLSSSL-P-SATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFRTK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 GDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMG
:... ::...:.::::::.::. .: .:.::::.::::::::.. .:::..: :: . :
CCDS46 GETDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRRKHQI-YTG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 NVSFSCPQPQTVPVTFL-SSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSG
::.::: .:: ::.::. :: ::: :::. : .::.:::::::. : :: :: .:::
CCDS46 NVTFSCSEPQIVPITFVNSSGSYLLLPGTPQIDGLSVSFQFRTWNKDGLLLSTELSEGSG
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 SFVLFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA--V
...: :. : :.: . . . .. .:..:::: :::::..:. .......::..: .
CCDS46 TLLLSLEGGILRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDDEAAPPA
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 QPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALG
. : : ::..:::::: :: . : : .:. .::::.::: : .. : : ::::.::
CCDS46 PDSTWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQCLNPIKAFQGCMRLIFIDNQPKDLISVQQGSLG
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 SFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAH
.: ::.:: :.: :::::.:::::: ::::: :: :.: :.::: :::.:.::::::..
CCDS46 NFSDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSIYEQSCEVY
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 KHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAV
.:.:: .:..:::.::::::::. ::::.: : :: :::.. . . .::: .: :.
CCDS46 RHQGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGANPEKPY-AM
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 SFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVS
.. :... ::..... .:.:::..: .: .: .. ::::..::.::.:: : ::: :
CCDS46 ALDYGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNERHPYWGGS
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 LPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSE
: .:.: :::. .:.: :..::::: ..:::.:: :: :.::::::::.::. : .::
CCDS46 PPGVQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITDTDRSNSE
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 AAYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLG
::. .::: : ::. :::..:: ::.::::::.::.:..::. ::::::. ::::.::::
CCDS46 AAWRIGPLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFFKTTALSGVFLENLG
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 ITDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQL
: ::::.:. .:.:.::..:::::: :..::::. .::::::.::::::.: .:::::.:
CCDS46 IKDFIRLEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRAERNLKETSLQVDNL
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 PQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVE
:.. . . .:: :::::::::.:::..::.:::::::::.::: .:::::: :: ::.
CCDS46 PRSTRETSEEGHFRLQLNSQLFVGGTSSRQKGFLGCIRSLHLNGQKMDLEERAKVTSGVR
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 PGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQ
::: ::::.:: .:.:::.: ::. : :::. : :.::::..:.:: : .:.:.:: ::
CCDS46 PGCPGHCSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEVSAVFEAGTSVTYMFQ
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 EHYTLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGS
: : ...: : :... : . ..: :.::: ::..:::::...: .... :.: .:::
CCDS46 EPYPVTKNISLSSSAIYTDSAPSKENIALSFVTTQAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGS
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 LQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::.::.:..... .::.: :.:. ..:..::::: . ... :.. :
CCDS46 LQVRYHLNKEET-HVFTIDADNFANRRMHHLKINREGRELTIQMDQQLRLSYNFSPEVEF
1080 1090 1100 1110 1120 1130
CCDS46 RVIRSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGCMSSVQYNHIAPLKAALRHATVAPVTVHG
1140 1150 1160 1170 1180 1190
>>CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331 aa)
initn: 3449 init1: 1327 opt: 3896 Z-score: 3916.8 bits: 736.8 E(32554): 7.5e-212
Smith-Waterman score: 3896; 48.6% identity (76.6% similar) in 1128 aa overlap (2-1119:12-1128)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSEL
: . : : . : ..:. . .. :: ::.:.::. .::::: .
CCDS58 MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
:.:..::....:.: :::::.: :..:::::.:.:.: ...:.:::: :.::::::.:
CCDS58 SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
...:: ::::: :... .::.:::: :.:.::...:: :. ::..:..:: :: .::::.
CCDS58 MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
:::::::.: ..:. :::. .: ::. .: .: ..:::.:.::. .:.:..:: :::.:.
CCDS58 RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
.::::: :.:::. :: :. .: . ... ::::::.:::::.:: ..:.:.:.
CCDS58 YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
.::...:. .::::..::.::::: :. . ::.:.::.:.. ::::..:.::...
CCDS58 SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFG
: . .::.:::: .: :::: :... ::: .:: ..: ::.::::::: : :.:.
CCDS58 KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNATSYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVFS
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KA1 ELRRGSGSFVLFLKDGKL--KLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVV
.. . :. . : ..:. .... : .: ....:.:::::::: : : :: . ..
CCDS58 HFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQIDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFAILT
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KA1 VDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDP
.: : .::. . . .:. :.::: :.. ..:. . .::::..:: . :. :.
CCDS58 IDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQPSFQGCMQLIQVDDQLVNL
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 ILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSS
: : ::: ...:: :.: :::.:..:::::.:::.::.:.: : :::.: :::.:
CCDS58 YEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGATCHNS
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 LYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGA
.:: ::::.:: :. :. :.:: ::::::::. :::::: : .::.:.: . . :
CCDS58 IYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQTPVVGY
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 PSGHPRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTN
. . :.....:.:. :. . .. :: ::: .. : .: .. ::.: .::::..:
CCDS58 -NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWWVGKAN
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 ETHTYWGVSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVM
: : ::: : : :::.::.: :: : .::::::: ..: .:. :: :.::::.:.:.
CCDS58 EKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPVSQVVV
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KA1 TDAGRPHSEAAYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVS
:. : ::: ..::: :.::...::.::: . .::::: .:.:: .::. :.::: .
CCDS58 GDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYFKTLTP
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
pF1KA1 SGVFMENLGITDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVK
:::.::.: :::..::.. :::.::::::::: :..:.::::.::.:::.: ::::::
CCDS58 WGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTAERNVK
840 850 860 870 880 890
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 GASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEE
::::::.:::... ::..::.::.: ::::.:: : :.:::::::::..:::.:::::
CCDS58 QASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGGQQGFLGCIRSLRMNGVTLDLEE
900 910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 RATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFAT
:: :: : ::.:::..:: :.:::.: :. .: .:::. .:::: ::.....:.:
CCDS58 RAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDVGAFFEE
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 GSSMTYHFQEHYTLSENSSSLVSSL------HRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSS
: . :.:: : ...::: :.. : : :..: : .:: ::..: .:::.::
CCDS58 GMWLRYNFQAPATNARDSSSRVDNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTTKAPCILLYISS
1020 1030 1040 1050 1060
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 FYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVI
: ..:.:.. .:::::::.: ..: . : .:::.:: :.:.:.:.: ......
CCDS58 FTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNITRHEKTIFLKLD
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 PQMQKSN
CCDS58 HYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGCLSRVQFNQIAP
1130 1140 1150 1160 1170 1180
>>CCDS10924.2 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1235 aa)
initn: 5074 init1: 2763 opt: 3854 Z-score: 3875.0 bits: 729.0 E(32554): 1.6e-209
Smith-Waterman score: 5254; 69.7% identity (86.1% similar) in 1092 aa overlap (30-1119:5-1046)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
::: ::.::::..::::::::::::::::.:
CCDS10 MWNYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.: ::
CCDS10 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::.:.::::: ::.::::::.::::: ..::::::.:: :::.:::::::::.::::.
CCDS10 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::: .::.:.::::.:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
CCDS10 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
: ...:::.:::::: . :.:::::::::::::::::. : :::::::.: :::.:.:.
CCDS10 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
. ..:..: :::
CCDS10 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
280
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
CCDS10 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
290 300 310 320 330 340
430 440 450 460 470
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
CCDS10 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
CCDS10 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
CCDS10 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
470 480 490 500 510 520
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
CCDS10 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
530 540 550 560 570 580
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPD
:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
CCDS10 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
590 600 610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
CCDS10 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
650 660 670 680 690 700
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
CCDS10 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
710 720 730 740 750 760
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 FIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
CCDS10 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
770 780 790 800 810 820
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
::::::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::: ::: :.:::
CCDS10 TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
830 840 850 860 870 880
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
::::.::.::::::.:::. : :::.:::: ::::::::::::..:::. :.:::.:
CCDS10 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
890 900 910 920 930 940
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
CCDS10 LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
950 960 970 980 990 1000
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
CCDS10 RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
1010 1020 1030 1040 1050 1060
CCDS10 KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
>>CCDS82015.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1260 aa)
initn: 5171 init1: 2763 opt: 3854 Z-score: 3874.9 bits: 729.0 E(32554): 1.6e-209
Smith-Waterman score: 5351; 69.5% identity (85.9% similar) in 1121 aa overlap (1-1119:1-1071)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
:.::. ::::.:::: ::.:. : ::: ::: ::.::::..::::::::::::::::.:
CCDS82 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.: ::
CCDS82 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::.:.::::: ::.::::::.::::: ..::::::.:: :::.:::::::::.::::.
CCDS82 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::: .::.:.::::.:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
CCDS82 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
: ...:::.:::::: . :.:::::::::::::::::. : :::::::.: :::.:.:.
CCDS82 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
. ..:..: :::
CCDS82 FNLMNLDYE------------------------------------------------GNV
310
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
CCDS82 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
CCDS82 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
CCDS82 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
CCDS82 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
CCDS82 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
560 570 580 590 600 610
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPD
:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
CCDS82 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
620 630 640 650 660 670
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
CCDS82 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
680 690 700 710 720 730
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
CCDS82 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
740 750 760 770 780 790
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 FIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
CCDS82 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
800 810 820 830 840 850
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
::::::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::: ::: :.:::
CCDS82 TQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGMTLDLEERAQVTPEVQPGC
860 870 880 890 900 910
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
::::.::.::::::.:::. : :::.:::: ::::::::::::..:::. :.:::.:
CCDS82 RGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEISAYFGSGSSVIYNFQENY
920 930 940 950 960 970
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
CCDS82 LLSKNSSSHAASFHGDMKLSREMIKFSFRTTRTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQI
980 990 1000 1010 1020 1030
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA1 RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
CCDS82 RYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMINREEGVVFIEIDDNRRRQVHLSSGTEFSAV
1040 1050 1060 1070 1080 1090
CCDS82 KSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGCLSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDPVTVTGHVT
1100 1110 1120 1130 1140 1150
>>CCDS11436.1 CNTNAP1 gene_id:8506|Hs108|chr17 (1384 aa)
initn: 2891 init1: 1095 opt: 2801 Z-score: 2815.1 bits: 533.0 E(32554): 1.8e-150
Smith-Waterman score: 2907; 37.9% identity (68.5% similar) in 1133 aa overlap (31-1110:25-1150)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
:: :.. : :...:: : .: :.:
CCDS11 MMHLRLFCILLAAVSGAEGWGYYGCDEELVGPLYARSLGASSYYSLLTAPRFAR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
:. : .::.: ... :::::: .. .. ::::::...: :::: :.:...: .:
CCDS11 LH---GISGWSPRIGDPNPWLQIDLMKKHRIRAVATQGSFNSWDWVTRYMLLYGDRVDSW
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
. .. : ::.: ..::.. :. : ::..:..::::::::.::.:. .::: ::
CCDS11 TPFYQRGHNSTFFGNVNESAVVRHDLHFHFTARYIRIVPLAWNPRGKIGLRLGLYGCPYK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
....::::..:. ::. . . . ::....::. ...:.::: :: .:...:::: ..
CCDS11 ADILYFDGDDAISYRFPRGVSRSLWDVFAFSFKTEEKDGLLLHAEGAQGDYVTLELEGAH
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
:.. .. :.. . . .:.. :..:.::::: : .. . .::::.: ....: .::
CCDS11 LLLHMSLGSSPIQPRPGHTTVSAGGVLNDQHWHYVRVDRFGRDVNFTLDGYVQRFILNGD
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
:.:. :. .::. .:. :..:.::.::. .: :....:: ... .: . :.:
CCDS11 FERLNLDTEMFIGGLVGAARKNLAYRHNFRGCIENVIFNRVNIADLAVRRHSRITFEGKV
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
.: : .: :..: . .... .:: . ...:.:.::::. .: :::..: : :
CCDS11 AFRCLDPVPHPINFGGPHNFVQVPGFPRRGRLAVSFRFRTWDLTGLLLFSRLGDGLGHVE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
: :..:....:. : :.. . .:: :::: :: :.: :. .: . .:: ... :.
CCDS11 LTLSEGQVNVSIAQSGRKKLQFAAGYRLNDGFWHEVNFVAQENHAVISIDDVEGAEVRVS
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KA1 --VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
.:: .: .:.:::: .: :.: .:.::..:. . . :. ::. :: .
CCDS11 YPLLIRTGTSYFFGGCPKPASRWDCHSNQTAFHGCMELLKVDGQLVNLTLVEGRRLGFYA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
.. .:.::::::: :..::: :.: :::: : : : ::: :::::. ::..::::..
CCDS11 EVLFDTCGITDRCSPNMCEHDGRCYQSWDDFICYCELTGYKGETCHTPLYKESCEAYRLS
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPR-SAVSF
:. :: . :: :::::: ::.:::.. . :::::.: .. . :. .: .:...
CCDS11 GKTSGNFTIDPDGSGPLKPFVVYCDIRENRAWTVVRHDRLWTTRVTGSSMERPFLGAIQY
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 AYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLP
. :. .. . .: ...::: . . : ..: .. : : :.:.::..: : ::: : :
CCDS11 -WNASWEEVSALANASQHCEQWIEFSCYNSRLLNTAGGYPYSFWIGRNEEQHFYWGGSQP
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 DAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAA
:.:.:::. .:.: :::::: . .: .: .:. .::::::.:. :..: :::
CCDS11 GIQRCACGLDRSCVDPALYCNCDADQPQWRTDKGLLTFVDHLPVTQVVIGDTNRSTSEAQ
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 YTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGIT
. : :: : ::.. ::. ::.: .. :.:: .... . :: :.:.:.. ::::.::.:
CCDS11 FFLRPLRCYGDRNSWNTISFHTGAA-LRFPPIRANHSLDVSFYFRTSAPSGVFLENMGGP
780 790 800 810 820
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 ------DFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPT-PFNDNQWHHVRAERNVKGASL
..:.::.. .:.:.:::::: ..::.: :::..:: :::: ::: : :
CCDS11 YCQWRRPYVRVELNTSRDVVFAFDVGNGDENLTVHSDDFEFNDDEWHLVRAEINVKQARL
830 840 850 860 870 880
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 QVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATV
.::. : ..: : . .. .. .. :..:.. ..: :.::.:...::::.:.:: ::..
CCDS11 RVDHRPWVLRPMPLQTYIWMEYDQPLYVGSAELKRRPFVGCLRAMRLNGVTLNLEGRANA
890 900 910 920 930 940
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 TPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSM
. :. :.:.:::. : .:::: :. :::: ..:.:::.:...:...: :. :
CCDS11 SEGTSPNCTGHCAHPRLPCFHGGRCVERYSYYTCDCDLTAFDGPYCNHDIGGFFEPGTWM
950 960 970 980 990 1000
1020 1030
pF1KA1 TYHFQE----------H------------YTLSENSSSLVSSLH-------------RDV
:..: : : . .. . : . : : :
CCDS11 RYNLQSALRSAAREFSHMLSRPVPGYEPGYIPGYDTPGYVPGYHGPGYRLPDYPRPGRPV
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 --------TLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQN
..: : ...:: :. .:..::::::: ..:..:.. ..:.::.::.: .
CCDS11 PGYRGPVYNVTGEEVSFSFSTSSAPAVLLYVSSFVRDYMAVLIKDDGTLQLRYQLGT--S
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 PDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
: .. . . ..::: :...:.:
CCDS11 PYVYQLTTRPVTDGQPHSINITRVYRNLFIQVDYFPLTEQKFSLLVDSQLDSPKALYLGR
1130 1140 1150 1160 1170 1180
>>CCDS81831.1 NRXN3 gene_id:9369|Hs108|chr14 (1571 aa)
initn: 321 init1: 153 opt: 498 Z-score: 497.6 bits: 104.4 E(32554): 2.2e-21
Smith-Waterman score: 861; 26.4% identity (53.9% similar) in 1019 aa overlap (178-1121:253-1198)
150 160 170 180 190 200
pF1KA1 PPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDV
: . .:. : :. : : :...:.. :
CCDS81 DCSTTGYGGKLCSEDVSQDPGLSHLMMSEQAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDE
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 ISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLL
:.:.::. : ::..:: :. .....: : : . . .: :.. . . . ::. :..
CCDS81 ITLSFKTWQRNGLILHT-GKSADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAIVEPVN---GKF-
290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 DDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK-HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPT----PGRSR
.:. ::.: . ::...:: : .. : ..: . . :: :. ::
CCDS81 NDNAWHDVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPV
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370
pF1KA1 AFRRKSFHGCLENLYYNGVDV----TELAKKHKPQILMMGNVSFSCPQPQTV-PVTFLSS
. ..: :::... :.. :. ..::. .. ..:.: :.: . :. :..: .
CCDS81 S---NNFMGCLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETP
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420
pF1KA1 RSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFG----ELRRGSGS--------FVLFLKD
..:..:: . . :..:.::: . : .:: . :. . : :.. : :
CCDS81 EAYISLPKWNTKRMGSISFDFRTTEPNGLILFTHGKPQERKDARSQKNTKVDFFAVELLD
460 470 480 490 500 510
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 GKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAG-LNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVAV---
:.: : :.. :.. .: : :::.:. :... .. :.. . :..:
CCDS81 GNLYL-LLDMGSGTIKVKATQKKANDGEWYHVDIQRDGRSGTISVNSRRT--PFTASGES
520 530 540 550 560 570
490 500 510 520 530
pF1KA1 -LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLG------GFQGCLRLITIG--DKAVDPILVQQG
..: .:.:: .: .: . : :. ::.: . : .: . . .:.
CCDS81 EILDLEGDMYLGGLPENRAGLILPTELWTAMLNYGYVGCIRDLFIDGRSKNIRQLAEMQN
580 590 600 610 620 630
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ALGSFRDLQIDSCG-ITDRCLPSY-CEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQ
: : .::. .. . :: :.... :...:. : ::: :::: :.::.
CCDS81 AAGV-----KSSCSRMSAKQCDSYPCKNNAVCKDGWNRFICDCTGTGYWGRTCER-----
640 650 660 670 680
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 SCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGH
:: : : : ::: . ... : ..: . . . : : : ...
CCDS81 --EA-------SILSY---DGSMYM-KIIMPMVMHTEAEDVSFRFMSQRAYGLLVATTSR
690 700 710 720
660 670 680 690 700
pF1KA1 PRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDS-RDGTPLSWWVGRTNETH
:: .. .:... ::: : . . :.... :.. : :. :: :
CCDS81 D-SADTLRLELDGGRVKLMVNLD--C---IRINCNSSKGPETLYAGQKLN-----DNEWH
730 740 750 760 770
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 TYWGVSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTS-DTIVLSQKEHLPVTQIVMTD
: : . : : .. . .. . : : :. . .: ....:... : . .
CCDS81 TVRVVRRGKSLKLT--VDDDVAEGTMVG--DHTRLEFHNIETGIMTEKRYISV--VPSSF
780 790 800 810 820 830
770 780 790 800 810
pF1KA1 AGRPHSEAAYTLGPL---LCR-GDQSF-------------WNSASFNTETSYLHFPAFHG
: : .. . : : ::. :: .. . ..:.:..::: . ....
CCDS81 IG--HLQSLMFNGLLYIDLCKNGDIDYCELKARFGLRNIIADPVTFKTKSSYLSLATLQA
840 850 860 870 880
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 ELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGI-TDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTP
. . : :::: .: .. : : .::: .:: . . . ::.:::: . .: :
CCDS81 YTSMHLFFQFKTTSPDGFILFNSGDGNDFIAVEL-VKGYIHYVFDLGNGPNVIKGNSDRP
890 900 910 920 930 940
880 890 900 910 920
pF1KA1 FNDNQWHHVRAER-NVKGASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTA-------
.::::::.: : : . ::.:: :. .: :.:...:...: :
CCDS81 LNDNQWHNVVITRDNSNTHSLKVDT---KVVTQVINGAKNLDLKGDLYMAGLAQGMYSNL
950 960 970 980 990 1000
930 940 950 960 970
pF1KA1 ----TRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPG-VEPGCAGHCSTYGH-LCRNGGRCR
. . :: ::. :..::: :: . : : .: :: : .: . : : : :
CCDS81 PKLVASRDGFQGCLASVDLNGRLPDLINDALHRSGQIERGCEGPSTTCQEDSCANQGVCM
1010 1020 1030 1040 1050 1060
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KA1 EKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYF--ATGSSMTYHFQEHYTLSENSSSLVSSLHRD
.. .: ::::....:.: :.. ..:. .:. . : . . : :. :. ..
CCDS81 QQWEGFTCDCSMTSYSGNQCNDPGATYIFGKSGGLILYTWPANDRPSTRSDRLAVGFS--
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KA1 VTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFD
: ... : . : .:.: ... :. .. : :...: : .: .:
CCDS81 -TTVKDGILV--RIDSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGTVDISIKEER--TP------
1130 1140 1150 1160 1170
1100 1110 1120
pF1KA1 FKNMADGQLHQVKINRE--EAVVMVEVIPQMQKSN
. ::. : :...:. .:...:. :
CCDS81 ---VNDGKYHVVRFTRNGGNATLQVDNWPVNEHYPTGNTDNERFQMVKQKIPFKYNRPVE
1180 1190 1200 1210 1220
>>CCDS31597.1 NRXN2 gene_id:9379|Hs108|chr11 (1642 aa)
initn: 510 init1: 162 opt: 464 Z-score: 463.1 bits: 98.1 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 888; 26.6% identity (55.1% similar) in 1018 aa overlap (183-1121:265-1205)
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 RFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKF
:. : :. . : :...:.. : :.: :
CCDS31 GFGGKFCSEEEHPMEGPAHLTLNSEGKEEFVATFKGNEFFCYDLSHNPIQSSTDEITLAF
240 250 260 270 280 290
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 KAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHW
...: ::..:: :. .....: : .: . . .: :.. . . . ::. :.. .:. :
CCDS31 RTLQRNGLMLHT-GKSADYVNLSLKSGAVWLVINLGSGAFEALVEPVN---GKF-NDNAW
300 310 320 330 340
280 290 300 310
pF1KA1 HSVLIE--------LLDTQVNFTVDK-HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPT----PG
:.: . . ..:...:: : .. : ..: . . .:: :. ::
CCDS31 HDVRVTRNLRQHAGIGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYIGGSPNTADLPG
350 360 370 380 390 400
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 RSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVD----VTELAKKHKPQILMMGNVSFSCPQPQTV-PVTF
. ..: :::... :.. : ...:::. :.. ..:..:: : . .. ::::
CCDS31 SPVS---NNFMGCLKDVVYKNNDFKLELSRLAKEGDPKMKLQGDLSFRCEDVAALDPVTF
410 420 430 440 450 460
380 390 400 410 420
pF1KA1 LSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRR---GSGS---------FVLF
: ....::: :.. :....::: . : :::.. :: :.:: :..
CCDS31 ESPEAFVALPRWSAKRTGSISLDFRTTEPNGLLLFSQGRRAGGGAGSHSSAQRADYFAME
470 480 490 500 510 520
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGA-GLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVAV
: ::.: : :.. :.. .. :.. .:::.: :.:. . .. :.. .. :..:.
CCDS31 LLDGHLYL-LLDMGSGGIKLRASSRKVNDGEWCHVDFQRDGRKGSISVNSRST--PFLAT
530 540 550 560 570 580
490 500 510 520
pF1KA1 ----LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPL----------GGFQGCLRLITIGDKAVD--
..: . :.:: . :. :: .:. ::.: . : .. :
CCDS31 GDSEILDLESELYLGGLPE---GGRVDLPLPPEVWTAALRAGYVGCVRDLFIDGRSRDLR
590 600 610 620 630 640
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 PILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHS
. :::.: . : .: . :..:: : ..:. : :::.:::. :..:.
CCDS31 GLAEAQGAVGV---APFCSRETLKQCASAPCRNGGVCREGWNRFICDCIGTGFLGRVCER
650 660 670 680 690
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 SLYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRG
:: . : : ::: . ... : ..: . .. . : :
CCDS31 -------EA-------TVLSY---DGSMYM-KIMLPNAMHTEAEDVSLRFMSQRAYGLMM
700 710 720 730
650 660 670 680 690 700
pF1KA1 APSGHPRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRT
: ... .:: .. .::.. .:::.. : .: : . :.. : . :.
CCDS31 ATTSR-ESADTLRLELDGGQMKLTVNLGKGPETLFA---GH-KLNDNE------WHTVRV
740 750 760 770 780
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 NETHTYWGVSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAG-RNEWTSDTIVLSQ-KEHLPVTQ
. .:. : . : . ... : ..: .: ..: :. :: .
CCDS31 VRRGKSLQLSV-DNVTVEGQMAGAHMRLEFH-NIETGIMTERRFISVVPSNFIGHL--SG
790 800 810 820 830 840
770 780 790 800 810
pF1KA1 IVMTDAGRPHSEAAYTLGPLLCRGDQSFW------NSASFNTETSYLHFPAFHGELTADV
.:.. :.:. . :. . : . ..:....::: . .... . .
CCDS31 LVFN--GQPYMDQCKDGDITYCELNARFGLRAIVADPVTFKSRSSYLALATLQAYASMHL
850 860 870 880 890 900
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 CFFFKTTVSSGVFMENLGI-TDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQW
: ::::. .:... : : .::: ::: . . . ::.:::: . .: : :::::
CCDS31 FFQFKTTAPDGLLLFNSGNGNDFIVIEL-VKGYIHYVFDLGNGPSLMKGNSDKPVNDNQW
910 920 930 940 950 960
880 890 900 910 920
pF1KA1 HHVRAERNVKGA-SLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGG------------TAT
:.: . :. .. .:..: .. ..: :.:...:.::: .:.
CCDS31 HNVVVSRDPGNVHTLKID---SRTVTQHSNGARNLDLKGELYIGGLSKNMFSNLPKLVAS
970 980 990 1000 1010
930 940 950 960 970 980
pF1KA1 RQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPG-VEPGCAGHCSTYGHL-CRNGGRCREKRRG
:. :: ::. :..::: :: : : :: :: : .: . : : : : .. :
CCDS31 RD-GFQGCLASVDLNGRLPDLIADALHRIGQVERGCDGPSTTCTEESCANQGVCLQQWDG
1020 1030 1040 1050 1060 1070
990 1000 1010 1020 1030
pF1KA1 VTCDCAFSAYDGPFCSNEISAY-FATGSSMTYHFQEHYTLSENSSSLVSSLHRDVTLTR-
::::....: :: :.. ..: :. :... :: : : ::
CCDS31 FTCDCTMTSYGGPVCNDPGTTYIFGKGGALIT-----YTWPPN----------DRPSTRM
1080 1090 1100 1110 1120
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KA1 EMITLSFRTTRTPSLLLYVSSF--YEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKN
. ....: : . ..:. :.: .::.. . ..:.. . ... . : .:.: :
CCDS31 DRLAVGFSTHQRSAVLVRVDSASGLGDYLQLHI-DQGTVGVIFNV----GTDDITIDEPN
1130 1140 1150 1160 1170
1100 1110 1120
pF1KA1 --MADGQLHQVKINRE--EAVVMVEVIPQMQKSN
..::. : :...: .:...:. :
CCDS31 AIVSDGKYHVVRFTRSGGNATLQVDSWPVNERYPAGRQLTIFNSQAAIKIGGRDQGRPFQ
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1127 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 11:20:23 2016 done: Thu Nov 3 11:20:24 2016
Total Scan time: 5.150 Total Display time: 0.620
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]