Result of FASTA (omim) for
pF1KA1714
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1714, 1127 aa
1>>>pF1KA1714 1127 - 1127 aa - 1127 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9481+/-0.000443; mu= 19.3191+/- 0.027
mean_var=107.2450+/-20.828, 0's: 0 Z-trim(113.2): 307 B-trim: 14 in 1/53
Lambda= 0.123847
statistics sampled from 22065 (22402) to 22065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 14.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_387504 (OMIM: 610517) contactin-associated prot (1288) 7696 1387.2 0
NP_001309117 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1273) 5705 1031.5 0
NP_207837 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1308) 5705 1031.5 0
NP_001309110 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1307) 5685 1027.9 0
XP_011521705 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a (1283) 5608 1014.2 0
NP_001309118 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1220) 5229 946.4 0
NP_001309109 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1179) 4970 900.1 0
NP_001309108 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1228) 4659 844.6 0
XP_006712321 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1307) 4454 808.0 0
NP_570129 (OMIM: 610519) contactin-associated prot (1306) 4442 805.8 0
NP_001309120 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 999) 4099 744.5 7.6e-214
XP_016879294 (OMIM: 610518) PREDICTED: contactin-a ( 999) 4099 744.5 7.6e-214
NP_054860 (OMIM: 604569,610042,612100) contactin-a (1331) 3896 708.3 7.8e-203
NP_620481 (OMIM: 610518) contactin-associated prot (1235) 3854 700.8 1.3e-200
NP_001309119 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1260) 3854 700.8 1.4e-200
XP_016858805 (OMIM: 610519) PREDICTED: contactin-a (1227) 3717 676.3 3.1e-193
NP_001309116 (OMIM: 610518) contactin-associated p ( 836) 3327 606.5 2.2e-172
NP_001309107 (OMIM: 610518) contactin-associated p (1258) 3276 597.5 1.7e-169
XP_016880727 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1384) 2801 512.7 6.3e-144
NP_003623 (OMIM: 602346,616286) contactin-associat (1384) 2801 512.7 6.3e-144
XP_005257805 (OMIM: 602346,616286) PREDICTED: cont (1308) 2672 489.6 5.2e-137
XP_016867439 (OMIM: 604569,610042,612100) PREDICTE ( 714) 2236 411.5 9.4e-114
XP_005274459 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1503) 545 109.6 1.5e-22
XP_011543677 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1700) 523 105.7 2.4e-21
XP_016860805 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1502) 504 102.3 2.3e-20
XP_016860800 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1508) 504 102.3 2.4e-20
XP_016877294 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1464) 498 101.2 4.8e-20
XP_016877292 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1468) 498 101.2 4.9e-20
XP_016877291 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1541) 498 101.2 5e-20
NP_001317124 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 5 [ (1571) 498 101.2 5.1e-20
XP_011535672 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1575) 498 101.2 5.1e-20
XP_016877284 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 498 101.2 5.3e-20
XP_016877283 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 498 101.2 5.3e-20
XP_011535668 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1679) 498 101.2 5.4e-20
XP_016860807 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1499) 494 100.5 8.1e-20
NP_620060 (OMIM: 600566) neurexin-2-beta isoform a (1642) 464 95.2 3.6e-18
XP_016877295 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1462) 443 91.4 4.4e-17
XP_016877287 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1666) 443 91.4 4.8e-17
XP_016877285 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1667) 443 91.4 4.8e-17
XP_016874067 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1488) 424 88.0 4.7e-16
XP_005274458 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1511) 424 88.0 4.7e-16
XP_016874060 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1518) 424 88.0 4.8e-16
XP_016874057 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1682) 424 88.0 5.1e-16
XP_005274457 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1705) 424 88.0 5.2e-16
NP_055895 (OMIM: 600566) neurexin-2-beta isoform a (1712) 424 88.0 5.2e-16
XP_016874065 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1296) 420 87.2 6.9e-16
XP_016874064 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1469) 420 87.3 7.6e-16
XP_016874063 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1470) 420 87.3 7.6e-16
XP_016874061 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1480) 420 87.3 7.7e-16
XP_016874059 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1521) 420 87.3 7.8e-16
>>NP_387504 (OMIM: 610517) contactin-associated protein- (1288 aa)
initn: 7693 init1: 7693 opt: 7696 Z-score: 7432.1 bits: 1387.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7696; 99.3% identity (99.6% similar) in 1125 aa overlap (1-1125:1-1125)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTAVQPLVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 VLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFRDL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 QIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHRGN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFAYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 PSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFAYA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 AGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPDAQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: ::::::
NP_387 AGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTSWGGSLPDAQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 KCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAYTL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 GPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 GPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITDFI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 RIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 RIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQKMQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 PAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGCAG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 HCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHYTL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_387 SENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120
pF1KA1 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . .:
NP_387 KLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVNQSTKKQVILSSGTEFNAVKS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
NP_387 LILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGCLSAVRFGRAAPLKAALRPSGPSRVTVRGHVAPM
1150 1160 1170 1180 1190 1200
>>NP_001309117 (OMIM: 610518) contactin-associated prote (1273 aa)
initn: 5489 init1: 4607 opt: 5705 Z-score: 5509.6 bits: 1031.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5705; 72.4% identity (89.8% similar) in 1121 aa overlap (1-1119:1-1119)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
:.::. ::::.:::: ::.:. : ::: ::: ::.::::..::::::::::::::::.:
NP_001 MGSVTGAVLKTLLLLSTQNWNRVEAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSELSSSHGPGFAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.: ::
NP_001 LNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYLLMFSDSGWNW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::.:.::::: ::.::::::.::::: ..::::::.:: :::.:::::::::.::::.
NP_001 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::: .::.:.::::.:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
NP_001 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
: ...:::.:::::: . :.:::::::::::::::::. : :::::::.: :::.:.:.
NP_001 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
. ..:..::::::::.::.: .: ...::::::::::::::. .:::..::::. ::::
NP_001 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
NP_001 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
NP_001 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
NP_001 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
NP_001 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
NP_001 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPD
:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
NP_001 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
NP_001 LQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPVTKIVITDTGRLHSEAAY
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
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::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
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::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
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pF1KA1 TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
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pF1KA1 FIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
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pF1KA1 TLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQI
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XP_011 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
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XP_011 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
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pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
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XP_011 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
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:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
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:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
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. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
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:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
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:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
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:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
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:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
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::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
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::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
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::::::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::..::::::: ::: :.:::
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::::.::.::::::.:::. : :::.:::: ::::::::::::..:::. :.:::.:
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::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
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::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
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pF1KA1 AYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGI
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::::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
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NP_001 VDIIDLAKQQKPQIIAMGNVSFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRT
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::::::::::.:::: : :: :::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::
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::::::.:::::.:::::.:::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::
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::::::..:::. :.:::.: ::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:
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.
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pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
::::.:.::::: ::.::::::.::::: ..::::::.:: :::.:::::::::.::::.
NP_001 KQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGMRIEVFGCAYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
:::: .::.:.::::.:.: :.::.:.::::::.:::.:::::::: .:.::::.: ...
NP_001 SEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGDHITLQLRRAR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAKGD
: ...:::.:::::: . :.:::::::::::::::::. : :::::::.: :::.:.:.
NP_001 LFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDEHRHHFHARGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 SSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMGNV
. ..:..::::::::.::.: .: ...::::::::::::::. .:::..::::. ::::
NP_001 FNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQKPQIIAMGNV
310 320 330 340 350 360
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pF1KA1 SFSCPQPQTVPVTFLSSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSGSFV
:::: :::..:::::::::::::: :::..::.::::::::.:: :::.::. ::...
NP_001 SFSCSQPQSMPVTFLSSRSYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLFSELQLISGGIL
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pF1KA1 LFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA-VQPLV
:::.::::: .:.:::. : ..:::. ::::::::::.::: .:..:.:: . : . ::.
NP_001 LFLSDGKLKSNLYQPGKLPSDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHLSVAVDGQMASAAPLL
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pF1KA1 AV-LIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALGSFR
. : :: ::::::: :.: :: :::::::::::.:::.:. :.:: : ::::.::.:
NP_001 GPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLGGFQGCMRLISISGKVVDLISVQQGSLGNFS
490 500 510 520 530 540
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pF1KA1 DLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAHKHR
:::::::::.:::::.::::::::::::.:: :.: .::: : :::.:.:::::::.:::
NP_001 DLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGATCHNSIYEQSCEAYKHR
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pF1KA1 GNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAVSFA
:: ::.::::.:::::: :::.::::: ..:::..::.: : . .:.. .: .. :
NP_001 GNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMT-ETAWTIIQHNGSDLTRVRNTNPENPYAGF-FE
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pF1KA1 YAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVSLPD
:.:. ::....: ::.:::... : .: ...:::::::::::::::.:::: : ::
NP_001 YVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWWVGRTNETQTYWGGSSPD
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pF1KA1 AQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSEAAY
:::::::::::::::::::::: :::::.:: .:. :::::::.::.::.:: ::::::
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pF1KA1 TLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFFKTTVSSGVFMENLGITD
::::::.::.::::::::.::.::::::.:::::.::: ::::::.:::::.:::::.:
NP_001 KLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFFKTTASSGVFLENLGIAD
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pF1KA1 FIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQLPQK
::::::..:: ::::::::::: :..::::: ::::::::::.:::.: :::::::: :
NP_001 FIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRVERNMKEASLQVDQLTPK
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pF1KA1 MQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATRQRGFLGCIRSLQLNGVALDLEERATVTPGVEPGC
::::::::: ::::::::.
NP_001 TQPAPADGHVLLQLNSQLFV----------------------------------------
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pF1KA1 AGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQEHY
::::::..:::. :.:::.:
NP_001 ----------------------------------------EISAYFGSGSSVIYNFQENY
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::.:::: ..:.: :. :.:::: .::::::::::::.:::::.::::::.:.::::::
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pF1KA1 RYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::::...:.::. .::::::::::::.. :::::.::..:.
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:: :: . : ... .:: :::: : .:::::.:...:.: ..
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pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
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pF1KA1 SFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVS
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: .:.: :::. .:.: :..::::: ..:::.:: :: :.::::::::.::. : .::
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pF1KA1 ITDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQL
: ::::.:. .:.:.::..:::::: :..::::. .::::::.::::::.: .:::::.:
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:.. . . .:: :::::::::.:::..::.:::::::::.::: .:::::: :: ::.
XP_006 PRSTRETSEEGHFRLQLNSQLFVGGTSSRQKGFLGCIRSLHLNGQKMDLEERAKVTSGVR
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pF1KA1 PGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEISAYFATGSSMTYHFQ
::: ::::.:: .:.:::.: ::. : :::. : :.::::..:.:: : .:.:.:: ::
XP_006 PGCPGHCSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEVSAVFEAGTSVTYMFQ
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pF1KA1 EHYTLSENSSSLVSSLHRDVTLTREMITLSFRTTRTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGS
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XP_006 EPYPVTKNISLSSSAIYTDSAPSKENIALSFVTTQAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGS
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pF1KA1 LQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKINREEAVVMVEVIPQMQKSN
::.::.:..... .::.: :.:. ..:..::::: . ... :.. :
XP_006 LQVRYHLNKEET-HVFTIDADNFANRRMHHLKINREGRELTIQMDQQLRLSYNFSPEVEF
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XP_006 RVIRSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGCMSSVQYNHIAPLKAALRHATVAPVTVHG
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>>NP_570129 (OMIM: 610519) contactin-associated protein- (1306 aa)
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Smith-Waterman score: 4442; 56.0% identity (81.1% similar) in 1121 aa overlap (11-1126:10-1123)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSELSSSHGPGFSR
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NP_570 MDSLPRLTSVLTLLFSGLWHLGLTATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDLTGTHSP--AQ
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pF1KA1 LNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYLLMFSDGGRNW
:: : :.:::.: :: ::::.:::.:.:.::::::: :::::::::: ::::: ::::
NP_570 LNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYSLMFSDTGRNW
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pF1KA1 KQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGMRIEVYGCAYK
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NP_570 KQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGMRVEVYGCSYK
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pF1KA1 SEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGNHITLELIKGK
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NP_570 SDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGDHITLELQKGR
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pF1KA1 LVFFLNSGN--AKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDKHTHHFQAK
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NP_570 LALHLNLGDSKARLSSSL-P-SATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDKHTQHFRTK
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pF1KA1 GDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKHKPQILMMG
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NP_570 GETDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRRKHQI-YTG
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pF1KA1 NVSFSCPQPQTVPVTFL-SSRSYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLFGELRRGSG
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pF1KA1 SFVLFLKDGKLKLSLFQPGQSPRNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHMNVVVDDDTA--V
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NP_570 TLLLSLEGGILRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRITLTLDDEAAPPA
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pF1KA1 QPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLGGFQGCLRLITIGDKAVDPILVQQGALG
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NP_570 PDSTWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQCLNPIKAFQGCMRLIFIDNQPKDLISVQQGSLG
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pF1KA1 SFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGETCHSSLYEQSCEAH
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NP_570 NFSDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGATCHNSIYEQSCEVY
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pF1KA1 KHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAVTLRGAPSGHPRSAV
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NP_570 RHQGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELTRVRGANPEKPY-AM
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pF1KA1 SFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWWVGRTNETHTYWGVS
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NP_570 ALDYGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWWIGRSNERHPYWGGS
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pF1KA1 LPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPVTQIVMTDAGRPHSE
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NP_570 PPGVQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPVTQIVITDTDRSNSE
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NP_570 AAWRIGPLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFFKTTALSGVFLENLG
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pF1KA1 ITDFIRIELHAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRAERNVKGASLQVDQL
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NP_570 IKDFIRLEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRAERNLKETSLQVDNL
840 850 860 870 880 890
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