FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1726, 884 aa 1>>>pF1KA1726 884 - 884 aa - 884 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4276+/-0.000391; mu= 6.6608+/- 0.024 mean_var=174.7397+/-35.085, 0's: 0 Z-trim(117.7): 21 B-trim: 0 in 0/56 Lambda= 0.097024 statistics sampled from 29967 (29987) to 29967 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.699), E-opt: 0.2 (0.352), width: 16 Scan time: 10.200 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005271772 (OMIM: 615001) PREDICTED: probable ri ( 884) 6027 856.6 0 NP_203748 (OMIM: 615001) probable ribonuclease ZC3 ( 883) 5984 850.6 0 XP_016873966 (OMIM: 615001) PREDICTED: probable ri ( 884) 5977 849.6 0 XP_011541357 (OMIM: 615001) PREDICTED: probable ri ( 852) 5820 827.6 0 XP_016884967 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884971 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884968 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884973 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884972 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_011529241 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 NP_001010888 (OMIM: 300889) probable ribonuclease ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884969 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 XP_016884970 (OMIM: 300889) PREDICTED: probable ri ( 836) 2373 345.1 8e-94 NP_079355 (OMIM: 610562) endoribonuclease ZC3H12A ( 599) 1395 208.1 9.9e-53 NP_001310479 (OMIM: 610562) endoribonuclease ZC3H1 ( 599) 1395 208.1 9.9e-53 NP_997243 (OMIM: 611106) probable ribonuclease ZC3 ( 527) 1240 186.4 3e-46 XP_011540500 (OMIM: 610562) PREDICTED: bifunctiona ( 394) 952 146.0 3.3e-34 NP_001310480 (OMIM: 610562) endoribonuclease ZC3H1 ( 325) 436 73.7 1.5e-12 >>XP_005271772 (OMIM: 615001) PREDICTED: probable ribonu (884 aa) initn: 6027 init1: 6027 opt: 6027 Z-score: 4569.2 bits: 856.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6027; 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XP_016 SEEWMSSESDPEQISLKSSDNSKSCQPRDGQLKKKEMHSKPHRQLCRSPCLDRPSFSQSS 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KA1 ILQDFKPEESQTTSKEAKKPPDVVREYQTKLEFALKLGYSEEQVQLVLNKLGTDALINDI :::: : :. .:::.:.::::::::.:::.: :::::: ..::::. XP_016 ILQDGKL--------------DLEKEYQAKMEFALKLGYAEEQIQSVLNKLGPESLINDV 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KA1 LGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNV :.:::.::::.... .. . : :: : : ... . :...::::.::::::: XP_016 LAELVRLGNKGDSEGQINLSLLVPRGPSSREIASPELSLEDEI-DNSDNLRPVVIDGSNV 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KA1 AMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKE :::::::: ::::::.:::::::..::::::::::::::::::::: ::::.:::::::: XP_016 AMSHGNKEEFSCRGIQLAVDWFLDKGHKDITVFVPAWRKEQSRPDAPITDQDILRKLEKE 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KA1 KILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLL :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: :::::::::.:::: XP_016 KILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFDSDGIIVSNDNYRDLQVEKPEWKKFIEERLL 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KA1 MYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPER :::::::::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLENFLRKRPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPER 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 pF1KA1 GSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSI ..::::::::::: .. ...:: .:: :.: .. :.:.. ::.::: :::::::::: XP_016 ANQPQRSVADELRISAKLSTVKTMSEGTLAKCGTGMSSAKGEITSEVKRVAPKRQSDPSI 390 400 410 420 430 440 500 510 520 530 540 pF1KA1 RTQVYQDLEEKLPTKNKLETRSVPSLV---SIPATSTAKPQS-----TTSLSNGLPSGVH :. : .. :: : : :. :::::: :.:. : .. : : :. .:.. : XP_016 RS-VAMEPEEWLSIARKPEASSVPSLVTALSVPTIPPPKSHAVGALNTRSASSPVPGSSH 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 600 pF1KA1 FPPQ----DQRPQGQYPSMMMATKNHGTPMPY-EQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNLSLS :: : .. . ::: ... :..::::. : ::::: .: : ::::::. .:.:... 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