Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1747
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1747, 783 aa
1>>>pF1KA1747 783 - 783 aa - 783 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8664+/-0.00103; mu= 18.2802+/- 0.062
mean_var=93.1299+/-18.116, 0's: 0 Z-trim(106.8): 22 B-trim: 38 in 1/48
Lambda= 0.132901
statistics sampled from 9161 (9172) to 9161 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16
Scan time: 4.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1320.1 BRINP2 gene_id:57795|Hs108|chr1 ( 783) 5353 1037.3 0
CCDS1373.1 BRINP3 gene_id:339479|Hs108|chr1 ( 766) 3799 739.3 5.5e-213
CCDS6822.1 BRINP1 gene_id:1620|Hs108|chr9 ( 761) 2070 407.8 3.4e-113
>>CCDS1320.1 BRINP2 gene_id:57795|Hs108|chr1 (783 aa)
initn: 5353 init1: 5353 opt: 5353 Z-score: 5547.4 bits: 1037.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5353; 100.0% identity (100.0% similar) in 783 aa overlap (1-783:1-783)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MRWQCGTRFRGLRPAVAPWTALLALGLPGWVLAVSATAAAVVPEQHASVAGQHPLDWLLT
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CCDS13 MRWQCGTRFRGLRPAVAPWTALLALGLPGWVLAVSATAAAVVPEQHASVAGQHPLDWLLT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 DRGPFHRAQEYADFMERYRQGFTTRYRIYREFARWKVNNLALERKDFFSLPLPLAPEFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DRGPFHRAQEYADFMERYRQGFTTRYRIYREFARWKVNNLALERKDFFSLPLPLAPEFIR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NIRLLGRRPNLQQVTENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKQKLGRKTETTGGASII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NIRLLGRRPNLQQVTENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKQKLGRKTETTGGASII
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 GGSGNSTAVSLETLHQLAASYFIDRESTLRRLHHIQIATGAIKVTETRTGPLGCSNYDNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GGSGNSTAVSLETLHQLAASYFIDRESTLRRLHHIQIATGAIKVTETRTGPLGCSNYDNL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DSVSSVLVQSPENKVQLLGLQVLLPEYLRERFVAAALSYITCSSEGELVCKENDCWCKCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DSVSSVLVQSPENKVQLLGLQVLLPEYLRERFVAAALSYITCSSEGELVCKENDCWCKCS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PTFPECNCPDADIQAMEDSLLQIQDSWATHNRQFEESEEFQALLKRLPDDRFLNSTAISQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PTFPECNCPDADIQAMEDSLLQIQDSWATHNRQFEESEEFQALLKRLPDDRFLNSTAISQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 FWAMDTSLQHRYQQLGAGLKVLFKKTHRILRRLFNLCKRCHRQPRFRLPKERSLSYWWNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FWAMDTSLQHRYQQLGAGLKVLFKKTHRILRRLFNLCKRCHRQPRFRLPKERSLSYWWNR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 IQSLLYCGESTFPGTFLEQSHSCTCPYDQSSCQGPIPCALGEGPACAHCAPDNSTRCGSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IQSLLYCGESTFPGTFLEQSHSCTCPYDQSSCQGPIPCALGEGPACAHCAPDNSTRCGSC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 NPGYVLAQGLCRPEVAESLENFLGLETDLQDLELKYLLQKQDSRIEVHSIFISNDMRLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NPGYVLAQGLCRPEVAESLENFLGLETDLQDLELKYLLQKQDSRIEVHSIFISNDMRLGS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 WFDPSWRKRMLLTLKSNKYKPGLVHVMLALSLQICLTKNSTLEPVMAIYVNPFGGSHSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WFDPSWRKRMLLTLKSNKYKPGLVHVMLALSLQICLTKNSTLEPVMAIYVNPFGGSHSES
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 WFMPVNEGSFPDWERTNVDAAAQCQNWTITLGNRWKTFFETVHVYLRSRIKSLDDSSNET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WFMPVNEGSFPDWERTNVDAAAQCQNWTITLGNRWKTFFETVHVYLRSRIKSLDDSSNET
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 IYYEPLEMTDPSKNLGYMKINTLQVFGYSLPFDPDAIRDLILQLDYPYTQGSQDSALLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IYYEPLEMTDPSKNLGYMKINTLQVFGYSLPFDPDAIRDLILQLDYPYTQGSQDSALLQL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 IELRDRVNQLSPPGKVRLDLFSCLLRHRLKLANNEVGRIQSSLRAFNSKLPNPVEYETGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IELRDRVNQLSPPGKVRLDLFSCLLRHRLKLANNEVGRIQSSLRAFNSKLPNPVEYETGK
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 LCS
:::
CCDS13 LCS
>>CCDS1373.1 BRINP3 gene_id:339479|Hs108|chr1 (766 aa)
initn: 3833 init1: 3133 opt: 3799 Z-score: 3937.2 bits: 739.3 E(32554): 5.5e-213
Smith-Waterman score: 3833; 71.0% identity (89.8% similar) in 768 aa overlap (16-783:15-766)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MRWQCGTRFRGLRPAVAPWTALLALGLPGWVLAVSATAAAVVPEQHASVAGQHPLDWLLT
.: : .::.: :::::.: : .:::. :.::::.
CCDS13 MIWRSRAGAELFSLMALWE-WIALSLHCWVLAVAA-----VSDQHAT----SPFDWLLS
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 DRGPFHRAQEYADFMERYRQGFTTRYRIYREFARWKVNNLALERKDFFSLPLPLAPEFIR
:.:::::.:::.::..: ::::.:::.:::::.::::::::.::..:.. ::::::::.:
CCDS13 DKGPFHRSQEYTDFVDRSRQGFSTRYKIYREFGRWKVNNLAVERRNFLGSPLPLAPEFFR
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NIRLLGRRPNLQQVTENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKQKLGRKTETTGGASII
:::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::.::....: :. :
CCDS13 NIRLLGRRPTLQQITENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKRKLSKRAE--GSDS--
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 GGSGNSTAVSLETLHQLAASYFIDRESTLRRLHHIQIATGAIKVTETRTGPLGCSNYDNL
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CCDS13 --TTNSSSVTLETLHQLAASYFIDRDSTLRRLHHIQIASTAIKVTETRTGPLGCSNYDNL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DSVSSVLVQSPENKVQLLGLQVLLPEYLRERFVAAALSYITCSSEGELVCKENDCWCKCS
::::::::::::::.:: :::::::.::.:::: ::::::.:.::::..::::::::.:.
CCDS13 DSVSSVLVQSPENKIQLQGLQVLLPDYLQERFVQAALSYIACNSEGEFICKENDCWCHCG
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PTFPECNCPDADIQAMEDSLLQIQDSWATHNRQFEESEEFQALLKRLPDDRFLNSTAISQ
: :::::::. ::::::..::.: ..: ..: .::::.::. ..:::: . :::...: .
CCDS13 PKFPECNCPSMDIQAMEENLLRITETWKAYNSDFEESDEFKLFMKRLPMNYFLNTSTIMH
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 FWAMDTSLQHRYQQLGAGLKVLFKKTHRILRRLFNLCKRCHRQPRFRLPKERSLSYWWNR
.:.::...:.::.:: ..: :: :...:...::.: ::::.:: . ::..:. .:: .:
CCDS13 LWTMDSNFQRRYEQLENSMKQLFLKAQKIVHKLFSLSKRCHKQPLISLPRQRTSTYWLTR
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 IQSLLYCGESTFPGTFLEQSHSCTCPYDQSSCQGPIPCALGEGPACAHCAPDNSTRCGSC
:::.:::.:. . :.: :..:::::: :: : . .::..:.. :: ::::: ::::.:
CCDS13 IQSFLYCNENGLLGSFSEETHSCTCPNDQVVCTAFLPCTVGDASACLTCAPDNRTRCGTC
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 NPGYVLAQGLCRPEVAESLENFLGLETDLQDLELKYLLQKQDSRIEVHSIFISNDMRLGS
: ::.:.::::.:::::: ....:.::::::::.:::::: : :::::.:::::::::.:
CCDS13 NTGYMLSQGLCKPEVAESTDHYIGFETDLQDLEMKYLLQKTDRRIEVHAIFISNDMRLNS
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 WFDPSWRKRMLLTLKSNKYKPGLVHVMLALSLQICLTKNSTLEPVMAIYVNPFGGSHSES
:::::::::::::::::::: .:::..:.::::::::::::::::.:.::::::::::::
CCDS13 WFDPSWRKRMLLTLKSNKYKSSLVHMILGLSLQICLTKNSTLEPVLAVYVNPFGGSHSES
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 WFMPVNEGSFPDWERTNVDAAAQCQNWTITLGNRWKTFFETVHVYLRSRIKSLDDSSNET
:::::::.::::::::..: :: :::.::::.:::::::::.:::::::: ..::.
CCDS13 WFMPVNENSFPDWERTKLDLPLQCYNWTLTLGNKWKTFFETVHIYLRSRIKSNGPNGNES
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 IYYEPLEMTDPSKNLGYMKINTLQVFGYSLPFDPDAIRDLILQLDYPYTQGSQDSALLQL
:::::::. :::.::::::::..::::::. :::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IYYEPLEFIDPSRNLGYMKINNIQVFGYSMHFDPEAIRDLILQLDYPYTQGSQDSALLQL
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 IELRDRVNQLSPPGKVRLDLFSCLLRHRLKLANNEVGRIQSSLRAFNSKLPNPVEYETGK
.:.:::::.:::::. :::::::::::::::...:: ::::.:.:::.:::: ..:.: :
CCDS13 LEIRDRVNKLSPPGQRRLDLFSCLLRHRLKLSTSEVVRIQSALQAFNAKLPNTMDYDTTK
710 720 730 740 750 760
pF1KA1 LCS
:::
CCDS13 LCS
>>CCDS6822.1 BRINP1 gene_id:1620|Hs108|chr9 (761 aa)
initn: 2651 init1: 1183 opt: 2070 Z-score: 2145.6 bits: 407.8 E(32554): 3.4e-113
Smith-Waterman score: 2746; 52.7% identity (78.7% similar) in 757 aa overlap (42-782:20-761)
20 30 40 50 60
pF1KA1 LRPAVAPWTALLALGLPGWVLAVSATAAAVVPEQHASVAG--QH---PLDWLLTDRGPFH
: .: :: :: .:::..::::::
CCDS68 MNWRFVELLYFLFIWGRISVQPSHQEPAGTDQHVSKEFDWLISDRGPFH
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 RAQEYADFMERYRQGFTTRYRIYREFARWKVNNLALERKDFFSLPLPLAPEFIRNIRLLG
... : .:.::.::::::::.:::::::::: : :.::.:. :.:: ::: :.:::::
CCDS68 HSRSYLSFVERHRQGFTTRYKIYREFARWKVRNTAIERRDLVRHPVPLMPEFQRSIRLLG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RRPNLQQVTENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKQKLGRKTETTGGASIIGGSGNS
:::. :: ...:::::::.:.::::::::.::...::..: :: :::.
CCDS68 RRPTTQQFIDTIIKKYGTHLLISATLGGEEALTMYMDKSRLDRK------------SGNA
110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 TAVSLETLHQLAASYFIDRESTLRRLHHIQIATGAIKVTETRTGPLGCSNYDNLDSVSSV
: :.:.:::::.:::.::..:.::::.:::.::::::::::::::::..::::::::::
CCDS68 TQ-SVEALHQLASSYFVDRDGTMRRLHEIQISTGAIKVTETRTGPLGCNSYDNLDSVSSV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 LVQSPENKVQLLGLQVLLPEYLRERFVAAALSYITCSSEGELVCKENDCWCKCSPTFPEC
:.:: :.:..: :::...:.::.:.:: .::::: :..::: .:....: :.:. ::.:
CCDS68 LLQSTESKLHLQGLQIIFPQYLQEKFVQSALSYIMCNGEGEYLCQNSQCRCQCAEEFPQC
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 NCPDADIQAMEDSLLQIQDSWATHNRQFEESEEFQALLKRLPDDRFLNSTAISQFWAMDT
::: .::: :: .: .. ::: ...:.:.::....::::...::. .: : :. :
CCDS68 NCPITDIQIMEYTLANMAKSWAEAYKDLENSDEFKSFMKRLPSNHFLTIGSIHQHWGNDW
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 SLQHRYQQLGAGLKVLFKKTHRILRRLFNLCKRCHRQPRFRLPKERSLSYWWNRIQSLLY
.::.::. : .. .. .: .: :.::.: ::...: .::.::... : :.:::::
CCDS68 DLQNRYKLLQSATEAQRQKIQRTARKLFGLSVRCRHNPNHQLPRERTIQQWLARVQSLLY
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 CGESTFPGTFLEQSHSCTCPYDQSSCQGPIPCALGEGPACAHCAPDNSTRCGSCNPGYVL
:.:. : :::::...::.: . . :: ::::..: . .:: :. : . ::::: :: :
CCDS68 CNENGFWGTFLESQRSCVCHGSTTLCQRPIPCVIGGNNSCAMCSLANISLCGSCNKGYKL
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 AQGLCRPEVAESL--ENFLGLETDL--QDLELKYLLQKQDSRIEVHSIFISNDMRLGSWF
.: :.:. ..: :.:...:::: :::::::::::.:::. ::. ::::..:: ..:
CCDS68 YRGRCEPQNVDSERSEQFISFETDLDFQDLELKYLLQKMDSRLYVHTTFISNEIRLDTFF
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 DPSWRKRMLLTLKSNKYKPGLVHVMLALSLQICLTKNSTLEPVMAIYVNPFGGSHSESWF
:: ::::: ::::::: . ..:.....:..:: .::.:.:.. .:::::.:::::.:
CCDS68 DPRWRKRMSLTLKSNKNRMDFIHMVIGMSMRICQMRNSSLDPMFFVYVNPFSGSHSEGWN
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 MPVNEGSFPDWERTNVDAAAQCQNWTITLGNRWKTFFETVHVYLRSRIKSLDDSSNETIY
:: .: ..: ::. .. . :: :::. :::::::::::::.::::: . :::
CCDS68 MPFGEFGYPRWEKIRLQNS-QCYNWTLLLGNRWKTFFETVHIYLRSRTRLPTLLRNET-G
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710
pF1KA1 YEPLEMTDPSKNLGYMKINTLQVFGYSLPFDPDAIRDLILQLDYPYTQGSQ----DSALL
:....:::: :.::. .::::::: :. : .:. . :.. ::::.: .:..:
CCDS68 QGPVDLSDPSKRQFYIKISDVQVFGYSLRFNADLLRSAVQQVNQSYTQGGQFYSSSSVML
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 QLIELRDRVNQLSPP---GKVRLDLFSCLLRHRLKLANNEVGRIQSSLRAFNSKLPNPVE
:...:::.:.:.:: :: .::::::.:.:::::.:.:. :.. .: .:... . .
CCDS68 LLLDIRDRINRLAPPVAPGKPQLDLFSCMLKHRLKLTNSEIIRVNHALDLYNTEILKQSD
700 710 720 730 740 750
780
pF1KA1 YETGKLCS
:.:::
CCDS68 QMTAKLC
760
783 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 21:58:41 2016 done: Wed Nov 2 21:58:42 2016
Total Scan time: 4.110 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]