FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1747, 783 aa
  1>>>pF1KA1747 783 - 783 aa - 783 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7545+/-0.000424; mu= 18.7731+/- 0.026
 mean_var=90.6438+/-17.390, 0's: 0 Z-trim(113.2): 33  B-trim: 89 in 1/50
 Lambda= 0.134712
 statistics sampled from 22448 (22477) to 22448 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.264), width:  16
 Scan time: 10.160

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055433 (OMIM: 602865) BMP/retinoic acid-inducib ( 761) 2070 413.2 2.1e-114


>>NP_055433 (OMIM: 602865) BMP/retinoic acid-inducible n  (761 aa)
 initn: 2651 init1: 1183 opt: 2070  Z-score: 2174.8  bits: 413.2 E(85289): 2.1e-114
Smith-Waterman score: 2746; 52.7% identity (78.7% similar) in 757 aa overlap (42-782:20-761)

              20        30        40        50             60      
pF1KA1 LRPAVAPWTALLALGLPGWVLAVSATAAAVVPEQHASVAG--QH---PLDWLLTDRGPFH
                                     :  .:   ::  ::    .:::..::::::
NP_055            MNWRFVELLYFLFIWGRISVQPSHQEPAGTDQHVSKEFDWLISDRGPFH
                          10        20        30        40         

         70        80        90       100       110       120      
pF1KA1 RAQEYADFMERYRQGFTTRYRIYREFARWKVNNLALERKDFFSLPLPLAPEFIRNIRLLG
       ... : .:.::.::::::::.:::::::::: : :.::.:.   :.:: ::: :.:::::
NP_055 HSRSYLSFVERHRQGFTTRYKIYREFARWKVRNTAIERRDLVRHPVPLMPEFQRSIRLLG
      50        60        70        80        90       100         

        130       140       150       160       170       180      
pF1KA1 RRPNLQQVTENLIKKYGTHFLLSATLGGEESLTIFVDKQKLGRKTETTGGASIIGGSGNS
       :::. ::  ...:::::::.:.::::::::.::...::..: ::            :::.
NP_055 RRPTTQQFIDTIIKKYGTHLLISATLGGEEALTMYMDKSRLDRK------------SGNA
     110       120       130       140       150                   

        190       200       210       220       230       240      
pF1KA1 TAVSLETLHQLAASYFIDRESTLRRLHHIQIATGAIKVTETRTGPLGCSNYDNLDSVSSV
       :  :.:.:::::.:::.::..:.::::.:::.::::::::::::::::..::::::::::
NP_055 TQ-SVEALHQLASSYFVDRDGTMRRLHEIQISTGAIKVTETRTGPLGCNSYDNLDSVSSV
        160       170       180       190       200       210      

        250       260       270       280       290       300      
pF1KA1 LVQSPENKVQLLGLQVLLPEYLRERFVAAALSYITCSSEGELVCKENDCWCKCSPTFPEC
       :.:: :.:..: :::...:.::.:.:: .::::: :..::: .:....: :.:.  ::.:
NP_055 LLQSTESKLHLQGLQIIFPQYLQEKFVQSALSYIMCNGEGEYLCQNSQCRCQCAEEFPQC
        220       230       240       250       260       270      

        310       320       330       340       350       360      
pF1KA1 NCPDADIQAMEDSLLQIQDSWATHNRQFEESEEFQALLKRLPDDRFLNSTAISQFWAMDT
       ::: .::: :: .: ..  :::   ...:.:.::....::::...::.  .: : :. : 
NP_055 NCPITDIQIMEYTLANMAKSWAEAYKDLENSDEFKSFMKRLPSNHFLTIGSIHQHWGNDW
        280       290       300       310       320       330      

        370       380       390       400       410       420      
pF1KA1 SLQHRYQQLGAGLKVLFKKTHRILRRLFNLCKRCHRQPRFRLPKERSLSYWWNRIQSLLY
       .::.::. : .. ..  .: .:  :.::.:  ::...:  .::.::... :  :.:::::
NP_055 DLQNRYKLLQSATEAQRQKIQRTARKLFGLSVRCRHNPNHQLPRERTIQQWLARVQSLLY
        340       350       360       370       380       390      

        430       440       450       460       470       480      
pF1KA1 CGESTFPGTFLEQSHSCTCPYDQSSCQGPIPCALGEGPACAHCAPDNSTRCGSCNPGYVL
       :.:. : :::::...::.:  . . :: ::::..: . .:: :.  : . ::::: :: :
NP_055 CNENGFWGTFLESQRSCVCHGSTTLCQRPIPCVIGGNNSCAMCSLANISLCGSCNKGYKL
        400       410       420       430       440       450      

        490         500         510       520       530       540  
pF1KA1 AQGLCRPEVAESL--ENFLGLETDL--QDLELKYLLQKQDSRIEVHSIFISNDMRLGSWF
        .: :.:. ..:   :.:...::::  :::::::::::.:::. ::. ::::..:: ..:
NP_055 YRGRCEPQNVDSERSEQFISFETDLDFQDLELKYLLQKMDSRLYVHTTFISNEIRLDTFF
        460       470       480       490       500       510      

            550       560       570       580       590       600  
pF1KA1 DPSWRKRMLLTLKSNKYKPGLVHVMLALSLQICLTKNSTLEPVMAIYVNPFGGSHSESWF
       :: ::::: ::::::: .  ..:.....:..::  .::.:.:.. .:::::.:::::.: 
NP_055 DPRWRKRMSLTLKSNKNRMDFIHMVIGMSMRICQMRNSSLDPMFFVYVNPFSGSHSEGWN
        520       530       540       550       560       570      

            610       620       630       640       650       660  
pF1KA1 MPVNEGSFPDWERTNVDAAAQCQNWTITLGNRWKTFFETVHVYLRSRIKSLDDSSNETIY
       :: .: ..: ::.  .. . :: :::. :::::::::::::.::::: .      :::  
NP_055 MPFGEFGYPRWEKIRLQNS-QCYNWTLLLGNRWKTFFETVHIYLRSRTRLPTLLRNET-G
        580       590        600       610       620       630     

            670       680       690       700       710            
pF1KA1 YEPLEMTDPSKNLGYMKINTLQVFGYSLPFDPDAIRDLILQLDYPYTQGSQ----DSALL
         :....::::   :.::. .::::::: :. : .:. . :..  ::::.:    .:..:
NP_055 QGPVDLSDPSKRQFYIKISDVQVFGYSLRFNADLLRSAVQQVNQSYTQGGQFYSSSSVML
          640       650       660       670       680       690    

      720       730          740       750       760       770     
pF1KA1 QLIELRDRVNQLSPP---GKVRLDLFSCLLRHRLKLANNEVGRIQSSLRAFNSKLPNPVE
        :...:::.:.:.::   :: .::::::.:.:::::.:.:. :.. .:  .:... .  .
NP_055 LLLDIRDRINRLAPPVAPGKPQLDLFSCMLKHRLKLTNSEIIRVNHALDLYNTEILKQSD
          700       710       720       730       740       750    

         780   
pF1KA1 YETGKLCS
         :.::: 
NP_055 QMTAKLC 
          760  




783 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 21:58:42 2016 done: Wed Nov  2 21:58:43 2016
 Total Scan time: 10.160 Total Display time:  0.000

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]