FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1780, 1140 aa 1>>>pF1KA1780 1140 - 1140 aa - 1140 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1704+/-0.000607; mu= 15.7545+/- 0.038 mean_var=341.5615+/-67.558, 0's: 0 Z-trim(115.9): 566 B-trim: 36 in 1/53 Lambda= 0.069397 statistics sampled from 26017 (26669) to 26017 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16 Scan time: 12.180 The best scores are: opt bits E(85289) NP_115822 (OMIM: 612453,614399) multiple epidermal (1140) 8809 898.1 0 NP_001243474 (OMIM: 612453,614399) multiple epider (1140) 8809 898.1 0 XP_011541996 (OMIM: 612453,614399) PREDICTED: mult (1140) 8809 898.1 0 XP_016865476 (OMIM: 612453,614399) PREDICTED: mult (1195) 8809 898.2 0 XP_016865477 (OMIM: 612453,614399) PREDICTED: mult ( 760) 5752 591.8 5.3e-168 XP_016878160 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1092) 5273 544.1 1.7e-153 XP_016878162 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1021) 5271 543.8 1.9e-153 NP_115821 (OMIM: 612454) multiple epidermal growth (1044) 5224 539.1 5.1e-152 XP_016878161 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1044) 5224 539.1 5.1e-152 NP_001295048 (OMIM: 612453,614399) multiple epider ( 567) 4568 473.0 2.2e-132 NP_001295050 (OMIM: 612453,614399) multiple epider ( 567) 4568 473.0 2.2e-132 XP_016878159 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep (1097) 4503 467.0 2.8e-130 XP_016856725 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1037) 3159 332.4 8.8e-90 NP_001073940 (OMIM: 610278) platelet endothelial a (1037) 3159 332.4 8.8e-90 XP_011507812 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1037) 3159 332.4 8.8e-90 XP_005245198 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1037) 3159 332.4 8.8e-90 XP_011507813 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1002) 3040 320.5 3.3e-86 XP_016856728 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 973) 3033 319.7 5.3e-86 XP_016856726 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 973) 3033 319.7 5.3e-86 XP_016856727 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 973) 3033 319.7 5.3e-86 XP_016856723 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1125) 3033 319.8 5.7e-86 XP_016856730 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 909) 2569 273.2 5e-72 XP_016856729 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 909) 2569 273.2 5e-72 XP_016856731 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 909) 2569 273.2 5e-72 XP_016856724 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en (1081) 2409 257.3 3.6e-67 XP_011507814 (OMIM: 610278) PREDICTED: platelet en ( 868) 2398 256.1 6.9e-67 XP_011539188 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1560) 2350 251.7 2.6e-65 XP_016878164 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep ( 854) 2287 245.0 1.5e-63 XP_016878163 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple ep ( 854) 2287 245.0 1.5e-63 XP_011539189 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1395) 2276 244.2 4.2e-63 XP_006710469 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1436) 2276 244.2 4.2e-63 NP_001400 (OMIM: 604266) multiple epidermal growth (1541) 2276 244.3 4.4e-63 XP_016856022 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1559) 2276 244.3 4.4e-63 XP_011539187 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1603) 2276 244.3 4.5e-63 XP_011539190 (OMIM: 604266) PREDICTED: multiple ep (1364) 2242 240.8 4.4e-62 NP_663325 (OMIM: 607873) scavenger receptor class ( 569) 950 110.8 2.5e-23 NP_003684 (OMIM: 607873) scavenger receptor class ( 830) 950 111.1 3e-23 XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 880 104.8 6.5e-21 XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 880 104.8 6.5e-21 XP_016856862 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 880 104.8 6.5e-21 XP_016856861 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2455) 880 104.8 6.5e-21 XP_011539821 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2467) 880 104.9 6.5e-21 NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic (2471) 880 104.9 6.6e-21 XP_016884554 (OMIM: 600920,613619) PREDICTED: scav ( 617) 838 99.6 6.1e-20 NP_878315 (OMIM: 600920,613619) scavenger receptor ( 866) 838 99.9 7.2e-20 NP_699165 (OMIM: 600920,613619) scavenger receptor ( 871) 838 99.9 7.2e-20 NP_002217 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1238) 830 99.3 1.5e-19 NP_001186930 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogen (1235) 826 98.9 2e-19 NP_061978 (OMIM: 600985,606408,615963) tenascin-X (4242) 806 97.8 1.5e-18 NP_660142 (OMIM: 602570) protein jagged-2 isoform (1200) 754 91.7 2.9e-17 >>NP_115822 (OMIM: 612453,614399) multiple epidermal gro (1140 aa) initn: 8809 init1: 8809 opt: 8809 Z-score: 4789.6 bits: 898.1 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 8809; 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NP_115 TVSVVQEGCGHNSSYIQNAYDLPRNSHIPGHYDLLPVRQSPANGPSQDKQS 1000 1010 1020 1030 1040 1140 pF1KA1 SE >>XP_016878161 (OMIM: 612454) PREDICTED: multiple epider (1044 aa) initn: 5532 init1: 5092 opt: 5224 Z-score: 2850.2 bits: 539.1 E(85289): 5.1e-152 Smith-Waterman score: 5531; 59.8% identity (79.0% similar) in 1128 aa overlap (1-1126:1-1041) 10 20 30 40 50 60 pF1KA1 MVISLNSCLSFICLLLCHWIGTASPLNLEDPNVCSHWESYSVTVQESYPHPFDQIYYTSC ::.::.. ..: .. .. :: ::::::::::::.::::::: ::::::::: : XP_016 MVLSLTGLIAF------SFLQATLALNPEDPNVCSHWESYAVTVQESYAHPFDQIYYTRC 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KA1 TDILNWFKCTRHRVSYRTAYRHGEKTMYRRKSQCCPGFYESGEMCVPHCADKCVHGRCIA :::::::::::::.::.::::.: .:::::.::::::.::::..:.: :...::::::.. XP_016 TDILNWFKCTRHRISYKTAYRRGLRTMYRRRSQCCPGYYESGDFCIPLCTEECVHGRCVS 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KA1 PNTCQCEPGWGGTNCSSACDGDHWGPHCTSRCQCKNGALCNPITGACHCAAGFRGWRCED :.::.::::::: .:::.::.:::::::..::::.:::::::::::: :::::::::::. 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