Result of FASTA (omim) for pF1KA1824
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1824, 942 aa
  1>>>pF1KA1824 942 - 942 aa - 942 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3970+/-0.000379; mu= 2.4676+/- 0.024
 mean_var=232.7768+/-48.629, 0's: 0 Z-trim(120.0): 75  B-trim: 0 in 0/57
 Lambda= 0.084063
 statistics sampled from 34720 (34805) to 34720 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.408), width:  16
 Scan time: 16.540

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003852 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated ( 942) 6387 788.4       0
NP_001271135 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 941) 6370 786.3       0
XP_016877224 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
NP_001271136 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
XP_016877223 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 860) 5806 717.9 5.4e-206
XP_016877225 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 859) 5789 715.8 2.3e-205
XP_016877226 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 725) 4857 602.7 2.1e-171
XP_016877227 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 663) 4368 543.4 1.4e-153
XP_016877228 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 663) 4368 543.4 1.4e-153
XP_011535582 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 760) 4368 543.5 1.5e-153
XP_006720363 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 894) 4368 543.5 1.8e-153
XP_011535581 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_016877222 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_011535580 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_006720362 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 895) 4368 543.5 1.8e-153
XP_006720361 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 976) 4368 543.5 1.9e-153
XP_006720360 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and C ( 977) 4368 543.5 1.9e-153
NP_001271137 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associa ( 326) 2022 258.7 3.5e-68
NP_001188493 (OMIM: 605961) pleiotropic regulator  ( 505)  241 42.8  0.0052
NP_002660 (OMIM: 605961) pleiotropic regulator 1 i ( 514)  241 42.8  0.0053


>>NP_003852 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated fac  (942 aa)
 initn: 6387 init1: 6387 opt: 6387  Z-score: 4199.5  bits: 788.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6387; 100.0% identity (100.0% similar) in 942 aa overlap (1-942:1-942)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA1 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940  
pF1KA1 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
              910       920       930       940  

>>NP_001271135 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated   (941 aa)
 initn: 5471 init1: 5471 opt: 6370  Z-score: 4188.3  bits: 786.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6370; 99.9% identity (99.9% similar) in 942 aa overlap (1-942:1-941)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKRRAGLGGSMRSVVGFLSQRGLHGDPLLTQDFQRRRLRGCRNLYKKDLLGHFGCVNAIE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSGNTKVFSGG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
       :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDEQVILHDVES-ETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDIRESPHGEP
              130        140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVR
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSD
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIW
     300       310       320       330       340       350         

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFD
     360       370       380       390       400       410         

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNA
     420       430       440       450       460       470         

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEV
     480       490       500       510       520       530         

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPS
     540       550       560       570       580       590         

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 APIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKI
     600       610       620       630       640       650         

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRN
     660       670       680       690       700       710         

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKL
     720       730       740       750       760       770         

              790       800       810       820       830       840
pF1KA1 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPR
     780       790       800       810       820       830         

              850       860       870       880       890       900
pF1KA1 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTRED
     840       850       860       870       880       890         

              910       920       930       940  
pF1KA1 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
     900       910       920       930       940 

>>XP_016877224 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (860 aa)
 initn: 5806 init1: 5806 opt: 5806  Z-score: 3819.2  bits: 717.9 E(85289): 5.4e-206
Smith-Waterman score: 5806; 100.0% identity (100.0% similar) in 860 aa overlap (83-942:1-860)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                             10        20        30

            120       130       140       150       160       170  
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
               40        50        60        70        80        90

            180       190       200       210       220       230  
pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
              100       110       120       130       140       150

            240       250       260       270       280       290  
pF1KA1 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
              160       170       180       190       200       210

            300       310       320       330       340       350  
pF1KA1 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
              220       230       240       250       260       270

            360       370       380       390       400       410  
pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
              280       290       300       310       320       330

            420       430       440       450       460       470  
pF1KA1 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
              340       350       360       370       380       390

            480       490       500       510       520       530  
pF1KA1 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
              400       410       420       430       440       450

            540       550       560       570       580       590  
pF1KA1 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
              460       470       480       490       500       510

            600       610       620       630       640       650  
pF1KA1 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
              520       530       540       550       560       570

            660       670       680       690       700       710  
pF1KA1 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
              580       590       600       610       620       630

            720       730       740       750       760       770  
pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
              640       650       660       670       680       690

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pF1KA1 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
              700       710       720       730       740       750

            840       850       860       870       880       890  
pF1KA1 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
              760       770       780       790       800       810

            900       910       920       930       940  
pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
              820       830       840       850       860

>>NP_001271136 (OMIM: 603812) DDB1- and CUL4-associated   (860 aa)
 initn: 5806 init1: 5806 opt: 5806  Z-score: 3819.2  bits: 717.9 E(85289): 5.4e-206
Smith-Waterman score: 5806; 100.0% identity (100.0% similar) in 860 aa overlap (83-942:1-860)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                             10        20        30

            120       130       140       150       160       170  
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
               40        50        60        70        80        90

            180       190       200       210       220       230  
pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
              100       110       120       130       140       150

            240       250       260       270       280       290  
pF1KA1 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
              160       170       180       190       200       210

            300       310       320       330       340       350  
pF1KA1 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
              220       230       240       250       260       270

            360       370       380       390       400       410  
pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
              280       290       300       310       320       330

            420       430       440       450       460       470  
pF1KA1 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
              340       350       360       370       380       390

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pF1KA1 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
              400       410       420       430       440       450

            540       550       560       570       580       590  
pF1KA1 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
              460       470       480       490       500       510

            600       610       620       630       640       650  
pF1KA1 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
              520       530       540       550       560       570

            660       670       680       690       700       710  
pF1KA1 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
              580       590       600       610       620       630

            720       730       740       750       760       770  
pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
              640       650       660       670       680       690

            780       790       800       810       820       830  
pF1KA1 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
              700       710       720       730       740       750

            840       850       860       870       880       890  
pF1KA1 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
              760       770       780       790       800       810

            900       910       920       930       940  
pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
              820       830       840       850       860

>>XP_016877223 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (860 aa)
 initn: 5806 init1: 5806 opt: 5806  Z-score: 3819.2  bits: 717.9 E(85289): 5.4e-206
Smith-Waterman score: 5806; 100.0% identity (100.0% similar) in 860 aa overlap (83-942:1-860)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                             10        20        30

            120       130       140       150       160       170  
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
               40        50        60        70        80        90

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pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
              100       110       120       130       140       150

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pF1KA1 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
              160       170       180       190       200       210

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pF1KA1 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
              220       230       240       250       260       270

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pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
              280       290       300       310       320       330

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pF1KA1 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
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pF1KA1 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
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pF1KA1 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
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pF1KA1 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
              520       530       540       550       560       570

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pF1KA1 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
              580       590       600       610       620       630

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pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
              640       650       660       670       680       690

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pF1KA1 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
              700       710       720       730       740       750

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pF1KA1 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
              760       770       780       790       800       810

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pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
              820       830       840       850       860

>>XP_016877225 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (859 aa)
 initn: 5471 init1: 5471 opt: 5789  Z-score: 3808.1  bits: 715.8 E(85289): 2.3e-205
Smith-Waterman score: 5789; 99.9% identity (99.9% similar) in 860 aa overlap (83-942:1-859)

             60        70        80        90       100       110  
pF1KA1 FGCVNAIEFSNNGGQWLVSGGDDRRVLLWHMEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                               MEQAIHSRVKPIQLKGEHHSNIFCLAFNSG
                                             10        20        30

            120       130       140       150       160       170  
pF1KA1 NTKVFSGGNDEQVILHDVESSETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
       :::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTKVFSGGNDEQVILHDVES-ETLDVFAHEDAVYGLSVSPVNDNIFASSSDDGRVLIWDI
               40        50         60        70        80         

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pF1KA1 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RESPHGEPFCLANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLS
      90       100       110       120       130       140         

            240       250       260       270       280       290  
pF1KA1 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LQSAMSVRFNSNGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRD
     150       160       170       180       190       200         

            300       310       320       330       340       350  
pF1KA1 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSG
     210       220       230       240       250       260         

            360       370       380       390       400       410  
pF1KA1 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQED
     270       280       290       300       310       320         

            420       430       440       450       460       470  
pF1KA1 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPT
     330       340       350       360       370       380         

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pF1KA1 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESD
     390       400       410       420       430       440         

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pF1KA1 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQK
     450       460       470       480       490       500         

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pF1KA1 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSD
     510       520       530       540       550       560         

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pF1KA1 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACL
     570       580       590       600       610       620         

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pF1KA1 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVE
     630       640       650       660       670       680         

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pF1KA1 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANH
     690       700       710       720       730       740         

            840       850       860       870       880       890  
pF1KA1 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACET
     750       760       770       780       790       800         

            900       910       920       930       940  
pF1KA1 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
     810       820       830       840       850         

>>XP_016877226 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (725 aa)
 initn: 4856 init1: 4856 opt: 4857  Z-score: 3198.3  bits: 602.7 E(85289): 2.1e-171
Smith-Waterman score: 4857; 98.9% identity (99.3% similar) in 729 aa overlap (214-942:1-725)

           190       200       210       220       230       240   
pF1KA1 ANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
                                     .:.     .:::::::::::::::::::::
XP_016                               MWE----WGSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
                                                 10        20      

           250       260       270       280       290       300   
pF1KA1 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFN
         30        40        50        60        70        80      

           310       320       330       340       350       360   
pF1KA1 LYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPY
         90       100       110       120       130       140      

           370       380       390       400       410       420   
pF1KA1 KQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLV
        150       160       170       180       190       200      

           430       440       450       460       470       480   
pF1KA1 RREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHL
        210       220       230       240       250       260      

           490       500       510       520       530       540   
pF1KA1 GPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELD
        270       280       290       300       310       320      

           550       560       570       580       590       600   
pF1KA1 TDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPI
        330       340       350       360       370       380      

           610       620       630       640       650       660   
pF1KA1 KPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKA
        390       400       410       420       430       440      

           670       680       690       700       710       720   
pF1KA1 YKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDL
        450       460       470       480       490       500      

           730       740       750       760       770       780   
pF1KA1 PPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGK
        510       520       530       540       550       560      

           790       800       810       820       830       840   
pF1KA1 ALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPH
        570       580       590       600       610       620      

           850       860       870       880       890       900   
pF1KA1 PHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTD
        630       640       650       660       670       680      

           910       920       930       940  
pF1KA1 TPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELEDTDSENSSSEKKLKT
        690       700       710       720     

>>XP_016877227 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (663 aa)
 initn: 4368 init1: 4368 opt: 4368  Z-score: 2878.3  bits: 543.4 E(85289): 1.4e-153
Smith-Waterman score: 4368; 99.8% identity (100.0% similar) in 650 aa overlap (293-942:14-663)

            270       280       290       300       310       320  
pF1KA1 HSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
                                     .:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                  MDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
                                10        20        30        40   

            330       340       350       360       370       380  
pF1KA1 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
            50        60        70        80        90       100   

            390       400       410       420       430       440  
pF1KA1 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
           110       120       130       140       150       160   

            450       460       470       480       490       500  
pF1KA1 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
           170       180       190       200       210       220   

            510       520       530       540       550       560  
pF1KA1 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
           230       240       250       260       270       280   

            570       580       590       600       610       620  
pF1KA1 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
           290       300       310       320       330       340   

            630       640       650       660       670       680  
pF1KA1 DDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGET
           350       360       370       380       390       400   

            690       700       710       720       730       740  
pF1KA1 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
           410       420       430       440       450       460   

            750       760       770       780       790       800  
pF1KA1 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
           470       480       490       500       510       520   

            810       820       830       840       850       860  
pF1KA1 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
           530       540       550       560       570       580   

            870       880       890       900       910       920  
pF1KA1 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
           590       600       610       620       630       640   

            930       940  
pF1KA1 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::
XP_016 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
           650       660   

>>XP_016877228 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (663 aa)
 initn: 4368 init1: 4368 opt: 4368  Z-score: 2878.3  bits: 543.4 E(85289): 1.4e-153
Smith-Waterman score: 4368; 99.8% identity (100.0% similar) in 650 aa overlap (293-942:14-663)

            270       280       290       300       310       320  
pF1KA1 HSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
                                     .:::::::::::::::::::::::::::::
XP_016                  MDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVV
                                10        20        30        40   

            330       340       350       360       370       380  
pF1KA1 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGAFMVLKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRC
            50        60        70        80        90       100   

            390       400       410       420       430       440  
pF1KA1 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LYTHEEYISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSEST
           110       120       130       140       150       160   

            450       460       470       480       490       500  
pF1KA1 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ILQLHAGVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPT
           170       180       190       200       210       220   

            510       520       530       540       550       560  
pF1KA1 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CEDAASRQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSS
           230       240       250       260       270       280   

            570       580       590       600       610       620  
pF1KA1 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSSSSSEDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKV
           290       300       310       320       330       340   

            630       640       650       660       670       680  
pF1KA1 DDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DDLSSSPTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGET
           350       360       370       380       390       400   

            690       700       710       720       730       740  
pF1KA1 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLVTGEADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPS
           410       420       430       440       450       460   

            750       760       770       780       790       800  
pF1KA1 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGPGHEHSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASG
           470       480       490       500       510       520   

            810       820       830       840       850       860  
pF1KA1 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 STLNSGSGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSP
           530       540       550       560       570       580   

            870       880       890       900       910       920  
pF1KA1 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSDTDRDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQ
           590       600       610       620       630       640   

            930       940  
pF1KA1 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::::::::
XP_016 RIELEDTDSENSSSEKKLKT
           650       660   

>>XP_011535582 (OMIM: 603812) PREDICTED: DDB1- and CUL4-  (760 aa)
 initn: 4368 init1: 4368 opt: 4368  Z-score: 2877.5  bits: 543.5 E(85289): 1.5e-153
Smith-Waterman score: 4777; 94.4% identity (94.8% similar) in 764 aa overlap (214-942:1-760)

           190       200       210       220       230       240   
pF1KA1 ANYPSAFHSVMFNPVEPRLLATANSKEGVGLWDIRKPQSSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
                                     .:.     .:::::::::::::::::::::
XP_011                               MWE----WGSLLRYGGNLSLQSAMSVRFNS
                                                 10        20      

           250       260       270       280       290             
pF1KA1 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQ----------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::          
XP_011 NGTQLLALRRRLPPVLYDIHSRLPVFQFDNQGYFNSCTMKSCCFAGDRDQKPEAEGKVIF
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pF1KA1 -------------------------YILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMV
                                :::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FRLCLATKPIFMDLRRPRTKTSSQHYILSGSDDFNLYMWRIPADPEAGGIGRVVNGAFMV
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pF1KA1 LKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKGHRSIVNQVRFNPHTYMICSSGVEKIIKIWSPYKQPGCTGDLDGRIEDDSRCLYTHEE
        150       160       170       180       190       200      

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pF1KA1 YISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YISLVLNSGSGLSHDYANQSVQEDPRMMAFFDSLVRREIEGWSSDSDSDLSESTILQLHA
        210       220       230       240       250       260      

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pF1KA1 GVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVSERSGYTDSESSASLPRSPPPTVDESADNAFHLGPLRVTTTNTVASTPPTPTCEDAAS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RQQRLSALRRYQDKRLLALSNESDSEENVCEVELDTDLFPRPRSPSPEDESSSSSSSSSS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EDEEELNERRASTWQRNAMRRRQKTTREDKPSAPIKPTNTYIGEDNYDYPQIKVDDLSSS
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pF1KA1 PTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTSSPERSTSTLEIQPSRASPTSDIESVERKIYKAYKWLRYSYISYSNNKDGETSLVTGE
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pF1KA1 ADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ADEGRAGTSHKDNPAPSSSKEACLNIAMAQRNQDLPPEGCSKDTFKEETPRTPSNGPGHE
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pF1KA1 HSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HSSHAWAEVPEGTSQDTGNSGSVEHPFETKKLNGKALSSRAEEPPSPPVPKASGSTLNSG
        570       580       590       600       610       620      

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pF1KA1 SGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SGNCPRTQSDDSEERSLETICANHNNGRLHPRPPHPHNNGQNLGELEVVAYSSPGHSDTD
        630       640       650       660       670       680      

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pF1KA1 RDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RDNSSLTGTLLHKDCCGSEMACETPNAGTREDPTDTPATDSSRAVHGHSGLKRQRIELED
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      930       940  
pF1KA1 TDSENSSSEKKLKT
       ::::::::::::::
XP_011 TDSENSSSEKKLKT
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942 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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