FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1853, 611 aa
  1>>>pF1KA1853 611 - 611 aa - 611 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5191+/-0.00103; mu= -7.7998+/- 0.063
 mean_var=371.8633+/-74.662, 0's: 0 Z-trim(115.3): 88  B-trim: 0 in 0/56
 Lambda= 0.066509
 statistics sampled from 15764 (15847) to 15764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.772), E-opt: 0.2 (0.487), width:  16
 Scan time:  4.160

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44994.1 SRRM4 gene_id:84530|Hs108|chr12        ( 611) 4009 398.7 1.1e-110
CCDS32373.1 SRRM2 gene_id:23524|Hs108|chr16        (2752)  616 73.7 3.7e-12


>>CCDS44994.1 SRRM4 gene_id:84530|Hs108|chr12             (611 aa)
 initn: 4009 init1: 4009 opt: 4009  Z-score: 2100.3  bits: 398.7 E(32554): 1.1e-110
Smith-Waterman score: 4009; 99.8% identity (99.8% similar) in 611 aa overlap (1-611:1-611)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MASVQQGEKQLFEKFWRGTFKAVATPRPESIIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQDGPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MASVQQGEKQLFEKFWRGTFKAVATPRPESIIVASITARKPLPRTEPQNNPVVPAQDGPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 EKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 RRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRKS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 HRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 HRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSSR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPSTQTS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 SARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGRESRG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 FQSPCLECAEVKKSSLVPSTARSSPMKGCSRSSSYASTRSSSHSSRSPNPRASPRYTQSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FQSPCLECAEVKKSSLVPSTARSSPMKGCSRSSSYASTRSSSHSSRSPNPRASPRYTQSR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 STSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDPKYSEKDSQQRER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 STSSEKRSYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSRERDPKYSEKDSQQRER
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 ERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPIPYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 SSRSASRSYSRSWSRSRSRRRSRTRTSSSSSSRSPSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSY
       :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSRSASRSYSRSRSRSRSRRRSRTRTSSSSSSRSPSPGSRSRSRSRSRSRSRSRSQSRSY
              550       560       570       580       590       600

              610 
pF1KA1 SSADSYSSTRR
       :::::::::::
CCDS44 SSADSYSSTRR
              610 

>>CCDS32373.1 SRRM2 gene_id:23524|Hs108|chr16             (2752 aa)
 initn: 1124 init1: 248 opt: 616  Z-score: 331.8  bits: 73.7 E(32554): 3.7e-12
Smith-Waterman score: 646; 31.8% identity (57.0% similar) in 551 aa overlap (90-611:169-689)

      60        70        80        90       100       110         
pF1KA1 SEKLGQHLATEPLGTNSWERDKTCRELGATRGHSASHDKDLTPPPSSRGKKKKKKSTRKK
                                     . .:  .... .  :. . ::::::. : .
CCDS32 FGISDSYVDGSSFDPQRRAREAKQPAPEPPKPYSLVRESSSSRSPTPKQKKKKKKKDRGR
      140       150       160       170       180       190        

     120       130       140       150       160       170         
pF1KA1 RRRSSSYSPSPVKKKKKKSSKKHKRRRSFSKKRRHSSSSPKSKRRDEKRHKKQSRSRPRK
       : .:::    : ...::.:.::..: .: ::::.: : .:::::... ...:.:::    
CCDS32 RSESSS----PRRERKKSSKKKKHRSESESKKRKHRSPTPKSKRKSKDKKRKRSRSTTPA
      200           210       220       230       240       250    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KA1 SHRHRHHRCPSRSQSSESRPSSCESRHRGRSPEEGQKSRRRHSRRCSKTLCKDSPEAQSS
        . .: :    :: :..:  ::  :: :.::      . . :.     .:   ::   :.
CCDS32 PKSRRAH----RSTSADSASSSDTSRSRSRSA-----AAKTHTT----ALAGRSPSPASG
          260           270       280                290       300 

     240         250       260       270       280       290       
pF1KA1 R--PPSQPLQMLGYLSARGVITGSGSAADLFTKTASPLTTSRGRSQEYDSGNDTSSPPST
       :    . :..  :  :     :   :. .  : : .: .  . ....    . :   :: 
CCDS32 RRGEGDAPFSEPGTTS-----TQRPSSPE--TATKQPSSPYEDKDKDKKEKSATRPSPSP
             310            320         330       340       350    

       300       310       320       330       340       350       
pF1KA1 QTSSARSRGQEKGSPSGGLSKSRELNSGNTSDSGNSFTTSSPQNKGAMLENLSPTSRGR-
       . ::.   : :  .:.  :.. .  .    . .  :    .: ....  .. :: .  . 
CCDS32 ERSST---GPEPPAPTPLLAERHGGSPQPLATTPLSQEPVNPPSEASPTRDRSPPKSPEK
             360       370       380       390       400       410 

          360         370        380       390          400        
pF1KA1 --ESRGFQS--PCLECAEVKK-SSLVPSTARSSPMKGCSR---SSSYASTRSSSHSSRSP
         .: . .:  :  . ..:.. .:  : . . .:  :  :   ::  ...:: ....:. 
CCDS32 LPQSSSSESSPPSPQPTKVSRHASSSPESPKPAPAPGSHREISSSPTSKNRSHGRAKRDK
             420       430       440       450       460       470 

      410         420         430       440       450       460    
pF1KA1 NPRASP--RYTQSRSTSSEKR--SYSRSPSYSSKSGKRSPPSRSSRSRRSPSYSRYSPSR
       .   .:  :. .::: .. ::  : ::.:.  ..: .:::  : ::: .  . :: ::.:
CCDS32 SHSHTPSRRMGRSRSPATAKRGRSRSRTPTKRGHSRSRSPQWRRSRSAQRWGRSR-SPQR
             480       490       500       510       520        530

             470           480       490       500       510       
pF1KA1 E---RDPKYS----EKDSQQRERERARRRRRSYSPMRKRRRDSPSHLEARRITSARKRPI
       .   :.:.       ...:.: : :. :: ::.:     :  : :.  :::  : :.:  
CCDS32 RGRSRSPQRPGWSRSRNTQRRGRSRSARRGRSHSRSPATRGRSRSRTPARRGRS-RSRT-
              540       550       560       570       580          

       520       530       540       550         560         570   
pF1KA1 PYYRPSPSSSGSLSSTSSWYSSSSSRSASRSYSRSWSRSRS--RRRSRTRTSS--SSSSR
       :  : : : . .   . :   .  .:: ::. .:  ::.::  :::::.:. .  :. ::
CCDS32 PARRRSRSRTPTRRRSRSRTPARRGRSRSRTPARRRSRTRSPVRRRSRSRSPARRSGRSR
      590       600       610       620       630       640        

           580          590       600       610                    
pF1KA1 SPSPGSRSRSRSRS---RSRSRSRSQSRSYSSADSYSSTRR                   
       : .:. :.:::::.   :.:::::. .:  . . : . .::                   
CCDS32 SRTPARRGRSRSRTPARRGRSRSRTPARRSGRSRSRTPARRGRSRSRTPRRGRSRSRSLV
      650       660       670       680       690       700        

CCDS32 RRGRSHSRTPQRRGRSGSSSERKNKSRTSQRRSRSNSSPEMKKSRISSRRSRSLSSPRSK
      710       720       730       740       750       760        




611 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 22:08:35 2016 done: Wed Nov  2 22:08:36 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]