Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1866
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1866, 1773 aa
1>>>pF1KA1866 1773 - 1773 aa - 1773 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1551+/-0.00119; mu= -14.9946+/- 0.072
mean_var=513.5677+/-104.345, 0's: 0 Z-trim(114.9): 36 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.056595
statistics sampled from 15429 (15454) to 15429 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.475), width: 16
Scan time: 5.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47512.1 FNDC1 gene_id:84624|Hs108|chr6 (1894) 9750 812.2 0
CCDS46880.1 ABI3BP gene_id:25890|Hs108|chr3 (1075) 1054 102.0 1.2e-20
>>CCDS47512.1 FNDC1 gene_id:84624|Hs108|chr6 (1894 aa)
initn: 9211 init1: 6972 opt: 9750 Z-score: 4317.6 bits: 812.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11653; 95.8% identity (96.1% similar) in 1811 aa overlap (32-1773:84-1894)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 GLKVTWDPPKDATSRPVEHYNIAYGKSLKSLKYIKVNAETYSFLIEDVEPGVVYFVLLTA
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CCDS47 GLKVTWDPPKDATSRPVEHYNIAYGKSLKSLKYIKVNAETYSFLIEDVEPGVVYFVLLTA
60 70 80 90 100 110
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 ENHSGVSRPVYRAESPPGGEWIEIDGFPIKGPGPFNETVTEKEVPNKPLRVRVRSSDDRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ENHSGVSRPVYRAESPPGGEWIEIDGFPIKGPGPFNETVTEKEVPNKPLRVRVRSSDDRL
120 130 140 150 160 170
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SVAWKAPRLSGAKSPRRSRGFLLGYGESGRKMNYVPLTRDERTHEIKKLASESVYVVSLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVAWKAPRLSGAKSPRRSRGFLLGYGESGRKMNYVPLTRDERTHEIKKLASESVYVVSLQ
180 190 200 210 220 230
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 SMNSQGRSQPVYRAALTKRKISEEDELDVPDDISVRVMSSQSVLVSWVDPVLEKQKKVVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SMNSQGRSQPVYRAALTKRKISEEDELDVPDDISVRVMSSQSVLVSWVDPVLEKQKKVVA
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SRQYTVRYREKGELARWDYKQIANRRVLIENLIPDTVYEFAVRISQGERDGKWSTSVFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SRQYTVRYREKGELARWDYKQIANRRVLIENLIPDTVYEFAVRISQGERDGKWSTSVFQR
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340
pF1KA1 TPESAPTTAPENLNVWPVNGKPTVVAASWDALPETEGKVK--------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TPESAPTTAPENLNVWPVNGKPTVVAASWDALPETEGKVKEYILSYAPALKPFGAKSLTY
360 370 380 390 400 410
350
pF1KA1 -------------------------------------------ASKADVQQNTEDNGKPE
.:::::.::::::::::
CCDS47 PGDTTSALVDGLQPGERYLFKIRATNRRGLGPHSKAFIVAMPTTSKADVEQNTEDNGKPE
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 KPEPSSPSPRAPASSQHPSVPASPQGRNAKDLLLDLKNKILANGGAPRKPQLRAKKAEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KPEPSSPSPRAPASSQHPSVPASPQGRNAKDLLLDLKNKILANGGAPRKPQLRAKKAEEL
480 490 500 510 520 530
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 DLQSTEITGEEELGSREDSPMSPSDTQDQKRTLRPPSRHGHSVVAPGRTAVRARMPALPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DLQSTEITGEEELGSREDSPMSPSDTQDQKRTLRPPSRHGHSVVAPGRTAVRARMPALPR
540 550 560 570 580 590
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 REGVDKPGFSLATQPRPGAPPSASASPAHHASTQGTSHRPSLPASLNDNDLVDSDEDERA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 REGVDKPGFSLATQPRPGAPPSASASPAHHASTQGTSHRPSLPASLNDNDLVDSDEDERA
600 610 620 630 640 650
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 VGSLHPKGAFAQPRPALSPSRQSPSSVLRDRSSVHPGAKPASPARRTPHSGAAEEDSSAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGSLHPKGAFAQPRPALSPSRQSPSSVLRDRSSVHPGAKPASPARRTPHSGAAEEDSSAS
660 670 680 690 700 710
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 APPSRLSPPHGGSSRLLPTQPHLSSPLSKGGKDGEDAPATNSNAPSRSTMSSSVSSHLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 APPSRLSPPHGGSSRLLPTQPHLSSPLSKGGKDGEDAPATNSNAPSRSTMSSSVSSHLSS
720 730 740 750 760 770
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 RTQVSEGAEASDGESHGDGDREDGGRQAEATAQTLRARPASGHFHLLRHKPFAANGRSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTQVSEGAEASDGESHGDGDREDGGRQAEATAQTLRARPASGHFHLLRHKPFAANGRSPS
780 790 800 810 820 830
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 RFSIGRGPRLQPSSSPQSTVPSRAHPRVPSHSDSHPKLSSGIHGDEEDEKPLPATVVNDH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RFSIGRGPRLQPSSSPQSTVPSRAHPRVPSHSDSHPKLSSGIHGDEEDEKPLPATVVNDH
840 850 860 870 880 890
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 VPSSSRQPISRGWEDLRRSPQRGASLHRKEPIPENPKSTGADTHPQGKYSSLASKAQDVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VPSSSRQPISRGWEDLRRSPQRGASLHRKEPIPENPKSTGADTHPQGKYSSLASKAQDVQ
900 910 920 930 940 950
840 850 860 870 880 890
pF1KA1 QSTDADTEGHSPKAQPGSTDRHASPARPPAARSQQHPSVPRRMTPGRAPEQQPPPPVATS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS47 QSTDADTEGHSPKAQPGSTDRHASPARPPAARSQQHPSVPRRMTPGRAPQQQPPPPVATS
960 970 980 990 1000 1010
900 910 920 930 940 950
pF1KA1 QHHPGPQSRDAGRSPSQPRLSLTQAGRPRPTSQGRSHSSSDPYTASSRGMLPTALQNQDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QHHPGPQSRDAGRSPSQPRLSLTQAGRPRPTSQGRSHSSSDPYTASSRGMLPTALQNQDE
1020 1030 1040 1050 1060 1070
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA1 DAQGSYDDDSTEVEAQDVRAPAHAARAKEAAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DAQGSYDDDSTEVEAQDVRAPAHAARAKEAAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAA
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KA1 SPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPPSKRPLSSKSQQSVSAEDEEEEDAGFFKGGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS47 SPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPPSKRPLSSKSQQSVSAEDDEEEDAGFFKGGKE
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1080 1090 1100 1110 1120 1130
pF1KA1 DLLSSSVPKWPSSSTPRGGKDADGSLAKEEREPAIALAPRGGSLAPVKRPLPPPPGSSPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DLLSSSVPKWPSSSTPRGGKDADGSLAKEEREPAIALAPRGGSLAPVKRPLPPPPGSSPR
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1140 1150 1160 1170 1180 1190
pF1KA1 ASHVPSRPPPRSAATVSPVAGTHPWPRYTTRAPPGHFSTTPMLSLRQRMMHARFRNPLSR
::::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASHVPSRLPPRSAATVSPVAGTHPWPQYTTRAPPGHFSTTPMLSLRQRMMHARFRNPLSR
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1200 1210 1220 1230 1240 1250
pF1KA1 QPARPSYRQGYNGRPNVEGKVLPGSNGKPNGQRIINGPQGTKWVVDLDRGLVLNAEGRYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QPARPSYRQGYNGRPNVEGKVLPGSNGKPNGQRIINGPQGTKWVVDLDRGLVLNAEGRYL
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KA1 QDSHGNPLRIKLGGDGRTIVDLEGTPVVSPDGLPLFGQGRHGTPLANAQDKPILSLGGKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QDSHGNPLRIKLGGDGRTIVDLEGTPVVSPDGLPLFGQGRHGTPLANAQDKPILSLGGKP
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1320 1330 1340 1350 1360 1370
pF1KA1 LVGLEVIKKTTHPPTTTMQPTTTTTPLPTTTTPRPTTATTRRTTT------RRPTTTVRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS47 LVGLEVIKKTTHPPTTTMQPTTTTTPLPTTTTPRPTTATTRRTTTTRRTTTRRPTTTVRT
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1380 1390 1400 1410 1420 1430
pF1KA1 TTRTTTTTTPKPTTPIPTCPPGTLERHDDDGNLIMSSNGIPECYAEEDEFSGLETDTAVP
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TTRTTTTTTPTPTTPIPTCPPGTLERHDDDGNLIMSSNGIPECYAEEDEFSGLETDTAVP
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1440 1450 1460 1470 1480 1490
pF1KA1 TEEAYVIYDEDYEFETSRPPTTTEPSTTATTPRVIPEEGAISSFPEEEFDLAGRKRFVAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TEEAYVIYDEDYEFETSRPPTTTEPSTTATTPRVIPEEGAISSFPEEEFDLAGRKRFVAP
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1500 1510 1520 1530 1540 1550
pF1KA1 YVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSDLPPQHAPRNITVVAVEGCHSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSDLPPQHAPRNITVVAVEGCHSF
1620 1630 1640 1650 1660 1670
1560 1570 1580 1590 1600 1610
pF1KA1 VIVDWDKATPGDVVTGYLVYSASYEDFIRNKWSTQASSVTHLPIENLKPNTRYYFKVQAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VIVDWDKATPGDVVTGYLVYSASYEDFIRNKWSTQASSVTHLPIENLKPNTRYYFKVQAQ
1680 1690 1700 1710 1720 1730
1620 1630 1640 1650 1660 1670
pF1KA1 NPHGYGPISPSVSFVTESDNPLLVVRPPGGEPIWIPFAFKHDPSYTDCHGRQYVKRTWYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NPHGYGPISPSVSFVTESDNPLLVVRPPGGEPIWIPFAFKHDPSYTDCHGRQYVKRTWYR
1740 1750 1760 1770 1780 1790
1680 1690 1700 1710 1720 1730
pF1KA1 KFVGVVLCNSLRYKIYLSDNLKDTFYSIGDSWGRGEDHCQFVDSHLDGRTGPQSYVEALP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KFVGVVLCNSLRYKIYLSDNLKDTFYSIGDSWGRGEDHCQFVDSHLDGRTGPQSYVEALP
1800 1810 1820 1830 1840 1850
1740 1750 1760 1770
pF1KA1 TIQGYYRQYRQEPVRFGNIGFGTPYYYVGWYECGVSIPGKW
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TIQGYYRQYRQEPVRFGNIGFGTPYYYVGWYECGVSIPGKW
1860 1870 1880 1890
>>CCDS46880.1 ABI3BP gene_id:25890|Hs108|chr3 (1075 aa)
initn: 1042 init1: 720 opt: 1054 Z-score: 483.9 bits: 102.0 E(32554): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 1170; 33.4% identity (54.3% similar) in 814 aa overlap (1018-1773:317-1075)
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA1 AAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAASPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPP
: ::. . : . :: :. ..: .. :
CCDS46 LNETTVKLPASLMFEISDALKTQLAKNETLALPAESKTPEVEKISAR-PTTVTP-ETVPR
290 300 310 320 330 340
1050 1060 1070 1080
pF1KA1 SKRPLSSKS---QQSVSAEDEEE---------EDAGFFKG--GKEDLLSSSV----PKWP
: .: .:.. .... : .:. ::. .. . :..:: . :.
CCDS46 STKPTTSSALDVSETTLASSEKPWIVPTAKISEDSKVLQPQTATYDVFSSPTTSDEPEIS
350 360 370 380 390 400
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KA1 SSSTPRGGKDADGSLAKEER---EPAIALAPRGGSLAPVK---------RPLPPPPGSSP
.: : . . :. : : .: .::: ..: : .: : : ..
CCDS46 DSYTATSDRILDSIPPKTSRTLEQPRATLAPSETPFVPQKLEIFTSPEMQPTTPAPQQTT
410 420 430 440 450 460
1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA1 RASHVPSR-P---PPR-------SAATVSPVAGTHPWPRYTTRAP-PGHF-STTPMLSLR
.:.: : ::: ::.:..: . : : .:: :: .: : : . :
CCDS46 SIPSTPKRRPRPKPPRTKPERTTSAGTITPKISKSPEPTWTTPAPGKTQFISLKPKIPLS
470 480 490 500 510 520
1190 1200 1210 1220 1230
pF1KA1 QRMMHARFRNPLSRQPARPSYRQGYNGRPNVEGKVLPGSNGKPN-GQRIINGPQGT----
.. :.. : .: : . . :: . : .. :. ::. :. .
CCDS46 PEVTHTK---PAPKQTPRAPPKPKTSPRPRI-----PQTQPVPKVPQRVTAKPKTSPSPE
530 540 550 560 570
1240 1250 1260 1270 1280 1290
pF1KA1 -KWVVDLDRGLVLNAEGRYLQDSHGNPLRIKLGGDGRTIVDLEGTPVVSPDGLPLFGQGR
.... . ..: . : . :...: .. : . :..::. : .: .
CCDS46 VSYTTPAPKDVLLPHKP-YPEVSQSEPAPLETRG-------IPFIPMISPS--P--SQEE
580 590 600 610 620
1300 1310 1320 1330 1340 1350
pF1KA1 HGTPLANAQDKPILSLGGKPLVGLEVIKKTTHPPT--TTMQPTTTTTPL--P-TTTTPRP
: : ..... . : :. : : : ::..: :. : : . .:::
CCDS46 LQTTLEETDQSTQEPFTTKIPRTTELAKTTQAPHRFYTTVRPRTSDKPHIRPGVKQAPRP
630 640 650 660 670 680
1360 1370 1380 1390 1400 1410
pF1KA1 TTATTRRTTTRRPTTTVRTTTRTTTTTTPKPTTP--IPTCPPGTLERHDDDGNLIMSSNG
. : : ... : . :: :.:: : : : .. . . : :.::.
CCDS46 SGAD-RNVSVDSTHPTKKPGTRRPPLP-PRPTHPRRKPLPPNNVTGKPGSAG--IISSGP
690 700 710 720 730 740
1420 1430 1440 1450 1460 1470
pF1KA1 IPECYAEEDEFSGLETDTAVPTEEAYVIYDEDYEFETSRPPTTTEPSTTATTPRVIPEEG
: . . :..: :. : . ..: : :.. .
CCDS46 IT-----TPPLRSTPRPTGTPLERI--------ETDIKQP---TVPASGEELENITD---
750 760 770 780
1480 1490 1500 1510 1520 1530
pF1KA1 AISSFPEEEFDLAGRKRFVAPYVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSD
.:: : .: : :. :: .:.: :..: ..:::.::.. .: . : ..
CCDS46 -FSSSPTRETDPLGKPRFKGPHVRYIQKPDNSPCSITDSVKRFPKEEATE------GNAT
790 800 810 820 830
1540 1550 1560 1570 1580 1590
pF1KA1 LPPQHAPRNITVVAVEGCHSFVIVDWDKATPGDVVTGYLVYSASYEDFIRNKWSTQASSV
:::. : :.:::.:::: ::::.::.: .:.:: : : : .: .. : : ..
CCDS46 SPPQNPPTNLTVVTVEGCPSFVILDWEKPL-NDTVTEYEVISRENGSFSGKNKSIQMTNQ
840 850 860 870 880 890
1600 1610 1620 1630 1640
pF1KA1 THLPIENLKPNTRYYFKVQAQNPHGYGPISPSVSFVTESDNPLLVVRP--PGGEPIWIPF
: .::::::: : :.:. .:: : ::.: .:.: ::: .: : .: : . ::
CCDS46 TFSTVENLKPNTSYEFQVKPKNPLGEGPVSNTVAFSTESADPR-VSEPVSAGRDAIWTER
900 910 920 930 940 950
1650 1660 1670 1680 1690 1700
pF1KA1 AFKHDPSYTDCHGRQYVKRTWYRKFVGVVLCNSLRYKIYLSDNLKDTFYSIGDSWGRGED
:. : ::..:.:.::::::::.::::: :::::::::::::.: ::.:::. :.:::
CCDS46 PFNSD-SYSECKGKQYVKRTWYKKFVGVQLCNSLRYKIYLSDSLTGKFYNIGDQRGHGED
960 970 980 990 1000 1010
1710 1720 1730 1740 1750 1760
pF1KA1 HCQFVDSHLDGRTGPQSYVEALPTIQGYYRQYRQEPVRFGNIGFGTPYYYVGWYECGVSI
::::::: :::::: : . :: .::.: :::::.::.:: : :: :::::..:
CCDS46 HCQFVDSFLDGRTGQQLTSDQLPIKEGYFRAVRQEPVQFGEIGGHTQINYVQWYECGTTI
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1770
pF1KA1 PGKW
::::
CCDS46 PGKW
1773 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 22:10:12 2016 done: Wed Nov 2 22:10:13 2016
Total Scan time: 5.940 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]