FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1883, 1460 aa 1>>>pF1KA1883 1460 - 1460 aa - 1460 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.6900+/-0.00049; mu= -26.0420+/- 0.031 mean_var=955.8283+/-197.305, 0's: 0 Z-trim(126.1): 439 B-trim: 0 in 0/62 Lambda= 0.041484 statistics sampled from 50966 (51470) to 50966 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.823), E-opt: 0.2 (0.603), width: 16 Scan time: 21.430 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001073864 (OMIM: 605276) serine/threonine-prote (1374) 1775 123.1 1.5e-26 XP_006722256 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1326) 1704 118.8 2.8e-25 XP_006722259 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1326) 1704 118.8 2.8e-25 XP_011523811 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1333) 1636 114.7 4.8e-24 XP_011523812 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1318) 1610 113.2 1.4e-23 NP_055731 (OMIM: 610989) serine/threonine-protein (1503) 1579 111.4 5.5e-23 XP_011514283 (OMIM: 610989) PREDICTED: serine/thre (1501) 1573 111.0 7.1e-23 XP_016880910 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1271) 1491 106.0 1.9e-21 NP_004911 (OMIM: 605276) serine/threonine-protein (1271) 1491 106.0 1.9e-21 XP_006722258 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1207) 1297 94.4 5.7e-18 XP_006722257 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1324) 1267 92.7 2.1e-17 XP_016880911 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1152) 1066 80.6 8.1e-14 XP_011523813 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/thre (1152) 1066 80.6 8.1e-14 XP_016874320 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15 (1305) 640 55.1 4.2e-06 NP_149162 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15121 (1418) 640 55.2 4.4e-06 XP_016874319 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15 (1465) 640 55.2 4.5e-06 NP_001835 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15121 (1487) 640 55.2 4.5e-06 XP_016874318 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15 (1534) 640 55.2 4.6e-06 XP_016874317 (OMIM: 108300,120140,132450,150600,15 (1535) 640 55.2 4.6e-06 XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 592 52.5 4.2e-05 XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 592 52.5 4.2e-05 XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 592 52.5 4.2e-05 XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 592 52.5 4.2e-05 XP_011526291 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1369) 574 51.2 6.6e-05 NP_001073285 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1370) 574 51.2 6.6e-05 XP_011526290 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1381) 574 51.2 6.7e-05 NP_000199 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61054 (1382) 574 51.2 6.7e-05 XP_016870241 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 561 50.2 8e-05 XP_016870242 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 561 50.2 8e-05 XP_016870243 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 561 50.2 8e-05 NP_001018074 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growt ( 822) 561 50.2 8e-05 XP_011517020 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 561 50.2 8e-05 XP_005252058 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 561 50.2 8.1e-05 NP_006171 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growth f ( 838) 561 50.2 8.1e-05 XP_016870240 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 561 50.2 8.1e-05 XP_005252061 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 561 50.2 8.1e-05 XP_005252060 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 561 50.2 8.1e-05 NP_000081 (OMIM: 120180,130020,130050) collagen al (1466) 569 50.9 8.6e-05 NP_055030 (OMIM: 147671) insulin receptor-related (1297) 561 50.4 0.00011 XP_011519819 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu ( 922) 549 49.5 0.00014 XP_011519818 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1064) 549 49.6 0.00016 XP_016877628 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1246) 549 49.7 0.00018 NP_001278787 (OMIM: 147370,270450) insulin-like gr (1366) 549 49.7 0.00019 NP_000866 (OMIM: 147370,270450) insulin-like growt (1367) 549 49.7 0.00019 XP_016877627 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1391) 549 49.7 0.00019 XP_016877625 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1392) 549 49.7 0.00019 XP_016877626 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1392) 549 49.7 0.00019 NP_996844 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kinase ( 803) 538 48.8 0.0002 NP_002335 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kinase ( 864) 538 48.8 0.00021 XP_011515191 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1058) 538 48.9 0.00025 >>NP_001073864 (OMIM: 605276) serine/threonine-protein k (1374 aa) initn: 1354 init1: 795 opt: 1775 Z-score: 597.5 bits: 123.1 E(85289): 1.5e-26 Smith-Waterman score: 2273; 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NP_001 LAYTVREQQLKLPKPQLQLTLSDRWYEVMQFCWLQPEQRPTAEEVHLLLSYLCAKGATEA 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KA1 ----ERPPRPPPPPPPPRDGPFPWPWPPAHSAPRPGTLSSPFPLLDGFPG----ADPDDV :: : : :: : : .. . .: ::::. : : :: ::: NP_001 EEEFERRWRSLRPGGGGV-GPGPGAAGPMLGGVVELAAASSFPLLEQFAGDGFHADGDDV 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KA1 LTVTESSRGLNLECLWEKARRGAGRGGGAPAWQPASAPPAPHANPSNPFYEALSTPSVLP :::::.:::::.: :: :::: : :. ::. :. : .. . :.:.: NP_001 LTVTETSRGLNFEYKWE-----AGRG--AEAF-PATLSPGRTARLQELCAPDGAPPGVVP 470 480 490 500 510 530 540 550 560 pF1KA1 VISARSPSVSSEYYIRLEE------H-----GSPPEPLFPNDWDPLDPGVPA------PQ :.::.:::..:::.::::: : : : : : : . : : : NP_001 VLSAHSPSLGSEYFIRLEEAAPAAGHDPDCAGCAPSPPATADQDDDSDGSTAASLAMEPL 520 530 540 550 560 570 570 580 590 600 610 pF1KA1 APQAPS-EVPQLVSETWA------SPLFPAPRPFPAQ---SSASGSFLLSGWDPEGRGA- ..: .:: .. . .:: :. : :. : : :. . : : .: NP_001 LGHGPPVDVPWGRGDHYPRRSLARDPLCPSRSPSPSAGPLSLAEGGAEDADW---GVAAF 580 590 600 610 620 630 620 630 640 650 660 670 pF1KA1 GETLAGDP--AEVLGERGTAPW--VEEEEEEEEGSSPGEDSSSLGGGPSRRGPLPCPLCS .. :: . :: :. : . :.: :: :. . ..:: . . NP_001 CPAFFEDPLGTSPLGSSGAPPLPLTGEDELEEVGARRA----------AQRGHWRSNVSA 640 650 660 670 680 680 690 700 710 720 730 pF1KA1 REGACSCLPLERGDAVAGWGGHPALGCPHPPEDDSSLRAERGSLADLPMAPPASAPPEFL ... : : : : :.. ::: : ::: : . : : : . : NP_001 NNNSGSRCP-ESWDPVSA-GGH-AEGCPSPKQT--------------PRASPEPGYPG-- 690 700 710 720 740 750 760 770 780 790 pF1KA1 DPLMG--AAAPQYPGRGPPPAPPPPPPPPRAPADPAASPDPPSAVASPGSGLSSPGPKPG .::.: ::. : :: : : ::: .. :: . . .:: . : .: NP_001 EPLLGLQAASAQEPGCCPG-LPHLCSAQGLAPAPCLVT---PSWTETASSGGDHPQAEP- 730 740 750 760 770 780 800 810 820 830 840 850 pF1KA1 DSGYETETPFSPEGAFPGGGAAEEEGVPRPRAPPEPPDPGAPRPPPDPGPLPLPGPREKP . :.: .:. .:. . .::.: : :: :: :: .: : : NP_001 KLATEAEGTTGPRLPLPSVPSPSQEGAPLPSEEASAPD--APDALPD-SPTPATGG---- 790 800 810 820 830 860 870 880 890 900 910 pF1KA1 TFVVQVSTEQLLMSLREDVTRNLLGEKGATARETGPRKAGRGPGNREKVPGLN-RDPTVL .::. .: .: . . . .. .... .: : . . ::. : : :. 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NP_001 PAFR---SLQKQVGTPDSLDSLD-----IPSSASDGGY--------EVFSPSATGPSGGQ 890 900 910 920 930 980 990 1000 1010 1020 pF1KA1 EKALENG-ELRSPEAGEKVLVNG--GLTPPKSEDKVSENGGLRFPRNTERPPETG-PWRA .::..: . .. :. : :: .. : : . .::. : : ::: NP_001 PRALDSGYDTENYESPEFVLKEAQEGCEPQAFAELASEGEG---P-----GPETRLSTSL 940 950 960 970 980 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KA1 PGPWEKTPESWGPAPTIGEPAPETSLERAPAPSAVVSSRNGGETAPGPLGPAPKNGTLEP : ::.: . : ..:: .. .. ::. :::: :..: .: NP_001 SGLNEKNPYR--------DSAYFSDLEAEAEATSGPEKKCGGDRAPGPELGLPSTG--QP 990 1000 1010 1020 1030 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KA1 GTERRAPETGGAPRAPGAGRLDLGSGGRAPVGTGTAPGGGPGSGVDAKAGWVDNTRPQPP . . . ::. .: : :.::: : .... :.: NP_001 SEQ--------VCLRPGV--------------SGEAQGSGPGE-VLPPLLQLEGSSPEPS 1040 1050 1060 1070 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KA1 PPP---LPPPPEAQPRRLEPAPPRARPEVAPEGEPGAPDSRAGGDTALSGDGDPPKPERK : .: ::: : .: ..:: .: :. . . : ..:. . : . NP_001 TCPSGLVPEPPEPQ------GPAKVRP--GPS--PSCSQFFLLTPVPLRSEGN--SSEFQ 1080 1090 1100 1110 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KA1 GPEMPRLFLDLGP-PQGNSEQIKARLSRLSLALPPLTLTPFPGPGPRRPPWEGADAGAAG :: : :. :: :: .:.. ::: : : . : : NP_001 GP--PGLL--SGPAPQ----------KRMG------------GPGTPRAPLRLALPGLP- 1120 1130 1140 1150 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KA1 GEAGGAGAPGPAEEDGEDEDEDEEEDEEAAAPGAAAGPRGPGRARAAPVPVVVSSADADA :. : : :::.:: ::..:: . .. : .. .: ::::: :.... NP_001 --AALEGRPEEEEEDSEDSDESDEELRCYSVQE----PSEDSEEEAPAVPVVV--AESQS 1160 1170 1180 1190 1200 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KA1 ARPLRGLLKSPRGADEPEDSELERKRKMVSFHGDVTVYLFDQETPTNELSVQAPPEGDTD :: ::.::: : .: .::::.: ::: ::::::::::.:: ::. : .. NP_001 ARNLRSLLKMPSLLSETFCEDLERKKKAVSFFDDVTVYLFDQESPTRELGEPFPGAKESP 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1390 1400 1410 1420 pF1KA1 PST---PPAPPTPPHPATPGDGFPSNDSGF-GGSFEWAEDFPL----------LPP--PG :. :. :. :. .:: :..... ::.: : .:::: : : :. 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XP_011 G-LPHLCSAQGLAPAPCLVT---PSWTETASSGGDHPQAEP-KLATEAEGTTGPRLPLPS 710 720 730 740 750 810 820 830 840 850 860 pF1KA1 GGAAEEEGVPRPRAPPEPPDPGAPRPPPDPGPLPLPGPREKPTFVVQVSTEQLLMSLRED . .::.: : :: :: :: .: : : .::. .: .: . XP_011 VPSPSQEGAPLPSEEASAPD--APDALPD-SPTPATGG--------EVSAIKLASALNGS 760 770 780 790 800 870 880 890 900 910 920 pF1KA1 VTRNLLGEKGATARETGPRKAGRGPGNREKVPGLN-RDPTVLGNGKQAPSLSLPVNGVTV . . .. .... .: : . . ::. : : :. . ::. :. XP_011 SSSPEV--EAPSSEDEDTAEATSGIFTDTSSDGLQARRPDVVPAFR---SLQKQVGTPDS 810 820 830 840 850 860 930 940 950 960 970 980 pF1KA1 LENGDQRAPGIEEKAAENGALGSPEREEKVLENGELTPPRREEKALENG-ELRSPEAGEK :.. : : .:...: .:. . : . .::..: . .. :. : XP_011 LDSLD-----IPSSASDGGY--------EVFSPSATGPSGGQPRALDSGYDTENYESPEF 870 880 890 900 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KA1 VLVNG--GLTPPKSEDKVSENGGLRFPRNTERPPETG-PWRAPGPWEKTPESWGPAPTIG :: .. : : . .::. : : ::: : ::.: XP_011 VLKEAQEGCEPQAFAELASEGEG---P-----GPETRLSTSLSGLNEKNPYR-------- 910 920 930 940 950 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KA1 EPAPETSLERAPAPSAVVSSRNGGETAPGPLGPAPKNGTLEPGTERRAPETGGAPRAPGA . : ..:: .. .. ::. :::: :..: .:. . . ::. XP_011 DSAYFSDLEAEAEATSGPEKKCGGDRAPGPELGLPSTG--QPSEQ--------VCLRPGV 960 970 980 990 1000 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KA1 GRLDLGSGGRAPVGTGTAPGGGPGSGVDAKAGWVDNTRPQPPPPP---LPPPPEAQPRRL .: : :.::: : .... :.: : .: ::: : XP_011 --------------SGEAQGSGPGE-VLPPLLQLEGSSPEPSTCPSGLVPEPPEPQ---- 1010 1020 1030 1040 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KA1 EPAPPRARPEVAPEGEPGAPDSRAGGDTALSGDGDPPKPERKGPEMPRLFLDLGP-PQGN .: ..:: .: :. . . : ..:. . : .:: : :. :: :: XP_011 --GPAKVRP--GPS--PSCSQFFLLTPVPLRSEGN--SSEFQGP--PGLLS--GPAPQ-- 1050 1060 1070 1080 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KA1 SEQIKARLSRLSLALPPLTLTPFPGPGPRRPPWEGADAGAAGGEAGGAGAPGPAEEDGED .:.. ::: : : . : : :. : : :::.:: XP_011 --------KRMG------------GPGTPRAPLRLA---LPGLPAALEGRPEEEEEDSED 1090 1100 1110 1120 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KA1 EDEDEEEDEEAAAPGAAAGPRGPGRARAAPVPVVVSSADADAARPLRGLLKSPRGADEPE ::..:: . .. : .. .: ::::: :....:: ::.::: : .: XP_011 SDESDEELRCYSV----QEPSEDSEEEAPAVPVVV--AESQSARNLRSLLKMPSLLSETF 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KA1 DSELERKRKMVSFHGDVTVYLFDQETPTNELSVQAPPEGDTDPS----TPPAPPTPPHPA .::::.: ::: ::::::::::.:: ::. : .. :. .: .: .: .: XP_011 CEDLERKKKAVSFFDDVTVYLFDQESPTRELGEPFPGAKESPPTFLRGSPGSPSAPNRPQ 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1400 1410 1420 1430 pF1KA1 TPGDGFPSNDSGF-GGSFEWAEDFPL----------LPP--PGP------PLCFSRFSVS .:: :..... ::.: : .:::: : : :.: : ::::.:: XP_011 Q-ADGSPNGSTAEEGGGFAWDDDFPLMTAKAAFAMALDPAAPAPAAPTPTPAPFSRFTVS 1250 1260 1270 1280 1290 1440 1450 1460 pF1KA1 PALETPGPPARAPDARPAGPVEN :: XP_011 PAPTSRFSITHVSDSDAESKRGPEAGAGGESKEA 1300 1310 1320 1330 >>XP_011523812 (OMIM: 605276) PREDICTED: serine/threonin (1318 aa) initn: 1158 init1: 795 opt: 1610 Z-score: 544.3 bits: 113.2 E(85289): 1.4e-23 Smith-Waterman score: 2108; 35.6% identity (55.0% similar) in 1450 aa overlap (71-1439:8-1286) 50 60 70 80 90 100 pF1KA1 VVLISCSGLLAFIFLLLTCLCCKRGDVGFKEFENPEGEDCSGEYTPPAEETSSSQSLPDV :::: ::.. ... . . :.. :. ::: XP_011 MLLVPAGEFENAEGDEYAADLAQGSPATAA-QNGPDV 10 20 30 110 120 130 140 150 pF1KA1 YILPLAEVSLPMPAPQPSHS-DMTTPLGLSRQHLSYLQEIGSGWFGKVILGEIFSDYTPA :.:::.:::::: : ::..: .. ..:. : ::.::: ::::::.:::. : . : XP_011 YVLPLTEVSLPM-AKQPGRSVQLLKSTDVGRHSLLYLKEIGRGWFGKVFLGEVNSGISSA 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 pF1KA1 QVVVKELRASAGPLEQRKFISEAQPYRSLQHPNVLQCLGLCVETLPFLLIMEFCQLGDLK :::::::.:::. :: .:. :.::::.:.: :.::::. :.:. :.::.:::: ::::: XP_011 QVVVKELQASASVQEQMQFLEEVQPYRALKHSNLLQCLAQCAEVTPYLLVMEFCPLGDLK 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 pF1KA1 RYLRAQRPPEGLSPELPPRDLRTLQRMGLEIARGLAHLHSHNYVHSDLALRNCLLTSDLT :::. : :...: : ::::::. :.: :. ::: .:.:::::::::::::.::: XP_011 GYLRSCRVAESMAP-----DPRTLQRMACEVACGVLHLHRNNFVHSDLALRNCLLTADLT 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 pF1KA1 VRIGDYGLAHSNYKEDYYLTPERLWIPLRWAAPELLGELHGTFMVVDQSRESNIWSLGVT :.:::::::: .:.:::..: ..::.:::: ::::. :.:....::::.. .:.:::::: XP_011 VKIGDYGLAHCKYREDYFVTADQLWVPLRWIAPELVDEVHSNLLVVDQTKSGNVWSLGVT 220 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 390 pF1KA1 LWELFEFGAQPYRHLSDEEVLAFVVRQQHVKLARPRLKLPYADYWYDILQSCWRPPAQRP .:::::.:.::: . ::..:::..::.:..:: .:.:.: .: ::...: :: : ::: XP_011 IWELFELGTQPYPQHSDQQVLAYTVREQQLKLPKPQLQLTLSDRWYEVMQFCWLQPEQRP 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 pF1KA1 SASDLQLQLTYLLS----------ERPPRPPPPPPPPRDGPFPWPWPPAHSAPRPGTLSS .: ...: :.:: . :: : : :: : : .. . .: XP_011 TAEEVHLLLSYLCAKGATEAEEEFERRWRSLRPGGGGV-GPGPGAAGPMLGGVVELAAAS 340 350 360 370 380 450 460 470 480 490 500 pF1KA1 PFPLLDGFPG----ADPDDVLTVTESSRGLNLECLWEKARRGAGRGGGAPAWQPASAPPA ::::. : : :: ::::::::.:::::.: :: ::: :: :. ::. :. 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NP_055 ERTGPELSQLTALRSVELEESSTDEDFFQSSTDPKDSSLPGDLHVTS-GPESPFNNIFND 580 590 600 610 620 630 630 640 650 660 670 680 pF1KA1 GDPAEVLGERGTAPWVEEEEEEEEGSSPGEDSSSLGGGPSRRGPLPCPLCSREGACSCLP : .: : . . : . . .:. :::: . . . . : NP_055 VDKSEDLPSHQKIFDLMELNGVQADFKPATLSSSLDNPKESVITGHFEKEKPRKIFDSEP 640 650 660 670 680 690 690 700 710 720 730 pF1KA1 LERGDAVAGWGGHPALGCPHPPEDDSSLRAE---RGSLADLPMAPPASAPPEFLDPLMGA : .: . . :. . :. :. . .:::.. : .. :. NP_055 LCLSDNLMHQDNFDPLNVQELSENFLFLQEKNLLKGSLSS----------KEHINDLQ-- 700 710 720 730 740 740 750 760 770 780 790 pF1KA1 AAPQYPGRGPPPAPPPPPPPPRAPADPAASPDPPSAVASPGSGLSSPGPKPGDSGYETET . . : : .. : : : ::: . . .: .:.. 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