Result of FASTA (omim) for
pF1KA1909
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1909, 1271 aa
1>>>pF1KA1909 1271 - 1271 aa - 1271 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6332+/-0.000424; mu= 9.0150+/- 0.027
mean_var=221.7467+/-46.734, 0's: 0 Z-trim(119.6): 122 B-trim: 1188 in 1/54
Lambda= 0.086128
statistics sampled from 33700 (33827) to 33700 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.733), E-opt: 0.2 (0.397), width: 16
Scan time: 19.860
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001123203 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform (1110) 1380 185.4 1.8e-45
NP_001123199 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform (1191) 1380 185.5 1.9e-45
XP_011521288 (OMIM: 609526) PREDICTED: puratrophin (1191) 1380 185.5 1.9e-45
XP_011521287 (OMIM: 609526) PREDICTED: puratrophin (1191) 1380 185.5 1.9e-45
NP_001123201 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform (1191) 1380 185.5 1.9e-45
NP_001123200 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform (1191) 1380 185.5 1.9e-45
XP_011521289 (OMIM: 609526) PREDICTED: puratrophin (1191) 1380 185.5 1.9e-45
XP_011521290 (OMIM: 609526) PREDICTED: puratrophin (1191) 1380 185.5 1.9e-45
XP_016876925 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine ( 809) 908 126.7 6.5e-28
XP_016876924 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine ( 809) 908 126.7 6.5e-28
XP_016876926 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine ( 757) 907 126.5 6.8e-28
NP_001265459 (OMIM: 610018) rho guanine nucleotide ( 757) 907 126.5 6.8e-28
XP_016876923 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine (1331) 908 126.8 9.4e-28
NP_001265458 (OMIM: 610018) rho guanine nucleotide ( 805) 903 126.0 1e-27
XP_011535239 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine (1523) 908 126.9 1e-27
XP_005267901 (OMIM: 610018) PREDICTED: rho guanine (1471) 907 126.8 1.1e-27
NP_060541 (OMIM: 610018) rho guanine nucleotide ex (1519) 903 126.3 1.6e-27
XP_016865292 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2612) 715 103.1 2.6e-20
XP_016865291 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2880) 715 103.1 2.8e-20
XP_011512412 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3038) 715 103.2 2.9e-20
XP_011512411 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3048) 715 103.2 2.9e-20
XP_011512410 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3058) 715 103.2 2.9e-20
XP_011512409 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3076) 715 103.2 2.9e-20
XP_016865290 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3093) 715 103.2 2.9e-20
NP_009049 (OMIM: 601893,617061) triple functional (3097) 715 103.2 2.9e-20
NP_001309921 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (1613) 675 98.0 5.7e-19
NP_001309920 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (1641) 675 98.0 5.7e-19
XP_016862924 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (1643) 675 98.0 5.7e-19
NP_001309919 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (1650) 675 98.0 5.8e-19
XP_016862923 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (1652) 675 98.0 5.8e-19
NP_001309918 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (1654) 675 98.0 5.8e-19
XP_016862922 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (1656) 675 98.0 5.8e-19
NP_003938 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform 2 (1663) 675 98.0 5.8e-19
XP_006713878 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (1665) 675 98.0 5.8e-19
NP_891992 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide ex ( 580) 664 96.2 6.8e-19
NP_001104740 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide ( 619) 664 96.2 7.2e-19
XP_016862921 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2366) 675 98.1 7.5e-19
XP_011511587 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2367) 675 98.1 7.5e-19
NP_001309917 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (2396) 675 98.1 7.6e-19
XP_016862920 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2398) 675 98.1 7.6e-19
XP_011511585 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2401) 675 98.1 7.6e-19
XP_016862919 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2955) 675 98.2 8.9e-19
XP_006713877 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2956) 675 98.2 8.9e-19
XP_006713876 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2966) 675 98.2 8.9e-19
XP_016862918 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2968) 675 98.2 8.9e-19
XP_006713875 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2975) 675 98.2 8.9e-19
XP_011511583 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2977) 675 98.2 8.9e-19
XP_006713874 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2979) 675 98.2 8.9e-19
NP_001019831 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (2986) 675 98.2 8.9e-19
XP_011511581 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2987) 675 98.2 8.9e-19
>>NP_001123203 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform 2 [H (1110 aa)
initn: 1949 init1: 668 opt: 1380 Z-score: 937.2 bits: 185.4 E(85289): 1.8e-45
Smith-Waterman score: 1920; 36.6% identity (60.7% similar) in 1142 aa overlap (152-1256:41-1070)
130 140 150 160 170
pF1KA1 PNCVPVEGPGCTKEEDVLASSACVSTDGGSLHCHNPSGPSDVPARQPHPEQ-EGWP----
.: ..: :: :: . :. .: :
NP_001 SPDSQGHATDWRFAVCSFRDAWEEEEPASQMHVKDP-GPPRPPAGATQDEELQGSPLSRK
20 30 40 50 60
180 190 200 210
pF1KA1 ---PGTGDFPSQVPKQVLDVSQELLQ----SGVVTL--P---------GTRDRHGRAVVQ
: ..: ... . ... :. : . ::: .: : :::: .::::.
NP_001 FQLPPAADESGDAQRGTVESSSVLSEGPGPSGVESLLCPMSSHLSLAQGTRDVQGRAVLL
70 80 90 100 110 120
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 VRTRSLLWTREHSSCAELTRLLLYFHSIPRKEVRDLGLVVLVDARRSPAAPAVSQALSGL
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NP_001 LCAHSPAWLQSECSSQELIRLLLYLRSIPRPEVQALGLTVLVDARICAPSSSLFSGLSQL
130 140 150 160 170 180
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 QNNTSPIIHSILLLVDKESAFRPDKDAIIQCEVVSSLKAVHKFVDSCQLTADLDGSFPYS
:. . ....::. :.. . . .: : . : ... . . : ..: :..::
NP_001 QEAAPGAVYQVLLV---GSTLLKEVPSGLQLEQLPS-QSLLTHIPTAGLPTSLGGGLPYC
190 200 210 220 230 240
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 HGDWICFRQRLEHFAANCEEAIIFLQNSFCSLNTHRTPRTAQEVAELIDQHETMMKLVLE
: :. ::.::: . ::. : .::... :... : ::..:..: :..:. ::.
NP_001 HQAWLDFRRRLEALLQNCQAACALLQGAIESVKAVPQPMEPGEVGQLLQQTEVLMQQVLD
250 260 270 280 290 300
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 DPLLVSLRLEGGTVLARLRRE--ELG-TEDSRDTLEAATSLYDRVDEEVHRLVLTSNNRL
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NP_001 SPWLAWLQCQGGRELTWLKQEVPEVTLSPDYRTAMDKADELYDRVDGLLHQLTLQSNQRI
310 320 330 340 350 360
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 QQLEHLRELASLLEGNDQQSC---QKGLQLAKENPQRTEEMVQDFRRGLSAV--VSQAEC
: :: .. : . : : : : .: . . .:. . . ... . :.: .
NP_001 QALELVQTLEARESGLHQIEVWLQQVGWPALEEAGEPSLDMLLQAQGSFQELYQVAQEQV
370 380 390 400 410 420
520 530 540 550 560
pF1KA1 REGELARWTRSSELCETVSSW-MGPLDPEACPSSPVAECLRSCHQEATSVAAEAFPGAGV
:.:: .. . ...: . ::: :.. ::. : . . :. .
NP_001 RQGE--------KFLQPLTGWEAAELDP---PGARFLA-LRAQLTEFSRALAQRCQRLAD
430 440 450 460 470
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 A--VLKPHALGKPWASQ-QDLWLQYPQTR--LRLEEALSEAAPDPSLPPLAQSPPKHERA
: ... . :: . : . . : : . :.. . . :.::: : :
NP_001 AERLFQLFREALTWAEEGQRVLAELEQERPGVVLQQLQLHWTRHPDLPP------AHFRK
480 490 500 510 520
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 QEAMRRHQKPPSFPSTDSGGGAWEPAQPLSGLPGRALLCGQDGEPLGPGLCALWDPLSLL
. :. .: :. : .: : :: :: . :
NP_001 MWALA------------TGLGSEAIRQECRWAWAR---C-QDT------WLALDQKLEAS
530 540 550 560
690 700 710 720 730 740
pF1KA1 RGLPGAGATTAHLEDSSACSSEPTQTLASRPRKHPQKKMIKKTQSFEIPQPDSGPRDSCQ
:: .:.: .: : :. . . : :: ..:. ::. .: . .:.
NP_001 LKLPPVGST------ASLCVSQ----VPAAP-AHPP---LRKAYSFDRNLGQSLSEPACH
570 580 590 600 610
750 760 770 780 790 800
pF1KA1 PDHTSVFSKGLEVTSTVATEKKLPLWQHARSPPVTQSRSLSSPSGLHPAEEDGRQQVGSS
:.. :.:. .. : .: . . : .::. :. : :. .
NP_001 CHHAA----------TIAACRR-P---EAGGGALPQ----ASPTVPPPGSSDPRSL---N
620 630 640 650
810 820 830 840 850 860
pF1KA1 RLRHIMAEMIATEREYIRCLGYVIDNYFPEMERMDLPQGLRGKHHVIFGNLEKLHDFHQQ
::. ..:::.::::::.: : :...:::::..: :.::::::.. .:::::::.::: .
NP_001 RLQLVLAEMVATEREYVRALEYTMENYFPELDRPDVPQGLRGQRAHLFGNLEKLRDFHCH
660 670 680 690 700 710
870 880 890 900 910 920
pF1KA1 HFLRELERCQHCPLAVGRSFLRHEEQFGMYVIYSKNKPQSDALLSSHGNAFFKDKQRELG
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NP_001 FFLRELEACTRHPPRVAYAFLRHRVQFGMYALYSKNKPRSDALMSSYGHTFFKDKQQALG
720 730 740 750 760 770
930 940 950 960 970 980
pF1KA1 DKMDLASYLLRPVQRVAKYALLLQDLLKEASCGLAQGQELGELRAAEVVVCFQLRHGNDL
:..:::::::.:.::..:::::::.: . .:: . :::. :: :. .: :::::::::
NP_001 DHLDLASYLLKPIQRMGKYALLLQELAR--ACG-GPTQELSALREAQSLVHFQLRHGNDL
780 790 800 810 820
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA1 LAMDAIRGCDVNLKEQGQLRCRDEFIVCCGRKKYLRHVFLFEDLILFSKTQKVEGSHDVY
::::::.:::::::::::: .:::.: ::.: .:..::::.:.:::: .. . :..
NP_001 LAMDAIQGCDVNLKEQGQLVRQDEFVVRTGRHKSVRRIFLFEELLLFSKPRHGPTGVDTF
830 840 850 860 870 880
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KA1 LYKQSFKTAEIGMTENVGDSGLRFEIWFRRRQKSQDTYILQASSAEVKSAWTDVIGRILW
::.::: :..:.:: :.:.:::::::::: :..::..::::: .:.::: :...::
NP_001 AYKRSFKMADLGLTECCGNSNLRFEIWFRRR-KARDTFVLQASSLAIKQAWTADISHLLW
890 900 910 920 930 940
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA1 RQALKSRELRIQEMASMGIGNQPFMDVKPRDRTPDCAVISDGAPKCAVMSDRVPDSIVKG
:::....:.:. ::.:::.::. : :. ::. ...::. . ..:
NP_001 RQAVHNKEVRMAEMVSMGVGNKAFRDI---------------APSEEAINDRTVNYVLKC
950 960 970 980 990
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KA1 TESQMRGSTAVSSSDHAAPFKRPHSTISDSSTSSSSSQSSSILGSLGLLVSSSPAHPGLW
: . :.: :: ::: . .. :.. .. : :.::::.: . .:: ::
NP_001 REVRSRASIAV------APFDHDSLYLGASNSLPGDPASCSVLGSLNLHLYRDPALLGLR
1000 1010 1020 1030 1040
1230 1240 1250 1260 1270
pF1KA1 SPAHSPWSSDIRACVEEDEPEPELETGTQAAVCEGAPAVLLSRTRQA
: . . :: : : : : : ..
NP_001 CPLYPSFP-------EEAALEAEAELGGQPSLTAEDSEISSQCPSASGSSGSDSSCVSGQ
1050 1060 1070 1080 1090
NP_001 ALGRGLEDLPCV
1100 1110
>>NP_001123199 (OMIM: 609526) puratrophin-1 isoform 1 [H (1191 aa)
initn: 2005 init1: 668 opt: 1380 Z-score: 936.8 bits: 185.5 E(85289): 1.9e-45
Smith-Waterman score: 2011; 36.0% identity (59.5% similar) in 1236 aa overlap (40-1256:47-1151)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 LGSSEEALGDLACSSLTGASRDLGTGAVASGTQEETSGPRGDP--QQTPSLEKERHTPSR
: . .: : : .: .: . :.
NP_001 HATDWRFAVCSFRDAWEEEEPASQMHVKDPGPPRPPAGATQDEELQGSPLSRKFQLPPAA
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 TGPGAAGRTLPRRSRSWERAPRSSRGAQAAACHTSHHSAGSRPGGHLGGQAVGTPNCVPV
: : : . : ..: : :... : : : . .. :.. ::. :
NP_001 DESGDAQRGTVESSSVLSEGPGPS-GVESLLCPMSSHLSLAQ------GES-DTPGVGLV
80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 EGPGCTKEEDVLASSACVSTDGGSLHCHNPSGPSDVPARQPHPEQEGWPPGTGDFPSQVP
:: .. : . ...: : : .: : . :. : :.: .:. :
NP_001 GDPGPSRAMPSGLSPGALDSD--------PVGLGD-PLSEISKLLEAAPSGSG-LPK--P
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 KQVL---DVSQELLQSGVVTLPGTRDRHGRAVVQVRTRSLLWTREHSSCAELTRLLLYFH
. : :. ::: ::..::::::: .::::. . ..: : . . : :: :::::..
NP_001 ADCLLAQDLCWELLASGMATLPGTRDVQGRAVLLLCAHSPAWLQSECSSQELIRLLLYLR
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 SIPRKEVRDLGLVVLVDARRSPAAPAVSQALSGLQNNTSPIIHSILLLVDKESAFRPDKD
:::: ::. :::.:::::: . .. ..:: ::. . ....::. :.. .
NP_001 SIPRPEVQALGLTVLVDARICAPSSSLFSGLSQLQEAAPGAVYQVLLV---GSTLLKEVP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 AIIQCEVVSSLKAVHKFVDSCQLTADLDGSFPYSHGDWICFRQRLEHFAANCEEAIIFLQ
. .: : . : ... . . : ..: :..:: : :. ::.::: . ::. : .::
NP_001 SGLQLEQLPS-QSLLTHIPTAGLPTSLGGGLPYCHQAWLDFRRRLEALLQNCQAACALLQ
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 NSFCSLNTHRTPRTAQEVAELIDQHETMMKLVLEDPLLVSLRLEGGTVLARLRRE--ELG
... :... : ::..:..: :..:. ::..: :. :. .:: :. :..: :.
NP_001 GAIESVKAVPQPMEPGEVGQLLQQTEVLMQQVLDSPWLAWLQCQGGRELTWLKQEVPEVT
360 370 380 390 400 410
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pF1KA1 -TEDSRDTLEAATSLYDRVDEEVHRLVLTSNNRLQQLEHLRELASLLEGNDQQSC---QK
. : : ... : :::::: .:.:.: ::.:.: :: .. : . : : :
NP_001 LSPDYRTAMDKADELYDRVDGLLHQLTLQSNQRIQALELVQTLEARESGLHQIEVWLQQV
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 GLQLAKENPQRTEEMVQDFRRGLSAV--VSQAECREGELARWTRSSELCETVSSW-MGPL
: .: . . .:. . . ... . :.: . :.:: .. . ...: . :
NP_001 GWPALEEAGEPSLDMLLQAQGSFQELYQVAQEQVRQGE--------KFLQPLTGWEAAEL
480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 DPEACPSSPVAECLRSCHQEATSVAAEAFPGAGVA--VLKPHALGKPWASQ-QDLWLQYP
:: :.. ::. : . . :. . : ... . :: . : . .
NP_001 DP---PGARFLA-LRAQLTEFSRALAQRCQRLADAERLFQLFREALTWAEEGQRVLAELE
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 QTR--LRLEEALSEAAPDPSLPPLAQSPPKHERAQEAMRRHQKPPSFPSTDSGGGAWEPA
: : . :.. . . :.:: : : : . :. .: :.
NP_001 QERPGVVLQQLQLHWTRHPDLP------PAHFRKMWALA------------TGLGSEAIR
590 600 610 620
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pF1KA1 QPLSGLPGRALLCGQDGEPLGPGLCALWDPLSLLRGLPGAGATTAHLEDSSACSSEPTQT
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:: :.. ::. : . . :. . : ... . :: . : . .
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: : . :.. . . :.:: : : : . :. .: :.
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: .: : :: :: . : :: .:.: .: : :.
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. . : :: ..:. ::. .: . .:. :.. :.:. .. :
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::::..::::::.::::.::.:..::::::. :::..:::::::.:.::..:::::::.:
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. .:: . :::. :: :. .: :::::::::::::::.:::::::::::: .:::.
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: ::.: .:..::::.:.:::: .. . :.. ::.::: :..:.:: :.:.:::::
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: : ..
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. . . . ... :. :. . : : :: ::: :: . . . ..
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.::.:: : ..: : :: .. : .: ::::..:.:::...::::::: ::
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XP_016 FTVICGRKKCLRHVFLFEHLLLFSKLKGPEGGSEMFVYKQAFKTADMGLTENIGDSGLCF
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pF1KA1 LQNSFCSLNTHRTPRTAQEVAELIDQHETMMKLVLEDPLLVSLRLEGGTVLARLRREELG
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