Result of FASTA (omim) for
pF1KA1910
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1910, 696 aa
1>>>pF1KA1910 696 - 696 aa - 696 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5760+/-0.000479; mu= 9.8043+/- 0.030
mean_var=163.1101+/-34.037, 0's: 0 Z-trim(115.2): 365 B-trim: 1143 in 2/50
Lambda= 0.100423
statistics sampled from 25108 (25574) to 25108 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.3), width: 16
Scan time: 7.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_443142 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NT ( 696) 4676 690.3 6.5e-198
NP_001268432 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and ( 696) 4676 690.3 6.5e-198
XP_011529567 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1854 281.5 8.9e-75
NP_775101 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like protei ( 837) 1854 281.5 8.9e-75
XP_005262422 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NT ( 837) 1854 281.5 8.9e-75
NP_001171679 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1854 281.5 8.9e-75
NP_001171678 (OMIM: 300562) SLIT and NTRK-like pro ( 837) 1854 281.5 8.9e-75
NP_001137476 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137482 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137480 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
XP_005262400 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137478 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137477 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
XP_005262401 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137481 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
XP_005262402 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_115928 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like protei ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
NP_001137475 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
XP_005262399 (OMIM: 300561) PREDICTED: SLIT and NT ( 845) 1843 279.9 2.7e-74
XP_005254095 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 961 152.2 8.7e-36
XP_005254096 (OMIM: 609680) PREDICTED: SLIT and NT ( 958) 961 152.2 8.7e-36
NP_056382 (OMIM: 609680) SLIT and NTRK-like protei ( 958) 961 152.2 8.7e-36
NP_115605 (OMIM: 221200,609681) SLIT and NTRK-like ( 841) 931 147.8 1.6e-34
NP_055741 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like protei ( 977) 873 139.4 6.1e-32
NP_001305739 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 873 139.4 6.1e-32
NP_001305740 (OMIM: 609679) SLIT and NTRK-like pro ( 977) 873 139.4 6.1e-32
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 389 69.5 1.1e-10
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 389 69.5 1.1e-10
XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 379 68.0 3e-10
NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 379 68.0 3e-10
XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 379 68.0 3e-10
NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 365 66.0 1.2e-09
NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 365 66.0 1.2e-09
NP_003052 (OMIM: 603742) slit homolog 1 protein pr (1534) 361 65.4 1.8e-09
XP_016865268 (OMIM: 603745) PREDICTED: slit homolo (1460) 356 64.7 2.9e-09
XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 338 62.1 1.8e-08
XP_016864334 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1495) 324 60.1 7.4e-08
NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473) 312 57.9 1e-07
XP_011515761 (OMIM: 615904) PREDICTED: peroxidasin ( 757) 312 58.1 1.5e-07
NP_001073982 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 305 57.0 2.3e-07
XP_005269337 (OMIM: 603104) PREDICTED: carboxypept ( 545) 305 57.0 2.3e-07
NP_001278917 (OMIM: 603104) carboxypeptidase N sub ( 545) 305 57.0 2.3e-07
NP_653252 (OMIM: 615904) peroxidasin-like protein (1463) 312 58.3 2.4e-07
NP_037413 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 294 55.4 8e-07
XP_011527507 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 294 55.4 8e-07
XP_005260739 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 294 55.4 8e-07
XP_011527506 (OMIM: 604808,615271) PREDICTED: leuc ( 649) 294 55.4 8e-07
NP_938205 (OMIM: 604808,615271) leucine-rich repea ( 649) 294 55.4 8e-07
XP_005273918 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 288 54.6 1.5e-06
XP_011543185 (OMIM: 604806) PREDICTED: leucine-ric ( 674) 288 54.6 1.5e-06
>>NP_443142 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NTRK-l (696 aa)
initn: 4676 init1: 4676 opt: 4676 Z-score: 3674.2 bits: 690.3 E(85289): 6.5e-198
Smith-Waterman score: 4676; 100.0% identity (100.0% similar) in 696 aa overlap (1-696:1-696)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MLLWILLLETSLCFAAGNVTGDVCKEKICSCNEIEGDLHVDCEKKGFTSLQRFTAPTSQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 MLLWILLLETSLCFAAGNVTGDVCKEKICSCNEIEGDLHVDCEKKGFTSLQRFTAPTSQF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 YHLFLHGNSLTRLFPNEFANFYNAVSLHMENNGLHEIVPGAFLGLQLVKRLHINNNKIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 YHLFLHGNSLTRLFPNEFANFYNAVSLHMENNGLHEIVPGAFLGLQLVKRLHINNNKIKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 FRKQTFLGLDDLEYLQADFNLLRDIDPGAFQDLNKLEVLILNDNLISTLPANVFQYVPIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 FRKQTFLGLDDLEYLQADFNLLRDIDPGAFQDLNKLEVLILNDNLISTLPANVFQYVPIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HLDLRGNRLKTLPYEEVLEQIPGIAEILLEDNPWDCTCDLLSLKEWLENIPKNALIGRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 HLDLRGNRLKTLPYEEVLEQIPGIAEILLEDNPWDCTCDLLSLKEWLENIPKNALIGRVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 CEAPTRLQGKDLNETTEQDLCPLKNRVDSSLPAPPAQEETFAPGPLPTPFKTNGQEDHAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 CEAPTRLQGKDLNETTEQDLCPLKNRVDSSLPAPPAQEETFAPGPLPTPFKTNGQEDHAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PGSAPNGGTKIPGNWQIKIRPTAAIATGSSRNKPLANSLPCPGGCSCDHIPGSGLKMNCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 PGSAPNGGTKIPGNWQIKIRPTAAIATGSSRNKPLANSLPCPGGCSCDHIPGSGLKMNCN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 NRNVSSLADLKPKLSNVQELFLRDNKIHSIRKSHFVDYKNLILLDLGNNNIATVENNTFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 NRNVSSLADLKPKLSNVQELFLRDNKIHSIRKSHFVDYKNLILLDLGNNNIATVENNTFK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 NLLDLRWLYMDSNYLDTLSREKFAGLQNLEYLNVEYNAIQLILPGTFNAMPKLRILILNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 NLLDLRWLYMDSNYLDTLSREKFAGLQNLEYLNVEYNAIQLILPGTFNAMPKLRILILNN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 NLLRSLPVDVFAGVSLSKLSLHNNYFMYLPVAGVLDQLTSIIQIDLHGNPWECSCTIVPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 NLLRSLPVDVFAGVSLSKLSLHNNYFMYLPVAGVLDQLTSIIQIDLHGNPWECSCTIVPF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 KQWAERLGSEVLMSDLKCETPVNFFRKDFMLLSNDEICPQLYARISPTLTSHSKNSTGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 KQWAERLGSEVLMSDLKCETPVNFFRKDFMLLSNDEICPQLYARISPTLTSHSKNSTGLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 ETGTHSNSYLDTSRVSISVLVPGLLLVFVTSAFTVVGMLVFILRNRKRSKRRDANSSASE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 ETGTHSNSYLDTSRVSISVLVPGLLLVFVTSAFTVVGMLVFILRNRKRSKRRDANSSASE
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KA1 INSLQTVCDSSYWHNGPYNADGAHRVYDCGSHSLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_443 INSLQTVCDSSYWHNGPYNADGAHRVYDCGSHSLSD
670 680 690
>>NP_001268432 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NTR (696 aa)
initn: 4676 init1: 4676 opt: 4676 Z-score: 3674.2 bits: 690.3 E(85289): 6.5e-198
Smith-Waterman score: 4676; 100.0% identity (100.0% similar) in 696 aa overlap (1-696:1-696)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MLLWILLLETSLCFAAGNVTGDVCKEKICSCNEIEGDLHVDCEKKGFTSLQRFTAPTSQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MLLWILLLETSLCFAAGNVTGDVCKEKICSCNEIEGDLHVDCEKKGFTSLQRFTAPTSQF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 YHLFLHGNSLTRLFPNEFANFYNAVSLHMENNGLHEIVPGAFLGLQLVKRLHINNNKIKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YHLFLHGNSLTRLFPNEFANFYNAVSLHMENNGLHEIVPGAFLGLQLVKRLHINNNKIKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 FRKQTFLGLDDLEYLQADFNLLRDIDPGAFQDLNKLEVLILNDNLISTLPANVFQYVPIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRKQTFLGLDDLEYLQADFNLLRDIDPGAFQDLNKLEVLILNDNLISTLPANVFQYVPIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 HLDLRGNRLKTLPYEEVLEQIPGIAEILLEDNPWDCTCDLLSLKEWLENIPKNALIGRVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLDLRGNRLKTLPYEEVLEQIPGIAEILLEDNPWDCTCDLLSLKEWLENIPKNALIGRVV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 CEAPTRLQGKDLNETTEQDLCPLKNRVDSSLPAPPAQEETFAPGPLPTPFKTNGQEDHAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CEAPTRLQGKDLNETTEQDLCPLKNRVDSSLPAPPAQEETFAPGPLPTPFKTNGQEDHAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PGSAPNGGTKIPGNWQIKIRPTAAIATGSSRNKPLANSLPCPGGCSCDHIPGSGLKMNCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGSAPNGGTKIPGNWQIKIRPTAAIATGSSRNKPLANSLPCPGGCSCDHIPGSGLKMNCN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 NRNVSSLADLKPKLSNVQELFLRDNKIHSIRKSHFVDYKNLILLDLGNNNIATVENNTFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRNVSSLADLKPKLSNVQELFLRDNKIHSIRKSHFVDYKNLILLDLGNNNIATVENNTFK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 NLLDLRWLYMDSNYLDTLSREKFAGLQNLEYLNVEYNAIQLILPGTFNAMPKLRILILNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLLDLRWLYMDSNYLDTLSREKFAGLQNLEYLNVEYNAIQLILPGTFNAMPKLRILILNN
430 440 450 460 470 480
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pF1KA1 NLLRSLPVDVFAGVSLSKLSLHNNYFMYLPVAGVLDQLTSIIQIDLHGNPWECSCTIVPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLLRSLPVDVFAGVSLSKLSLHNNYFMYLPVAGVLDQLTSIIQIDLHGNPWECSCTIVPF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 KQWAERLGSEVLMSDLKCETPVNFFRKDFMLLSNDEICPQLYARISPTLTSHSKNSTGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KQWAERLGSEVLMSDLKCETPVNFFRKDFMLLSNDEICPQLYARISPTLTSHSKNSTGLA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 ETGTHSNSYLDTSRVSISVLVPGLLLVFVTSAFTVVGMLVFILRNRKRSKRRDANSSASE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ETGTHSNSYLDTSRVSISVLVPGLLLVFVTSAFTVVGMLVFILRNRKRSKRRDANSSASE
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KA1 INSLQTVCDSSYWHNGPYNADGAHRVYDCGSHSLSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INSLQTVCDSSYWHNGPYNADGAHRVYDCGSHSLSD
670 680 690
>>XP_011529567 (OMIM: 300562) PREDICTED: SLIT and NTRK-l (837 aa)
initn: 1698 init1: 922 opt: 1854 Z-score: 1463.5 bits: 281.5 E(85289): 8.9e-75
Smith-Waterman score: 1854; 43.0% identity (73.8% similar) in 672 aa overlap (1-665:1-665)
10 20 30 40 50
pF1KA1 MLLWILLLETSLCFAAGNVTGDVCKE--KICSCNEIEGDLHVDCEKKGFTSLQRFTAPTS
:.::..:. ..: ... :. .:. : ..::: .:. :.:.::: . ... : :
XP_011 MFLWLFLILSAL-ISSTNADSDISVEICNVCSCVSVENVLYVNCEKVSVYRPNQLKPPWS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 QFYHLFLHGNSLTRLFPNEFANFYNAVSLHMENNGLHEIVPGAFLGLQLVKRLHINNNKI
.:::: ...: :. :.:: : :: .:::::. :: :..: ::::::. .:.::.:::..
XP_011 NFYHLNFQNNFLNILYPNTFLNFSHAVSLHLGNNKLQNIEGGAFLGLSALKQLHLNNNEL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 KSFRKQTFLGLDDLEYLQADFNLLRDIDPGAFQDLNKLEVLILNDNLISTLPANVFQYVP
: .: .::::...:::::::.::.. :. :::. :.::.:::::::::: :: :.:...
XP_011 KILRADTFLGIENLEYLQADYNLIKYIERGAFNKLHKLKVLILNDNLISFLPDNIFRFAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 ITHLDLRGNRLKTLPYEEVLEQIPGIAEILLEDNPWDCTCDLLSLKEWLENIPKNALIGR
.::::.::::.. ::: :::.: ..:. ::::::.:.:::: :: ::::.: : ::.
XP_011 LTHLDIRGNRIQKLPYIGVLEHIGRVVELQLEDNPWNCSCDLLPLKAWLENMPYNIYIGE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 VVCEAPTRLQGKDLNETTEQDLCPLKNRVDSSLPA-PPAQEETFAPGPLPTPFKTNGQED
..::.:. : :. :.::..:.:::. . : .. ::.: :. : .:. ..
XP_011 AICETPSDLYGRLLKETNKQELCPMGTGSDFDVRILPPSQLENGYTTPNGHTTQTSLHRL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 HATPGSAPNGGTKIPG---NWQIKIRPTAAIATGSSRNKPLANSLPCPGGCSCDHIPGS-
. : .. : .:: : . .. : . :.. ..: ::. :::. : : :..
XP_011 VTKPPKTTNP-SKISGIVAGKALSNRNLSQIVSYQTRVPPLT---PCPAPCFCKTHPSDL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 GLKMNCNNRNVSSLADLKPKLSNVQELFLRDNKIHSIRKSHFVDYKNLILLDLGNNNIAT
::..::...:..:...: :: :...: . :.:... : :.:...: :: ::.:.:..
XP_011 GLSVNCQEKNIQSMSELIPKPLNAKKLHVNGNSIKDVDVSDFTDFEGLDLLHLGSNQITV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 VENNTFKNLLDLRWLYMDSNYLDTLSREKFAGLQNLEYLNVEYNAIQLILPGTFNAMPKL
.....:.:: .:: ::...: .. : : :.::.::.:: .::: :. : :::..::.:
XP_011 IKGDVFHNLTNLRRLYLNGNQIERLYPEIFSGLHNLQYLYLEYNLIKEISAGTFDSMPNL
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 RILILNNNLLRSLPVDVFAGVSLSKLSLHNNYFMYLPVAGVLDQLTSIIQIDLHGNPWEC
..: ::::::.:::: .:.:. :..:.:.:: ::::::.:::::: :. ::::.::::.:
XP_011 QLLYLNNNLLKSLPVYIFSGAPLARLNLRNNKFMYLPVSGVLDQLQSLTQIDLEGNPWDC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]