FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA1997, 4307 aa 1>>>pF1KA1997 4307 - 4307 aa - 4307 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2381+/-0.000697; mu= 19.3983+/- 0.043 mean_var=154.5721+/-30.856, 0's: 0 Z-trim(107.7): 195 B-trim: 569 in 2/51 Lambda= 0.103159 statistics sampled from 15595 (15790) to 15595 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.495), E-opt: 0.2 (0.185), width: 16 Scan time: 34.880 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001368 (OMIM: 603297) cytoplasmic dynein 2 heav (4307) 28384 4239.8 0 NP_001073932 (OMIM: 603297) cytoplasmic dynein 2 h (4314) 28360 4236.3 0 XP_006718966 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4300) 28310 4228.8 0 XP_016873781 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4101) 27026 4037.7 0 XP_016873780 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4237) 26695 3988.5 0 XP_016873782 (OMIM: 603297) 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NP_065 SKIEQFKRTMPLISDLRNPALRERHW-DQVRDE-IQREFDQESESF-TLEQIVELGMDQH 1300 1310 1320 1330 1340 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KA1 AD-LKDLNSRAQGEVTIREALREL-DLWGVGAVFTLIDYEDSQSRTMKLIKDWKDIVNQV .. . .... : :..:. ::... : : . .. :.: . . .. ... . . NP_065 VEKIGEISASATKELAIEVALQNIAKTWDVTQL-DIVPYKD---KGHHRLRGTEEVFQAL 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KA1 GDNRCLLQSLKDSPYYKGFEDKVSIWERKLAELDEYLQNLNHIQRKWVYLEPIF-G---R ::. :...: : . :.:: :. ::: :. . : .. . .::.:.::: :: : : NP_065 EDNQVALSTMKASRFVKAFEKDVDHWERCLSLILEVIEMILTVQRQWMYLENIFLGEDIR 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1360 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KA1 GALPKEQTRFNRVDEDFRSIMTDIKKDNRVTTLTTHAGIRNSLLTILDQLQRCQRSLNEF ::.:.: :..:. ....:: ..::: . : : :. ..:. . :. :.::. . NP_065 KQLPNESTLFDQVNSNWKAIMDRMNKDNNALRSTHHPGLLDTLIEMNTILEDIQKSLDMY 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1420 1430 1440 1450 1460 1470 pF1KA1 LEEKRSAFPRFYFIGDDDLLEILGQSTNPSVIQSHLKKLFAGINSVCFDE----KSK-HI :: :: ::::::...:::::::::: :: ..: :::: : .:. . ... .:: . NP_065 LETKRHIFPRFYFLSNDDLLEILGQSRNPEAVQPHLKKCFDNIKLLRIQKVGGPSSKWEA 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1480 1490 1500 1510 1520 1530 pF1KA1 TAMKSLEGEVVPFKNKVPLSNNVETWLNDLALEMKKTLEQLLKECVTTGRSSQGAVDPSL ..: : .:: . : ..: : . ::.::.:. :. ::..::..: . :. . : . NP_065 VGMFSGDGEYIDFLHSVFLEGPVESWLGDVEQTMRVTLRDLLRNCHLALRKFLNKRDKWV 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KA1 --FPSQILCLAEQIKFTEDVENAI---KDHSLHQIETQLVNKLEQYTNIDTSSEDPGNTE . .:.. : ::..: :: . . :... ..: : : .: . .. :: .. NP_065 KEWAGQVVITASQIQWTADVTKCLLTAKERADKKILK--VMKKNQVSILNKYSEAIRGNL 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KA1 SGILELKLKALILDIIHNIDVVKQLNQIQVHTTEDWAWKKQLRFYMKSD-HTCCVQMVDS . :..::. ::. :: ::...: . . .... : .::::: ..: : ...... NP_065 TKIMRLKIVALVTIEIHARDVLEKLYKSGLMDVNSFDWLSQLRFYWEKDLDDCVIRQTNT 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KA1 EFQYTYEYQGNASKLVYTPLTDKCYLTLTQAMKMGLGGNPYGPAGTGKTESVKALGGLLG .:::.::: ::...:: :::::.::.::: :... ::.: :::::::::.:: :: :: NP_065 QFQYNYEYLGNSGRLVITPLTDRCYMTLTTALHLHRGGSPKGPAGTGKTETVKDLGKALG 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1710 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KA1 RQVLVFNCDEGIDVKSMGRIFVGLVKCGAWGCFDEFNRLEESVLSAVSMQIQTIQDALKN :.: ::.::.: :::::.. ::.. :::::::::::.. :::.:. :: : .:: NP_065 IYVIVVNCSEGLDYKSMGRMYSGLAQTGAWGCFDEFNRINIEVLSVVAHQILCILSALAA 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1770 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KA1 HRTVCELLGKEVEVNSNSGIFITMNPAGKGYGGRQKLPDNLKQLFRPVAMSHPDNELIAE : .. : :... . :::::::: ::.:: .::.:::..:::.:: ::. :::: NP_065 GLTHFHFDGFEINLVWSCGIFITMNP---GYAGRTELPENLKSMFRPIAMVVPDSTLIAE 1890 1900 1910 1920 1930 1830 1840 1850 1860 1870 1880 pF1KA1 VILYSEGFKDAKVLSRKLVAIFNLSRELLTPQQHYDWGLRALKTVLRGSGNLLRQLNKSG .::..::: . :.:..:. ....:. . :. :.:::.::::: ..:: .:. :.:. . NP_065 IILFGEGFGNCKILAKKVYTLYSLAVQQLSRQDHYDFGLRALTSLLRYAGKK-RRLQPDL 1940 1950 1960 1970 1980 1990 1890 1900 1910 1920 1930 1940 pF1KA1 TTQNANESHIVVQALRLNTMSKFTFTDCTRFDALIKDVFPGIELKEVEYDELSAALKQVF : . .... ..: ...:.: .: :.:...:.::.::: ..: .: ...: . NP_065 T-----DEEVLLLSMRDMNIAKLTSVDAPLFNAIVQDLFPNIELPVIDYGKLRETVEQEI 2000 2010 2020 2030 2040 2050 1950 1960 1970 1980 1990 2000 pF1KA1 EEANYEIIPNQIKKALELYEQLCQRMGVVIVGPSGAGKSTLWRMLRAAL---CKTG---- .. . . : . :...::: .: ...::: .:.::.. ::.:.:.: :..: NP_065 RDMGLQSTPFTLTKVFQLYETKNSRHSTMIVGCTGSGKTASWRILQASLSSLCRAGDPNF 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2010 2020 2030 2040 2050 2060 pF1KA1 KVVKQYTMNPKAMPRYQLLGHIDMDTREWSDGVLTNSARQVVREPQDVSSWIICDGDIDP ..:... .::::. .: :. :..: ::.::.:.. : . . . .::. :: .: NP_065 NIVREFPLNPKALSLGELYGEYDLSTNEWTDGILSSVMRTACADEKPDEKWILFDGPVDT 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2070 2080 2090 2100 2110 2120 pF1KA1 EWIESLNSVLDDNRLLTMPSGERIQFGPNVNFVFETHDLSCASPATISRMGMIFLSDEET :::..:::.:::..::. .:::: . .:...::..::. :::::.:: ::.. . . NP_065 LWIENMNSVMDDNKVLTLINGERIAMPEQVSLLFEVEDLAMASPATVSRCGMVYTDYADL 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2130 2140 2150 2160 2170 pF1KA1 DLNSLIKSWLRNQPAEYRNNLENWIGDYFEKALQWVLK-QNDYVVETSLVGTVMNGLSHL . ..:::...: . :. .::: .. .: ..: : . ..:.. : NP_065 GWKPYVQSWLEKRPKAEVEPLQR----MFEKLINKMLAFKKDNCKELVPLPE-YSGITSL 2240 2250 2260 2270 2280 2180 2190 2200 2210 2220 2230 pF1KA1 HGCRDHDEFII--NLIRGLGGNLNMKSRLEFTKEVFH--WARESPPDFH--KPMDTYYDS :. .. . : . :. :. . .:.: :: :. . : . : .:.: NP_065 --CKLYSALATPENGVNPADGE-NYVTMVEMT-FVFSMIWSVCASVDEEGRKRIDSYLRE 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2240 2250 2260 2270 pF1KA1 TRGRLAT-------YVLKKPEDLTA--DDFSNGLTLP--------VIQTPDMQRGLDYFK .: . . .: : .. :. : . .. : .. : : : .:. NP_065 IEGSFPNKDTVYEYFVDPKIRSWTSFEDKLPKSWRYPPNAPFYKIMVPTVDTVR-YNYLV 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2280 2290 2300 2310 2320 2330 pF1KA1 PWLSSDTKQPFILVGPEGCGKGMLLRYAFSQLRSTQ--IATVHCSAQTTSRHLLQKLSQT : .. ..:..:::: : :: . . ....: :.: . .:. :::::: .. :.. .. NP_065 SSLVAN-QNPILLVGPVGTGKTSIAQSVLQSLPSSQWSVLVVNMSAQTTSNNV-QSIIES 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2340 2350 2360 2370 2380 2390 pF1KA1 CMVISTNTGRVYRPKDCERLVLYLKDINLPKLDKWGTSTLVAFLQQVLTYQGFYDENLEW . : :: : . .. .. :.:.: : .:.. . ... . : .::.. . NP_065 --RVEKRTKGVYVPFGGKSMITFMDDLNMPAKDMFGSQPPLELIRLWIDYGFWYDRTKQT 2470 2480 2490 2500 2510 2400 2410 2420 2430 2440 2450 pF1KA1 VG-LENIQIVASMSAGGRLGRHKLTTRFTSIVRLCSIDYPEREQLQTIYGAYLEPVLHKN . .... ..:.:. : :: .. :. : . .. .: . :. :.:.... :. NP_065 IKYIREMFLMAAMGPPGG-GRTVISPRLRSRFNIINMTFPTKSQIIRIFGTMINQKLQDF 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2460 2470 2480 2490 2500 2510 pF1KA1 LKNHSIWGSSSKIYLLAGSMVQVYEQVRAKFT-VDDYSHYFFTPCILTQWVLGLFRYDLE .. . :. ... . ...:. : .: . ::.:. ... :..: . . 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NP_065 LVLFREAIEHITRIVRVIGQPRGNMLLVGIGGSGRQSLARLASSICDYTTFQIEVTKHYR 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2690 2700 2710 2720 2730 2740 pF1KA1 LKQFKNDLKHVLQLAGIEAQQVVLLLEDYQFVHPTFLEMINSLLSSGEVPGLYTLEELEP ..:..:.:.. . ::.: . . ... : :.. .::: ::..:::::::.:: .:.: NP_065 KQEFRDDIKRLYRQAGVELKTTSFIFVDTQIADESFLEDINNILSSGEVPNLYKPDEFEE 2800 2810 2820 2830 2840 2850 2750 2760 2770 2780 2790 2800 pF1KA1 LLLPLKDQASQDGF---FGPVFNYFTYRIQQNLHIVLIMDSANSNFMINCESNPALHKKC . . ::: . .: :. :.:.:::::: .. .. : .. ::: . NP_065 IQSHIIDQARVEQVPESSDSLFAYLIERVQNNLHIVLCLSPMGDPFRNWIRQYPALVNCT 2860 2870 2880 2890 2900 2910 2810 2820 2830 2840 2850 2860 pF1KA1 QVLWMEGWSNSSMKKIPEMLFSETGGGEKYNDKKRKEE---KKKNSVDPDFLKSFLLIHE . :. : . .. .. : . . : . : ... . . :: .. ...:: : NP_065 TINWFSEWPQEALLEVAEKCLIGVDLGTQENIHRKVAQIFVTMHWSV-AQYSQKMLL--E 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2870 2880 2890 2900 2910 2920 pF1KA1 SCKAYGATPSQYMTFLHVYSAISSSKKKELLKRQSHLQAGVSKLNEAKALVDELNRKAGE . .::..:. .: :. . . :..::: . ..:..:. :..:.. :. .. . . NP_065 LRRHNYVTPTKYLELLSGYKKLLGEKRQELLAQANKLRTGLFKIDETREKVQVMSLELED 2980 2990 3000 3010 3020 3030 2930 2940 2950 2960 2970 2980 pF1KA1 QSVLLKTKQDEADAALQMITVSMQDASEQKTELERLKHRIAEEVVKIEERKNKIDDELKE . . : . . : .:. . ..:.::. . ...:: : .: . .. . .:.: NP_065 AKKKVAEFQKQCEEYLVIIVQQKREADEQQKAVTANSEKIAVEEIKCQALADNAQKDLEE 3040 3050 3060 3070 3080 3090 2990 3000 3010 3020 3030 3040 pF1KA1 VQPLVNEAKLAVGNIKPESLSEIRSLRMPPDVIRDILEGVLRLMGIFDTSWVSMKSFLAK . : ..:: :. ... ....::.: :: .. ....:. : : . .:. : :.. NP_065 ALPALEEAMRALESLNKKDIGEIKSYGRPPAQVEIVMQAVMILRGN-EPTWAEAKRQLGE 3100 3110 3120 3130 3140 3050 3060 3070 3080 3090 3100 pF1KA1 RGVREDIATFDARNISKEIRESVEELLFKNKGSFDPKNAKRASTAAAPLAAWVKANIQYS .. ... .:: ::: .. ... . . .:.: :.: :: : ::.: :. NP_065 QNFIKSLINFDKDNISDKVLKKIGA--YCAQPDFQPDIIGRVSLAAKSLCMWVRAMELYG 3150 3160 3170 3180 3190 3200 3110 3120 3130 3140 3150 3160 pF1KA1 HVLERIHPLETEQAGLESNLKKTEDRKRKLEELLNSVGQKVSELKEKFQSRTSEAAKLEA .. . ..: . .. . ..:.. . . .: : :..:. ::.... . .. .:. NP_065 RLYRVVEPKRIRMNAALAQLREKQAALAEAQEKLREVAEKLEMLKKQYDEKLAQKEELRK 3210 3220 3230 3240 3250 3260 3170 3180 3190 3200 3210 3220 pF1KA1 EVSKAQETIKAAEVLINQLDREHKRWNAQVVEITEELATLPKRAQLAAAFITYLSAAPES . . . .. : .:.. : :. ::. : . :.:. : :::::..:.. . NP_065 KSEEMELKLERAGMLVSGLAGEKARWEETVQGLEEDLGYLVGDCLLAAAFLSYMGPFLTN 3270 3280 3290 3300 3310 3320 3230 3240 3250 3260 3270 pF1KA1 LRKTCLEE-WT-KSAGLE-----KFDLRRFLCTESEQLIWKSEGLPSDDLSIENALVILQ : ... : : :. .: . :::. .. :. .::::: .: ::.... . NP_065 YRDEIVNQIWIGKIWELQVPCSPSFAIDNFLCNPTKVRDWNIQGLPSDAFSTENGIIVTR 3330 3340 3350 3360 3370 3380 3280 3290 3300 3310 3320 3330 pF1KA1 SRVCPFLIDPSSQATEWLKTHLKDSRLEVINQQDSNFITALELAVRFGKTLIIQEM-DGV . ..:::..:: .:.:. . :..:. : :... :: :..:: ...:.. . . NP_065 GNRWALMIDPQAQALKWIKNMEGGQGLKIIDLQMSDYLRILEHAIHFGYPVLLQNVQEYL 3390 3400 3410 3420 3430 3440 3340 3350 3360 3370 3380 3390 pF1KA1 EPVLYPLLRRDLVAQGPRYVVQIGDKIIDYNEEFRLFLSTRNPNPFIPPDAASIVTEVNF .:.: :.: .... : : ...:::: ..:: .::....:. :: :.... .: ::: NP_065 DPTLNPMLNKSVARIGGRLLMRIGDKEVEYNTNFRFYITTKLSNPHYSPETSAKTTIVNF 3450 3460 3470 3480 3490 3500 3400 3410 3420 3430 3440 3450 pF1KA1 TTTRSGLRGQLLALTIQHEKPDLEEQKTKLLQQEEDKKIQLAKLEESLLETLATSQGNIL .. ..::..:::......:.:.::::: .:. . : .: .::. .:. : . :..: NP_065 AVKEQGLEAQLLGIVVRKERPELEEQKDSLVINIAAGKRKLKELEDEILRLLNEATGSLL 3510 3520 3530 3540 3550 3560 3460 3470 3480 3490 3500 3510 pF1KA1 ENKDLIESLNQTKASSALIQESLKESYKLQISLDQERDAYLPLAESASKMYFIISDLSKI .. .:...:. .: ... . :.:. : .:. : :.:: : :. :: ..:...:.. : NP_065 DDVQLVNTLHTSKITATEVTEQLETSETTEINTDLAREAYRPCAQRASILFFVLNDMGCI 3570 3580 3590 3600 3610 3620 3520 3530 3540 3550 3560 3570 pF1KA1 NNMYRFSLAAFLRLFQRALQNKQDSENTEQRIQSLISSLQHMVYEYICRCLFKADQLMFA . ::.::: :.. :: ...... :.. :.::. : . . ::.: :: ::. .:.:. 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