FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA2004, 1589 aa 1>>>pF1KA2004 1589 - 1589 aa - 1589 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3831+/-0.00053; mu= 18.4583+/- 0.033 mean_var=85.4752+/-17.691, 0's: 0 Z-trim(107.3): 53 B-trim: 3 in 1/52 Lambda= 0.138725 statistics sampled from 15295 (15331) to 15295 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.498), E-opt: 0.2 (0.18), width: 16 Scan time: 18.020 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001180236 (OMIM: 610455,610456,617053) sterile (1589) 10517 2116.3 0 NP_060124 (OMIM: 610455,610456,617053) sterile alp (1589) 10517 2116.3 0 NP_001290427 (OMIM: 159550,611170) sterile alpha m (1584) 5307 1073.6 0 NP_001290429 (OMIM: 159550,611170) sterile alpha m (1584) 5307 1073.6 0 XP_016867312 (OMIM: 159550,611170) PREDICTED: ster (1584) 5307 1073.6 0 XP_005250250 (OMIM: 159550,611170) 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XP_016 AFLLQQNSKKPMTNEKQNSILANIILSCLKPNSKLIQPLTTLKKQLREVLQFVGLSHQYP 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KA2 EPYFLASLLFWPENQQLDQHSEQMKEYAQALKNSFKGQYKHMHRTKQPIAYFFLGKGKRL ::::: ::::::::.::: :. ...:...:. ::.::::.: :.:: . :.::: : : XP_016 GPYFLACLLFWPENQELDQDSKLIEKYVSSLNRSFRGQYKRMCRSKQASTLFYLGKRKGL 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KA2 ERLVHKGKIDQCFKKTPDINSLWQSGDVWKEEKVQELLLRLQGRAENNCLYIEYGINEKI . .:::.::.: : :. . ::::.::::::...:..:: :: :.::.. . .::: .::: XP_016 NSIVHKAKIEQYFDKAQNTNSLWHSGDVWKKNEVKDLLRRLTGQAEGKLISVEYGTEEKI 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KA2 TIPITPAFLGQLRSGRSIEKVSFYLGFSIGGPLAYDIEIV ::. .. : :::::.::.::::::::: ::::::::.. 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