Result of FASTA (ccds) for
pF1KA2009
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA2009, 569 aa
1>>>pF1KA2009 569 - 569 aa - 569 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9999+/-0.000926; mu= 5.5805+/- 0.057
mean_var=283.0735+/-59.225, 0's: 0 Z-trim(116.2): 15 B-trim: 724 in 1/53
Lambda= 0.076230
statistics sampled from 16811 (16820) to 16811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.795), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15 ( 569) 3834 434.8 1.3e-121
CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18 ( 659) 1244 150.1 8.1e-36
CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19 ( 651) 1125 137.0 7e-32
CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1 ( 520) 1008 124.0 4.5e-28
>>CCDS10319.1 MEX3B gene_id:84206|Hs108|chr15 (569 aa)
initn: 3834 init1: 3834 opt: 3834 Z-score: 2296.7 bits: 434.8 E(32554): 1.3e-121
Smith-Waterman score: 3834; 100.0% identity (100.0% similar) in 569 aa overlap (1-569:1-569)
10 20 30 40 50 60
pF1KA2 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA2 KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA2 AMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA2 ATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDEND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDEND
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA2 FHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA2 FGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA2 PTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA2 NANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA2 QLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCM
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KA2 ECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
550 560
>>CCDS11951.2 MEX3C gene_id:51320|Hs108|chr18 (659 aa)
initn: 1707 init1: 1106 opt: 1244 Z-score: 756.5 bits: 150.1 E(32554): 8.1e-36
Smith-Waterman score: 1720; 55.0% identity (69.6% similar) in 573 aa overlap (1-569:167-659)
10 20 30
pF1KA2 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDD
.:.. : : .. .......: :: ::
CCDS11 DRSSLLLLSPPAATASQTQQIPGGSLGSVLLPAARF-DAREAAAAAAAAGVLYGG---DD
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80
pF1KA2 QRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEP----RKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQG
.... :. . . .:. ..: :.:::: ::::::::::::::::::::
CCDS11 AQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQG
200 210 220 230 240 250
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 CKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTA
:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.::::::::::::::::
CCDS11 CKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGP
260 270 280 290 300 310
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 LNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFE
:.. ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFE
320 330 340 350 360 370
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 VTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWS
:::::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:. ::. :: :
CCDS11 VTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWL
380 390 400 410 420
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 KPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
. .: . :. .: .:.:::::::::::.::::::: ..::::.:: ::
CCDS11 SSNP-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---
430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGG
:. .: . . :: : : . .:.:: :. .: ::. ::
CCDS11 FS---------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE-----
480 490 500 510
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 GPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLH
:. :.: : .: :: : . .: : ::::: .
CCDS11 -PVNPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF-
520 530 540
450 460 470 480 490 500
pF1KA2 MAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSS
: . :: ::::::::: . : : .: :: :. ..:..: :::...:.::
CCDS11 --PESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSS
550 560 570 580 590
510 520 530 540 550 560
pF1KA2 SSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIR
: :. ..:: .:::.::::::::::::::::::::.:::: : ::::.:::::::.
CCDS11 SPPESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQ
600 610 620 630 640 650
pF1KA2 IFS
: :
CCDS11 IHS
>>CCDS32865.2 MEX3D gene_id:399664|Hs108|chr19 (651 aa)
initn: 1505 init1: 1088 opt: 1125 Z-score: 685.8 bits: 137.0 E(32554): 7e-32
Smith-Waterman score: 1533; 53.3% identity (70.4% similar) in 523 aa overlap (60-569:173-651)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
::::::::::::::::::::::.:::::::: ::.:::.:::::::.:::.:.: .: :
CCDS32 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPG
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
:. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::
CCDS32 AAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTG
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
::::::::::::::::.::::.. . ..::::::::: .:: ... :::.:
CCDS32 MPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAA-----SLWAK--
330 340 350 360 370
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PSITPTPGRKPFSS---YRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
::. ::.: .. :.:.. ::. :. : .:. .. .. . :.::
CCDS32 ---TPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPD-------PGPASP
380 390 400 410 420
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTA---GGEASVPSPDGCPELQPTFD--PAPAPPPGAPLIWAQFE
.. .::. :... : :. ... .:: : .. :: :.: ::: ::
CCDS32 YSGSGNG-----GFAFGAEGPGAPVGTAAPDDC-DFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFE
430 440 450 460 470
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 RSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRL
:. .: :. :.::. .. . :..:: :.: : : : . ::
CCDS32 RA---APL-PAFSGCSTVNGAPGP------PAAGARRSSGA--GTPRHSPTLPEPGGLRL
480 490 500 510 520
450 460 470 480 490
pF1KA2 SPPLHM--AP---GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSS
:: :: :: . . : :::.... :. . : . : : ::.: .
CCDS32 ELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPVSFPGGAAFSTATSLPSSPAA-AACAPLD-SGASEN
530 540 550 560 570 580
500 510 520 530 540 550
pF1KA2 SSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPV
: . :.::. . .:.: :: :.::.:::::::::::::.:: ::: :::::::.
CCDS32 SRKPPSASSAPA-----LARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPA
590 600 610 620 630
560
pF1KA2 CHTAVTQAIRIFS
:.: .::::.:::
CCDS32 CRTPATQAIHIFS
640 650
>>CCDS53377.1 MEX3A gene_id:92312|Hs108|chr1 (520 aa)
initn: 975 init1: 512 opt: 1008 Z-score: 617.5 bits: 124.0 E(32554): 4.5e-28
Smith-Waterman score: 1296; 50.3% identity (64.2% similar) in 519 aa overlap (53-569:117-520)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 GGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLY-DSEPR-KKSVNMTECVPVPSSEHVAE
.:: ..: : : : : :::::::.::::::
CCDS53 APPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAE
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 IVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRAS
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:::: ::::::::::::::::::
CCDS53 IVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRAS
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 RNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRD
:::. : :..:. ::::.::.::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::
CCDS53 RNKSGAAFGVAPA---LPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRD
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 KEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSG
..::::.:: : ::.:::::::.:::.::: :.: ..:::: :.. :...: .....
CCDS53 RDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA---
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSP
: . :: ::.:..:..: . .: ..:: :
CCDS53 ----WR------VHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGF-------------------
330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 PSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQF
.: : ...:.. . : :: . . : .. : : .: :: ::
CCDS53 EAPRL--GEQGGDFGYG-GYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSP------------PL-WA--
360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 ERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPR
: :.: .: ::::::.:::. . : : .: :: :.::
CCDS53 ----GQENATP-TSVLFSSASSSSSSSAKARAG-----PPGA------HRS--PATSA--
400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA2 LSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSS
.: : :: : :: : : : . .: : . ::
CCDS53 -GPEL-----AG---LPRR----PPGEPLQGFSKLGGGGLRSPG----------------
440 450 460
510 520 530 540 550 560
pF1KA2 SSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTA
:.::: ::::::: :::::::::::::::: ::::...::::::: .
CCDS53 -------------GGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHIT
470 480 490 500 510
pF1KA2 VTQAIRIFS
.::::::::
CCDS53 ATQAIRIFS
520
569 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 22:23:23 2016 done: Wed Nov 2 22:23:24 2016
Total Scan time: 3.230 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]