Result of FASTA (omim) for
pF1KA2009
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA2009, 569 aa
1>>>pF1KA2009 569 - 569 aa - 569 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6719+/-0.000359; mu= 1.8458+/- 0.023
mean_var=318.5970+/-66.565, 0's: 0 Z-trim(124.1): 14 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.071854
statistics sampled from 45196 (45213) to 45196 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.53), width: 16
Scan time: 8.900
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B ( 569) 3834 410.9 5.4e-114
NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin- ( 659) 1244 142.5 4e-33
XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 598) 1125 130.1 1.9e-29
NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D ( 651) 1125 130.2 2e-29
NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein ME ( 666) 1125 130.2 2.1e-29
NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein ME ( 520) 1008 118.0 7.8e-26
XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 417) 729 88.9 3.4e-17
>>NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B [Ho (569 aa)
initn: 3834 init1: 3834 opt: 3834 Z-score: 2167.5 bits: 410.9 E(85289): 5.4e-114
Smith-Waterman score: 3834; 100.0% identity (100.0% similar) in 569 aa overlap (1-569:1-569)
10 20 30 40 50 60
pF1KA2 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPR
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NP_115 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA2 KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA2 AMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 AMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA2 ATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDEND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDEND
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA2 FHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 FHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA2 FGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 FGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA2 PTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA2 NANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 NANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA2 QLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 QLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCM
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KA2 ECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS
550 560
>>NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin-prot (659 aa)
initn: 1707 init1: 1106 opt: 1244 Z-score: 715.7 bits: 142.5 E(85289): 4e-33
Smith-Waterman score: 1720; 55.0% identity (69.6% similar) in 573 aa overlap (1-569:167-659)
10 20 30
pF1KA2 MPSSLFADLERNGSGGGGGGSSGGGETLDD
.:.. : : .. .......: :: ::
NP_057 DRSSLLLLSPPAATASQTQQIPGGSLGSVLLPAARF-DAREAAAAAAAAGVLYGG---DD
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80
pF1KA2 QRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEP----RKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQG
.... :. . . .:. ..: :.:::: ::::::::::::::::::::
NP_057 AQGMMAAMLSHAYGPGGCGAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQG
200 210 220 230 240 250
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 CKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTA
:::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::.::::::::::::::::
NP_057 CKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGP
260 270 280 290 300 310
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 LNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFE
:.. ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ALGGLSCSPNLPGQTTVQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFE
320 330 340 350 360 370
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 VTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWS
:::::::::::::::: :::.:::. :::..::::: :::::.:. ::. :: :
NP_057 VTGMPENVDRAREEIEMHIAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFE-----GGTL-GSAWL
380 390 400 410 420
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 KPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
. .: . :. .: .:.:::::::::::.::::::: ..::::.:: ::
NP_057 SSNP-VPPSRARM-ISNYRNDSSSSLGSGSTDSYFG---------SNRLADFSPTSP---
430 440 450 460 470
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGG
:. .: . . :: : : . .:.:: :. .: ::. ::
NP_057 FS---------TGNFWFGDTLPSVGSEDLAVD-SPAFDSLPT---SAQTIWTPFE-----
480 490 500 510
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 GPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLH
:. :.: : .: :: : . .: : ::::: .
NP_057 -PVNPLS--------------------GFGSDPS----GNMKTQRRGSQPSTPRLSPTF-
520 530 540
450 460 470 480 490 500
pF1KA2 MAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSSSSSSSS
: . :: ::::::::: . : : .: :: :. ..:..: :::...:.::
NP_057 --PESIEHPLARRVRSDPPSTG-------NHVG--LPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSS
550 560 570 580 590
510 520 530 540 550 560
pF1KA2 SSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTAVTQAIR
: :. ..:: .:::.::::::::::::::::::::.:::: : ::::.:::::::.
NP_057 SPPESRR-KHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFCMECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQ
600 610 620 630 640 650
pF1KA2 IFS
: :
NP_057 IHS
>>XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (598 aa)
initn: 1470 init1: 1088 opt: 1125 Z-score: 649.5 bits: 130.1 E(85289): 1.9e-29
Smith-Waterman score: 1533; 53.3% identity (70.4% similar) in 523 aa overlap (60-569:120-598)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
::::::::::::::::::::::.:::::::: ::.:::.:::::::.:::.:.: .: :
XP_016 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPG
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
:. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::
XP_016 AAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTG
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
::::::::::::::::.::::.. . ..::::::::: .:: ... :::.:
XP_016 MPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAA-----SLWAK--
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PSITPTPGRKPFSS---YRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
::. ::.: .. :.:.. ::. :. : .:. .. .. . :.::
XP_016 ---TPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPD-------PGPASP
330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTA---GGEASVPSPDGCPELQPTFD--PAPAPPPGAPLIWAQFE
.. .::. :... : :. ... .:: : .. :: :.: ::: ::
XP_016 YSGSGNG-----GFAFGAEGPGAPVGTAAPDDC-DFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFE
380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 RSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRL
:. .: :. :.::. .. . :..:: :.: : : : . ::
XP_016 RA---APL-PAFSGCSTVNGAPGP------PAAGARRSSGA--GTPRHSPTLPEPGGLRL
430 440 450 460 470
450 460 470 480 490
pF1KA2 SPPLHM--AP---GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSS
:: :: :: . . : :::.... :. . : . : : ::.: .
XP_016 ELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPVSFPGGAAFSTATSLPSSPAA-AACAPLD-SGASEN
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KA2 SSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPV
: . :.::. . .:.: :: :.::.:::::::::::::.:: ::: :::::::.
XP_016 SRKPPSASSAPA-----LARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPA
540 550 560 570 580
560
pF1KA2 CHTAVTQAIRIFS
:.: .::::.:::
XP_016 CRTPATQAIHIFS
590
>>NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D iso (651 aa)
initn: 1505 init1: 1088 opt: 1125 Z-score: 649.1 bits: 130.2 E(85289): 2e-29
Smith-Waterman score: 1533; 53.3% identity (70.4% similar) in 523 aa overlap (60-569:173-651)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_976 PPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
::::::::::::::::::::::.:::::::: ::.:::.:::::::.:::.:.: .: :
NP_976 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPG
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
:. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::
NP_976 AAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTG
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
::::::::::::::::.::::.. . ..::::::::: .:: ... :::.:
NP_976 MPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAA-----SLWAK--
330 340 350 360 370
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PSITPTPGRKPFSS---YRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
::. ::.: .. :.:.. ::. :. : .:. .. .. . :.::
NP_976 ---TPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPD-------PGPASP
380 390 400 410 420
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTA---GGEASVPSPDGCPELQPTFD--PAPAPPPGAPLIWAQFE
.. .::. :... : :. ... .:: : .. :: :.: ::: ::
NP_976 YSGSGNG-----GFAFGAEGPGAPVGTAAPDDC-DFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFE
430 440 450 460 470
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 RSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRL
:. .: :. :.::. .. . :..:: :.: : : : . ::
NP_976 RA---APL-PAFSGCSTVNGAPGP------PAAGARRSSGA--GTPRHSPTLPEPGGLRL
480 490 500 510 520
450 460 470 480 490
pF1KA2 SPPLHM--AP---GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSS
:: :: :: . . : :::.... :. . : . : : ::.: .
NP_976 ELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPVSFPGGAAFSTATSLPSSPAA-AACAPLD-SGASEN
530 540 550 560 570 580
500 510 520 530 540 550
pF1KA2 SSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPV
: . :.::. . .:.: :: :.::.:::::::::::::.:: ::: :::::::.
NP_976 SRKPPSASSAPA-----LARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPA
590 600 610 620 630
560
pF1KA2 CHTAVTQAIRIFS
:.: .::::.:::
NP_976 CRTPATQAIHIFS
640 650
>>NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D (666 aa)
initn: 1477 init1: 1088 opt: 1125 Z-score: 649.0 bits: 130.2 E(85289): 2.1e-29
Smith-Waterman score: 1526; 53.2% identity (70.2% similar) in 521 aa overlap (60-567:173-649)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 DQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLYDSEPRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPDVFAGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKI
150 160 170 180 190 200
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNG
::::::::::::::::::::::.:::::::: ::.:::.:::::::.:::.:.: .: :
NP_001 KALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPG
210 220 230 240 250 260
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 AVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTG
:. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::
NP_001 AAQGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTG
270 280 290 300 310 320
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 MPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPT
::::::::::::::::.::::.. . ..::::::::: .:: ... :::.:
NP_001 MPENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAA-----SLWAK--
330 340 350 360 370
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PSITPTPGRKPFSS---YRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALS
::. ::.: .. :.:.. ::. :. : .:. .. .. . :.::
NP_001 ---TPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPD-------PGPASP
380 390 400 410 420
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 FAHNGNNNNNGNGYTYTA---GGEASVPSPDGCPELQPTFD--PAPAPPPGAPLIWAQFE
.. .::. :... : :. ... .:: : .. :: :.: ::: ::
NP_001 YSGSGNG-----GFAFGAEGPGAPVGTAAPDDC-DFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFE
430 440 450 460 470
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 RSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRL
:. .: :. :.::. .. . :..:: :.: : : : . ::
NP_001 RA---APL-PAFSGCSTVNGAPGP------PAAGARRSSGA--GTPRHSPTLPEPGGLRL
480 490 500 510 520
450 460 470 480 490
pF1KA2 SPPLHM--AP---GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSS
:: :: :: . . : :::.... :. . : . : : ::.: .
NP_001 ELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPVSFPGGAAFSTATSLPSSPAA-AACAPLD-SGASEN
530 540 550 560 570 580
500 510 520 530 540 550
pF1KA2 SSSSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPV
: . :.::. . .:.: :: :.::.:::::::::::::.:: ::: :::::::.
NP_001 SRKPPSASSAPAL-----ARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPA
590 600 610 620 630
560
pF1KA2 CHTAVTQAIRIFS
:.: .:::::.
NP_001 CRTPATQAIRVETETPQPGGASALQRQY
640 650 660
>>NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein MEX3A (520 aa)
initn: 975 init1: 512 opt: 1008 Z-score: 584.8 bits: 118.0 E(85289): 7.8e-26
Smith-Waterman score: 1296; 50.3% identity (64.2% similar) in 519 aa overlap (53-569:117-520)
30 40 50 60 70 80
pF1KA2 GGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLDSDEGASLY-DSEPR-KKSVNMTECVPVPSSEHVAE
.:: ..: : : : : :::::::.::::::
NP_001 APPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAE
90 100 110 120 130 140
90 100 110 120 130 140
pF1KA2 IVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRAS
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::.:::: ::::::::::::::::::
NP_001 IVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRAS
150 160 170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KA2 RNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRD
:::. : :..:. ::::.::.::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::
NP_001 RNKSGAAFGVAPA---LPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRD
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KA2 KEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSG
..::::.:: : ::.:::::::.:::.::: :.: ..:::: :.. :...: .....
NP_001 RDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA---
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KA2 PGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSP
: . :: ::.:..:..: . .: ..:: :
NP_001 ----WR------VHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGF-------------------
330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 PSPALSFAHNGNNNNNGNGYTYTAGGEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQF
.: : ...:.. . : :: . . : .. : : .: :: ::
NP_001 EAPRL--GEQGGDFGYG-GYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSP------------PL-WA--
360 370 380 390
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 ERSPGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPR
: :.: .: ::::::.:::. . : : .: :: :.::
NP_001 ----GQENATP-TSVLFSSASSSSSSSAKARAG-----PPGA------HRS--PATSA--
400 410 420 430
450 460 470 480 490 500
pF1KA2 LSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSSSS
.: : :: : :: : : : . .: : . ::
NP_001 -GPEL-----AG---LPRR----PPGEPLQGFSKLGGGGLRSPG----------------
440 450 460
510 520 530 540 550 560
pF1KA2 SSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCHTA
:.::: ::::::: :::::::::::::::: ::::...::::::: .
NP_001 -------------GGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHIT
470 480 490 500 510
pF1KA2 VTQAIRIFS
.::::::::
NP_001 ATQAIRIFS
520
>>XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (417 aa)
initn: 1033 init1: 692 opt: 729 Z-score: 429.6 bits: 88.9 E(85289): 3.4e-17
Smith-Waterman score: 1137; 47.7% identity (66.8% similar) in 461 aa overlap (122-569:1-417)
100 110 120 130 140 150
pF1KA2 LRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVTGRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAV
::.:::.:::::::.:::.:.: .: ::.
XP_016 MAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAA
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KA2 PGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::::::: :::::
XP_016 QGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMP
40 50 60 70 80 90
220 230 240 250 260 270
pF1KA2 ENVDRAREEIEAHIALRTGGIIELTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPS
::::::::::::::.::::.. . ..::::::::: .:: :.. .:::.:
XP_016 ENVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLL-GAA----ASLWAK----
100 110 120 130 140
280 290 300 310 320
pF1KA2 ITPTPGRKPFSS---YRNDSSSSLGSASTDSYFGGGTSSSAAATQRLADYSPPSPALSFA
::. ::.: .. :.:.. ::. :. : .:. .. .. . :.:: ..
XP_016 -TPNQGRRPPTATAGLRGDTA--LGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPD-------PGPASPYS
150 160 170 180 190
330 340 350 360 370 380
pF1KA2 HNGNNNNNGNGYTYTA---GGEASVPSPDGCPELQPTFD--PAPAPPPGAPLIWAQFERS
.::. :... : :. ... .:: : .. :: :.: ::: :::.
XP_016 GSGNG-----GFAFGAEGPGAPVGTAAPDDC-DFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERA
200 210 220 230 240
390 400 410 420 430 440
pF1KA2 PGGGPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSP
.: :. :.::. .. . :..:: :.: : : : . ::
XP_016 ---APL-PAFSGCSTVNGAPGP------PAAGARRSSGA--GTPRHSPTLPEPGGLRLEL
250 260 270 280 290
450 460 470 480 490
pF1KA2 PLHM--AP---GAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPSDTSGSSSSSS
:: :: :: . . : :::.... :. . : . : : ::.: .:
XP_016 PLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPVSFPGGAAFSTATSLPSSPAA-AACAPLD-SGASENSR
300 310 320 330 340 350
500 510 520 530 540 550
pF1KA2 SSSSSSSSSSGLRRKGSRDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRICEKSEPECPVCH
. :.::. . .:.: :: :.::.:::::::::::::.:: ::: :::::::.:.
XP_016 KPPSASSAPA-----LARECVVCAEGEVMAALVPCGHNLFCMDCAVRICGKSEPECPACR
360 370 380 390 400
560
pF1KA2 TAVTQAIRIFS
: .::::.:::
XP_016 TPATQAIHIFS
410
569 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 22:23:24 2016 done: Wed Nov 2 22:23:25 2016
Total Scan time: 8.900 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]