Result of FASTA (omim) for
pF1KB0016
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0016, 1690 aa
1>>>pF1KB0016 1690 - 1690 aa - 1690 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4340+/-0.000477; mu= 15.6639+/- 0.030
mean_var=215.9888+/-42.096, 0's: 0 Z-trim(116.7): 323 B-trim: 1029 in 2/52
Lambda= 0.087269
statistics sampled from 27756 (28112) to 27756 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 15.630
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001036068 (OMIM: 180202) lysine-specific demeth (1690) 11371 1446.6 0
NP_006609 (OMIM: 605393) lysine-specific demethyla (1544) 4883 629.7 6.2e-179
XP_011529128 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1516) 4410 570.1 5.2e-161
XP_011529127 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1519) 4407 569.7 6.7e-161
XP_011507394 (OMIM: 605393) PREDICTED: lysine-spec (1386) 4127 534.4 2.6e-150
NP_001140174 (OMIM: 300534,314690) lysine-specific (1379) 4036 523.0 7.3e-147
XP_016885378 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1444) 4036 523.0 7.5e-147
XP_016885377 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1448) 4036 523.0 7.5e-147
XP_016885376 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1449) 4036 523.0 7.5e-147
XP_005262092 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1557) 4036 523.1 7.9e-147
XP_011529131 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1395) 4033 522.6 9.5e-147
XP_011529132 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1395) 4033 522.6 9.5e-147
XP_011529130 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1447) 4033 522.6 9.8e-147
XP_016885375 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1451) 4033 522.6 9.8e-147
XP_011529129 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1452) 4033 522.6 9.8e-147
NP_001269551 (OMIM: 300534,314690) lysine-specific (1559) 4033 522.7 1e-146
NP_004178 (OMIM: 300534,314690) lysine-specific de (1560) 4033 522.7 1e-146
XP_011529133 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1232) 3974 515.1 1.5e-144
XP_011507390 (OMIM: 605393) PREDICTED: lysine-spec (1499) 3973 515.1 1.9e-144
XP_011507393 (OMIM: 605393) PREDICTED: lysine-spec (1422) 3969 514.6 2.6e-144
XP_011507392 (OMIM: 605393) PREDICTED: lysine-spec (1422) 3969 514.6 2.6e-144
NP_001300971 (OMIM: 605393) lysine-specific demeth (1580) 3969 514.6 2.8e-144
NP_001140178 (OMIM: 415000,426000) lysine-specific (1482) 3801 493.4 6.2e-138
XP_005262617 (OMIM: 415000,426000) PREDICTED: lysi (1494) 3801 493.4 6.2e-138
NP_004644 (OMIM: 415000,426000) lysine-specific de (1539) 3801 493.5 6.3e-138
XP_011529126 (OMIM: 300534,314690) PREDICTED: lysi (1534) 3391 441.8 2.2e-122
XP_011529770 (OMIM: 415000,426000) PREDICTED: lysi (1513) 3282 428.1 2.9e-118
NP_001140177 (OMIM: 415000,426000) lysine-specific (1570) 2942 385.3 2.3e-105
XP_005262618 (OMIM: 415000,426000) PREDICTED: lysi (1462) 2716 356.8 8.1e-97
NP_060509 (OMIM: 609766) lysine-specific demethyla ( 523) 494 76.6 6.8e-13
NP_001155102 (OMIM: 616581) lysine-specific demeth ( 506) 493 76.4 7.3e-13
XP_005271413 (OMIM: 609764) PREDICTED: lysine-spec ( 973) 487 76.0 1.9e-12
XP_016858401 (OMIM: 609764) PREDICTED: lysine-spec ( 973) 487 76.0 1.9e-12
NP_055478 (OMIM: 609764) lysine-specific demethyla (1064) 487 76.0 2e-12
XP_005271411 (OMIM: 609764) PREDICTED: lysine-spec (1064) 487 76.0 2e-12
XP_005271412 (OMIM: 609764) PREDICTED: lysine-spec (1064) 487 76.0 2e-12
XP_016869993 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec ( 763) 458 72.2 2e-11
XP_016869992 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec ( 793) 458 72.2 2.1e-11
XP_016869991 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec ( 811) 458 72.2 2.1e-11
NP_001140167 (OMIM: 605469) lysine-specific demeth ( 813) 458 72.2 2.1e-11
NP_001140168 (OMIM: 605469) lysine-specific demeth ( 835) 458 72.3 2.1e-11
XP_016869988 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec ( 949) 458 72.3 2.3e-11
XP_016869987 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec ( 999) 458 72.3 2.4e-11
NP_001291268 (OMIM: 605469) lysine-specific demeth (1023) 458 72.4 2.4e-11
NP_055876 (OMIM: 605469) lysine-specific demethyla (1056) 458 72.4 2.5e-11
XP_006716804 (OMIM: 605469) PREDICTED: lysine-spec (1089) 458 72.4 2.5e-11
XP_011526120 (OMIM: 609765) PREDICTED: lysine-spec ( 429) 447 70.5 3.6e-11
XP_016881993 (OMIM: 609765) PREDICTED: lysine-spec ( 473) 447 70.6 3.9e-11
XP_011526124 (OMIM: 609765) PREDICTED: lysine-spec ( 312) 443 69.9 4.2e-11
XP_016881994 (OMIM: 609765) PREDICTED: lysine-spec ( 330) 443 69.9 4.3e-11
>>NP_001036068 (OMIM: 180202) lysine-specific demethylas (1690 aa)
initn: 11371 init1: 11371 opt: 11371 Z-score: 7747.6 bits: 1446.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11371; 100.0% identity (100.0% similar) in 1690 aa overlap (1-1690:1-1690)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAGVGPGGYAAEFVPPPECPVFEPSWEEFTDPLSFIGRIRPLAEKTGICKIRPPKDWQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAGVGPGGYAAEFVPPPECPVFEPSWEEFTDPLSFIGRIRPLAEKTGICKIRPPKDWQPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 FACEVKSFRFTPRVQRLNELEAMTRVRLDFLDQLAKFWELQGSTLKIPVVERKILDLYAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FACEVKSFRFTPRVQRLNELEAMTRVRLDFLDQLAKFWELQGSTLKIPVVERKILDLYAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 SKIVASKGGFEMVTKEKKWSKVGSRLGYLPGKGTGSLLKSHYERILYPYELFQSGVSLMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKIVASKGGFEMVTKEKKWSKVGSRLGYLPGKGTGSLLKSHYERILYPYELFQSGVSLMG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VQMPNLDLKEKVEPEVLSTDTQTSPEPGTRMNILPKRTRRVKTQSESGDVSRNTELKKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQMPNLDLKEKVEPEVLSTDTQTSPEPGTRMNILPKRTRRVKTQSESGDVSRNTELKKLQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 IFGAGPKVVGLAMGTKDKEDEVTRRRKVTNRSDAFNMQMRQRKGTLSVNFVDLYVCMFCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IFGAGPKVVGLAMGTKDKEDEVTRRRKVTNRSDAFNMQMRQRKGTLSVNFVDLYVCMFCG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 RGNNEDKLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLPDVPKGDWRCPKCVAEECSKPREAFGFEQAVRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RGNNEDKLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLPDVPKGDWRCPKCVAEECSKPREAFGFEQAVRE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YTLQSFGEMADNFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVIVEYGADISSKDFGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YTLQSFGEMADNFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVIVEYGADISSKDFGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 GFPVKDGRRKILPEEEEYALSGWNLNNMPVLEQSVLAHINVDISGMKVPWLYVGMCFSSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GFPVKDGRRKILPEEEEYALSGWNLNNMPVLEQSVLAHINVDISGMKVPWLYVGMCFSSF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 CWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSHAAEQLEEVMRELAPELFESQPDLLHQLVTIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSHAAEQLEEVMRELAPELFESQPDLLHQLVTIM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 NPNVLMEHGVPVYRTNQCAGEFVVTFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPIGRQCVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPNVLMEHGVPVYRTNQCAGEFVVTFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPIGRQCVN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 HYRRLRRHCVFSHEELIFKMAADPECLDVGLAAMVCKELTLMTEEETRLRESVVQMGVLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HYRRLRRHCVFSHEELIFKMAADPECLDVGLAAMVCKELTLMTEEETRLRESVVQMGVLM
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pF1KB0 SEEEVFELVPDDERQCSACRTTCFLSALTCSCNPERLVCLYHPTDLCPCPMQKKCLRYRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEEEVFELVPDDERQCSACRTTCFLSALTCSCNPERLVCLYHPTDLCPCPMQKKCLRYRY
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pF1KB0 PLEDLPSLLYGVKVRAQSYDTWVSRVTEALSANFNHKKDLIELRVMLEDAEDRKYPENDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLEDLPSLLYGVKVRAQSYDTWVSRVTEALSANFNHKKDLIELRVMLEDAEDRKYPENDL
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pF1KB0 FRKLRDAVKEAETCASVAQLLLSKKQKHRQSPDSGRTRTKLTVEELKAFVQQLFSLPCVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FRKLRDAVKEAETCASVAQLLLSKKQKHRQSPDSGRTRTKLTVEELKAFVQQLFSLPCVI
790 800 810 820 830 840
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pF1KB0 SQARQVKNLLDDVEEFHERAQEAMMDETPDSSKLQMLIDMGSSLYVELPELPRLKQELQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQARQVKNLLDDVEEFHERAQEAMMDETPDSSKLQMLIDMGSSLYVELPELPRLKQELQQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARWLDEVRLTLSDPQQVTLDVMKKLIDSGVGLAPHHAVEKAMAELQELLTVSERWEEKAK
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pF1KB0 VCLQARPRHSVASLESIVNEAKNIPAFLPNVLSLKEALQKAREWTAKVEAIQSGSNYAYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VCLQARPRHSVASLESIVNEAKNIPAFLPNVLSLKEALQKAREWTAKVEAIQSGSNYAYL
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1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB0 EQLESLSAKGRPIPVRLEALPQVESQVAAARAWRERTGRTFLKKNSSHTLLQVLSPRTDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EQLESLSAKGRPIPVRLEALPQVESQVAAARAWRERTGRTFLKKNSSHTLLQVLSPRTDI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB0 GVYGSGKNRRKKVKELIEKEKEKDLDLEPLSDLEEGLEETRDTAMVVAVFKEREQKEIEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVYGSGKNRRKKVKELIEKEKEKDLDLEPLSDLEEGLEETRDTAMVVAVFKEREQKEIEA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB0 MHSLRAANLAKMTMVDRIEEVKFCICRKTASGFMLQCELCKDWFHNSCVPLPKSSSQKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MHSLRAANLAKMTMVDRIEEVKFCICRKTASGFMLQCELCKDWFHNSCVPLPKSSSQKKG
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB0 SSWQAKEVKFLCPLCMRSRRPRLETILSLLVSLQKLPVRLPEGEALQCLTERAMSWQDRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSWQAKEVKFLCPLCMRSRRPRLETILSLLVSLQKLPVRLPEGEALQCLTERAMSWQDRA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB0 RQALATDELSSALAKLSVLSQRMVEQAAREKTEKIISAELQKAAANPDLQGHLPSFQQSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RQALATDELSSALAKLSVLSQRMVEQAAREKTEKIISAELQKAAANPDLQGHLPSFQQSA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB0 FNRVVSSVSSSPRQTMDYDDEETDSDEDIRETYGYDMKDTASVKSSSSLEPNLFCDEEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FNRVVSSVSSSPRQTMDYDDEETDSDEDIRETYGYDMKDTASVKSSSSLEPNLFCDEEIP
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1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB0 IKSEEVVTHMWTAPSFCAEHAYSSASKSCSQGSSTPRKQPRKSPLVPRSLEPPVLELSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IKSEEVVTHMWTAPSFCAEHAYSSASKSCSQGSSTPRKQPRKSPLVPRSLEPPVLELSPG
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1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB0 AKAQLEELMMVGDLLEVSLDETQHIWRILQATHPPSEDRFLHIMEDDSMEEKPLKVKGKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKAQLEELMMVGDLLEVSLDETQHIWRILQATHPPSEDRFLHIMEDDSMEEKPLKVKGKD
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB0 SSEKKRKRKLEKVEQLFGEGKQKSKELKKMDKPRKKKLKLGADKSKELNKLAKKLAKEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSEKKRKRKLEKVEQLFGEGKQKSKELKKMDKPRKKKLKLGADKSKELNKLAKKLAKEEE
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB0 RKKKKEKAAAAKVELVKESTEKKREKKVLDIPSKYDWSGAEESDDENAVCAAQNCQRPCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKKKKEKAAAAKVELVKESTEKKREKKVLDIPSKYDWSGAEESDDENAVCAAQNCQRPCK
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB0 DKVDWVQCDGGCDEWFHQVCVGVSPEMAENEDYICINCAKKQGPVSPGPAPPPSFIMSYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DKVDWVQCDGGCDEWFHQVCVGVSPEMAENEDYICINCAKKQGPVSPGPAPPPSFIMSYK
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690
pF1KB0 LPMEDLKETS
::::::::::
NP_001 LPMEDLKETS
1690
>>NP_006609 (OMIM: 605393) lysine-specific demethylase 5 (1544 aa)
initn: 5217 init1: 3675 opt: 4883 Z-score: 3333.4 bits: 629.7 E(85289): 6.2e-179
Smith-Waterman score: 5405; 50.5% identity (74.1% similar) in 1678 aa overlap (1-1664:17-1541)
10 20 30 40
pF1KB0 MAGVGPGGYAAEFVPPPECPVFEPSWEEFTDPLSFIGRIRPLAE
..: :: : ::.:::::::::::::::.::..:: .:::.::
NP_006 MEAATTLHPGPRPALPLGGPGPLG---EFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAE
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 KTGICKIRPPKDWQPPFACEVKSFRFTPRVQRLNELEAMTRVRLDFLDQLAKFWELQGST
.:::::.::: ::::::::.: ...::::.::::::::.:::.:.::::.::.:::::::
NP_006 QTGICKVRPPPDWQPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGST
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 LKIPVVERKILDLYALSKIVASKGGFEMVTKEKKWSKVGSRLGYLPGKGTGSLLKSHYER
:::: ::::::::. :.:.:: .::: .: :..::.:.....:. :::..:: ...::::
NP_006 LKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYER
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB0 ILYPYELFQSGVSLMGVQMPNL--DLKEK-VEPEVLSTDTQTSPE----PGTRMNILPKR
:: ::.:: :: :: .: ::: : :.: .:. . ...: :. : . . .
NP_006 ILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTTDTKDKEYKPHDIPQRQSVQPSETCPPARRAKRMRAE
180 190 200 210 220 230
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10 20 30 40 50
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::. .::.: . :...:..:..::.: :::. ::::.::::::.::::..:::..:.
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. .: .:: : . : . : .: ...: .:..:.. . : :. .: :::
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..: :: .. ..:..: :::.. .:..:..:...:...:.. ..:::.:.: : :.:
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.. :: . : ..:. ::.::..:. .:::.. : .::..:..:: .. .:.
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..: .: :: .. :: . :...::: :::: :.. .:: .: :: . .
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.:: .::. : :.:. : ::::: ...: ::::
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