FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0039, 512 aa 1>>>pF1KB0039 512 - 512 aa - 512 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5362+/-0.00114; mu= 3.5898+/- 0.069 mean_var=199.7731+/-41.134, 0's: 0 Z-trim(109.3): 118 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.090741 statistics sampled from 10684 (10802) to 10684 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.332), width: 16 Scan time: 3.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS53623.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 512) 3340 450.2 2.5e-126 CCDS81565.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 514) 3316 447.1 2.2e-125 CCDS53622.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 485) 3158 426.4 3.6e-119 CCDS31482.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 486) 3146 424.8 1.1e-118 CCDS7938.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 482) 3103 419.2 5.2e-117 CCDS7939.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 ( 483) 3091 417.6 1.6e-116 CCDS44355.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 ( 521) 2606 354.1 2.1e-97 CCDS44354.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 ( 508) 2577 350.3 2.9e-96 CCDS44356.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 ( 488) 2547 346.4 4.3e-95 CCDS41488.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 ( 490) 2543 345.9 6.2e-95 CCDS1002.1 CELF3 gene_id:11189|Hs108|chr1 ( 465) 961 138.8 1.3e-32 CCDS45858.1 CELF4 gene_id:56853|Hs108|chr18 ( 448) 860 125.5 1.2e-28 CCDS45857.1 CELF4 gene_id:56853|Hs108|chr18 ( 484) 805 118.3 1.9e-26 CCDS82250.1 CELF4 gene_id:56853|Hs108|chr18 ( 484) 803 118.1 2.3e-26 CCDS12106.1 CELF5 gene_id:60680|Hs108|chr19 ( 485) 754 111.7 2e-24 CCDS54197.1 CELF5 gene_id:60680|Hs108|chr19 ( 409) 751 111.2 2.2e-24 CCDS45856.1 CELF4 gene_id:56853|Hs108|chr18 ( 485) 641 96.9 5.5e-20 CCDS32818.1 CELF4 gene_id:56853|Hs108|chr18 ( 486) 639 96.6 6.7e-20 CCDS10242.1 CELF6 gene_id:60677|Hs108|chr15 ( 481) 609 92.7 1e-18 CCDS53955.1 CELF6 gene_id:60677|Hs108|chr15 ( 344) 575 88.1 1.7e-17 CCDS53956.1 CELF6 gene_id:60677|Hs108|chr15 ( 454) 541 83.8 4.6e-16 CCDS53367.1 CELF3 gene_id:11189|Hs108|chr1 ( 415) 527 81.9 1.5e-15 >>CCDS53623.1 CELF1 gene_id:10658|Hs108|chr11 (512 aa) initn: 3340 init1: 3340 opt: 3340 Z-score: 2381.5 bits: 450.2 E(32554): 2.5e-126 Smith-Waterman score: 3340; 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98.8% identity (98.8% similar) in 487 aa overlap (28-512:1-483) 10 20 30 40 50 60 pF1KB0 MAAFKLDFLPEMMVDHCSLNSSPVSKKMNGTLDHPDQPDLDAIKMFVGQVPRTWSEKDLR ::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 MNGTLDHPDQPDLDAIKMFVGQVPRTWSEKDLR 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KB0 ELFEQYGAVYEINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNMKVLPGMHHPIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 ELFEQYGAVYEINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNMKVLPGMHHPIQ 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 pF1KB0 MKPADSEKNN-VEDRKLFIGMISKKCTENDIRVMFSSFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV :::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 MKPADSEKNNAVEDRKLFIGMISKKCTENDIRVMFSSFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 TFTTRAMAQTAIKAMHQAQTMEGCSSPMVVKFADTQKDKEQKRMAQQLQQQMQQISAASV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 TFTTRAMAQTAIKAMHQAQTMEGCSSPMVVKFADTQKDKEQKRMAQQLQQQMQQISAASV 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 WGNLAGLNTLGPQYLALYLQLLQQTASSGNLNTLSSLHPMGGLNAMQLQNLAALAAAASA ::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 WGNLAGLNTLGPQYLAL----LQQTASSGNLNTLSSLHPMGGLNAMQLQNLAALAAAASA 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 AQNTPSGTNALTTSSSPLSVLTSS-GSSPSSSSSNSVNPIASLGALQTLAGATAGLNVGS :::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 AQNTPSGTNALTTSSSPLSVLTSSAGSSPSSSSSNSVNPIASLGALQTLAGATAGLNVGS 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 LAGMAALNGGLGSSGLSNGTGSTMEALTQAYSGIQQYAAAALPTLYNQNLLTQQSIGAAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 LAGMAALNGGLGSSGLSNGTGSTMEALTQAYSGIQQYAAAALPTLYNQNLLTQQSIGAAG 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KB0 SQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDLLQMFMPFGNVVSAKVFIDKQTNLSKCFGFVSYDNP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 SQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDLLQMFMPFGNVVSAKVFIDKQTNLSKCFGFVSYDNP 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 pF1KB0 VSAQAAIQSMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY :::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS79 VSAQAAIQSMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY 450 460 470 480 >>CCDS44355.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 (521 aa) initn: 1537 init1: 771 opt: 2606 Z-score: 1862.0 bits: 354.1 E(32554): 2.1e-97 Smith-Waterman score: 2606; 76.8% identity (91.8% similar) in 526 aa overlap (2-512:3-521) 10 20 30 40 50 pF1KB0 MAAFKLDFLPEMMVDHCSLNSSPVS---KKMNGTLDHPDQPDLDAIKMFVGQVPRTWSE .::::::::.:::. : . .. .::::.::: :::: :::::::::.::.::: CCDS44 MTSAFKLDFLPDMMVEGRLLVPDRINGTANKMNGALDHSDQPDPDAIKMFVGQIPRSWSE 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB0 KDLRELFEQYGAVYEINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNMKVLPGMH :.:.:::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::: CCDS44 KELKELFEPYGAVYQINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNIKTLPGMH 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB0 HPIQMKPADSEKNN-VEDRKLFIGMISKKCTENDIRVMFSSFGQIEECRILRGPDGLSRG ::::::::::::.: ::::::::::.::::.::::::::: ::::::::::::::::::: CCDS44 HPIQMKPADSEKSNAVEDRKLFIGMVSKKCNENDIRVMFSPFGQIEECRILRGPDGLSRG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 CAFVTFTTRAMAQTAIKAMHQAQTMEGCSSPMVVKFADTQKDKEQKRMAQQLQQQMQQIS ::::::.::::::.:::::::.:::::::::.:::::::::::::.:. ::: :::::.. CCDS44 CAFVTFSTRAMAQNAIKAMHQSQTMEGCSSPIVVKFADTQKDKEQRRLQQQLAQQMQQLN 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 AASVWGNLAGLNTLGPQYLALYLQLLQQTASSGNLNTLSSLHPMGGLNAMQLQNLAALAA .:. ::::.::. : :::::: :::..::.::...:... :.:.::.::::::.::: CCDS44 TAT-WGNLTGLGGLTPQYLAL----LQQATSSSNLGAFSGIQQMAGMNALQLQNLATLAA 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 AASAAQNTPSGTNA--LTTSSSPLSVLTS--SGSSPSSSSSNSVNPIASLGALQTLAGAT ::.:::.. ..::: :.:.:: :..::: ..:.:.:... ..: ..:::.:: ::::: CCDS44 AAAAAQTSATSTNANPLSTTSSALGALTSPVAASTPNSTAGAAMNSLTSLGTLQGLAGAT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB0 AGLN-VGSLA------GMAALNGGLGSSGLSNGTGSTMEALTQAYSGIQQYAAAALPTLY .::: ...:: ::::::::::..::.:::..::.::::::::::::::::::::: CCDS44 VGLNNINALAVAQMLSGMAALNGGLGATGLTNGTAGTMDALTQAYSGIQQYAAAALPTLY 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB0 NQNLLTQQSIGAAGSQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDLLQMFMPFGNVVSAKVFIDKQT .:.:: ::: :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::::: CCDS44 SQSLLQQQS--AAGSQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDILQMFMPFGNVISAKVFIDKQT 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KB0 NLSKCFGFVSYDNPVSAQAAIQSMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY ::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: CCDS44 NLSKCFGFVSYDNPVSAQAAIQAMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY 480 490 500 510 520 >>CCDS44354.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 (508 aa) initn: 1407 init1: 896 opt: 2577 Z-score: 1841.7 bits: 350.3 E(32554): 2.9e-96 Smith-Waterman score: 2577; 78.8% identity (94.0% similar) in 500 aa overlap (19-512:16-508) 10 20 30 40 50 60 pF1KB0 MAAFKLDFLPEMMVDHCSLNSSPVSKKMNGTLDHPDQPDLDAIKMFVGQVPRTWSEKDLR : :. ...::::.::: :::: :::::::::.::.::::.:. CCDS44 MRCPKSAVTMRNEELLLSNGTANKMNGALDHSDQPDPDAIKMFVGQIPRSWSEKELK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB0 ELFEQYGAVYEINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNMKVLPGMHHPIQ :::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::::: CCDS44 ELFEPYGAVYQINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNIKTLPGMHHPIQ 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB0 MKPADSEKNN-VEDRKLFIGMISKKCTENDIRVMFSSFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV ::::::::.: ::::::::::.::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::: CCDS44 MKPADSEKSNAVEDRKLFIGMVSKKCNENDIRVMFSPFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 TFTTRAMAQTAIKAMHQAQTMEGCSSPMVVKFADTQKDKEQKRMAQQLQQQMQQISAASV ::.::::::.:::::::.:::::::::.:::::::::::::.:. ::: :::::...:. CCDS44 TFSTRAMAQNAIKAMHQSQTMEGCSSPIVVKFADTQKDKEQRRLQQQLAQQMQQLNTAT- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 WGNLAGLNTLGPQYLALYLQLLQQTASSGNLNTLSSLHPMGGLNAMQLQNLAALAAAASA ::::.::. : :::::: :::..::.::...:... :.:.::.::::::.:::::.: CCDS44 WGNLTGLGGLTPQYLAL----LQQATSSSNLGAFSGIQQMAGMNALQLQNLATLAAAAAA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 AQNTPSGTNA--LTTSSSPLSVLTS--SGSSPSSSSSNSVNPIASLGALQTLAGATAGLN ::.. ..::: :.:.:: :..::: ..:.:.:... ..: ..:::.:: :::::.::: CCDS44 AQTSATSTNANPLSTTSSALGALTSPVAASTPNSTAGAAMNSLTSLGTLQGLAGATVGLN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 -VGSLAGMAALNGGLGSSGLSNGTGSTMEALTQAYSGIQQYAAAALPTLYNQNLLTQQSI ...::::::::::::..::.:::..::.:::::::::::::::::::::.:.:: ::: CCDS44 NINALAGMAALNGGLGATGLTNGTAGTMDALTQAYSGIQQYAAAALPTLYSQSLLQQQS- 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB0 GAAGSQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDLLQMFMPFGNVVSAKVFIDKQTNLSKCFGFVS :::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::::::::::::::: CCDS44 -AAGSQKEGPEGANLFIYHLPQEFGDQDILQMFMPFGNVISAKVFIDKQTNLSKCFGFVS 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KB0 YDNPVSAQAAIQSMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY ::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: CCDS44 YDNPVSAQAAIQAMNGFQIGMKRLKVQLKRSKNDSKPY 480 490 500 >>CCDS44356.1 CELF2 gene_id:10659|Hs108|chr10 (488 aa) initn: 1395 init1: 764 opt: 2547 Z-score: 1820.7 bits: 346.4 E(32554): 4.3e-95 Smith-Waterman score: 2547; 79.0% identity (93.5% similar) in 495 aa overlap (28-512:1-488) 10 20 30 40 50 60 pF1KB0 MAAFKLDFLPEMMVDHCSLNSSPVSKKMNGTLDHPDQPDLDAIKMFVGQVPRTWSEKDLR :::.::: :::: :::::::::.::.::::.:. CCDS44 MNGALDHSDQPDPDAIKMFVGQIPRSWSEKELK 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KB0 ELFEQYGAVYEINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNMKVLPGMHHPIQ :::: :::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.::::::::: CCDS44 ELFEPYGAVYQINVLRDRSQNPPQSKGCCFVTFYTRKAALEAQNALHNIKTLPGMHHPIQ 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 pF1KB0 MKPADSEKNN-VEDRKLFIGMISKKCTENDIRVMFSSFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV ::::::::.: ::::::::::.::::.::::::::: ::::::::::::::::::::::: CCDS44 MKPADSEKSNAVEDRKLFIGMVSKKCNENDIRVMFSPFGQIEECRILRGPDGLSRGCAFV 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 TFTTRAMAQTAIKAMHQAQTMEGCSSPMVVKFADTQKDKEQKRMAQQLQQQMQQISAASV ::.::::::.:::::::.:::::::::.:::::::::::::.:. ::: :::::...:. 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