FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0053, 1312 aa
1>>>pF1KB0053 1312 - 1312 aa - 1312 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7318+/-0.0011; mu= -0.6468+/- 0.067
mean_var=341.3625+/-66.972, 0's: 0 Z-trim(112.4): 53 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.069417
statistics sampled from 13146 (13185) to 13146 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16
Scan time: 5.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31061.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1 (1312) 8533 869.8 0
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CCDS45114.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14 (1203) 2407 256.2 3.8e-67
CCDS9732.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14 (1257) 2407 256.2 3.9e-67
>>CCDS31061.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1 (1312 aa)
initn: 8533 init1: 8533 opt: 8533 Z-score: 4634.1 bits: 869.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8533; 100.0% identity (100.0% similar) in 1312 aa overlap (1-1312:1-1312)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
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430 440 450 460 470 480
pF1KB0 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDETNKEEDEDDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPPGMKVQVRYGRGKNQKMYEASIKDSDVEGG
550 560 570 580 590 600
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pF1KB0 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
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pF1KB0 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
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730 740 750 760 770 780
pF1KB0 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
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790 800 810 820 830 840
pF1KB0 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
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910 920 930 940 950 960
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
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970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KB0 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB0 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB0 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB0 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310
pF1KB0 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
1270 1280 1290 1300 1310
>>CCDS31060.1 ARID4B gene_id:51742|Hs108|chr1 (1226 aa)
initn: 4472 init1: 4472 opt: 4492 Z-score: 2447.4 bits: 465.0 E(32554): 5.4e-130
Smith-Waterman score: 7756; 93.4% identity (93.4% similar) in 1312 aa overlap (1-1312:1-1226)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIPEEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVVCVD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDTAPK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKEDSSSSEAEEEEEEEDDEKEKEDNSSEEEE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EIEPFPEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGFDNIESGA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALPEKVVNKQCKEC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSKKNLLESIP
430 440 450 460 470 480
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pF1KB0 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDETNKEEDEDDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 THSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSG------------
490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 EAEEEEEEEEEEEDEDDDDNNEEEEFECYPPGMKVQVRYGRGKNQKMYEASIKDSDVEGG
CCDS31 ------------------------------------------------------------
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 EVLYLVHYCGWNVRYDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 --------------YDEWIKADKIVRPADKNVPKIKHRKKIKNKLDKEKDKDEKYSPKNC
530 540 550 560 570
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KLRRLSKPPFQTNPSPEMVSKLDLTDAKNSDTAHIKSIEITSILNGLQASESSAEDSEQE
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730 740 750 760 770 780
pF1KB0 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DERGAQDMDNNGKEESKIDHLTNNRNDLISKEEQNSSSLLEENKVHADLVISKPVSKSPE
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pF1KB0 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RLRKDIEVLSEDTDYEEDEVTKKRKDVKKDTTDKSSKPQIKRGKRRYCNTEECLKTGSPG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKEEKAKNKESLCMENSSNSSSDEDEEETKAKMTPTKKYNGLEEKRKSLRTTGFYSGFSE
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910 920 930 940 950 960
pF1KB0 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VAEKRIKLLNNSDERLQNSRAKDRKDVWSSIQGQWPKKTLKELFSDSDTEAAASPPHPAP
820 830 840 850 860 870
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEGVAEESLQTVAEEESCSPSVELEKPPPVNVDSKPIEEKTVEVNDRKAEFPSSGSNSVL
880 890 900 910 920 930
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB0 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NTPPTTPESPSSVTVTEGSRQQSSVTVSEPLAPNQEEVRSIKSETDSTIEVDSVAGELQD
940 950 960 970 980 990
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pF1KB0 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LQSEGNSSPAGFDASVSSSSSNQPEPEHPEKACTGQKRVKDAQGGGSSSKKQKRSHKATV
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB0 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VNNKKKGKGTNSSDSEELSAGESITKSQPVKSVSTGMKSHSTKSPARTQSPGKCGKNGDK
1060 1070 1080 1090 1100 1110
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB0 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DPDLKEPSNRLPKVYKWSFQMSDLENMTSAERITILQEKLQEIRKHYLSLKSEVASIDRR
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pF1KB0 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RKRLKKKERESAATSSSSSSPSSSSITAAVMLTLAEPSMSSASQNGMSVECR
1180 1190 1200 1210 1220
>>CCDS9733.1 ARID4A gene_id:5926|Hs108|chr14 (1188 aa)
initn: 1999 init1: 846 opt: 2442 Z-score: 1338.0 bits: 259.7 E(32554): 3.3e-68
Smith-Waterman score: 2828; 43.0% identity (64.9% similar) in 1343 aa overlap (1-1312:1-1188)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MKALDEPPYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTAKRLVKVKVTFRHDSSTVEVQDDHIKGPL
::: ::: :::::::::::::::::::::::.:::::::: ...:..: ::::..::::
CCDS97 MKAADEPAYLTVGTDVSAKYRGAFCEAKIKTVKRLVKVKVLLKQDNTTQLVQDDQVKGPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KVGAIVEVKNLDGAYQEAVINKLTDASWYTVVFDDGDEKTLRRSSLCLKGERHFAESETL
.::::::... ::..:::.:.:::::::::::::::::.::::.::::::::::::::::
CCDS97 RVGAIVETRTSDGSFQEAIISKLTDASWYTVVFDDGDERTLRRTSLCLKGERHFAESETL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB0 DQLPLTNPEHFGTPVIGKKTNRGRRSNHIP---EEESSSSSSDEDEDDRKQIDELLGKVV
::::::::::::::::.:::::::::. .: .:. :: .:::: :. ::::::::
CCDS97 DQLPLTNPEHFGTPVIAKKTNRGRRSS-LPVTEDEKEEESSEEEDEDKRRLNDELLGKVV
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 CVDYISLDKKKALWFPALVVCPDCSDEIAVKKDNILVRSFKDGKFTSVPRKDVHEITSDT
: .: .. :.::::. :.:.:.:.::::. ::::: :.:: :. :::..:. .
CCDS97 SV--VSATERTE-WYPALVISPSCNDDITVKKDQCLVRSFIDSKFYSIARKDIKEVDILN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 APKPDAVLKQAFEQALEFHKSRTIPANWKTELKE--DSSSSEAEE-EEEEEDDEKEKEDN
:. . : ....: : :.:..: ::: ...: .::::. :. ::.:.::::: .
CCDS97 LPESELSTKPGLQKASIFLKTRVVPDNWKMDISEILESSSSDDEDGPAEENDEEKEKEAK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 SSEEEEEIEPF-PEERENFLQQLYKFMEDRGTPINKRPVLGYRNLNLFKLFRLVHKLGGF
..::: : . ::::.::::::::::::::::::: :::::..::::::::::.. ::
CCDS97 KTEEEVPEEELDPEERDNFLQQLYKFMEDRGTPINKPPVLGYKDLNLFKLFRLVYHQGGC
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 DNIESGAVWKQVYQDLGIPVLNSAAGYNVKCAYKKYLYGFEEYCRSANIEFQMALP-EKV
:::.:::::::.:.:::::.:::::.:::: ::.:::::::::::::::.:. . :
CCDS97 DNIDSGAVWKQIYMDLGIPILNSAASYNVKTAYRKYLYGFEEYCRSANIQFRTVHHHEPK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 VNKQCKECENVKEIKVKEENETEIKEIKMEEERNIIPREEKPIEDEIERKENIKPSLGSK
:... :. :. : .: ..: . :.: : :.:: :. ..::: .: : .
CCDS97 VKEEKKDLEESMEEALKLDQEMPLTEVKSEPEENIDSNSESE-REEIE----LKSPRGRR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB0 KNL--LESIPTHSDQEKEVNIKKPEDNENLDDKDDDTTRVDESLNIKVEAEEEKAKSGDE
. ..:: . ..:: . : .:.:: : ::: .... : . .... :. ..
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