Result of FASTA (omim) for
pF1KB0087
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0087, 1140 aa
1>>>pF1KB0087 1140 - 1140 aa - 1140 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8074+/-0.000533; mu= 18.9728+/- 0.033
mean_var=65.1308+/-12.781, 0's: 0 Z-trim(105.8): 23 B-trim: 10 in 1/55
Lambda= 0.158921
statistics sampled from 13946 (13963) to 13946 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.482), E-opt: 0.2 (0.164), width: 16
Scan time: 13.820
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001914 (OMIM: 600045) DNA damage-binding protei (1140) 7452 1718.6 0
NP_036558 (OMIM: 605592) splicing factor 3B subuni (1217) 367 94.2 5.3e-18
XP_006716611 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an (1440) 262 70.1 1.1e-10
XP_006716613 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an ( 785) 257 68.9 1.4e-10
XP_011515299 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an (1365) 257 69.0 2.3e-10
XP_011515300 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an (1365) 257 69.0 2.3e-10
XP_011515301 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an (1365) 257 69.0 2.3e-10
XP_006716612 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage an (1365) 257 69.0 2.3e-10
NP_037423 (OMIM: 606027) cleavage and polyadenylat (1443) 257 69.0 2.4e-10
>>NP_001914 (OMIM: 600045) DNA damage-binding protein 1 (1140 aa)
initn: 7452 init1: 7452 opt: 7452 Z-score: 9223.7 bits: 1718.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7452; 100.0% identity (100.0% similar) in 1140 aa overlap (1-1140:1-1140)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGK
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NP_001 MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 IAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 IGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 RVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 DMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 TDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVAC
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 LDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSH
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 YLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 SSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHET
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 SFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEE
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NP_001 SFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 AEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 TECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL
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NP_001 TECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGET
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB0 STPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 STPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTER
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB0 KTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH
1090 1100 1110 1120 1130 1140
>>NP_036558 (OMIM: 605592) splicing factor 3B subunit 3 (1217 aa)
initn: 376 init1: 160 opt: 367 Z-score: 444.2 bits: 94.2 E(85289): 5.3e-18
Smith-Waterman score: 848; 23.4% identity (54.4% similar) in 1203 aa overlap (19-1112:18-1197)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEG--LRPVKEVGMY
. :.:..... ....... ::. . .. . : ..
NP_036 MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 GKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIG-RPSE
: : . :: : .:: . . . . ::::. : ... . : .. . : :
NP_036 GVIRSLMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYQPSK---NMFEKIHQETFGKSGCRRIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB0 TGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRD-------NKELKAFNIRLEELHVI--DVK
: . .::. : . . . : :.:: .. :.: . ::. ::
NP_036 PGQFLAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEAHKANTLVYHVVGVDVG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 F---LYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWK-----QENVEAEASMVI
: ...: . .:: :. . . . .: :.. : . .: .: .....:
NP_036 FENPMFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLI
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB0 AVP---EPFGGAIIIGQESITYHN-GDKYLAIAPPIIKQST----------IVCHNRVDP
.:: . .:..: ... :::.: ::. : :: .. . .::
NP_036 TVPGGSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQP-DIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKT
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 NGSRYLLGDME-GRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVG
.. ..:.. : : .: . :: .:.: :: ..:.. . . .: . : .: .::.
NP_036 KSMFFFLAQTEQGDIFKITLETDEDM---VT--EIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVA
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360
pF1KB0 SRLGDSQLVKLNV--DSNEQGSYVVAM-----ETF----------------TNLGPIVDM
:..:. : .. :..:. . :: .:: .:.::.
NP_036 SEFGNHYLYQIAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDELDSLSPILFC
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 CVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGI-KGLWPLRSDPNRET
..:: . :: . : ..:::..:.:. . : : .::: ...: .: . :
NP_036 QIADLANEDTPQLYVACGRGPRSSLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVRRHIEDEF
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 DDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQ
: ...:::. : :: . :: :::. ::. :. :. .. . :.:. ..: .
NP_036 DAYIIVSFVNATLVLSI-GETVEEVTDSGFLGTTPTLSCSLLGDDALVQVYPDGIRHIRA
480 490 500 510 520
490 500 510 520 530
pF1KB0 EPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAV-GRALYYLQIHPQ-ELRQISHT-EMEHEV
. . :.::: : :.: . :. :::.:. : : :... :. .: . .. :: .:
NP_036 DKR--VNEWKTPGKKTIVKCAVNQRQVVIALTGGELVYFEMDPSGQLNEYTERKEMSADV
530 540 550 560 570 580
540 550 560 570 580 590
pF1KB0 ACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKL-PSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFE
.:.... . .. : . :.:: .: ..::..: :: : : . :.:. .. .
NP_036 VCMSLANVPPGEQRSRFLAVGL-VDNTVRIISLDPSDCLQPLSMQALPAQPESLCIVEMG
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630 640
pF1KB0 SSH--------------YLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRS
... :: .: .:.:. :. :: ::: . ::..:. : :
NP_036 GTEKQDELGERGSIGFLYLNIGLQNGVLLRTVLDPVTGDLSDTRTRYLGSRPVKLFRVRM
650 660 670 680 690 700
650 660 670 680 690 700
pF1KB0 LSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGT
. :.: :.: . :: . .. .. .. . ... . :. :.... ...:: : .
NP_036 QGQEAVLAMSSRSWLSYSYQSRFHLTPLSYETLEFASGFASEQCPEGIVAISTNTLRILA
710 720 730 740 750 760
710 720 730 740 750
pF1KB0 IDEIQKLHIRTV-PLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSR-------IEVQDTSGGTTALRPS
.... . ... :: .:::. . :. . .. . ..: . . . .
NP_036 LEKLGAVFNQVAFPLQYTPRKFVIHPESNNLIIIETDHNAYTEATKAQRKQQMAEEMVEA
770 780 790 800 810 820
760 770 780 790 800 810
pF1KB0 ASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHN-----LLIIDQHTFEVLHAHQFLQN
:. . .. . : . . : :. :: .. . ... ..: :. ::
NP_036 AGEDERELAAEMAAAFLNENLP-ESIFGAPKAGNGQWASVIRVMNPIQGNTLDLVQLEQN
830 840 850 860 870 880
820 830 840 850 860
pF1KB0 EYALSLVSCKLGKDPNTYFI-VGTA---MVYPEEAEPKQGRIVVFQY-SDG-KLQTVAEK
: :.:.. :.... . ... ::.: .. :. . : . ... ..: ::. . .
NP_036 EAAFSVAVCRFSNTGEDWYVLVGVAKDLILNPRSVA--GGFVYTYKLVNNGEKLEFLHKT
890 900 910 920 930 940
870 880 890 900 910 920
pF1KB0 EVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRT-ECNHYNNIMALYLKTKGDFILV
:. . ... :.:..: .... .:.:. .: :: : .: : .. ..: : ..:
NP_036 PVEEVPAAIAPFQGRVLIGVGKLLRVYDLGKKKLLRKCENKHIANYIS-GIQTIGHRVIV
950 960 970 980 990 1000
930 940 950 960 970 980
pF1KB0 GDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQ--KDS
.:...: . . :: :... .: : : :.... .:: :. ::.. :. : . ..
NP_036 SDVQESFIWVRYKRNENQLIIFADDTYPRWVTTASLLDYDTVAGADKFGNICVVRLPPNT
1010 1020 1030 1040 1050 1060
990 1000 1010 1020 1030
pF1KB0 AATTDEE---RQHLQEVGLFH----LGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGS--VLFGT
.::. . : . ::.. .: . . : :. .: .:. :: ... :
NP_036 NDEVDEDPTGNKALWDRGLLNGASQKAEVIMNYHVGETVL-SLQKTTLIPGGSESLVYTT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KB0 VNGMIG-LVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDG
..: :: :: :. .... .. .: . . .: .::.. :. . :::
NP_036 LSGGIGILVPFTSHEDHDFFQHVEMHLRSEHPPLCGRDHLSFRSYYF-----PVKNVIDG
1130 1140 1150 1160 1170
1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB0 DLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH
:: :.: .. :...: .:
NP_036 DLCEQFNSMEPNKQKNVSEELDRTPPEVSKKLEDIRTRYAF
1180 1190 1200 1210
>>XP_006716611 (OMIM: 606027) PREDICTED: cleavage and po (1440 aa)
initn: 238 init1: 78 opt: 262 Z-score: 312.9 bits: 70.1 E(85289): 1.1e-10
Smith-Waterman score: 289; 21.5% identity (55.3% similar) in 530 aa overlap (638-1131:931-1432)
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 DGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSL-STTNVFACSDRPTVIYSSNHKL
.: :... . ..:: :. : : :
XP_006 FREKKPKPSKKKAEGGGAEEGAGARGRVARFRYFEDIYGYSGVFICGPSP-------HWL
910 920 930 940 950
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 VFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTI--DEIQKLHIRTVPLY---ESP
. .. . . . :. :: ::.: .: . : . .. .:.: ..: : ..:
XP_006 LVTG---RGALRLHPMAIDGPVDSFAPFHNVNCPRGFLYFNRQGELRISVLPAYLSYDAP
960 970 980 990 1000 1010
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 RKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETS
. . .. ..: . . .:.. : : ... : : . :
XP_006 WPVRKIPLRCTAHYVAYHVESKVYAVATSTNTPCARIPRMTGE---EKEFET-IERDERY
1020 1030 1040 1050 1060
790 800 810 820 830
pF1KB0 FGEEVEVHNLLIIDQHTFEVL-HAHQFLQN-EYALSLVSCKLGKDPNT-----YFIVGTA
. . :. .. .:. ..:.. .:. ::. :.. . . .: .. .. : .::
XP_006 IHPQQEAFSIQLISPVSWEAIPNARIELQEWEHVTCMKTVSLRSEETVSGLKGYVAAGTC
1070 1080 1090 1100 1110 1120
840 850 860 870 880
pF1KB0 MVYPEEAEPKQGRIVVFQY-----------SDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLAS
.. ::. . :::.... . .:.... ::: :: : .. . ::.:...
XP_006 LMQGEEVTCR-GRILIMDVIEVVPEPGQPLTKNKFKVLYEKEQKGPVTALCHCNGHLVSA
1130 1140 1150 1160 1170 1180
890 900 910 920 930 940
pF1KB0 INSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALY-LKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNF
:.. ... :. . : .. . .. . . .:::..:.:.:. :: :. .
XP_006 IGQ--KIFLWSLRASELTGMAFIDTQLYIHQMISVKNFILAADVMKSISLLRYQE---ES
1190 1200 1210 1220 1230 1240
950 960 970 980 990
pF1KB0 EEIARDFNPNWMSAVEILDDD---NFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFH
. .. : .: . .:... :. .:: .. ::.: . : . ..: . . ::
XP_006 KTLSLDAKPLEVYSVDFMVDNAQLGFLVSDRDRNLMVYMYLPEAKESFGGMRLLRRADFH
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KB0 LGEFVNVF----CHGSLVMQNLGETSTPTQGSVL--FGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLD
.: ::.: :.:. ..:.. :. ... . :.:..: :::. ..:. : ::
XP_006 VGAHVNTFWRTPCRGAT--EGLSKKSVVWENKHITWFATLDGGIGLLLPMQEKTYRRLLM
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.: :... . ..:: :. : : :
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. .. . . . :. :: ::.: .: . : . .. .:.: ..: : ..:
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. . .. ..: . . .:.. : : ... : : . :
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.. ::. . :::.... . .:.... ::: :: : .. . ::.:...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]