Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0150
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0150, 1464 aa
1>>>pF1KB0150 1464 - 1464 aa - 1464 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4841+/-0.00123; mu= -5.3761+/- 0.073
mean_var=289.9005+/-60.285, 0's: 0 Z-trim(110.8): 60 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.075327
statistics sampled from 11795 (11846) to 11795 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.364), width: 16
Scan time: 4.940
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47872.1 NCOA2 gene_id:10499|Hs108|chr8 (1464) 9845 1084.7 0
CCDS54472.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1415) 2566 293.7 2.7e-78
CCDS13406.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1420) 2524 289.1 6.4e-77
CCDS13407.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1424) 2517 288.3 1.1e-76
CCDS1713.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1399) 1996 231.7 1.2e-59
CCDS42660.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1440) 1996 231.7 1.2e-59
CCDS1712.1 NCOA1 gene_id:8648|Hs108|chr2 (1441) 1996 231.7 1.2e-59
>>CCDS47872.1 NCOA2 gene_id:10499|Hs108|chr8 (1464 aa)
initn: 9845 init1: 9845 opt: 9845 Z-score: 5794.1 bits: 1084.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 9845; 99.9% identity (100.0% similar) in 1464 aa overlap (1-1464:1-1464)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSGMGENTSDPSRAETRKRKECPDQLGPSPKRNTEKRNREQENKYIEELAELIFANFNDI
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CCDS47 MSGMGENTSDPSRAETRKRKECPDQLGPSPKRNTEKRNREQENKYIEELAELIFANFNDI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 DNFNFKPDKCAILKETVKQIRQIKEQEKAAAANIDEVQKSDVSSTGQGVIDKDALGPMML
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CCDS47 DNFNFKPDKCAILKETVKQIRQIKEQEKAAAANIDEVQKSDVSSTGQGVIDKDALGPMML
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 EALDGFFFVVNLEGNVVFVSENVTQYLRYNQEELMNKSVYSILHVGDHTEFVKNLLPKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EALDGFFFVVNLEGNVVFVSENVTQYLRYNQEELMNKSVYSILHVGDHTEFVKNLLPKSI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VNGGSWSGEPPRRNSHTFNCRMLVKPLPDSEEEGHDNQEAHQKYETMQCFAVSQPKSIKE
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CCDS47 VNGGSWSGEPPRRNSHTFNCRMLVKPLPDSEEEGHDNQEAHQKYETMQCFAVSQPKSIKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 EGEDLQSCLICVARRVPMKERPVLPSSESFTTRQDLQGKITSLDTSTMRAAMKPGWEDLV
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CCDS47 EGEDLQSCLICVARRVPMKERPVLPSSESFTTRQDLQGKITSLDTSTMRAAMKPGWEDLV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 RRCIQKFHAQHEGESVSYAKRHHHEVLRQGLAFSQIYRFSLSDGTLVAAQTKSKLIRSQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RRCIQKFHAQHEGESVSYAKRHHHEVLRQGLAFSQIYRFSLSDGTLVAAQTKSKLIRSQT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 TNEPQLVISLHMLHREQNVCVMNPDLTGQTMGKPLNPISSNSPAHQALCSGNPGQDMTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TNEPQLVISLHMLHREQNVCVMNPDLTGQTMGKPLNPISSNSPAHQALCSGNPGQDMTLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 SNINFPINGPKEQMGMPIGRFGGSGGMNHVSGMQATTPQGSNYALKMNSPSQSSPGMNPG
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CCDS47 SNINFPINGPKEQMGMPMGRFGGSGGMNHVSGMQATTPQGSNYALKMNSPSQSSPGMNPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 QPTSMLSPRHRMSPGVAGSPRIPPSQFSPAGSLHSPVGVCSSTGNSHSYTNSSLNALQAL
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CCDS47 QPTSMLSPRHRMSPGVAGSPRIPPSQFSPAGSLHSPVGVCSSTGNSHSYTNSSLNALQAL
490 500 510 520 530 540
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pF1KB0 SEGHGVSLGSSLASPDLKMGNLQNSPVNMNPPPLSKMGSLDSKDCFGLYGEPSEGTTGQA
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CCDS47 SEGHGVSLGSSLASPDLKMGNLQNSPVNMNPPPLSKMGSLDSKDCFGLYGEPSEGTTGQA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 ESSCHPGEQKETNDPNLPPAVSSERADGQSRLHDSKGQTKLLQLLTTKSDQMEPSPLASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ESSCHPGEQKETNDPNLPPAVSSERADGQSRLHDSKGQTKLLQLLTTKSDQMEPSPLASS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 LSDTNKDSTGSLPGSGSTHGTSLKEKHKILHRLLQDSSSPVDLAKLTAEATGKDLSQESS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LSDTNKDSTGSLPGSGSTHGTSLKEKHKILHRLLQDSSSPVDLAKLTAEATGKDLSQESS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 STAPGSEVTIKQEPVSPKKKENALLRYLLDKDDTKDIGLPEITPKLERLDSKTDPASNTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 STAPGSEVTIKQEPVSPKKKENALLRYLLDKDDTKDIGLPEITPKLERLDSKTDPASNTK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 LIAMKTEKEEMSFEPGDQPGSELDNLEEILDDLQNSQLPQLFPDTRPGAPAGSVDKQAII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LIAMKTEKEEMSFEPGDQPGSELDNLEEILDDLQNSQLPQLFPDTRPGAPAGSVDKQAII
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 NDLMQLTAENSPVTPVGAQKTALRISQSTFNNPRPGQLGRLLPNQNLPLDITLQSPTGAG
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CCDS47 NDLMQLTAENSPVTPVGAQKTALRISQSTFNNPRPGQLGRLLPNQNLPLDITLQSPTGAG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 PFPPIRNSSPYSVIPQPGMMGNQGMIGNQGNLGNSSTGMIGNSASRPTMPSGEWAPQSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PFPPIRNSSPYSVIPQPGMMGNQGMIGNQGNLGNSSTGMIGNSASRPTMPSGEWAPQSSA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 VRVTCAATTSAMNRPVQGGMIRNPAASIPMRPSSQPGQRQTLQSQVMNIGPSELEMNMGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VRVTCAATTSAMNRPVQGGMIRNPAASIPMRPSSQPGQRQTLQSQVMNIGPSELEMNMGG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB0 PQYSQQQAPPNQTAPWPESILPIDQASFASQNRQPFGSSPDDLLCPHPAAESPSDEGALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PQYSQQQAPPNQTAPWPESILPIDQASFASQNRQPFGSSPDDLLCPHPAAESPSDEGALL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB0 DQLYLALRNFDGLEEIDRALGIPELVSQSQAVDPEQFSSQDSNIMLEQKAPVFPQQYASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DQLYLALRNFDGLEEIDRALGIPELVSQSQAVDPEQFSSQDSNIMLEQKAPVFPQQYASQ
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB0 AQMAQGSYSPMQDPNFHTMGQRPSYATLRMQPRPGLRPTGLVQNQPNQLRLQLQHRLQAQ
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CCDS47 AQMAQGSYSPMQDPNFHTMGQRPSYATLRMQPRPGLRPTGLVQNQPNQLRLQLQHRLQAQ
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB0 QNRQPLMNQISNVSNVNLTLRPGVPTQAPINAQMLAQRQREILNQHLRQRQMHQQQQVQQ
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CCDS47 QNRQPLMNQISNVSNVNLTLRPGVPTQAPINAQMLAQRQREILNQHLRQRQMHQQQQVQQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB0 RTLMMRGQGLNMTPSMVAPSGMPATMSNPRIPQANAQQFPFPPNYGISQQPDPGFTGATT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTLMMRGQGLNMTPSMVAPSGMPATMSNPRIPQANAQQFPFPPNYGISQQPDPGFTGATT
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB0 PQSPLMSPRMAHTQSPMMQQSQANPAYQAPSDINGWAQGNMGGNSMFSQQSPPHFGQQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PQSPLMSPRMAHTQSPMMQQSQANPAYQAPSDINGWAQGNMGGNSMFSQQSPPHFGQQAN
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB0 TSMYSNNMNINVSMATNTGGMSSMNQMTGQISMTSVTSVPTSGLSSMGPEQVNDPALRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TSMYSNNMNINVSMATNTGGMSSMNQMTGQISMTSVTSVPTSGLSSMGPEQVNDPALRGG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460
pF1KB0 NLFPNQLPGMDMIKQEGDTTRKYC
::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NLFPNQLPGMDMIKQEGDTTRKYC
1450 1460
>>CCDS54472.1 NCOA3 gene_id:8202|Hs108|chr20 (1415 aa)
initn: 2071 init1: 577 opt: 2566 Z-score: 1519.2 bits: 293.7 E(32554): 2.7e-78
Smith-Waterman score: 3534; 43.0% identity (69.5% similar) in 1504 aa overlap (1-1431:1-1412)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MSGMGENTSDPSRAETRKRKECPDQLGPSPKRNTEKRNREQENKYIEELAELIFANFNDI
:::.::: :: ...:::: : : . . ::: ::::.:::::::::: ::..::
CCDS54 MSGLGENL-DPLASDSRKRKLPCDTPGQGLTCSGEKRRREQESKYIEELAELISANLSDI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 DNFNFKPDKCAILKETVKQIRQIKEQEKAAAANIDEVQKSDVSSTGQGVIDKDALGPMML
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CCDS54 DNFNVKPDKCAILKETVRQIRQIKEQGKTIS-NDDDVQKADVSSTGQGVIDKDSLGPLLL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 EALDGFFFVVNLEGNVVFVSENVTQYLRYNQEELMNKSVYSILHVGDHTEFVKNLLPKSI
.:::::.:::: .::.:::::::::::.:.::.:.: :::.::: :. .:.::: :::
CCDS54 QALDGFLFVVNRDGNIVFVSENVTQYLQYKQEDLVNTSVYNILHEEDRKDFLKNL-PKST
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VNGGSWSGEPPRRNSHTFNCRMLVKPLPDSEEEGHDNQEAHQKYETMQCFAVSQPKSIKE
::: ::..: :..:::::::::.: : :. . . : .:.::::::::.:::... :
CCDS54 VNGVSWTNETQRQKSHTFNCRMLMKTPHDILEDINASPEMRQRYETMQCFALSQPRAMME
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB0 EGEDLQSCLICVARRVPMKERPVLPSS-ESFTTRQDLQGKITSLDTSTMRAAMKPGWEDL
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CCDS54 EGEDLQSCMICVARRITTGER-TFPSNPESFITRHDLSGKVVNIDTNSLRSSMRPGFEDI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB0 VRRCIQKFHAQHEGESVSYAKRHHHEVLRQGL----------AFSQIYRFSLSDGTLVAA
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CCDS54 IRRCIQRFFSLNDGQSWSQ-KRHYQEVTSDGIFSPTAYLNGHAETPVYRFSLADGTIVTA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB0 QTKSKLIRSQTTNEPQLVISLHMLHREQNVCVMNPDLTGQTMGKPLNPISSNSPAHQALC
::::::.:. .::. . .: :.:.:::: ::. .:: . :. .:. .
CCDS54 QTKSKLFRNPVTNDRHGFVSTHFLQREQNGYRPNPNPVGQGIRPPMAGCNSSVGGM----
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB0 SGNPGQDMTLSSNINFPINGPKEQMGMPIGRFGGSGGMNHVS---GMQA-TTPQGSNYAL
: .:.: . . :. . . :. : .:.:::... .. :::. .. :..::.:
CCDS54 SMSPNQGLQMPSSRAYGLADPSTTGQMSGARYGGSSNIASLTPGPGMQSPSSYQNNNYGL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB0 KMNSPSQSSPGMNPGQPTSMLSPRHRMSPGVAGSPRIPPSQFSPAGSLHSPVGVCSSTGN
.:.:: ..:::. :.: . :.:::.: :::.: ::::....:::.. ..:::
CCDS54 NMSSPPHGSPGLAPNQQNIMISPRNR------GSPKIASHQFSPVAGVHSPMASSGNTGN
480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB0 SHSYTNSSLNALQALSEGHGVSLGSSLASPDLKMGNLQNSPVNMNPPPLSKMGSLDSKDC
::...:::.::::.::: :.:: :.:.:: : :.::: ::: ::... :::.
CCDS54 -HSFSSSSLSALQAISEGVGTSLLSTLSSPGPK---LDNSP-NMNITQPSKVSNQDSKSP
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB0 FGLYGE--PSEGTTGQAESSCHPGEQKETNDPNLPPAVSSERADGQSRLHDSKGQTKLLQ
.:.: . : :.. :..: : .. ::... : : :..: .:::. ::::
CCDS54 LGFYCDQNPVESSMCQSNSRDHLSD-KESKES------SVEGAENQRGPLESKGHKKLLQ
590 600 610 620 630
650 660 670 680
pF1KB0 LLTTKSDQ-----MEPSPLASSLSDTN----------KDSTGSLPGSGSTHGTSLKEKHK
::: .::. . ::: :: .... ....:.. .... ::. :.:::.
CCDS54 LLTCSSDDRGHSSLTNSPLDSSCKESSVSVTSPSGVSSSTSGGVSSTSNMHGSLLQEKHR
640 650 660 670 680 690
690 700 710 720 730 740
pF1KB0 ILHRLLQDSSSPVDLAKLTAEATGKDLSQESSSTAPGSEVTIKQEPVSPKKKEN-ALLRY
:::.:::...::...::.:::::::: : : :. :. ..::: .::::::: :::::
CCDS54 ILHKLLQNGNSPAEVAKITAEATGKDTS---SITSCGDGNVVKQEQLSPKKKENNALLRY
700 710 720 730 740 750
750 760 770 780 790 800
pF1KB0 LLDKDDTKDIGLPEITPKLERLDSKTDPASNTKLIAMKTEKE-EMSFEPGDQPGSELDNL
:::.:: .: :. :..: .:.: . ... . . . ::. ... : ... ...::::
CCDS54 LLDRDDPSDALSKELQPQVEGVDNKMSQCTSSTIPSSSQEKDPKIKTETSEEGSGDLDNL
760 770 780 790 800 810
810 820 830 840 850 860
pF1KB0 EEILDDLQNSQLPQLFPDTRPGAPAGSVDKQAIINDLMQLTAENSPVTPVGAQKTALRIS
. :: :: .:.. . .. :. :. :: ... :... .:. :
CCDS54 DAILGDLTSSDFYNNSISSN-GSHLGT--KQQVFQ---------------GTNSLGLKSS
820 830 840 850
870 880 890 900 910 920
pF1KB0 QSTFNNPRPGQLGRLLPNQNLPLDITLQSPTGAGPFPPIRNSSPYSVIP-QPGMMGNQGM
::. .. :: :. . :: ::...: ::..: : . ..: :: . :: :
CCDS54 QSV-QSIRPPY------NRAVSLD----SPVSVGSSPPVKNISAFPMLPKQPMLGGNPRM
860 870 880 890 900
930 940 950 960 970 980
pF1KB0 IGNQGNLGNSSTGMIGNSASRPTMPSGEWAPQSS-AVRVTCAATTSAMNRPVQGGMIRNP
. .: : : :: : : :. .:. :..: .. . .... ::. :: : :
CCDS54 MDSQENYG-SSMGDWG----LPNSKAGRMEPMNSNSMGRPGGDYNTSLPRPALGGSI--P
910 920 930 940 950
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KB0 AASIPMRPSSQPGQRQTLQSQ--VMNIGPSELEMNMGGPQYSQQQAPPNQTAPWPESILP
..:.: .: :: : .::.: .... :.:. :.::. :.: : :: . ::...:
CCDS54 --TLPLRSNSIPGARPVLQQQQQMLQMRPGEIPMGMGANPYGQAAAS-NQLGSWPDGMLS
960 970 980 990 1000 1010
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KB0 IDQASFASQNRQPFGSSPDDLLCPHPAAESPSDEGALLDQLYLALRNFD--GLEEIDRAL
..:.: ..::: . .: :::. : :. ::: ::::::. : : : :::::::::
CCDS54 MEQVSHGTQNRPLLRNSLDDLVGPPSNLEGQSDERALLDQLHTLLSNTDATGLEEIDRAL
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1110 1120 1130 1140 1150
pF1KB0 GIPELVSQSQAVDPEQ--FSSQDSNIMLEQKAPVFPQQYASQAQMAQGSYSPM-QDPNFH
::::::.:.::..:.: :..:.. .:..::: .. : : .:. ::.. . :.:.:.
CCDS54 GIPELVNQGQALEPKQDAFQGQEAAVMMDQKAGLYGQTYPAQGPPMQGGFHLQGQSPSFN
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB0 TM----GQRPSYATLRMQPRPG-LRPTGLVQNQPNQLRLQLQHRLQAQQ----NRQPLMN
.: .:. .. :.:: . .:: : :.:::.:::.:::.:: .:: :
CCDS54 SMMNQMNQQGNFPLQGMHPRANIMRPR---TNTPKQLRMQLQQRLQGQQFLNQSRQALEL
1140 1150 1160 1170 1180
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KB0 QISN-VSNVNLTLRPGV-PTQAPINAQMLAQRQREILNQHLRQR----------------
.. : ... ..:: . : :. .::::.:::.::.:..:.::.
CCDS54 KMENPTAGGAAVMRPMMQPQQGFLNAQMVAQRSRELLSHHFRQQRVAMMMQQQQQQQQQQ
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1260 1270 1280 1290 1300
pF1KB0 ---QMHQQQQVQQRTLMMRGQGLNMTPSMVAPSGMPATMSNPRIPQANAQQFPFPPNYGI
:..:::: ::. ... :... :...: .: . ...: .::: ::::. ::::.
CCDS54 QQQQQQQQQQQQQQQQQQQTQAFSPPPNVTASPSMDGLLAGPTMPQAPPQQFPYQPNYGM
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KB0 SQQPDPGFTGATTPQSPLMSPRMAHTQSPMMQQSQANPAYQAPSDINGWAQGNMGGNSMF
.:::::.: ...: . .:: ::. .:.::::. :: ::. :...:: .::.. :: :
CCDS54 GQQPDPAFGRVSSPPNAMMSSRMGPSQNPMMQHPQAASIYQS-SEMKGWPSGNLARNSSF
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KB0 SQQSPPHFGQQANTSMYSNNMNINVSMATNTGGMSSMNQMTGQISMTSVTSVPTSGLSSM
::: .:..:.: ..:: : :: .:.... ... .: ::. :
CCDS54 SQQ---QFAHQGNPAVYS---------------MVHMNGSSGHMGQMNMNPMPMSGMP-M
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]