Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0419
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0419, 472 aa
1>>>pF1KB0419 472 - 472 aa - 472 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6025+/-0.00111; mu= 13.5447+/- 0.067
mean_var=163.5361+/-34.504, 0's: 0 Z-trim(108.2): 69 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.100292
statistics sampled from 10000 (10055) to 10000 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.309), width: 16
Scan time: 2.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 ( 449) 2991 445.2 6.6e-125
CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX ( 449) 2907 433.0 3e-121
CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 ( 415) 2128 320.3 2.4e-87
CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 346) 1422 218.1 1.2e-56
CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 331) 756 121.7 1.2e-27
CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 480) 666 108.8 1.3e-23
CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 318) 592 97.9 1.6e-20
>>CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 (449 aa)
initn: 3396 init1: 2991 opt: 2991 Z-score: 2355.9 bits: 445.2 E(32554): 6.6e-125
Smith-Waterman score: 2991; 98.0% identity (98.7% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
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CCDS44 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB0 GGGYGGQSSMSGYGNQGAVNSSYYSSGSRASMGVNGMGGLSSMSSMSGGWGM
::::::::::::: . ::: ..:
CCDS44 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDFQSNIA
430 440
>>CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX (449 aa)
initn: 3296 init1: 2907 opt: 2907 Z-score: 2290.2 bits: 433.0 E(32554): 3e-121
Smith-Waterman score: 2907; 94.8% identity (98.2% similar) in 446 aa overlap (1-446:1-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
:::.::: :::::::::::::::::::.:::::::::::..:::::::::::::::::::
CCDS14 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS14 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS14 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
::::::.:::::.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB0 GGGYGGQSSMSGYGNQGAVNSSYYSSGSRASMGVNGMGGLSSMSSMSGGWGM
::::::::::::: . ::: :.:
CCDS14 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
430 440
>>CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 (415 aa)
initn: 2425 init1: 2104 opt: 2128 Z-score: 1681.5 bits: 320.3 E(32554): 2.4e-87
Smith-Waterman score: 2191; 74.0% identity (87.8% similar) in 434 aa overlap (1-433:1-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
:::: :::::::::.::::::::...:: :.::: :..:: :..:::::::: :::::::
CCDS72 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
: :::.::.:::::::.:::::.:::::. .::::::::.:::: :.:::::::::::::
CCDS72 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
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CCDS72 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
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CCDS72 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
:::..:.: .::::: .: :::::.::.::: ::::::. : :::::::::::::::.:
CCDS72 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:::::::.:
CCDS72 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIE--
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB0 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSN-QSSYGGPASQQLSGG
::::::.:::.:::.::.: :::.: :..:.: ::..::
CCDS72 ------------------LFLNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGC
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 YGGGYGGQSSMSGYGNQGAVNSSYYSSGSRASMGVNGMGGLSSMSSMSGGWGM
::.::.::.::.::
CCDS72 YGAGYSGQNSMGGYD
410
>>CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (346 aa)
initn: 1301 init1: 618 opt: 1422 Z-score: 1130.4 bits: 218.1 E(32554): 1.2e-56
Smith-Waterman score: 1455; 62.1% identity (79.8% similar) in 372 aa overlap (93-457:1-345)
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 SEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 SKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRYIE
:::::::::.::::::::::: .:.::::::::::::::.::::.:: ::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB0 IFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRG-YNSIGRGAGFERMRRGA--YGGG
::.:::.:.. :::::.:.. ::::::::: .::: : . :::. ..:::::. : ::
CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRPIGGRGGYYGAGRGSMYDRMRRGGDGYDGG
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 YGGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYG---DGGSTFQSTTGHCVHMRGL
:::.:::.:::. ::.:.: : : ::. : :: :..: :.. :: ::::::
CCDS72 YGGFDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHG--GHFVHMRGL
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 PYRATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRY
:.::::::: ::::::::.::::.:: :::.::::::::.::::::::::::: ::::::
CCDS72 PFRATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRY
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 VELFLNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASG-GAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQ
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CCDS72 IELFLNSTPG--GG------------SGMGGSGMGGYGRD-----GMDNQGGYGSVGRMG
270 280 290 300
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 LSGGYGGGYGGQSSMSGYGNQGAVNSSYYSSGSRASMGVNGMGGLSSMSSMSGGWGM
....:.:::: ....::: :. ...::..:. .. : ::
CCDS72 MGNNYSGGYGTPDGLGGYGRGGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
310 320 330 340
>>CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (331 aa)
initn: 1262 init1: 579 opt: 756 Z-score: 609.8 bits: 121.7 E(32554): 1.2e-27
Smith-Waterman score: 1372; 60.4% identity (77.5% similar) in 369 aa overlap (93-457:1-330)
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 SEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 SKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRYIE
:::::::::.::::::::::: .:.::::::::::::::.::::.:: ::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 IFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGYGG
::.:::.:.. :::::.:.. ::::::::: .::: :. :: :.:::
CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRPIGGRG--------GY----YGAGRGSYGG
90 100 110 120 130
250 260 270 280 290
pF1KB0 YDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYG---DGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYR
.:::.:::. ::.:.: : : ::. : :: :..: :.. :: :::::::.:
CCDS72 FDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHG--GHFVHMRGLPFR
140 150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 ATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVEL
:::::: ::::::::.::::.:: :::.::::::::.::::::::::::: ::::::.::
CCDS72 ATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRYIEL
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 FLNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASG-GAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSG
::::: : :: : :.:: :.:: . :..::..::. . . ...
CCDS72 FLNSTPG--GG------------SGMGGSGMGGYGRD-----GMDNQGGYGSVGRMGMGN
260 270 280 290
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 GYGGGYGGQSSMSGYGNQGAVNSSYYSSGSRASMGVNGMGGLSSMSSMSGGWGM
.:.:::: ....::: :. ...::..:. .. : ::
CCDS72 NYSGGYGTPDGLGGYGRGGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
300 310 320 330
>>CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (480 aa)
initn: 981 init1: 469 opt: 666 Z-score: 537.5 bits: 108.8 E(32554): 1.3e-23
Smith-Waterman score: 921; 42.9% identity (70.9% similar) in 354 aa overlap (11-363:150-475)
10 20 30 40
pF1KB0 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGA
:.....::::::. ..: :::::.:.::
CCDS47 ESKTTYLEDLPPPPEYELAPSKLEEEVDDVFLIRAQGLPWSCTMEDVLNFFSDCRIRNGE
120 130 140 150 160 170
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 QGIRFIYTREGRPSGEAFVELESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHT
.::.:. .:.:. :.:..:.:::..:. ::.: : ::.:::::.. :: ..: ..:
CCDS47 NGIHFLLNRDGKRRGDALIEMESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSL
180 190 200 210 220 230
110 120 130 140 150
pF1KB0 GPNSPDTANDGFVRLRGLPFGCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGR-STGEAFVQF
.: ..::: :::::::..:....::.::.::.:: ::. .:..:: .::::.:::
CCDS47 QVKSSPVVNDGVVRLRGLPYSCNEKDIVDFFAGLNIV--DITFVMDYRGRRKTGEAYVQF
240 250 260 270 280 290
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 ASQEIAEKALKKHKERIGHRYIEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGY
:.:..:: ::.:.::.:::::: : : ::::: : : :.
CCDS47 EEPEMANQALLKHREEIGNRYIEIFPSRRNEVRTHV------------GSYK----GK--
300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 NSIGRGAGFERMRRGAYGGGYGGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDG
. :.: . . ..... .: . . : . . . .. ..
CCDS47 ----KIASFPTAKYITEPEMV--FEEHEVNEDIQPMTA--FESEKEIELPKEVPEKLPEA
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 GSTFQSTTGHCVHMRGLPYRATENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHE
.. ... : :::::::..:. .:: :::.::.:::. .: . .:..::::::.: :::
CCDS47 ADFGTTSSLHFVHMRGLPFQANAQDIINFFAPLKPVRITMEYSSSGKATGEADVHFETHE
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KB0 DAVAAMSKDKANMQHRYVELFLNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGG
:::::: ::.....:::.::::::
CCDS47 DAVAAMLKDRSHVHHRYIELFLNSCPKGK
460 470 480
>>CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (318 aa)
initn: 907 init1: 395 opt: 592 Z-score: 481.7 bits: 97.9 E(32554): 1.6e-20
Smith-Waterman score: 847; 42.4% identity (70.0% similar) in 340 aa overlap (25-363:2-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
..: :::::.:.:: .::.:. .:.:. :.:..:
CCDS47 MEDVLNFFSDCRIRNGENGIHFLLNRDGKRRGDALIE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
.:::..:. ::.: : ::.:::::.. :: ..: ..: .: ..::: :::::::.
CCDS47 MESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSLQVKSSPVVNDGVVRLRGLPY
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
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