Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0423
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0423, 474 aa
1>>>pF1KB0423 474 - 474 aa - 474 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4958+/-0.000806; mu= 3.6520+/- 0.049
mean_var=161.3095+/-32.530, 0's: 0 Z-trim(113.8): 15 B-trim: 8 in 1/51
Lambda= 0.100982
statistics sampled from 14410 (14422) to 14410 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.443), width: 16
Scan time: 3.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS528.1 GPBP1L1 gene_id:60313|Hs108|chr1 ( 474) 3261 486.7 2.2e-137
CCDS47212.2 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 465) 659 107.6 2.9e-23
CCDS34162.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 473) 595 98.3 1.9e-20
CCDS47211.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 480) 571 94.8 2.1e-19
CCDS56368.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 302) 397 69.4 6.1e-12
CCDS82998.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 ( 493) 397 69.5 9.3e-12
>>CCDS528.1 GPBP1L1 gene_id:60313|Hs108|chr1 (474 aa)
initn: 3261 init1: 3261 opt: 3261 Z-score: 2579.8 bits: 486.7 E(32554): 2.2e-137
Smith-Waterman score: 3261; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (1-474:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKSPTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGFFNNGPLR
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CCDS52 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKSPTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGFFNNGPLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 TAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSRGHDGMSQRSGGGTGNHRHW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 TAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSRGHDGMSQRSGGGTGNHRHW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 NGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQPCRPIGTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS52 NGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQPCRPIGTPS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 GVWENPPSAKQPSKMLVIKKVSKEDPAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSVVPSVYKNLVP
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CCDS52 GVWENPPSAKQPSKMLVIKKVSKEDPAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSVVPSVYKNLVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 KPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAFTSPISVTKPVVLASGAALSSPKESPSST
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CCDS52 KPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAFTSPISVTKPVVLASGAALSSPKESPSST
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 TPPIEISSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSENRDCDKLEDLEDNSTPEPKEN
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CCDS52 TPPIEISSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSENRDCDKLEDLEDNSTPEPKEN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 GEEGCHQNGLALPVVEEGEVLSHSLEAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHM
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CCDS52 GEEGCHQNGLALPVVEEGEVLSHSLEAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB0 KTEQLRRNGFGKNGFLQSRSSSLFSPWRSTCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
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CCDS52 KTEQLRRNGFGKNGFLQSRSSSLFSPWRSTCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
430 440 450 460 470
>>CCDS47212.2 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (465 aa)
initn: 858 init1: 277 opt: 659 Z-score: 531.3 bits: 107.6 E(32554): 2.9e-23
Smith-Waterman score: 990; 40.4% identity (62.4% similar) in 505 aa overlap (1-471:1-463)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKS-------PTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGF
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CCDS47 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 FNNGPLRTAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSR-GHDGMSQRSGG
::. : .:. : . .::.. .: : .....:.:
CCDS47 ---------------------DSA-IGRPNGGNFG-RKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGY
70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 GTGNHRHWNGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQP
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CCDS47 HGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEY--EREP
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 CRPIGTPSGVWENPPSAK-QPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSV
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CCDS47 NHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTG----
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 VPSVYKNLVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAFTSPISVTKPVVLASGAAL
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CCDS47 -PSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTF----GVGNFNAFKSTAKN
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB0 SSPKESPSSTTPPIEISSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSEN-------RDC
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CCDS47 FSPSTNSVKEQP-------RLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDD
270 280 290 300 310
350 360 370 380
pF1KB0 DKLEDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLALPVVEEGEVLSHSLEAEH
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CCDS47 DSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEH
320 330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 RLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGKNGFLQSR--SSSLFSPW
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CCDS47 RLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPW
380 390 400 410 420 430
450 460 470
pF1KB0 R-STCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
. :: : :..:::::::.:::::
CCDS47 KNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
440 450 460
>>CCDS34162.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (473 aa)
initn: 839 init1: 277 opt: 595 Z-score: 480.7 bits: 98.3 E(32554): 1.9e-20
Smith-Waterman score: 1030; 40.6% identity (64.9% similar) in 502 aa overlap (1-471:1-471)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKSPTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGFFNNGPLR
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CCDS34 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF-------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 TAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSR-GHDGMSQRSGGGTGNHRH
::. : .:. : . .::.. .: : .....:.: :. :
CCDS34 --------------DSA-IGRPNGGNFG-RKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRS
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 WNGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQPCRPIGTP
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CCDS34 RSSIFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEY--EREPNHNKSLA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 SGVWENPPSAK-QPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSVVPSVYKN
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CCDS34 AGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTG-----PSVYKG
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 LVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAF-TSPISVTKPVVLASGAALSSPKE-
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CCDS34 LVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPSTNSVKEC
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340
pF1KB0 SPSSTTPPIEI--SSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSEN-------RDCDKL
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CCDS34 NRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGSEKDDDSF
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390
pF1KB0 EDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLALPVVEEGEVLSHSLEAEHRLL
. ..::: . :.:::. . :. . . . .::: :::::::::
CCDS34 NLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSLEAEHRLL
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440
pF1KB0 KAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGKNGFLQSR--SSSLFSPWR-S
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CCDS34 KEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFKFGPWKNS
390 400 410 420 430 440
450 460 470
pF1KB0 TCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
: : :..:::::::.:::::
CCDS34 TFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
450 460 470
>>CCDS47211.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (480 aa)
initn: 857 init1: 277 opt: 571 Z-score: 461.8 bits: 94.8 E(32554): 2.1e-19
Smith-Waterman score: 1006; 40.1% identity (64.0% similar) in 509 aa overlap (1-471:1-478)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKS-------PTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGF
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CCDS47 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKVLTSSLKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 FNNGPLRTAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSR-GHDGMSQRSGG
::. : .:. : . .::.. .: : .....:.:
CCDS47 ---------------------DSA-IGRPNGGNFG-RKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGY
70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 GTGNHRHWNGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQP
:. : .. ::. :. ...:. . . .:::: :. ::: ::::::::: ...:
CCDS47 HGGSSRSRSSIFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEY--EREP
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 CRPIGTPSGVWENPPSAK-QPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSPGSHHANGNKLSSV
. . .:::: ::. : . .:::::: . .: ..: .. . :.. ::.
CCDS47 NHNKSLAAGVWEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKNGTG----
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KB0 VPSVYKNLVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAF-TSPISVTKPVVLASGAA
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CCDS47 -PSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTFGVGNFNAFKSTAKNFSPS
220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB0 LSSPKE-SPSSTTPPIEI--SSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSEN------
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CCDS47 TNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHEDESRAGS
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380
pF1KB0 -RDCDKLEDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLALPVVEEGEVLSHSL
.: :... ..::: . :.:::. . :. . . . .::: ::
CCDS47 EKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQTDVLSSSL
330 340 350 360 370 380
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 EAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGKNGFLQSR--SSSL
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CCDS47 EAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKNGLICDFK
390 400 410 420 430 440
450 460 470
pF1KB0 FSPWR-STCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
:.::. :: : :..:::::::.:::::
CCDS47 FGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
450 460 470 480
>>CCDS56368.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (302 aa)
initn: 518 init1: 277 opt: 397 Z-score: 327.9 bits: 69.4 E(32554): 6.1e-12
Smith-Waterman score: 629; 42.2% identity (66.7% similar) in 306 aa overlap (195-471:1-300)
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 EAGKQHQPCRPIGTPSGVWENPPSAKQPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSPGSHHAN
:::::: . .: ..: .. . :.. :
CCDS56 MLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLPSQPVKN
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 GNKLSSVVPSVYKNLVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAF-TSPISVTKPV
:. :::::.:::::. ::.::. ::.. :.: :. : .::.: .. ... : .
CCDS56 GTG-----PSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTFGVGNFNAFKST
40 50 60 70 80
290 300 310 320 330
pF1KB0 VLASGAALSSPKE-SPSSTTPPIEI--SSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDRNGDFSE
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CCDS56 AKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDRVEEEHE
90 100 110 120 130 140
340 350 360 370
pF1KB0 N-------RDCDKLEDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLALPVVEEG
. .: :... ..::: . :.:::. . :. . . .
CCDS56 DESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRSSTFPQT
150 160 170 180 190 200
380 390 400 410 420 430
pF1KB0 EVLSHSLEAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGKNGFLQS
.::: :::::::::: ::::: ::::.: ::::::..::.. .:::..::. :::.:..
CCDS56 DVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRKNGILKN
210 220 230 240 250 260
440 450 460 470
pF1KB0 R--SSSLFSPWR-STCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
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CCDS56 GLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
270 280 290 300
>>CCDS82998.1 GPBP1 gene_id:65056|Hs108|chr5 (493 aa)
initn: 834 init1: 277 opt: 397 Z-score: 324.6 bits: 69.5 E(32554): 9.3e-12
Smith-Waterman score: 980; 39.1% identity (62.5% similar) in 522 aa overlap (1-471:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQHDFVPAWLNFSTPQSAKSPTATFEKHGEHLPRGEGRFGVSRRRHNSSDGFFNNGPLR
::::::.:::::: :: :. . . .::::.:.. :.:. :.::::::::::
CCDS82 MAQHDFAPAWLNFPTPPSSTKSSLNFEKHSENFAWTENRYDVNRRRHNSSDGF-------
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB0 TAGDSWHQPSLFRHDSVDSGVSKGAYAGITGNPSGWHSSSR-GHDGMSQRSGGGTGNHRH
::. : .:. : . .::.. .: : .....:.: :. :
CCDS82 --------------DSA-IGRPNGGNFG-RKEKNGWRTHGRNGTENINHRGGYHGGSSRS
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 WNGSFHSRKGCAFQEKPPMEIREEKKEDKVEKLQFEEEDFPSLNPEAGKQHQPCRPIGTP
.. ::. :. ...:. . . .:::: :. ::: ::::::::: ...: . .
CCDS82 RSSIFHAGKSQGLHENNIPDNETGRKEDKRERKQFEAEDFPSLNPEY--EREPNHNKSLA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210
pF1KB0 SGVW--------------------ENPPSAK-QPSKMLVIKKVSKED-PAAAFSAAFTSP
.::: : ::. : . .:::::: . .: ..: .. . :
CCDS82 AGVWGLHAQTHTYPTKKISQAPLLEYPPNPKSRAPRMLVIKKGNTKDLQLSGFPVVGNLP
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KB0 GSHHANGNKLSSVVPSVYKNLVPKPVPPPSKPNAWKANRMEHKSGSLSSSRESAF-TSPI
.. ::. :::::.:::::. ::.::. ::.. :.: :. : .::.: .. .
CCDS82 SQPVKNGTG-----PSVYKGLVPKPAAPPTKPTQWKSQTKENKVGT-SFPHESTFGVGNF
220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KB0 SVTKPVVLASGAALSSPKE-SPSSTTPPIEI--SSSRLTKLTRRTTDRKSEFLKTLKDDR
.. : .. . . .: :: . :... :.. .. ::::::: ::.::::::.:: ::
CCDS82 NAFKSTAKNFSPSTNSVKECNRSNSSSPVDKLNQQPRLTKLTRMRTDKKSEFLKALKRDR
270 280 290 300 310 320
340 350 360 370
pF1KB0 NGDFSEN-------RDCDKLEDLEDNSTPE-------------PKENGEEGC-HQNGLAL
. :. .: :... ..::: . :.:::. . :. .
CCDS82 VEEEHEDESRAGSEKDDDSFNLHNSNSTHQERDINRNFDENEIPQENGNASVISQQIIRS
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB0 PVVEEGEVLSHSLEAEHRLLKAMGWQEYPENDENCLPLTEDELKEFHMKTEQLRRNGFGK
. . .::: :::::::::: ::::: ::::.: ::::::..::.. .:::..::. :
CCDS82 STFPQTDVLSSSLEAEHRLLKEMGWQEDSENDETCAPLTEDEMREFQVISEQLQKNGLRK
390 400 410 420 430 440
440 450 460 470
pF1KB0 NGFLQSR--SSSLFSPWR-STCKAEFEDSDTETSSSETSDDDAWK
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CCDS82 NGILKNGLICDFKFGPWKNSTFKPTTENDDTETSSSDTSDDDDV
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