Result of FASTA (omim) for
pF1KB0447
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0447, 501 aa
1>>>pF1KB0447 501 - 501 aa - 501 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8856+/-0.000387; mu= 16.8644+/- 0.024
mean_var=106.3366+/-21.012, 0's: 0 Z-trim(115.9): 17 B-trim: 282 in 1/54
Lambda= 0.124375
statistics sampled from 26674 (26691) to 26674 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16
Scan time: 9.960
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006716347 (OMIM: 185430) PREDICTED: clusterin i ( 501) 3383 617.9 2.1e-176
NP_001822 (OMIM: 185430) clusterin preproprotein [ ( 449) 3016 552.0 1.3e-156
XP_011523954 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 466) 332 70.4 1.3e-11
NP_001305451 (OMIM: 616990) clusterin-like protein ( 466) 332 70.4 1.3e-11
XP_011523955 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 466) 332 70.4 1.3e-11
NP_954636 (OMIM: 616990) clusterin-like protein 1 ( 466) 332 70.4 1.3e-11
NP_055225 (OMIM: 616990) clusterin-like protein 1 ( 466) 332 70.4 1.3e-11
XP_006722385 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 477) 332 70.4 1.3e-11
XP_011523953 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 477) 332 70.4 1.3e-11
XP_011523950 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 494) 332 70.4 1.3e-11
XP_016881196 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 495) 332 70.4 1.3e-11
XP_005258160 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 495) 332 70.4 1.3e-11
XP_011523951 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-l ( 495) 332 70.4 1.3e-11
NP_001275965 (OMIM: 616990) clusterin-like protein ( 518) 332 70.4 1.4e-11
>>XP_006716347 (OMIM: 185430) PREDICTED: clusterin isofo (501 aa)
initn: 3383 init1: 3383 opt: 3383 Z-score: 3287.9 bits: 617.9 E(85289): 2.1e-176
Smith-Waterman score: 3383; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MQVCSQPQRGCVREQSAINTAPPSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MQVCSQPQRGCVREQSAINTAPPSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 VGLLLTWESGQVLGDQTVSDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VGLLLTWESGQVLGDQTVSDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 TLLSNLEEAKKKKEDALNETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TLLSNLEEAKKKKEDALNETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 CRSGSGLVGRQLEEFLNQSSPFYFWMNGDRIDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 CRSGSGLVGRQLEEFLNQSSPFYFWMNGDRIDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIID
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 ELFQDRFFTREPQDTYHYLPFSLPHRRPHFFFPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ELFQDRFFTREPQDTYHYLPFSLPHRRPHFFFPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 EMIHEAQQAMDIHFHSPAFQHPPTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQCDKCREI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 EMIHEAQQAMDIHFHSPAFQHPPTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQCDKCREI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LSVDCSTNNPSQAKLRRELDESLQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQLNEQFNW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LSVDCSTNNPSQAKLRRELDESLQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQLNEQFNW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 VSRLANLTQGEDQYYLRVTTVASHTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPVEVSRKNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VSRLANLTQGEDQYYLRVTTVASHTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPVEVSRKNP
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB0 KFMETVAEKALQEYRKKHREE
:::::::::::::::::::::
XP_006 KFMETVAEKALQEYRKKHREE
490 500
>>NP_001822 (OMIM: 185430) clusterin preproprotein [Homo (449 aa)
initn: 3016 init1: 3016 opt: 3016 Z-score: 2932.6 bits: 552.0 E(85289): 1.3e-156
Smith-Waterman score: 3016; 100.0% identity (100.0% similar) in 449 aa overlap (53-501:1-449)
30 40 50 60 70 80
pF1KB0 PSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLFVGLLLTWESGQVLGDQTVSDNE
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMKTLLLFVGLLLTWESGQVLGDQTVSDNE
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB0 LQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALNETRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALNETRE
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB0 SETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQSSPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQSSPF
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KB0 YFWMNGDRIDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIIDELFQDRFFTREPQDTYHYLPFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YFWMNGDRIDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIIDELFQDRFFTREPQDTYHYLPFS
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 LPHRRPHFFFPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFLEMIHEAQQAMDIHFHSPAFQHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPHRRPHFFFPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFLEMIHEAQQAMDIHFHSPAFQHP
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB0 PTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQCDKCREILSVDCSTNNPSQAKLRRELDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQCDKCREILSVDCSTNNPSQAKLRRELDES
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 LQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQLNEQFNWVSRLANLTQGEDQYYLRVTTVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQLNEQFNWVSRLANLTQGEDQYYLRVTTVA
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480 490 500
pF1KB0 SHTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPVEVSRKNPKFMETVAEKALQEYRKKHREE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SHTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPVEVSRKNPKFMETVAEKALQEYRKKHREE
400 410 420 430 440
>>XP_011523954 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-like (466 aa)
initn: 274 init1: 120 opt: 332 Z-score: 329.6 bits: 70.4 E(85289): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 566; 25.6% identity (60.1% similar) in 476 aa overlap (53-499:1-464)
30 40 50 60 70
pF1KB0 PSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLFVGLLLTW----ESGQVLGDQTV
: ::.:. :: : . . . :.:.
XP_011 MKPPLLVFIVCLL-WLKDSHCAPTWKDKTA
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 SDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALN
...:. .:. : ...:...:..:.::.: ..:. ..:. .:.:.:.. ...:..::.
XP_011 ISENLKSFSEVGEIDADEEVKKALTGIKQMKIMMERKEKEHTNLMSTLKKCREEKQEALK
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 ETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQ
: . .:.: .: :.. : ::. ::...::..:. .:. . . : ..:.:. .
XP_011 LLNEVQEHLEEEERLCRESLADSWGECRSCLENNCMRIYT-TCQPSWSSVKNKIERFFRK
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200 210 220 230 240 250
pF1KB0 SSPFYFWMNGDR------IDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIIDELFQDRF-FTRE
: : .. : ..:.:.: : :.: :: ::. . .. ::. : :.
XP_011 IYQFLFPFHEDNEKDLPISEKLIEEDAQLTQMEDV----FSQLTVDVNSLFNRSFNVFRQ
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300
pF1KB0 PQDTY------HYLPFSLPHRRPHFF--FPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFLEMI
:. . :.. . .:.:: : : .... . : :: .: : :
XP_011 MQQEFDQTFQSHFIS-DTDLTEPYFFPAFSKEPMTKADLEQCWDIP-NFFQLFCNFSVSI
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KB0 HEA---------QQAMDIHFHSPAFQHPPTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQC
.:. . :. .. : .: .:: .: :. .: . :......:
XP_011 YESVSETITKMLKAIEDLPKQDKAPDHGGLISKMLPGQDRGLCGELDQNLSRCFKFHEKC
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 DKCREILSVDCSTNNPSQAKLRRELDESLQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQL
.::. :: :: :. :. ::::...... ...:...:. . .. .:. :.:..
XP_011 QKCQAHLSEDC----PDVPALHTELDEAIRLVNVSNQQYGQILQMTRKHLEDTAYLVEKM
330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 NEQFNWVSRLANLTQGEDQYYLRVTTVAS-HTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPV
::.:::.::: . . . . .: : .. . . . . .... :. .:. .:.
XP_011 RGQFGWVSELANQAPETEIIFNSIQVVPRIHEGNISKQDETMMTDLSILPSSNFTLKIPL
380 390 400 410 420 430
480 490 500
pF1KB0 EVSRKNPKFMETVAEKALQEYRKKHREE
: : .. .:. :. ::::..... .
XP_011 EESAESSNFIGYVVAKALQHFKEHFKTW
440 450 460
>>NP_001305451 (OMIM: 616990) clusterin-like protein 1 i (466 aa)
initn: 274 init1: 120 opt: 332 Z-score: 329.6 bits: 70.4 E(85289): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 566; 25.6% identity (60.1% similar) in 476 aa overlap (53-499:1-464)
30 40 50 60 70
pF1KB0 PSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLFVGLLLTW----ESGQVLGDQTV
: ::.:. :: : . . . :.:.
NP_001 MKPPLLVFIVCLL-WLKDSHCAPTWKDKTA
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 SDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALN
...:. .:. : ...:...:..:.::.: ..:. ..:. .:.:.:.. ...:..::.
NP_001 ISENLKSFSEVGEIDADEEVKKALTGIKQMKIMMERKEKEHTNLMSTLKKCREEKQEALK
30 40 50 60 70 80
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pF1KB0 ETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQ
: . .:.: .: :.. : ::. ::...::..:. .:. . . : ..:.:. .
NP_001 LLNEVQEHLEEEERLCRESLADSWGECRSCLENNCMRIYT-TCQPSWSSVKNKIERFFRK
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: : .. : ..:.:.: : :.: :: ::. . .. ::. : :.
NP_001 IYQFLFPFHEDNEKDLPISEKLIEEDAQLTQMEDV----FSQLTVDVNSLFNRSFNVFRQ
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pF1KB0 PQDTY------HYLPFSLPHRRPHFF--FPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFLEMI
:. . :.. . .:.:: : : .... . : :: .: : :
NP_001 MQQEFDQTFQSHFIS-DTDLTEPYFFPAFSKEPMTKADLEQCWDIP-NFFQLFCNFSVSI
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310 320 330 340 350
pF1KB0 HEA---------QQAMDIHFHSPAFQHPPTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQC
.:. . :. .. : .: .:: .: :. .: . :......:
NP_001 YESVSETITKMLKAIEDLPKQDKAPDHGGLISKMLPGQDRGLCGELDQNLSRCFKFHEKC
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 DKCREILSVDCSTNNPSQAKLRRELDESLQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQL
.::. :: :: :. :. ::::...... ...:...:. . .. .:. :.:..
NP_001 QKCQAHLSEDC----PDVPALHTELDEAIRLVNVSNQQYGQILQMTRKHLEDTAYLVEKM
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pF1KB0 NEQFNWVSRLANLTQGEDQYYLRVTTVAS-HTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPV
::.:::.::: . . . . .: : .. . . . . .... :. .:. .:.
NP_001 RGQFGWVSELANQAPETEIIFNSIQVVPRIHEGNISKQDETMMTDLSILPSSNFTLKIPL
380 390 400 410 420 430
480 490 500
pF1KB0 EVSRKNPKFMETVAEKALQEYRKKHREE
: : .. .:. :. ::::..... .
NP_001 EESAESSNFIGYVVAKALQHFKEHFKTW
440 450 460
>>XP_011523955 (OMIM: 616990) PREDICTED: clusterin-like (466 aa)
initn: 274 init1: 120 opt: 332 Z-score: 329.6 bits: 70.4 E(85289): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 566; 25.6% identity (60.1% similar) in 476 aa overlap (53-499:1-464)
30 40 50 60 70
pF1KB0 PSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLFVGLLLTW----ESGQVLGDQTV
: ::.:. :: : . . . :.:.
XP_011 MKPPLLVFIVCLL-WLKDSHCAPTWKDKTA
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 SDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALN
...:. .:. : ...:...:..:.::.: ..:. ..:. .:.:.:.. ...:..::.
XP_011 ISENLKSFSEVGEIDADEEVKKALTGIKQMKIMMERKEKEHTNLMSTLKKCREEKQEALK
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 ETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQ
: . .:.: .: :.. : ::. ::...::..:. .:. . . : ..:.:. .
XP_011 LLNEVQEHLEEEERLCRESLADSWGECRSCLENNCMRIYT-TCQPSWSSVKNKIERFFRK
90 100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KB0 SSPFYFWMNGDR------IDSLLENDRQQTHMLDVMQDHFSRASSIIDELFQDRF-FTRE
: : .. : ..:.:.: : :.: :: ::. . .. ::. : :.
XP_011 IYQFLFPFHEDNEKDLPISEKLIEEDAQLTQMEDV----FSQLTVDVNSLFNRSFNVFRQ
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300
pF1KB0 PQDTY------HYLPFSLPHRRPHFF--FPKSRIVRSLMPFSPYEPLNFHAMFQPFLEMI
:. . :.. . .:.:: : : .... . : :: .: : :
XP_011 MQQEFDQTFQSHFIS-DTDLTEPYFFPAFSKEPMTKADLEQCWDIP-NFFQLFCNFSVSI
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350
pF1KB0 HEA---------QQAMDIHFHSPAFQHPPTEFIREGDDDRTVCREIRHNSTGCLRMKDQC
.:. . :. .. : .: .:: .: :. .: . :......:
XP_011 YESVSETITKMLKAIEDLPKQDKAPDHGGLISKMLPGQDRGLCGELDQNLSRCFKFHEKC
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 DKCREILSVDCSTNNPSQAKLRRELDESLQVAERLTRKYNELLKSYQWKMLNTSSLLEQL
.::. :: :: :. :. ::::...... ...:...:. . .. .:. :.:..
XP_011 QKCQAHLSEDC----PDVPALHTELDEAIRLVNVSNQQYGQILQMTRKHLEDTAYLVEKM
330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 NEQFNWVSRLANLTQGEDQYYLRVTTVAS-HTSDSDVPSGVTEVVVKLFDSDPITVTVPV
::.:::.::: . . . . .: : .. . . . . .... :. .:. .:.
XP_011 RGQFGWVSELANQAPETEIIFNSIQVVPRIHEGNISKQDETMMTDLSILPSSNFTLKIPL
380 390 400 410 420 430
480 490 500
pF1KB0 EVSRKNPKFMETVAEKALQEYRKKHREE
: : .. .:. :. ::::..... .
XP_011 EESAESSNFIGYVVAKALQHFKEHFKTW
440 450 460
>>NP_954636 (OMIM: 616990) clusterin-like protein 1 isof (466 aa)
initn: 274 init1: 120 opt: 332 Z-score: 329.6 bits: 70.4 E(85289): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 566; 25.6% identity (60.1% similar) in 476 aa overlap (53-499:1-464)
30 40 50 60 70
pF1KB0 PSAHNAASPGGARGHRVPLTEACKDSRIGGMMKTLLLFVGLLLTW----ESGQVLGDQTV
: ::.:. :: : . . . :.:.
NP_954 MKPPLLVFIVCLL-WLKDSHCAPTWKDKTA
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 SDNELQEMSNQGSKYVNKEIQNAVNGVKQIKTLIEKTNEERKTLLSNLEEAKKKKEDALN
...:. .:. : ...:...:..:.::.: ..:. ..:. .:.:.:.. ...:..::.
NP_954 ISENLKSFSEVGEIDADEEVKKALTGIKQMKIMMERKEKEHTNLMSTLKKCREEKQEALK
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 ETRESETKLKELPGVCNETMMALWEECKPCLKQTCMKFYARVCRSGSGLVGRQLEEFLNQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]