FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0449, 474 aa 1>>>pF1KB0449 474 - 474 aa - 474 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5218+/-0.000617; mu= -7.2650+/- 0.036 mean_var=693.8921+/-152.725, 0's: 0 Z-trim(116.2): 1448 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.048689 statistics sampled from 25210 (27272) to 25210 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.32), width: 16 Scan time: 8.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002587 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 474) 3161 238.2 3.6e-62 NP_997667 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 474) 3161 238.2 3.6e-62 XP_011507904 (OMIM: 169190) PREDICTED: cyclin-depe ( 542) 3161 238.3 3.9e-62 NP_997668 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 1 ( 504) 2548 195.2 3.4e-49 XP_016856912 (OMIM: 169190) PREDICTED: cyclin-depe ( 572) 2548 195.3 3.7e-49 XP_016874894 (OMIM: 603440) PREDICTED: cyclin-depe ( 523) 2133 166.1 2.1e-40 XP_016874895 (OMIM: 603440) PREDICTED: cyclin-depe ( 523) 2133 166.1 2.1e-40 NP_002586 (OMIM: 603440) cyclin-dependent kinase 1 ( 523) 2133 166.1 2.1e-40 NP_001163935 (OMIM: 603440) cyclin-dependent kinas ( 523) 2083 162.6 2.4e-39 XP_016885060 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 496) 1982 155.5 3.2e-37 XP_016885059 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 496) 1982 155.5 3.2e-37 XP_016885062 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 496) 1982 155.5 3.2e-37 XP_016885061 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 496) 1982 155.5 3.2e-37 NP_006192 (OMIM: 311550) cyclin-dependent kinase 1 ( 496) 1982 155.5 3.2e-37 NP_148978 (OMIM: 311550) cyclin-dependent kinase 1 ( 502) 1982 155.5 3.2e-37 XP_016885058 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 543) 1982 155.5 3.3e-37 NP_001163931 (OMIM: 311550) cyclin-dependent kinas ( 570) 1982 155.6 3.4e-37 XP_011542228 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 497) 1973 154.8 4.9e-37 XP_011542230 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 497) 1973 154.8 4.9e-37 XP_011542226 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 497) 1973 154.8 4.9e-37 XP_011542227 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 497) 1973 154.8 4.9e-37 XP_011542229 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 497) 1973 154.8 4.9e-37 XP_011542225 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 503) 1973 154.8 5e-37 XP_011542224 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 540) 1973 154.9 5.1e-37 XP_011542223 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 544) 1973 154.9 5.2e-37 XP_011542222 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-depe ( 571) 1973 154.9 5.3e-37 XP_016874896 (OMIM: 603440) PREDICTED: cyclin-depe ( 502) 1251 104.1 9.2e-22 NP_001274065 (OMIM: 610679) cyclin-dependent kinas ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_005250495 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_016867810 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_016867811 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_016867809 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_005250496 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 423) 1227 102.3 2.7e-21 XP_005250493 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 450) 1227 102.4 2.8e-21 NP_036527 (OMIM: 610679) cyclin-dependent kinase 1 ( 451) 1227 102.4 2.8e-21 XP_011514608 (OMIM: 610679) PREDICTED: cyclin-depe ( 469) 1227 102.4 2.8e-21 NP_001274064 (OMIM: 610679) cyclin-dependent kinas ( 469) 1227 102.4 2.8e-21 XP_005246839 (OMIM: 616147) PREDICTED: cyclin-depe ( 384) 1148 96.7 1.2e-19 NP_631897 (OMIM: 616147) cyclin-dependent kinase 1 ( 384) 1148 96.7 1.2e-19 XP_005246838 (OMIM: 616147) PREDICTED: cyclin-depe ( 435) 1148 96.8 1.3e-19 NP_001248364 (OMIM: 616147) cyclin-dependent kinas ( 429) 1127 95.3 3.5e-19 NP_001248365 (OMIM: 616147) cyclin-dependent kinas ( 400) 1122 94.9 4.4e-19 XP_011509952 (OMIM: 616147) PREDICTED: cyclin-depe ( 412) 1122 94.9 4.4e-19 NP_004926 (OMIM: 123831,616342) cyclin-dependent-l ( 292) 1099 93.1 1.1e-18 NP_001274066 (OMIM: 610679) cyclin-dependent kinas ( 340) 1090 92.5 1.9e-18 XP_005270360 (OMIM: 116940) PREDICTED: cyclin-depe ( 297) 1053 89.8 1.1e-17 NP_001777 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinase 1 ( 297) 1053 89.8 1.1e-17 NP_001307847 (OMIM: 116940) cyclin-dependent kinas ( 297) 1053 89.8 1.1e-17 NP_001249 (OMIM: 123828) cyclin-dependent kinase 3 ( 305) 1039 88.9 2.2e-17 XP_011509956 (OMIM: 616147) PREDICTED: cyclin-depe ( 344) 1038 88.9 2.4e-17 >>NP_002587 (OMIM: 169190) cyclin-dependent kinase 18 is (474 aa) initn: 3161 init1: 3161 opt: 3161 Z-score: 1237.0 bits: 238.2 E(85289): 3.6e-62 Smith-Waterman score: 3161; 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NP_002 IHALPESVSIFSLKEIQLQKDPGFRNSSYPETGHGKNRRQSMLF 480 490 500 510 520 >>NP_001163935 (OMIM: 603440) cyclin-dependent kinase 17 (523 aa) initn: 2204 init1: 2067 opt: 2083 Z-score: 827.4 bits: 162.6 E(85289): 2.4e-39 Smith-Waterman score: 2083; 72.8% identity (89.8% similar) in 423 aa overlap (42-464:98-512) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 RFSLSVPRTETIEESLAEFTEQFNQLHNRRNENLQLGPLGRDPPQECSTFSPTDSGEEPG .:::..: : : . : :.: : NP_001 PPLRRPHSVIGGSLGSFMAMPRNGSRLDIVHENLKMGSDG-----ESDQASGTSSDEV-- 70 80 90 100 110 120 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 QLSPGVQFQRRQNQRRFSMEDVSKRLSLPMDIRLPQEFLQKLQMESPDLPKPLSRMSRRA : :: . : . .::.::::..:::::: :::.:. .:.:::..:: . .:.:: :::: NP_001 QSPTGVCL-RNRIHRRISMEDLNKRLSLPADIRIPDGYLEKLQINSPPFDQPMSRRSRRA 130 140 150 160 170 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 SLSDIGFGKLETYVKLDKLGEGTYATVFKGRSKLTENLVALKEIRLEHEEGAPCTAIREV :::.:::::.:::.::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 SLSEIGFGKMETYIKLEKLGEGTYATVYKGRSKLTENLVALKEIRLEHEEGAPCTAIREV 180 190 200 210 220 230 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 SLLKNLKHANIVTLHDLIHTDRSLTLVFEYLDSDLKQYLDHCGNLMSMHNVKIFMFQLLR ::::.:::::::::::..:::.::::::::::.:::::.: :::.:::::::.:..:.:: NP_001 SLLKDLKHANIVTLHDIVHTDKSLTLVFEYLDKDLKQYMDDCGNIMSMHNVKLFLYQILR 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 GLAYCHHRKILHRDLKPQNLLINERGELKLADFGLARAKSVPTKTYSNEVVTLWYRPPDV ::::::.::.::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GLAYCHRRKVLHRDLKPQNLLINEKGELKLADFGLARAKSVPTKTYSNEVVTLWYRPPDV 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 LLGSTEYSTPIDMWGVGCIHYEMATGRPLFPGSTVKEELHLIFRLLGTPTEETWPGVTAF ::::.:::: ::::::::: .:::.::::::::::..::::::::::::..:::::... NP_001 LLGSSEYSTQIDMWGVGCIFFEMASGRPLFPGSTVEDELHLIFRLLGTPSQETWPGISSN 360 370 380 390 400 410 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 SEFRTYSFPCYLPQPLINHAPRLDTDGIHLLSSLLLYESKSRMSAEAALSHSYFRSLGER ::..:.:: : ::::::::::::..::.:....: ::::.:.::: :..: :::::: : NP_001 EEFKNYNFPKYKPQPLINHAPRLDSEGIELITKFLQYESKKRVSAEEAMKHVYFRSLGPR 420 430 440 450 460 470 440 450 460 470 pF1KB0 VHQLEDTASIFSLKEIQLQKDPGYRGLAFQQPGRGKNRRQSIF .: : ...:::::::::::::::.:. .. . : NP_001 IHALPESVSIFSLKEIQLQKDPGFRNSSYPETGVFVINHFTCRS 480 490 500 510 520 >>XP_016885060 (OMIM: 311550) PREDICTED: cyclin-dependen (496 aa) initn: 1972 init1: 1972 opt: 1982 Z-score: 789.3 bits: 155.5 E(85289): 3.2e-37 Smith-Waterman score: 1982; 70.0% identity (87.3% similar) in 424 aa overlap (42-465:71-486) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 RFSLSVPRTETIEESLAEFTEQFNQLHNRRNENLQLGPLGRDPPQECSTFSPTDSGEEPG .:.:..: : : . : :.: : XP_016 GSDPGEAPTRAAPGELRSARGPLSSAPEIVHEDLKMGSDG-----ESDQASATSSDEVQ- 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 QLSPGVQFQRRQNQRRFSMEDVSKRLSLPMDIRLPQEFLQKLQMESPDLPKPLSRMSRRA :: .: . :..: ::..:::::: :::::. .:.:: ..:: . ::::: ::. 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