Result of FASTA (omim) for
pF1KB0458
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0458, 949 aa
1>>>pF1KB0458 949 - 949 aa - 949 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9195+/-0.00044; mu= 19.0335+/- 0.027
mean_var=87.1064+/-17.209, 0's: 0 Z-trim(111.2): 37 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.137420
statistics sampled from 19689 (19725) to 19689 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.585), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 10.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_775808 (OMIM: 608899) general transcription fac ( 949) 6262 1252.4 0
NP_001003795 (OMIM: 608900) general transcription ( 949) 6232 1246.4 0
NP_127493 (OMIM: 601679) general transcription fac ( 978) 1588 325.7 6.9e-88
NP_001157108 (OMIM: 601679) general transcription ( 976) 1480 304.3 1.9e-81
NP_127494 (OMIM: 601679) general transcription fac ( 977) 1473 302.9 5e-81
NP_001509 (OMIM: 601679) general transcription fac ( 957) 1370 282.5 7e-75
NP_001267729 (OMIM: 601679) general transcription ( 274) 1331 274.4 5.3e-73
NP_127492 (OMIM: 601679) general transcription fac ( 998) 1310 270.6 2.7e-71
NP_001137139 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain ( 693) 557 121.3 1.8e-26
NP_067034 (OMIM: 615251) zinc finger BED domain-co ( 693) 557 121.3 1.8e-26
NP_009098 (OMIM: 613567) zinc finger MYM-type prot (1325) 553 120.6 5.2e-26
NP_001290180 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sa ( 594) 517 113.3 3.8e-24
NP_071373 (OMIM: 615253) protein ZBED8 [Homo sapie ( 594) 517 113.3 3.8e-24
NP_001268376 (OMIM: 608899) general transcription ( 108) 505 110.4 5e-24
XP_011512590 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1129) 454 101.0 3.7e-20
XP_011512589 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 454 101.0 3.8e-20
XP_011512588 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 454 101.0 3.8e-20
XP_016865720 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 454 101.0 3.8e-20
NP_001316545 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing (1174) 454 101.0 3.8e-20
XP_011512586 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 454 101.0 3.8e-20
XP_011512587 (OMIM: 615254) PREDICTED: SCAN domain (1174) 454 101.0 3.8e-20
NP_443155 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing pr (1325) 454 101.0 4.2e-20
NP_055620 (OMIM: 607911) EPM2A-interacting protein ( 607) 449 99.8 4.4e-20
XP_011525655 (OMIM: 605589,610197,616449) PREDICTE ( 796) 382 86.6 5.5e-16
NP_005676 (OMIM: 604318) general transcription fac ( 944) 343 78.9 1.3e-13
XP_016868293 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 944) 343 78.9 1.3e-13
XP_006716245 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 960) 343 78.9 1.4e-13
XP_006716246 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 960) 343 78.9 1.4e-13
NP_001186136 (OMIM: 604318) general transcription ( 976) 343 78.9 1.4e-13
XP_011515015 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 925) 342 78.7 1.5e-13
XP_016868294 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 941) 342 78.7 1.5e-13
XP_016868292 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 959) 342 78.7 1.6e-13
NP_057412 (OMIM: 604318) general transcription fac ( 959) 342 78.7 1.6e-13
XP_016868291 (OMIM: 604318) PREDICTED: general tra ( 975) 342 78.7 1.6e-13
>>NP_775808 (OMIM: 608899) general transcription factor (949 aa)
initn: 6262 init1: 6262 opt: 6262 Z-score: 6707.0 bits: 1252.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6262; 99.9% identity (99.9% similar) in 949 aa overlap (1-949:1-949)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQVAVSTLPVEEESSSETRMVVTFLVSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 MAQVAVSTLPVEEESSSETRMVVTFLVSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 RGCAFVNARTDFQKDFAKYCVAEGLCEVKPPCPVNGMQVHSGETEILRKAVEDYFCFCYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 RGCAFVNARTDFQKDFAKYCVAEGLCEVKPPCPVNGMQVHSGETEILRKAVEDYFCFCYG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 KALGTTVMVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFQHPENYDLATLKWILENKAGISFIIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 KALGTTVMVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFQHPENYDLATLKWILENKAGISFIIN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 RPFLGPESQLGGPGMVTDAERSIVSPSESCGPINVKTEPMEDSGISLKAEAVSVKKESED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 RPFLGPESQLGGPGMVTDAERSIVSPSESCGPINVKTEPMEDSGISLKAEAVSVKKESED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 PNYYQYNMQGSHPSSTSNEVIEMELPMEDSTPLVPSEEPNEDPEAEVKIEGNTNSSSVTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 PNYYQYNMQGSHPSSTSNEVIEMELPMEDSTPLVPSEEPNEDPEAEVKIEGNTNSSSVTN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 SAAGVEDLNIVQVTVPDNEKERLSSIEKIKQLREQVNDLFSRKFGEAIGVDFPVKVPYRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 SAAGVEDLNIVQVTVPDNEKERLSSIEKIKQLREQVNDLFSRKFGEAIGVDFPVKVPYRK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 ITFNPGCVVIDGMPPGVVFKAPGYLEISSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 ITFNPGCVVIDGMPPGVVFKAPGYLEISSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 IDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQNIPTCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYMER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 IDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQNIPTCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYMER
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 MRDEKLHELKKGLRKYLLGLSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREK
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NP_775 MRDEKLHELKKGLRKYLLGSSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB0 IRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFSRVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 IRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFSRVE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 KSLKKFCIDWSKLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 KSLKKFCIDWSKLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 CAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 CAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 KRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 KRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 YDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLKLASRNESDGLNYIPKIAELKTEFQKRLSDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 YDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLKLASRNESDGLNYIPKIAELKTEFQKRLSDF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 KLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 KLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KB0 YKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_775 YKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
910 920 930 940
>>NP_001003795 (OMIM: 608900) general transcription fact (949 aa)
initn: 6232 init1: 6232 opt: 6232 Z-score: 6674.9 bits: 1246.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6232; 99.4% identity (99.7% similar) in 949 aa overlap (1-949:1-949)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQVAVSTLPVEEESSSETRMVVTFLVSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAQVAVSTLPVEEESSSETRMVVTFLVSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 RGCAFVNARTDFQKDFAKYCVAEGLCEVKPPCPVNGMQVHSGETEILRKAVEDYFCFCYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RGCAFVNARTDFQKDFAKYCVAEGLCEVKPPCPVNGMQVHSGETEILRKAVEDYFCFCYG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 KALGTTVMVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFQHPENYDLATLKWILENKAGISFIIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KALGTTVMVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFQHPENYDLATLKWILENKAGISFIIN
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pF1KB0 RPFLGPESQLGGPGMVTDAERSIVSPSESCGPINVKTEPMEDSGISLKAEAVSVKKESED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPFLGPESQLGGPGMVTDAERSIVSPSESCGPINVKTEPMEDSGISLKAEAVSVKKESED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 PNYYQYNMQGSHPSSTSNEVIEMELPMEDSTPLVPSEEPNEDPEAEVKIEGNTNSSSVTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNYYQYNMQGSHPSSTSNEVIEMELPMEDSTPLVPSEEPNEDPEAEVKIEGNTNSSSVTN
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310 320 330 340 350 360
pF1KB0 SAAGVEDLNIVQVTVPDNEKERLSSIEKIKQLREQVNDLFSRKFGEAIGVDFPVKVPYRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAAGVEDLNIVQVTVPDNEKERLSSIEKIKQLREQVNDLFSRKFGEAIGVDFPVKVPYRK
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pF1KB0 ITFNPGCVVIDGMPPGVVFKAPGYLEISSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITFNPGCVVIDGMPPGVVFKAPGYLEISSMRRILEAAEFIKFTVIRPLPGLELSNVGKRK
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pF1KB0 IDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQNIPTCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYMER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
NP_001 IDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQNIPTCLICKQSMSVSKEYNLRRHYQTNHSKHYDQYTER
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pF1KB0 MRDEKLHELKKGLRKYLLGLSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREK
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MRDEKLHELKKGLRKYLLGSSDTECPEQKQVFANPSPTQKSPVQPVEDLAGNLWEKLREK
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pF1KB0 IRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFSRVE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
NP_001 IRSFVAYSIAIDEITDINNTTQLAIFIRGVDENFDVSEELLDTVPMTGTKSGNEIFLRVE
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pF1KB0 KSLKKFCIDWSKLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESL
::::::::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSLKKFCINWSRLVSVASTGTPAMVDANNGLVTKLKSRVATFCKGAELKSICCIIHPESL
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pF1KB0 CAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CAQKLKMDHVMDVVVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVL
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730 740 750 760 770 780
pF1KB0 KRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KRFFESLEEIDSFMSSRGKPLPQLSSIDWIRDLAFLVDMTMHLNALNISLQGHSQIVTQM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 YDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLKLASRNESDGLNYIPKIAELKTEFQKRLSDF
:::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YDLIRAFLAKLCLWETHLTRNNLAHFPTLKLVSRNESDGLNYIPKIAELKTEFQKRLSDF
790 800 810 820 830 840
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pF1KB0 KLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLYESELTLFSSPFSTKIDSVHEELQMEVIDLQCNTVLKTKYDKVGIPEFYKYLWGSYPK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KB0 YKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YKHHCAKILSMFGSTYICEQLFSIMKLSKTKYCSQLKDSQWDSVLHIAT
910 920 930 940
>>NP_127493 (OMIM: 601679) general transcription factor (978 aa)
initn: 1904 init1: 934 opt: 1588 Z-score: 1698.8 bits: 325.7 E(85289): 6.9e-88
Smith-Waterman score: 1590; 45.5% identity (67.7% similar) in 653 aa overlap (1-629:1-642)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAQVAVSTLPVEEESSSETRMVVTFLVSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
:::::.::::::.: :::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_127 MAQVAMSTLPVEDEESSESRMVVTFLMSALESMCKELAKSKAEVACIAVYETDVFVVGTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB0 RGCAFVNARTDFQKDFAKYCVAEG-----LCEVKPPCPVNGMQVHSGETEILRKAVEDYF
:: ::::.: ::::::.:::: : . ..: .: :.: . : : :::.:::::
NP_127 RGRAFVNTRKDFQKDFVKYCVEEEEKAAEMHKMKSTTQANRMSVDAVEIETLRKTVEDYF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 CFCYGKALGTTVMVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFQHPENYDLATLKWILENKAGI
::::::::: ...::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_127 CFCYGKALGKSTVVPVPYEKMLRDQSAVVVQGLPEGVAFKHPENYDLATLKWILENKAGI
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 SFIINRPFLGPESQLGGPGMVTDAERSIVSPSESCGPINVKTEPMEDSGISLKAEAVSVK
::::.:::: :....:: :::::.:::.::. :::::.::::: :::::::. ::.::
NP_127 SFIIKRPFLEPKKHVGGRVMVTDADRSILSPGGSCGPIKVKTEPTEDSGISLEMAAVTVK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 KESEDPNYYQYNMQGSHPSSTSNEVIEMELPMEDSTPLVPSEEPNEDPEAEVKIEGNTNS
.:::::.:::::.:::: :: .:: :::.: :::: :::: .::::.:: :: . :
NP_127 EESEDPDYYQYNIQGSHHSSEGNEGTEMEVPAEDSTQHVPSET-SEDPEVEVTIEDDDYS
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB0 SSVTNSAAGVEDLNIVQVTVPDN---EKERLSSIEK----IKQLREQVNDLFSRKFGEAI
:. .: : : : .: : ..:: : .::.::..:: ::...::
NP_127 PPSKRPKAN--ELPQPPVPEPANAGKRKVREFNFEKWNARITDLRKQVEELFERKYAQAI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB0 GVDFPVKVPYRKITFNPGCVVIDGMPPGVVFKAPGYLEISSMRRILEAAEFIKFTVIRPL
. :: .:: . . . ..:.: :. :. :. : ..::: : : :.:.. .
NP_127 KAKGPVTIPYPLFQSHVEDLYVEGLPEGIPFRRPSTYGIPRLERILLAKERIRFVIKKH-
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB0 PGLELSNVGKR--KIDQEGRVFQEKWERAYFFVEVQNIPTCLICKQ-SMSVSKEYNLRRH
:: : .. ..:. . .:.: ....... :.::. . ....
NP_127 ---ELLNSTREDLQLDKPASGVKEEWYAR--ITKLRKMVDQLFCKKFAEALGSTEAKAVP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KB0 YQTNHSKHYDQYMERM------RDEKLHELKKGLRKYLLGLSDTECPEQKQVFANPSP--
:: ... : :.: . :. . . . . . .: .. ..... .
NP_127 YQKFEAHPNDLYVEGLPENIPFRSPSWYGIPRLEKIIQVGNRIKFVIKRPELLTHSTTEV
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
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:: ::.. . :::.... . ... . . ....... . . .:
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.. : :.: . :. . . . . . .: .. ..... . ::
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::.. . :::.... . ... . . ....... . . .: : : .
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.:. . : : . :. .. .:. . .: : : :.:.. :
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NP_127 ----------------------EMFETAI----------KEST--------------SSK
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NP_067 VCSDASRA-VDGKIAEAVTLIKYVA-----PESTSSHCLLYRHALAVKIMPTSLKNVLDQ
350 360 370 380 390
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pF1KB0 VVKSVNWICSRGLNHSEFTTLLYELDSQYGSLLYYTEIKWLSRGLVLKRFFESLEEIDSF
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