FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB0465, 478 aa 1>>>pF1KB0465 478 - 478 aa - 478 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9701+/-0.000766; mu= 15.6370+/- 0.047 mean_var=86.2726+/-17.123, 0's: 0 Z-trim(110.5): 78 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.138082 statistics sampled from 11553 (11631) to 11553 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16 Scan time: 3.120 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 3217 650.5 1.1e-186 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 3082 623.6 1.3e-178 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 2043 416.7 3e-116 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 1135 235.8 7.4e-62 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 957 200.3 3.6e-51 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 957 200.3 3.7e-51 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 929 194.7 1.7e-49 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 856 180.2 4e-45 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 856 180.2 4.1e-45 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 776 164.2 2.5e-40 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 737 156.6 7.3e-38 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 734 155.9 8.5e-38 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 730 155.1 1.5e-37 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 724 153.9 3.6e-37 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 715 152.1 1.3e-36 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 714 151.9 1.5e-36 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 714 151.9 1.5e-36 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 712 151.5 1.8e-36 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 698 148.7 1.2e-35 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 686 146.3 6.4e-35 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 683 145.7 1e-34 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 683 145.7 1.1e-34 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 682 145.5 1.2e-34 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 671 143.3 5.5e-34 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 670 143.2 6.4e-34 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 586 126.4 6.6e-29 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 559 121.0 2.8e-27 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 525 114.3 3.2e-25 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 482 105.6 1e-22 CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 449 99.1 1.1e-20 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 375 84.3 2.1e-16 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 366 82.6 1.1e-15 CCDS54685.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 454) 349 79.2 1e-14 CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 342 77.8 2.8e-14 CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 342 77.8 3e-14 CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 337 76.8 5.6e-14 CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 333 76.0 9.6e-14 CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 328 75.0 1.8e-13 CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 327 74.8 2.2e-13 CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 321 73.6 5.1e-13 CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 320 73.4 5.7e-13 CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 320 73.4 5.9e-13 CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 319 73.2 7e-13 CCDS46966.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 404) 317 72.8 7.8e-13 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 318 73.0 8.1e-13 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 318 73.0 8.3e-13 CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 315 72.4 1.2e-12 CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 314 72.2 1.3e-12 CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 312 71.8 1.7e-12 CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 312 71.8 1.9e-12 >>CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (484 aa) initn: 3217 init1: 3217 opt: 3217 Z-score: 3464.9 bits: 650.5 E(32554): 1.1e-186 Smith-Waterman score: 3217; 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CCDS83 RHPLVYVVSLLIPSIFLMLVDLGSFYLPPNCRARIVFKTSVLVGYTVFRVNMSNQVPRSV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 IGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVH-KQDLQQPVPAWLRHLVLERIAWLLCLR .::::: .:..:::.::.:::..: .:...: .: : : .:::: CCDS83 GSTPLIGHFFTICMAFLVLSLAKSIVLVKFLHDEQRGGQEQP-------------FLCLR 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 EQSTSQRP---PATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAV .. ..:: : ...:. :.. : .:.: .. : .. CCDS83 GDTDADRPRVEPRAQRAVVTES-SLYGEHLAQPGTLKE---------------------- 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KB0 CGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIW . ..:.:: ..:. .:. . .:: . : .:.:::. ::. . :.::: ::..: CCDS83 --VWSQLQSISNYLQTQDQTDQQEAEWLVLLSRFDRLLFQSYLFMLGIYTITLCSLWALW 390 400 410 420 430 pF1KB0 QYA CCDS83 GGV 440 >>CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (456 aa) initn: 1008 init1: 706 opt: 957 Z-score: 1032.2 bits: 200.3 E(32554): 3.6e-51 Smith-Waterman score: 1019; 39.0% identity (70.2% similar) in 433 aa overlap (46-473:51-455) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE :: ::: . :: :.:. . :::.:.: CCDS58 LQGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAILDVNE 30 40 50 60 70 80 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP . ..:....: .. : . :..::::. ..:::.:. . ..:.:::.: :..:: :.:. CCDS58 QLHLLSSFLWLEMVWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGL 90 100 110 120 130 140 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQ----DINISLWR .:. ..:... ::..: . :.:::. :::: :::.:::.:.:.:.. :.. .:. CCDS58 TAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWE 150 160 170 180 190 200 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 LPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLL . . ..:......:::::::. ..: ...: : .. :::.::::: .::..::. CCDS58 ITD---ASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLS-RGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLV 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 PSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVV :: ::...: ..:::: .::.:: :::::::::.:::...:: ::.. :::::::::.. CCDS58 PSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLLPTS--GTPLIGVYFAL 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 CMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATS :..:.: :: :::::..:.: : : .: ::. :.:. : .: .. :.. CCDS58 CLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLH------C---NSPGRCCPTAP 320 330 340 350 360 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 QATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLE : . .. : .:. : : :. . : : :: :. : . . :. CCDS58 QK----ENKGPGLTPTHLPGV----KEPEVSAGQMPGPAEAELT--GGSEWTRAQREHEA 370 380 390 400 410 440 450 460 470 pF1KB0 KRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA .... :. ::. . ..: .::..::: . . ::.. ::. CCDS58 QKQHSVEL---WLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT 420 430 440 450 >>CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (471 aa) initn: 1039 init1: 706 opt: 957 Z-score: 1032.0 bits: 200.3 E(32554): 3.7e-51 Smith-Waterman score: 1019; 39.0% identity (70.2% similar) in 433 aa overlap (46-473:66-470) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE :: ::: . :: :.:. . :::.:.: CCDS32 TTGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAILDVNE 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP . ..:....: .. : . :..::::. ..:::.:. . ..:.:::.: :..:: :.:. CCDS32 QLHLLSSFLWLEMVWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGL 100 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQ----DINISLWR .:. ..:... ::..: . :.:::. :::: :::.:::.:.:.:.. :.. .:. CCDS32 TAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWE 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 LPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLL . . ..:......:::::::. ..: ...: : .. :::.::::: .::..::. CCDS32 ITD---ASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLS-RGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLV 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 PSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVV :: ::...: ..:::: .::.:: :::::::::.:::...:: ::.. :::::::::.. CCDS32 PSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLLPTS--GTPLIGVYFAL 280 290 300 310 320 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 CMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATS :..:.: :: :::::..:.: : : .: ::. :.:. : .: .. :.. CCDS32 CLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLH------C---NSPGRCCPTAP 330 340 350 360 370 380 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 QATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLE : . .. : .:. : : :. . : : :: :. : . . :. CCDS32 QK----ENKGPGLTPTHLPGV----KEPEVSAGQMPGPAEAELT--GGSEWTRAQREHEA 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KB0 KRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA .... :. ::. . ..: .::..::: . . ::.. ::. CCDS32 QKQHSVEL---WLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT 440 450 460 470 >>CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 (447 aa) initn: 968 init1: 667 opt: 929 Z-score: 1002.1 bits: 194.7 E(32554): 1.7e-49 Smith-Waterman score: 978; 37.6% identity (68.9% similar) in 431 aa overlap (46-473:51-446) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE ::. :: .. :: :.:. . :::.:: CCDS32 LQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDA 30 40 50 60 70 80 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP . :.::...:. : . :..:::.. .:.::.. ....:.:::.: : .:: ..:. CCDS32 QLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGL 90 100 110 120 130 140 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQDINISLWR-LPE .:: .:... ::..:.. :.:::. :::: :::..::.:.:.:.... ... . . : CCDS32 TAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWE 150 160 170 180 190 200 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 KVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLLPSI . ..:.:...::::::::. ..:: ..: : .. :::.::::: .:...::.:: CCDS32 ITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSM-GNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSS 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 FLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVVCMA ::...: ..:::: .: .:. :::::::::.:::....: :::. :::::.:::..:.. CCDS32 FLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLLPAS--GTPLISVYFALCLS 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 LLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQAT :.:.:: ::.::. :.: : : .: ::. :.:. . : : : .... CCDS32 LMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRCC--------PTAPQKGN 320 330 340 350 360 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 KTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASL-AVCGLLQELSSIRQFLEKR : ..: .:. :: : : . . :::. . : . :..: CCDS32 K-----GLGLTLTHLPGP----KEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTK-----TQLMEL- 370 380 390 400 410 440 450 460 470 pF1KB0 DEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA :.. . ..: :::..::: . . .:...::. CCDS32 ---------WVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT 420 430 440 >>CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (441 aa) initn: 933 init1: 575 opt: 856 Z-score: 923.6 bits: 180.2 E(32554): 4e-45 Smith-Waterman score: 942; 38.3% identity (67.2% similar) in 433 aa overlap (46-473:51-440) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE :: ::: . :: :.:. . :::.: CCDS58 LQGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAILDV-- 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP : . :..::::. ..:::.:. . ..:.:::.: :..:: :.:. CCDS58 -------------VWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGL 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQ----DINISLWR .:. ..:... ::..: . :.:::. :::: :::.:::.:.:.:.. :.. .:. CCDS58 TAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWE 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 LPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLL . . ..:......:::::::. ..: ...: : .. :::.::::: .::..::. CCDS58 ITD---ASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLS-RGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLV 190 200 210 220 230 240 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 PSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVV :: ::...: ..:::: .::.:: :::::::::.:::...:: ::.. :::::::::.. CCDS58 PSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLLPTS--GTPLIGVYFAL 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 CMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATS :..:.: :: :::::..:.: : : .: ::. :.:. : .: .. :.. CCDS58 CLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLH------C---NSPGRCCPTAP 300 310 320 330 340 350 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 QATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLE : . .. : .:. : : :. . : : :: :. : . . :. CCDS58 QK----ENKGPGLTPTHLPGV----KEPEVSAGQMPGPAEAELT--GGSEWTRAQREHEA 360 370 380 390 400 440 450 460 470 pF1KB0 KRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA .... :. ::. . ..: .::..::: . . ::.. ::. CCDS58 QKQHSVEL---WLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT 410 420 430 440 >>CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (456 aa) initn: 964 init1: 575 opt: 856 Z-score: 923.4 bits: 180.2 E(32554): 4.1e-45 Smith-Waterman score: 942; 38.3% identity (67.2% similar) in 433 aa overlap (46-473:66-455) 20 30 40 50 60 70 pF1KB0 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE :: ::: . :: :.:. . :::.: CCDS58 TTGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAILDV-- 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 130 pF1KB0 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP : . :..::::. ..:::.:. . ..:.:::.: :..:: :.:. CCDS58 -------------VWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGL 100 110 120 130 140 140 150 160 170 180 190 pF1KB0 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQ----DINISLWR .:. ..:... ::..: . :.:::. :::: :::.:::.:.:.:.. :.. .:. CCDS58 TAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWE 150 160 170 180 190 200 200 210 220 230 240 250 pF1KB0 LPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLL . . ..:......:::::::. ..: ...: : .. :::.::::: .::..::. CCDS58 ITD---ASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLS-RGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLV 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 pF1KB0 PSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVV :: ::...: ..:::: .::.:: :::::::::.:::...:: ::.. :::::::::.. CCDS58 PSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLLPTS--GTPLIGVYFAL 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KB0 CMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATS :..:.: :: :::::..:.: : : .: ::. :.:. : .: .. :.. CCDS58 CLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLH------C---NSPGRCCPTAP 320 330 340 350 360 380 390 400 410 420 430 pF1KB0 QATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLE : . .. : .:. : : :. . : : :: :. : . . :. CCDS58 QK----ENKGPGLTPTHLPGV----KEPEVSAGQMPGPAEAELT--GGSEWTRAQREHEA 370 380 390 400 410 440 450 460 470 pF1KB0 KRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA .... :. ::. . ..: .::..::: . . ::.. ::. CCDS58 QKQHSVEL---WLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT 420 430 440 450 >>CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 (450 aa) initn: 723 init1: 272 opt: 776 Z-score: 837.4 bits: 164.2 E(32554): 2.5e-40 Smith-Waterman score: 825; 31.2% identity (64.2% similar) in 475 aa overlap (9-474:13-450) 10 20 30 40 50 pF1KB0 MLLWVQQALLALLLPTLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWR :: .:::. .:.: . :.: :..:: ...::: : CCDS77 MGLRSHHLSLGLLLLFLLPAECLGAEGRLA--------LKLFRDLFANYTSALRPVADTD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB0 KPTTVSIDVIVYAILNVDEKNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIW . .:...: . :...::.::::: :.: :: ::: .:.:.:. . .. . ::.. .: CCDS77 QTLNVTLEVTLSQIIDMDERNQVLTLYLWIRQEWTDAYLRWDPNAYGGLDAIRIPSSLVW 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB0 VPDILINEFVDVGKSPNIPY--VYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLT :::.. . .:. . :. : .::.: :. : . ..: .:. ::::.:.:.:: CCDS77 RPDIVLYNKADA-QPPGSASTNVVLRHDGAVRWDAPAITRSSCRVDVAAFPFDAQHCGLT 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB0 FTSWLHTIQDINISLWRLPEKVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMES-SNYYAEMK : :: : ..... :. . .. . :... ::..::. : ... :. : .. CCDS77 FGSWTHGGHQLDVR----PRGAAASLADFVENVEWRVLGMPARRRVLTYGCCSEPYPDVT 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB0 FYVVIRRRPLFYVVSLLLPSIFLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSD : ...::: :: .:::: ... .. ..:.:: .:::.::. .:.::. .:: ..... CCDS77 FTLLLRRRAAAYVCNLLLPCVLISLLAPLAFHLPADSGEKVSLGVTVLLALTVFQLLLAE 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB0 TLPATAIGTPLIGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQPVPAWLRHLVLERIAW ..: : ..:::: :... :.....: : ::.:. : . .::::: : :.: ..: CCDS77 SMPP-AESVPLIGKYYMATMTMVTFSTALTILIMNLHYCGPSVRPVPAWARALLLGHLAR 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB0 LLCLREQST---SQRPPATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPRE ::.::.. ..::: : . :: ::. .:: : . CCDS77 GLCVRERGEPCGQSRPPELSPS------------------PQ----SPEGGAGPPAGPCH 350 360 370 380 420 430 440 450 460 pF1KB0 ASLAVC---GLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSIT .: .::.....: . .... .. .:: :.. :.:.... :.. .:..:. CCDS77 EPRCLCRQEALLHHVATIANTFRSHRAAQRCHEDWKRLARVMDRFFLAIFFSMALVMSL- 390 400 410 420 430 440 470 pF1KB0 LVMLWSIWQYA ::.. .. CCDS77 LVLVQAL 450 478 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 20:34:55 2016 done: Sat Nov 5 20:34:56 2016 Total Scan time: 3.120 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]