Result of FASTA (ccds) for
pF1KB0475
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0475, 517 aa
1>>>pF1KB0475 517 - 517 aa - 517 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9868+/-0.000889; mu= 11.5557+/- 0.054
mean_var=145.7596+/-30.300, 0's: 0 Z-trim(110.5): 109 B-trim: 4 in 2/52
Lambda= 0.106232
statistics sampled from 11526 (11647) to 11526 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.358), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 3505 549.1 4.5e-156
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 2272 360.0 3.2e-99
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 2249 356.4 3e-98
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 747 126.3 7.6e-29
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 718 121.9 1.8e-27
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 709 120.4 3.5e-27
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 650 111.4 1.9e-24
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 650 111.4 2e-24
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 633 108.8 1.1e-23
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 615 106.0 7.5e-23
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 614 106.0 1e-22
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 569 99.1 1.3e-20
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 542 94.9 2.3e-19
>>CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (517 aa)
initn: 3505 init1: 3505 opt: 3505 Z-score: 2915.4 bits: 549.1 E(32554): 4.5e-156
Smith-Waterman score: 3505; 100.0% identity (100.0% similar) in 517 aa overlap (1-517:1-517)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
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CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 DSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 DSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDG
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB0 YGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 YGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
490 500 510
>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (458 aa)
initn: 2276 init1: 2250 opt: 2272 Z-score: 1894.9 bits: 360.0 E(32554): 3.2e-99
Smith-Waterman score: 2279; 76.4% identity (83.7% similar) in 479 aa overlap (1-477:1-454)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
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CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEKPR----PQRG--LGSAARLLAGTV
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHP-PMAQNLQYP
: ..:.:..: . :.... .. : : .. . .: : :. :
CCDS84 A--VFLILVAVLTVFFLYNRQQKS-------PPETDGAGTDQPLSQKPEPSPSRQSSLVP
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 DDSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYF-TVDEAEARQ
.: . . : : . ..:::. . :.. : :: .. : .: .: :
CCDS84 EDIQ-VVHLDP--GRQQQQEEEDLQ-------KLSLQPPYYDLGVSPSYHPSVRTTEPRG
410 420 430 440 450
480 490 500 510
pF1KB0 DGYGDRTLGYQYDPEQLDLAENMVSQNDGSFISKKEWYV
CCDS84 ECP
>>CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (352 aa)
initn: 2249 init1: 2249 opt: 2249 Z-score: 1877.3 bits: 356.4 E(32554): 3e-98
Smith-Waterman score: 2249; 96.8% identity (97.1% similar) in 349 aa overlap (1-349:1-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 KITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 VYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPTNWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
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CCDS84 SVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYHMDRFKESLT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 LNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGV
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CCDS84 FFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITAFCQLIYPGKGRTRARMF
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 AGSILLVLIVVGGIVVALRRRRHTFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPD
>>CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (487 aa)
initn: 658 init1: 308 opt: 747 Z-score: 631.4 bits: 126.3 E(32554): 7.6e-29
Smith-Waterman score: 755; 33.2% identity (63.2% similar) in 419 aa overlap (44-448:48-448)
20 30 40 50 60 70
pF1KB0 WGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANPLPSVKITQVTWQKSTNG
: .: :.: . . :::..:.: .
CCDS58 RGPLLPRSFSGNPRALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIEV---NETITQISWEKIHGK
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 SKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRLELEDEGVYICEFATFPTGN
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CCDS58 SSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGN
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 RESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCTSANGKPPSVVSWETRLKGE
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CCDS58 AQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICIAATGKPVAHIDWEGDL-GE
140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KB0 AEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-MDR-FKESLTLNVQYEPEVT
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CCDS58 MESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVS
190 200 210 220 230 240
260 270 280 290 300 310
pF1KB0 IEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPKGVEAQNRTLFFKGPINYSL
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CCDS58 VTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNY
250 260 270 280 290 300
320 330 340 350 360 370
pF1KB0 AGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYTPSPPEHGRRAGPVPTAIIGGVAGSILLVLIV
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CCDS58 SGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDVPF--------KQTSSI--AVAGAVIGAVLALFII
310 320 330 340 350
380 390 400 410 420
pF1KB0 VGGIVVAL--RRRRHTF--KGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQYPDDSD-DE
. ..: : :..: .. : : : . . : . . : . : ... :
CCDS58 AIFVTVLLTPRKKRPSYLDKVIDLPPTHKPPPLYEERSPPLPQKDLFQPEHLPLQTQFKE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470
pF1KB0 KKAGPLGGS------SYEEEEEEEEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQD
...: : : :.. :.:. : :
CCDS58 REVGNLQHSNGLNSRSFDYEDENPVGEDGIQQMYPLYNQMCYQDRSPGKHHQNNDPKRVY
420 430 440 450 460 470
>>CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (549 aa)
initn: 786 init1: 308 opt: 718 Z-score: 606.6 bits: 121.9 E(32554): 1.8e-27
Smith-Waterman score: 833; 32.8% identity (60.3% similar) in 527 aa overlap (25-517:52-549)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFA
: :. . . :. . . : .: :.: .
CCDS29 ASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIE
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 NPLPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRL
. :::..:.: . :.:.::...:..: :: . :. :: : :..:.:: : .
CCDS29 ---VNETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNI
90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 ELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
. : : :::. .::: :: .:. ..::...:: . :.: .... : .. : .: :
CCDS29 GFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICI
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-M
.:.::: . ..:: : :: : :: :.:.::.:.: :.: :. . ..:.:.. .
CCDS29 AATGKPVAHIDWEGDL-GEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPAL
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 DR-FKESLTLNVQYEPEVTIEGFDGNWYLQRMDVKLTCKADANPPATEYHWTTLNGSLPK
.. .. :. :..:: :::.. :.::::.. : :.: :.:::::: . :. :.:. :
CCDS29 EKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPD
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340
pF1KB0 GVEAQNRTLFFKGPINYSLAGTYICEATNPIGTRSGQVEVNITEFPYT----PSPPEHGR
:. :.. :: : :.... .:.:::..:: .: :: : . :.. : : :. :
CCDS29 GLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDPPTTTTLQPTIQWHPS
320 330 340 350 360 370
350 360 370 380
pF1KB0 RAG-----------PVP-------------TAIIGGVAGSILLVLIVVGGIVVALRRRRH
: : : : : . :.:....::. : . . ::::
CCDS29 TADIEDLATEPKKLPFPLSTLATIKDDTIATIIASVVGGALFIVLVSVLAGIFCYRRRR-
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 TFKGDYSTKKHVYGNGYSKAGIPQHHPPMAQNLQ-YPDDSDDEKKAGPLGGSSYEEEEEE
::.::: .:... . ..: . : . ..:. :::. :.: .:... .. ::
CCDS29 TFRGDYFAKNYIPPSDMQKES--QIDVLQQDELDSYPDSVKKENK-NPVNNLIRKDYLEE
440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB0 EEGGGGGERKVGGPHPKYDEDAKRPYFTVDEAEARQDGYGDRTLGYQY-DPEQLDLAEN-
: :. . . . .::. : : : .:... . :. : :.
CCDS29 PE-------KTQWNNVENLNRFERPM----------DYYEDLKMGMKFVSDEHYDENEDD
490 500 510 520 530
510
pF1KB0 MVSQNDGSFISKKEWYV
.::. ::: ::..::::
CCDS29 LVSHVDGSVISRREWYV
540
>>CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 (366 aa)
initn: 658 init1: 308 opt: 709 Z-score: 601.5 bits: 120.4 E(32554): 3.5e-27
Smith-Waterman score: 709; 36.8% identity (67.6% similar) in 315 aa overlap (25-336:52-358)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MARMGLAGAAGRWWGLALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFA
: :. . . :. . . : .: :.: .
CCDS58 ASLLGAGLLLQPPTPPPLLLLLFPLLLFSRLCGALAGPIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIE
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 NPLPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEFLRPSFTDGTIRLSRL
. :::..:.: . :.:.::...:..: :: . :. :: : :..:.:: : .
CCDS58 V---NETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNI
90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 ELEDEGVYICEFATFPTGNRESQLNLTVMAKPT-NWIEGTQAVLRAKKGQDDKVLVATCT
. : : :::. .::: :: .:. ..::...:: . :.: .... : .. : .: :
CCDS58 GFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLI---DGGNETV-AAICI
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 SANGKPPSVVSWETRLKGEAEYQEIRNPNGTVTVISRYRLVPSREAHQQSLACIVNYH-M
.:.::: . ..:: : :: : :: :.:.::.:.: :.: :. . ..:.:.. .
CCDS58 AATGKPVAHIDWEGDL-GEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPAL
200 210 220 230 240 250
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