Result of FASTA (omim) for
pF1KB0481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0481, 521 aa
1>>>pF1KB0481 521 - 521 aa - 521 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3618+/-0.000432; mu= 18.2729+/- 0.027
mean_var=72.8488+/-14.859, 0's: 0 Z-trim(111.1): 164 B-trim: 528 in 2/48
Lambda= 0.150267
statistics sampled from 19418 (19591) to 19418 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 7.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000772 (OMIM: 118485,613743) cholesterol side-c ( 521) 3524 773.7 0
NP_001093243 (OMIM: 118485,613743) cholesterol sid ( 363) 2418 533.9 3.1e-151
NP_000489 (OMIM: 124080,203400,610600) cytochrome ( 503) 1198 269.5 1.7e-71
NP_000488 (OMIM: 103900,202010,610613) cytochrome ( 503) 1154 259.9 1.3e-68
NP_001021384 (OMIM: 103900,202010,610613) cytochro ( 437) 901 205.1 3.6e-52
XP_011515176 (OMIM: 103900,202010,610613) PREDICTE ( 529) 890 202.7 2.2e-51
NP_000776 (OMIM: 264700,609506) 25-hydroxyvitamin ( 508) 869 198.2 5e-50
XP_016883180 (OMIM: 126065,143880) PREDICTED: 1,25 ( 514) 774 177.6 8.1e-44
XP_016883181 (OMIM: 126065,143880) PREDICTED: 1,25 ( 514) 774 177.6 8.1e-44
XP_005260361 (OMIM: 126065,143880) PREDICTED: 1,25 ( 514) 774 177.6 8.1e-44
NP_000773 (OMIM: 126065,143880) 1,25-dihydroxyvita ( 514) 774 177.6 8.1e-44
NP_000775 (OMIM: 213700,606530) sterol 26-hydroxyl ( 531) 741 170.4 1.2e-41
XP_016858977 (OMIM: 213700,606530) PREDICTED: ster ( 391) 644 149.3 2e-35
NP_001122387 (OMIM: 126065,143880) 1,25-dihydroxyv ( 448) 622 144.6 6e-34
XP_016883182 (OMIM: 126065,143880) PREDICTED: 1,25 ( 448) 622 144.6 6e-34
XP_011515177 (OMIM: 103900,202010,610613) PREDICTE ( 528) 538 126.4 2.1e-28
XP_016868635 (OMIM: 103900,202010,610613) PREDICTE ( 282) 423 101.3 4e-21
NP_001278759 (OMIM: 145500,605325) cytochrome P450 ( 492) 363 88.5 5.2e-17
NP_000768 (OMIM: 145500,605325) cytochrome P450 3A ( 502) 363 88.5 5.3e-17
NP_001189784 (OMIM: 124010) cytochrome P450 3A4 is ( 502) 358 87.4 1.1e-16
NP_059488 (OMIM: 124010) cytochrome P450 3A4 isofo ( 503) 358 87.4 1.1e-16
NP_476436 (OMIM: 606534) cytochrome P450 3A43 isof ( 503) 355 86.7 1.8e-16
NP_073731 (OMIM: 606534) cytochrome P450 3A43 isof ( 504) 346 84.8 6.8e-16
XP_011514145 (OMIM: 145500,605325) PREDICTED: cyto ( 389) 344 84.3 7.4e-16
NP_001278758 (OMIM: 145500,605325) cytochrome P450 ( 389) 344 84.3 7.4e-16
XP_016867270 (OMIM: 145500,605325) PREDICTED: cyto ( 389) 344 84.3 7.4e-16
NP_000766 (OMIM: 601258) cytochrome P450 2J2 [Homo ( 502) 338 83.0 2.2e-15
XP_011526509 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 334) 331 81.4 4.6e-15
XP_011526506 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 352) 331 81.4 4.8e-15
XP_011526505 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 352) 331 81.4 4.8e-15
XP_011526507 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 352) 331 81.4 4.8e-15
XP_011526504 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 375) 331 81.4 5.1e-15
XP_006722913 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 375) 331 81.4 5.1e-15
XP_011526510 (OMIM: 611485) PREDICTED: cytochrome ( 375) 331 81.4 5.1e-15
XP_016867271 (OMIM: 145500,605325) PREDICTED: cyto ( 322) 330 81.2 5.2e-15
NP_076433 (OMIM: 611485) cytochrome P450 4F12 [Hom ( 524) 331 81.5 6.7e-15
NP_009184 (OMIM: 611545) cytochrome P450 4F8 precu ( 520) 330 81.3 7.7e-15
NP_067010 (OMIM: 611517) phylloquinone omega-hydro ( 524) 327 80.7 1.2e-14
NP_001122404 (OMIM: 611517) phylloquinone omega-hy ( 524) 327 80.7 1.2e-14
XP_016868032 (OMIM: 606534) PREDICTED: cytochrome ( 394) 324 79.9 1.5e-14
XP_016868031 (OMIM: 606534) PREDICTED: cytochrome ( 394) 324 79.9 1.5e-14
NP_001265850 (OMIM: 606534) cytochrome P450 3A43 i ( 393) 320 79.1 2.8e-14
XP_005259968 (OMIM: 601270) PREDICTED: docosahexae ( 371) 312 77.3 8.8e-14
XP_011526316 (OMIM: 601270) PREDICTED: docosahexae ( 371) 312 77.3 8.8e-14
XP_016868034 (OMIM: 606534) PREDICTED: cytochrome ( 360) 311 77.1 9.9e-14
XP_016868033 (OMIM: 606534) PREDICTED: cytochrome ( 360) 311 77.1 9.9e-14
NP_001186138 (OMIM: 601270) docosahexaenoic acid o ( 520) 312 77.4 1.2e-13
NP_000887 (OMIM: 601270) docosahexaenoic acid omeg ( 520) 312 77.4 1.2e-13
XP_016882303 (OMIM: 601270) PREDICTED: docosahexae ( 520) 312 77.4 1.2e-13
NP_001186137 (OMIM: 601270) docosahexaenoic acid o ( 520) 312 77.4 1.2e-13
>>NP_000772 (OMIM: 118485,613743) cholesterol side-chain (521 aa)
initn: 3524 init1: 3524 opt: 3524 Z-score: 4129.6 bits: 773.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3524; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MLAKGLPPRSVLVKGCQTFLSAPREGLGRLRVPTGEGAGISTRSPRPFNEIPSPGDNGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MLAKGLPPRSVLVKGCQTFLSAPREGLGRLRVPTGEGAGISTRSPRPFNEIPSPGDNGWL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 NLYHFWRETGTHKVHLHHVQNFQKYGPIYREKLGNVESVYVIDPEDVALLFKSEGPNPER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NLYHFWRETGTHKVHLHHVQNFQKYGPIYREKLGNVESVYVIDPEDVALLFKSEGPNPER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 FLIPPWVAYHQYYQRPIGVLLKKSAAWKKDRVALNQEVMAPEATKNFLPLLDAVSRDFVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FLIPPWVAYHQYYQRPIGVLLKKSAAWKKDRVALNQEVMAPEATKNFLPLLDAVSRDFVS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VLHRRIKKAGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLHRRIKKAGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 FHTSVPMLNLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FHTSVPMLNLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYRG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 ILYRLLGDSKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ILYRLLGDSKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAAR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 HQAQGDMATMLQLVPLLKASIKETLRLHPISVTLQRYLVNDLVLRDYMIPAKTLVQVAIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HQAQGDMATMLQLVPLLKASIKETLRLHPISVTLQRYLVNDLVLRDYMIPAKTLVQVAIY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 ALGREPTFFFDPENFDPTRWLSKDKNITYFRNLGFGWGVRQCLGRRIAELEMTIFLINML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ALGREPTFFFDPENFDPTRWLSKDKNITYFRNLGFGWGVRQCLGRRIAELEMTIFLINML
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB0 ENFRVEIQHLSDVGTTFNLILMPEKPISFTFWPFNQEATQQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ENFRVEIQHLSDVGTTFNLILMPEKPISFTFWPFNQEATQQ
490 500 510 520
>>NP_001093243 (OMIM: 118485,613743) cholesterol side-ch (363 aa)
initn: 2418 init1: 2418 opt: 2418 Z-score: 2836.0 bits: 533.9 E(85289): 3.1e-151
Smith-Waterman score: 2418; 100.0% identity (100.0% similar) in 363 aa overlap (159-521:1-363)
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 YHQYYQRPIGVLLKKSAAWKKDRVALNQEVMAPEATKNFLPLLDAVSRDFVSVLHRRIKK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAPEATKNFLPLLDAVSRDFVSVLHRRIKK
10 20 30
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQMFHTSVPML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQMFHTSVPML
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 NLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYRGILYRLLGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYRGILYRLLGD
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 SKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAARHQAQGDMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAARHQAQGDMA
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 TMLQLVPLLKASIKETLRLHPISVTLQRYLVNDLVLRDYMIPAKTLVQVAIYALGREPTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TMLQLVPLLKASIKETLRLHPISVTLQRYLVNDLVLRDYMIPAKTLVQVAIYALGREPTF
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 FFDPENFDPTRWLSKDKNITYFRNLGFGWGVRQCLGRRIAELEMTIFLINMLENFRVEIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FFDPENFDPTRWLSKDKNITYFRNLGFGWGVRQCLGRRIAELEMTIFLINMLENFRVEIQ
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520
pF1KB0 HLSDVGTTFNLILMPEKPISFTFWPFNQEATQQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLSDVGTTFNLILMPEKPISFTFWPFNQEATQQ
340 350 360
>>NP_000489 (OMIM: 124080,203400,610600) cytochrome P450 (503 aa)
initn: 1173 init1: 618 opt: 1198 Z-score: 1404.6 bits: 269.5 E(85289): 1.7e-71
Smith-Waterman score: 1198; 38.9% identity (69.0% similar) in 496 aa overlap (20-515:11-503)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MLAKGLPPRSVLVKGCQTFLSAPREGLGRLRVPTGEGAGISTRSPRPFNEIPSPGDNGWL
..:: .: : :. : :. . :. ::. .:. : ::
NP_000 MALRAKAEVCVAAPWLSLQRARA-LGTRAARAPRTVLPFEAMPQHPGNRWL
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70 80 90 100 110 120
pF1KB0 NLYHFWRETGTHKVHLHHVQNFQKYGPIYREKLGNVESVYVIDPEDVALLFKSEGPNPER
: ..::: : ...::. :.::. :::.: .::. . : :. :::: : . .. .: :
NP_000 RLLQIWREQGYEHLHLEMHQTFQELGPIFRYNLGGPRMVCVMLPEDVEKLQQVDSLHPCR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 FLIPPWVAYHQYYQRPIGVLLKKSAAWKKDRVALNQEVMAPEATKNFLPLLDAVSRDFVS
... :::::.:. . ::.: .. :. .:. :: .:..:.:.. :::..:::.::: .
NP_000 MILEPWVAYRQHRGHKCGVFLLNGPEWRFNRLRLNPDVLSPKAVQRFLPMVDAVARDFSQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 VLHRRIKKAGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQM
.:.... . . :. . :.. ..:....:. . ..:::: :.. . . . :. :. :
NP_000 ALKKKVLQNARGSLTLDVQPSIFHYTIEASNLALFGERLGLVGHSPSSASLNFLHALEVM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 FHTSVPMLNLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYRG
:...: .. .: .: : . :.::.: ::: ::. .: :..: :: . : : :
NP_000 FKSTVQLMFMPRSLSRWISPKVWKEHFEAWDCIFQYGDNCIQKIYQELAFNRPQH--YTG
240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 ILYRLLGDSKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAAR
:. .:: ...:.: :::: :. ::.::::.. : :.:.::: ::..:: : :::
NP_000 IVAELLLKAELSLEAIKANSMELTAGSVDTTAFPLLMTLFELARNPDVQQILRQESLAAA
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 HQAQGDMATMLQLVPLLKASIKETLRLHPISVTLQRYLVNDLVLRDYMIPAKTLVQVAIY
. . .:::.:..::::::.:... :.: . .::::..: ::: ::::: .:
NP_000 ASISEHPQKATTELPLLRAALKETLRLYPVGLFLERVVSSDLVLQNYHIPAGTLVQVFLY
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 ALGREPTFFFDPENFDPTRWLSKDKNITYFRNLGFGWGVRQCLGRRIAELEMTIFLINML
.:::. ..: :: ..: :::. . :... ::.:.:::::::.:: :: ..: ..:
NP_000 SLGRNAALFPRPERYNPQRWLDIRGSGRNFHHVPFGFGMRQCLGRRLAEAEMLLLLHHVL
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520
pF1KB0 ENFRVEIQHLSDVGTTFNLILMPEKPISFTFWPFNQEATQQ
..: :: :. ....:: : .:: .:
NP_000 KHFLVETLTQEDIKMVYSFILRPGTSPLLTFRAIN
470 480 490 500
>>NP_000488 (OMIM: 103900,202010,610613) cytochrome P450 (503 aa)
initn: 1138 init1: 610 opt: 1154 Z-score: 1353.0 bits: 259.9 E(85289): 1.3e-68
Smith-Waterman score: 1154; 38.4% identity (68.2% similar) in 497 aa overlap (20-515:11-503)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MLAKGLPPRSVLVKGCQTFLSAPREGLGRLRVPTGEGAGISTRSPRPFNEIPS-PGDNGW
...: .: : .. : :. :. ::. .: :: : :
NP_000 MALRAKAEVCMAVPWLSLQRAQA-LGTRAARVPRTVLPFEAMPRRPG-NRW
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 LNLYHFWRETGTHKVHLHHVQNFQKYGPIYREKLGNVESVYVIDPEDVALLFKSEGPNPE
: : ..::: : . .::. :.::. :::.: ::.. : :. :::: : . .. .:.
NP_000 LRLLQIWREQGYEDLHLEVHQTFQELGPIFRYDLGGAGMVCVMLPEDVEKLQQVDSLHPH
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 RFLIPPWVAYHQYYQRPIGVLLKKSAAWKKDRVALNQEVMAPEATKNFLPLLDAVSRDFV
:. . :::::.:. . ::.: .. :. .:. :: ::..:.:.. :::..:::.:::
NP_000 RMSLEPWVAYRQHRGHKCGVFLLNGPEWRFNRLRLNPEVLSPNAVQRFLPMVDAVARDFS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 SVLHRRIKKAGSGNYSGDISDDLFRFAFESITNVIFGERQGMLEEVVNPEAQRFIDAIYQ
..:.... . . :. . :.. ..:....:. . ..:::: :.. . . . :. :.
NP_000 QALKKKVLQNARGSLTLDVQPSIFHYTIEASNLALFGERLGLVGHSPSSASLNFLHALEV
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 MFHTSVPMLNLPPDLFRLFRTKTWKDHVAAWDVIFSKADIYTQNFYWELRQKGSVHHDYR
::...: .. .: .: : :.::.: ::: ::. .: :..: :: : ..:
NP_000 MFKSTVQLMFMPRSLSRWTSPKVWKEHFEAWDCIFQYGDNCIQKIYQEL--AFSRPQQYT
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 GILYRLLGDSKMSFEDIKANVTEMLAGGVDTTSMTLQWHLYEMARNLKVQDMLRAEVLAA
.:. .:: ....: . :::: :. ::.:::: . : :.:.::: .::. :: : :::
NP_000 SIVAELLLNAELSPDAIKANSMELTAGSVDTTVFPLLMTLFELARNPNVQQALRQESLAA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
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. . .:::.:..::::::.:... :.: .::::..: ::: :::.: .
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