Result of FASTA (omim) for
pF1KB0494
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0494, 1039 aa
1>>>pF1KB0494 1039 - 1039 aa - 1039 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7098+/-0.000393; mu= 14.8570+/- 0.024
mean_var=106.2791+/-22.321, 0's: 0 Z-trim(114.6): 97 B-trim: 1338 in 1/50
Lambda= 0.124409
statistics sampled from 24408 (24505) to 24408 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.287), width: 16
Scan time: 15.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin al (1039) 7083 1282.9 0
XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1000) 6693 1212.9 0
XP_011523051 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTE (1005) 6450 1169.3 0
NP_003629 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha-8 I (1063) 2227 411.4 1.4e-113
NP_002196 (OMIM: 135620) integrin alpha-5 precurso (1049) 2058 381.0 1.9e-104
NP_002201 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isoform (1048) 1948 361.3 1.6e-98
NP_001138471 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1002) 1859 345.3 1e-93
XP_011518054 (OMIM: 191830,604063) PREDICTED: inte ( 799) 1731 322.3 6.9e-87
NP_001278423 (OMIM: 191830,604063) integrin alpha- (1048) 1646 307.1 3.4e-82
NP_001138472 (OMIM: 193210) integrin alpha-V isofo (1012) 1585 296.1 6.5e-79
NP_002195 (OMIM: 605025,614748) integrin alpha-3 p (1051) 721 141.1 3.2e-32
NP_000876 (OMIM: 192975) integrin alpha-4 isoform (1032) 655 129.2 1.2e-28
NP_002198 (OMIM: 603963) integrin alpha-9 precurso (1035) 646 127.6 3.6e-28
XP_011544139 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 567 113.4 7.5e-24
XP_011544143 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1160) 553 110.9 4.2e-23
XP_011544145 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1028) 552 110.7 4.3e-23
XP_016878704 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1164) 552 110.7 4.7e-23
XP_011544141 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1173) 552 110.7 4.8e-23
XP_011544137 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1190) 552 110.7 4.8e-23
NP_001305114 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isofo (1162) 539 108.4 2.4e-22
XP_011544140 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1179) 539 108.4 2.4e-22
NP_005344 (OMIM: 602453) integrin alpha-D isoform (1161) 528 106.4 9.4e-22
XP_011544138 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1189) 528 106.4 9.6e-22
XP_006712574 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte (1058) 527 106.2 9.8e-22
XP_006712573 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte (1076) 525 105.9 1.3e-21
NP_002199 (OMIM: 604682) integrin alpha-E precurso (1179) 508 102.9 1.1e-20
XP_011522127 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1185) 506 102.5 1.5e-20
XP_016880075 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1191) 506 102.5 1.5e-20
XP_011522125 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1217) 506 102.5 1.5e-20
XP_011544144 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al (1103) 492 100.0 7.9e-20
NP_001138468 (OMIM: 600536,613204) integrin alpha- (1141) 490 99.6 1e-19
XP_011522130 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1137) 484 98.5 2.2e-19
XP_011522129 (OMIM: 604682) PREDICTED: integrin al (1163) 484 98.5 2.2e-19
NP_002194 (OMIM: 192974,614200) integrin alpha-2 p (1181) 481 98.0 3.3e-19
XP_005268897 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1175) 470 96.0 1.3e-18
XP_011544148 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 790) 466 95.2 1.5e-18
XP_016878705 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte ( 917) 462 94.5 2.8e-18
XP_011544152 (OMIM: 120980,609939) PREDICTED: inte (1091) 462 94.6 3.3e-18
NP_001139280 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha- (1153) 462 94.6 3.4e-18
XP_005268899 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1131) 457 93.7 6.3e-18
NP_000623 (OMIM: 120980,609939) integrin alpha-M i (1152) 451 92.6 1.3e-17
NP_000201 (OMIM: 147556,226730) integrin alpha-6 i (1073) 430 88.8 1.7e-16
NP_001073286 (OMIM: 147556,226730) integrin alpha- (1091) 430 88.8 1.8e-16
NP_001138469 (OMIM: 600536,613204) integrin alpha- (1044) 425 87.9 3.2e-16
XP_016859497 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte ( 944) 424 87.7 3.3e-16
XP_005268898 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1162) 425 87.9 3.4e-16
XP_005268896 (OMIM: 600536,613204) PREDICTED: inte (1181) 425 88.0 3.5e-16
XP_016859495 (OMIM: 147556,226730) PREDICTED: inte ( 962) 422 87.4 4.3e-16
XP_011544150 (OMIM: 602453) PREDICTED: integrin al ( 690) 414 85.9 8.8e-16
XP_016858116 (OMIM: 604042) PREDICTED: integrin al ( 835) 415 86.1 9.1e-16
>>NP_000410 (OMIM: 187800,273800,607759) integrin alpha- (1039 aa)
initn: 7083 init1: 7083 opt: 7083 Z-score: 6870.7 bits: 1282.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7083; 100.0% identity (100.0% similar) in 1039 aa overlap (1-1039:1-1039)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MARALCPLQALWLLEWVLLLLGPCAAPPAWALNLDPVQLTFYAGPNGSQFGFSLDFHKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MARALCPLQALWLLEWVLLLLGPCAAPPAWALNLDPVQLTFYAGPNGSQFGFSLDFHKDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 HGRVAIVVGAPRTLGPSQEETGGVFLCPWRAEGGQCPSLLFDLRDETRNVGSQTLQTFKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HGRVAIVVGAPRTLGPSQEETGGVFLCPWRAEGGQCPSLLFDLRDETRNVGSQTLQTFKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 RQGLGASVVSWSDVIVACAPWQHWNVLEKTEEAEKTPVGSCFLAQPESGRRAEYSPCRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RQGLGASVVSWSDVIVACAPWQHWNVLEKTEEAEKTPVGSCFLAQPESGRRAEYSPCRGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 TLSRIYVENDFSWDKRYCEAGFSSVVTQAGELVLGAPGGYYFLGLLAQAPVADIFSSYRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TLSRIYVENDFSWDKRYCEAGFSSVVTQAGELVLGAPGGYYFLGLLAQAPVADIFSSYRP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GILLWHVSSQSLSFDSSNPEYFDGYWGYSVAVGEFDGDLNTTEYVVGAPTWSWTLGAVEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 LDSYYQRLHRLRGEQMASYFGHSVAVTDVNGDGRHDLLVGAPLYMESRADRKLAEVGRVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LDSYYQRLHRLRGEQMASYFGHSVAVTDVNGDGRHDLLVGAPLYMESRADRKLAEVGRVY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LFLQPRGPHALGAPSLLLTGTQLYGRFGSAIAPLGDLDRDGYNDIAVAAPYGGPSGRGQV
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LVFLGQSEGLRSRPSQVLDSPFPTGSAFGFSLRGAVDIDDNGYPDLIVGAYGANQVAVYR
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490 500 510 520 530 540
pF1KB0 AQPVVKASVQLLVQDSLNPAVKSCVLPQTKTPVSCFNIQMCVGATGHNIPQKLSLNAELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AQPVVKASVQLLVQDSLNPAVKSCVLPQTKTPVSCFNIQMCVGATGHNIPQKLSLNAELQ
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pF1KB0 LDRQKPRQGRRVLLLGSQQAGTTLNLDLGGKHSPICHTTMAFLRDEADFRDKLSPIVLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LDRQKPRQGRRVLLLGSQQAGTTLNLDLGGKHSPICHTTMAFLRDEADFRDKLSPIVLSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 NVSLPPTEAGMAPAVVLHGDTHVQEQTRIVLDCGEDDVCVPQLQLTASVTGSPLLVGADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 NVSLPPTEAGMAPAVVLHGDTHVQEQTRIVLDCGEDDVCVPQLQLTASVTGSPLLVGADN
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670 680 690 700 710 720
pF1KB0 VLELQMDAANEGEGAYEAELAVHLPQGAHYMRALSNVEGFERLICNQKKENETRVVLCEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VLELQMDAANEGEGAYEAELAVHLPQGAHYMRALSNVEGFERLICNQKKENETRVVLCEL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 GNPMKKNAQIGIAMLVSVGNLEEAGESVSFQLQIRSKNSQNPNSKIVLLDVPVRAEAQVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GNPMKKNAQIGIAMLVSVGNLEEAGESVSFQLQIRSKNSQNPNSKIVLLDVPVRAEAQVE
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790 800 810 820 830 840
pF1KB0 LRGNSFPASLVVAAEEGEREQNSLDSWGPKVEHTYELHNNGPGTVNGLHLSIHLPGQSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LRGNSFPASLVVAAEEGEREQNSLDSWGPKVEHTYELHNNGPGTVNGLHLSIHLPGQSQP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 SDLLYILDIQPQGGLQCFPQPPVNPLKVDWGLPIPSPSPIHPAHHKRDRRQIFLPEPEQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SDLLYILDIQPQGGLQCFPQPPVNPLKVDWGLPIPSPSPIHPAHHKRDRRQIFLPEPEQP
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910 920 930 940 950 960
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 SRLQDPVLVSCDSAPCTVVQCDLQEMARGQRAMVTVLAFLWLPSLYQRPLDQFVLQSHAW
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB0 FNVSSLPYAVPPLSLPRGEAQVWTQLLRALEERAIPIWWVLVGVLGGLLLLTILVLAMWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 FNVSSLPYAVPPLSLPRGEAQVWTQLLRALEERAIPIWWVLVGVLGGLLLLTILVLAMWK
970 980 990 1000 1010 1020
1030
pF1KB0 VGFFKRNRPPLEEDDEEGE
:::::::::::::::::::
NP_000 VGFFKRNRPPLEEDDEEGE
1030
>>XP_011523052 (OMIM: 187800,273800,607759) PREDICTED: i (1000 aa)
initn: 6693 init1: 6693 opt: 6693 Z-score: 6492.6 bits: 1212.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6735; 96.2% identity (96.2% similar) in 1039 aa overlap (1-1039:1-1000)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MARALCPLQALWLLEWVLLLLGPCAAPPAWALNLDPVQLTFYAGPNGSQFGFSLDFHKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MARALCPLQALWLLEWVLLLLGPCAAPPAWALNLDPVQLTFYAGPNGSQFGFSLDFHKDS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 HGRVAIVVGAPRTLGPSQEETGGVFLCPWRAEGGQCPSLLFDLRDETRNVGSQTLQTFKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HGRVAIVVGAPRTLGPSQEETGGVFLCPWRAEGGQCPSLLFDLRDETRNVGSQTLQTFKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 RQGLGASVVSWSDVIVACAPWQHWNVLEKTEEAEKTPVGSCFLAQPESGRRAEYSPCRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RQGLGASVVSWSDVIVACAPWQHWNVLEKTEEAEKTPVGSCFLAQPESGRRAEYSPCRGN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 TLSRIYVENDFSWDKRYCEAGFSSVVTQAGELVLGAPGGYYFLGLLAQAPVADIFSSYRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TLSRIYVENDFSWDKRYCEAGFSSVVTQAGELVLGAPGGYYFLGLLAQAPVADIFSSYRP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 GILLWHVSSQSLSFDSSNPEYFDGYWGYSVAVGEFDGDLNTTEYVVGAPTWSWTLGAVEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GILLWHVSSQSLSFDSSNPEYFDGYWGYSVAVGEFDGDLNTTEYVVGAPTWSWTLGAVEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 LDSYYQRLHRLRGEQMASYFGHSVAVTDVNGDGRHDLLVGAPLYMESRADRKLAEVGRVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSYYQRLHRLRGEQMASYFGHSVAVTDVNGDGRHDLLVGAPLYMESRADRKLAEVGRVY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 LFLQPRGPHALGAPSLLLTGTQLYGRFGSAIAPLGDLDRDGYNDIAVAAPYGGPSGRGQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFLQPRGPHALGAPSLLLTGTQLYGRFGSAIAPLGDLDRDGYNDIAVAAPYGGPSGRGQV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 LVFLGQSEGLRSRPSQVLDSPFPTGSAFGFSLRGAVDIDDNGYPDLIVGAYGANQVAVYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVFLGQSEGLRSRPSQVLDSPFPTGSAFGFSLRGAVDIDDNGYPDLIVGAYGANQVAVYR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB0 AQPVVKASVQLLVQDSLNPAVKSCVLPQTKTPVSCFNIQMCVGATGHNIPQKLSLNAELQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AQPVVKASVQLLVQDSLNPAVKSCVLPQTKTPVSCFNIQMCVGATGHNIPQKLSLNAELQ
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550 560 570 580 590 600
pF1KB0 LDRQKPRQGRRVLLLGSQQAGTTLNLDLGGKHSPICHTTMAFLRDEADFRDKLSPIVLSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDRQKPRQGRRVLLLGSQQAGTTLNLDLGGKHSPICHTTMAFLRDEADFRDKLSPIVLSL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB0 NVSLPPTEAGMAPAVVLHGDTHVQEQTRIVLDCGEDDVCVPQLQLTASVTGSPLLVGADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NVSLPPTEAGMAPAVVLHGDTHVQEQTRIVLDCGEDDVCVPQLQLTASVTGSPLLVGADN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB0 VLELQMDAANEGEGAYEAELAVHLPQGAHYMRALSNVEGFERLICNQKKENETRVVLCEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VLELQMDAANEGEGAYEAELAVHLPQGAHYMRALSNVEGFERLICNQKKENETRVVLCEL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB0 GNPMKKNAQIGIAMLVSVGNLEEAGESVSFQLQIRSKNSQNPNSKIVLLDVPVRAEAQVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNPMKKNAQIGIAMLVSVGNLEEAGESVSFQLQIRSKNSQNPNSKIVLLDVPVRAEAQVE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB0 LRGNSFPASLVVAAEEGEREQNSLDSWGPKVEHTYELHNNGPGTVNGLHLSIHLPGQSQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LRGNSFPASLVVAAEEGEREQNSLDSWGPKVEHTYELHNNGPGTVNGLHLSIHLPGQSQP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB0 SDLLYILDIQPQGGLQCFPQPPVNPLKVDWGLPIPSPSPIHPAHHKRDRRQIFLPEPEQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SDLLYILDIQPQGGLQCFPQPPVNPLKVDWGLPIPSPSPIHPAHHKRDRRQIFLPEPEQP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB0 SRLQDPVLVSCDSAPCTVVQCDLQEMARGQRAMVTVLAFLWLPSLYQRPLDQFVLQSHAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SRLQDPVLVSCDSAPCTVVQCDLQEMARGQRAMVTVLAFLWLPSLYQRPLDQFVLQSHAW
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970 980 990 1000 1010 1020
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. : :.: : . ..: : :..: . .. . :::::::::..:.:.:::.:: :.:
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::: : ::::::::.:...::::::.::: ...:::.. . : :.: .:.. : ..
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::....:...::..: . . : ::.::: : . . .:.:.: ..:: .. : . ..:
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:. ...::::..:::::::: .::: :: . . :. : . . .. :.::..:
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..:::::..:::.:.:.: ...: .: : : ..: ::::::::::: : .:. :
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:. : .::. : :. : :: ::.:.:.::::: .... .... .: ::... :..
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:.:::::.:..::.:..: :.. . : ::::.:: : : ..:. . : :.: .. .
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:: ::: ::::: ::.:.. : . : ... ::::. :: : ::: :.: .::
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. : :: .: : : .:.. . : .. :.:. ...: . :
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:.:
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:::::::: :. : . ::::::..:: : : . .:.: ::: . .:::::...::
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::::.:::::.:..::.:: . .: :.:: : :: :.:::::. :. ..: ::
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.:::. :.: :::::::::..:.....:::..:.:.::..: . .. :: .:: :
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.::.:.:...:..:.:... .......::::: :: . : ::.:.:.:.:: : .: .
NP_002 -NPVACINLSFCLNASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLI
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. :. .::.:..:::::::: ..:: :: : :. ::. .. ....
NP_002 QNGAREDCREMKIYLRNESEFRDKLSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIE
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pF1KB0 EQTRIVLDCGEDDVCVPQLQLTASVTGSPLLVGADNVLELQMDAANEGEG-AYEAELAVH
....:.::::::..:::.::: . . . .: :.:.: . : : ::: :::::: :
NP_002 DKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVFGEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVT
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: :.: . . .: : :. :..:...:.:::::: .:.. .. .: .:..
NP_002 APPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDYFAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRD
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. ....:..:: ::: .: .: .: . . :.:.::: : : : : : : ... :.:
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.. .. :: :.:.::: :.::.... : . : . ..:::. . ::.: .
NP_002 QKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSISQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVT---GLNCTTNH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]